Identification d’un microbiote protecteur contre la coccidiose causée par Eimeria tenella par la comparaison de microbiotes caecaux de différentes lignées génétiques de poule

La coccidiose aviaire conduit à de fortes pertes économiques. Cette maladie est causée par des parasites intestinaux. L’espèce la plus pathogène conduit à des lésions plus ou moins sévères au niveau caecal. Au laboratoire, nous avons mis en évidence l’importance de la présence du microbiote sur le développement du parasite. De plus, nous avons montré qu’à charge équivalente, la pathologie est plus sévère avec notamment des lésions caecales, une réponse inflammatoire et une perte d’intégrité intestinale plus fortes chez les animaux avec microbiote par rapport à des animaux sans microbiote. Ces données suggèrent que le microbiote joue un rôle dans la physiopathologie de l’infection. Suivant la génétique de l’animal, la sévérité de la pathologie est variable, certains poulets étant plus résistants à la pathologie liée à cette infection en comparaison à d’autres lignées. Chez la poule, les travaux actuels ont montré que la composition du microbiote peut être variable en termes de composition et abondances selon la lignée génétique, pour des animaux élevés dans les mêmes conditions. La composition du microbiote des poulets résistants n’a jamais été explorée. Nous émettons l’hypothèse que ces animaux pourraient présenter une composition en microbiote très différente des autres lignées élevées dans le même environnement, ceci pouvant être relié à la pression génétique de l’animal. Cette lignée résistante présente une génétique et des phénotypes très distincts de ceux des lignées de poule exploitées en production, et l’hypothèse que son microbiote intestinal diffère également est vraisemblable, dans la mesure où génétique et microbiote influent conjointement l’expression des phénotypes de l’hôte considéré comme holobionte. Les microbes présents dans cette lignée plus résistante, sous l’influence de sa génétique bien spécifique, pourraient jouer un rôle protecteur sur la physiopathologie de cette infection. Moduler le microbiote pourrait alors constituer un levier intéressant pour prévenir le développement de pathologies trop sévères associées à une morbidité et mortalité élevées.

Dans le cadre de ce projet, le bénéfice attendu est que les animaux recevant le microbiote des Fayoumi résistent mieux à l’infection et présentent par conséquent moins de pertes zootechniques, moins de lésions, moins d’inflammation, moins développement parasitaire.

Inoculation orale par gavage de l’inoculum ou suspension de microbiote par animal (1 fois et environ 5 min contention comprise). Prélèvement du duvet par poussin (1 fois et environ 2 min contention comprise).

L’administration orale est un acte désagréable pour l’animal et peut également engendrer du stress. La contention peut également engendrer un stress. Ces deux actes sont de courte durée (1-2 minutes maximum). L’infection peut créer des signes cliniques. Cependant, la dose inoculée ne cause pas de morbidité et n’induit pas de signes cliniques proche du point limite. Si toutefois, il y avait des effets indésirables, ce serait en fin d’expérimentation.

Tous les poulets inoculés seront mis à mort 7 jours après l’inoculation pour récupérer les parasites qui se sont multipliés dans la lumière intestinale afin vérifier la protection du microbiote contre l’infection à E. tenella et la caractérisation de la réponse immunitaire induite.

Le poulet est l’espèce hôte chez laquelle se multiplient ces parasites. Deux lignées de poules pondeuses seront utilisés dans l’étude pour être dans les conditions les plus proches de celles des élevages industriels, et auront un statut sanitaire propre.