Résumé non technique d'un projet d'expérimentation animale publié sur ALURES le 2026-09-17 00:00:00
("EC NTS/RA identifier" : NTS-FR-672429)
80 souris vont être utilisées, toutes tuées à l’issue, dans des procédures impliquant des niveaux de souffrance léger à modéré. La moitié d’entre elles naissent sans microbiote et reçoivent par un gavage unique une flore intestinale d’origine humaine, puis toutes mangent pendant vingt-huit jours un aliment contaminé par un pesticide, une toxine de champignon ou un désinfectant, avec prélèvement de crottes deux fois par semaine. À la fin, toutes sont tuées pour analyser les protéines de leurs tissus intestinaux, et le porteur annonce que l’exposition alimentaire « ne devrait pas induire de nuisances pour les animaux ». Sur le remplacement, il décrit des méthodes de laboratoire « de plus en plus développées » pour reproduire ces interactions, avant de conclure qu’il « reste nécessaire d’étudier leurs effets chez l’animal ».
Objectifs et bénéfices escomptés du projet
Décrire les objectifs du projet.
Note de l'OXA. Cette question est celle du formulaire européen de résumé non technique. Elle est posée au laboratoire qui demande l'autorisation, et sa réponse est écrite avant que la première procédure commence (arrêté du 1er février 2013, art. 5). Ces objectifs servent à justifier l'utilisation des animaux devant le comité d'éthique. Aucun document public ne dira ensuite s'ils ont été atteints : la directive permet aux États de faire mettre à jour le résumé avec les résultats de l'appréciation rétrospective (directive 2010/63/UE, art. 43), la base européenne prévoit de les recevoir, et aucune entrée française n'en porte (base ALURES).
Le microbiote intestinal est constitué de milliers de micro-organismes, tels que des bactéries, des champignons et des virus, qui vivent dans notre intestin. Il joue un rôle important dans le maintien de notre santé et peut être impliqué dans le développement de certaines maladies. Son équilibre peut être perturbé par différents facteurs, notamment l’alimentation, certaines maladies ou l’exposition à des substances présentes dans notre environnement telles que les pesticides, les toxines produites par des champignons ou les produits désinfectants. Ces perturbations peuvent fragiliser la paroi intestinale et favoriser des problèmes liés au métabolisme ou au système immunitaire. Nous étudierons l’impact des contaminants sur les protéines produites par les souris et les micro-organismes des flores intestinales (de souris ou humanisées), en comparaison avec les souris témoins. Cette étude nous apportera des informations sur l’état de santé de l’intestin et sur les interactions de la flore intestinale avec l’organisme hôte.
Quels sont les bénéfices susceptibles de découler de ce projet?
Note de l'OXA. Le formulaire européen demande les bénéfices « susceptibles de découler » du projet. Il appelle donc une projection, et il l'obtient : ce que le laboratoire écrit ici est ce qu'il espère, avant d'avoir commencé. Deux chercheuses ont repris six corpus d'études précliniques déjà menées et pesé les dommages réellement infligés aux animaux contre les bénéfices cliniques réellement obtenus : moins de 7 % de ces études ressortaient défendables (Pound et Nicol, 2018).
Ce projet permettra de mieux comprendre comment trois contaminants peuvent modifier le microbiote intestinal et altérer le fonctionnement de l’organisme. Les résultats permettront notamment d’identifier les changements dans la composition du microbiote, son activité et la réponse de l’organisme après exposition à ces substances. En mettant ces différents changements en relation, nous chercherons à mieux comprendre comment l’exposition à des substances toxiques peut perturber l’équilibre du microbiote et contribuer au développement de certaines maladies. Les résultats obtenus pourront contribuer à améliorer l’évaluation des risques liés à ces contaminants et à mieux protéger la santé humaine et animale, dans une approche « Une seule santé ». Le projet permettra également de développer des méthodes et des outils d’analyse facilitant l’utilisation de la métaprotéomique pour étudier les perturbations du microbiote, afin de mieux prendre en compte ces effets dans l’évaluation des risques liés aux contaminants.
Nuisances prévues
À quelles procédures les animaux seront-ils soumis en règle générale?
Note de l'OXA. La formule « en règle générale » autorise une réponse générale, et c'est l'un des points sur lesquels les examens de qualité trouvent ces documents défaillants. Cruelty Free International a établi en 2018 que les résumés allemands et britanniques, les seuls examinés à ce jour, décrivaient mal ce qui est fait aux animaux et ce que ceux-ci pourraient éprouver (Taylor et al., 2018). L'adoption d'un modèle commun européen a nettement amélioré le premier point, à peine le second (Taylor et al., 2024).
Seules les souris axéniques au départ (souris à flore humanisée) subiront un seul gavage qui ne durera pas plus d’une minute. Le gavage sera effectué sur des animaux éveillés et ne sera réalisé qu’une seule fois pour l’inoculation du microbiote d’origine humaine. L’administration des contaminants se fera par l’alimentation pendant toute la durée de l’exposition (28 jours), après l’inoculation du microbiote et sa stabilisation (sauf pour les animaux avec aliment témoin). Des échantillons de matières fécales (1 à 2 crottes) seront prélevés chez l’ensemble des souris une fois par semaine entre leur arrivée et le démarrage de la supplémentation, puis deux fois par semaine jusqu’à la fin de l’étude.
Quels sont les effets/effets indésirables prévus sur les animaux et la durée de ces effets?
Note de l'OXA. C'est l'endroit du document où les animaux devraient apparaître, et c'est celui qui résiste. Cruelty Free Europe a mesuré en 2024 que cinq des six éléments attendus sur les dommages prévus progressaient depuis l'adoption d'un modèle commun européen. Les effets indésirables sont le sixième : 41 % des résumés allemands et 48 % des britanniques les décrivent complètement. Les auteurs relèvent aussi des effets présentés comme minimes sur des projets classés modérés ou sévères (Taylor et al., 2024). Ces deux pays sont les seuls dont les résumés ont été examinés. Les résumés français relèvent du même modèle européen, et leur qualité n'a jamais été mesurée.
Le gavage, qui pourrait constituer une source de stress pour les animaux, sera réalisé par un opérateur expérimenté afin d’assurer la sécurité des animaux et de réduire leur inconfort lors de la contention. L’administration des contaminants se fera par l’alimentation pendant toute la durée de l’exposition, après inoculation du microbiote et sa stabilisation (sauf pour les animaux avec aliment témoin). Elle ne devrait pas induire de nuisances pour les animaux ni provoquer de perturbation au niveau de la faim et de la soif. Les opérateurs sauront rapidement repérer d’éventuels signes cliniques afin de limiter leur souffrance.
Justifier le sort prévu des animaux à l’issue de la procédure.
Note de l'OXA. Le formulaire demande de justifier ce sort, non de le décrire. L'analyse dommage-avantage que la directive impose au comité d'éthique porte sur « la souffrance, la douleur et l'angoisse » infligées aux animaux (directive 2010/63/UE, art. 38). Quand ce sort est la mise à mort, celle-ci ne figure donc pas parmi les dommages que le comité met en balance avec les bénéfices annoncés. L'OXA écrit « mise à mort » plutôt que « sacrifice », qui emprunte au registre du don consenti, ou « euthanasie », qui désigne une mort décidée dans l'intérêt de celui qui meurt.
À la fin de la procédure, l’ensemble des animaux sont mis à mort afin de réaliser des analyses protéomiques sur leurs tissus intestinaux.
Application de la règle des "3R"
1. Remplacement
Note de l'OXA. La directive demande au résumé « une démonstration de la conformité » aux exigences de remplacement, de réduction et de raffinement (directive 2010/63/UE, art. 43). C'est donc le demandeur qui démontre sa propre conformité, dans le document même qui sollicite l'autorisation. Cette démonstration peut prendre la forme d'une affirmation qu'aucune méthode de substitution n'existe, que le document n'a pas à sourcer. Ces trois exigences sont par ailleurs subordonnées à l'objectif du projet : elles cherchent à remplacer les animaux dans un projet donné, elles n'interrogent pas ce projet.
À ce jour, il est difficile de reproduire complètement les interactions entre le microbiote intestinal et l’organisme avec des modèles cellulaires. L’intestin est en effet un système complexe qui fait intervenir plusieurs éléments, notamment la digestion, le système immunitaire et le microbiote. Pour les contaminants présents dans les aliments, des méthodes de laboratoire sont de plus en plus développées afin de reproduire ces interactions. Cependant, il reste nécessaire d’étudier leurs effets chez l’animal afin de prendre en compte l’ensemble des mécanismes se produisant après l’ingestion d’un contaminant, ainsi que leurs conséquences sur les protéines présentes dans l’intestin.
2. Réduction
Note de l'OXA. La réduction dont il est question ici porte sur le nombre d'animaux par groupe expérimental, calculé pour que l'analyse statistique tienne. Le total annoncé dans la fiche est une estimation portant sur une autorisation de cinq ans au maximum (code rural, art. R214-123) : il ne dit pas combien d'animaux seront effectivement utilisés, et il ne se rapporte pas à une année.
Nous avons réduit au minimum le nombre de souris par lot, à savoir 10 souris (5 mâles et 5 femelles) réparties dans 4 lots pour les souris conventionnelles et 4 lots pour les souris à flore humanisée. Ces lots sont eux-mêmes subdivisés en 4 groupes de traitement (comprenant le groupe contrôle de chaque flore et chaque sexe), soit un total de 5 x 2 (sexes) x 4 (lots contaminés ou de contrôle) x 2 (flore murine ou humanisée) = 80 souris nécessaires à cette étude pour obtenir la puissance statistique suffisante, tout en réduisant au maximum le nombre d’animaux, en tenant compte de la variabilité des données métaprotéomiques pour les effets de la flore, du traitement et du sexe.
3. Raffinement
Note de l'OXA. Le raffinement nomme une amélioration technique de la procédure, sans dire ce qu'elle change pour l'animal qui la subit. La réglementation impose d'atténuer la douleur, dans une limite qu'elle inscrit elle-même : « pour autant que cela soit compatible avec la finalité de la procédure expérimentale » (code rural, art. R214-109). Ce qui reste de souffrance après cette limite est autorisé. Le raffinement ne porte par ailleurs que sur la procédure : les souffrances de la captivité elle-même, confinement, bruit, lumière, manipulations d'entretien, ne relèvent d'aucun des trois R.
Le transport des animaux sera assuré par un transporteur agréé garantissant leur bien-être. À leur arrivée dans nos locaux, ils seront hébergés par groupe de cinq (mâles et femelles séparés) dans des cages. Pour les animaux axéniques, les cages seront à l’intérieur d’un isolateur avec une ventilation adéquate. Les animaux auront à leur disposition de la litière en bois, un palier et un tunnel suspendu, des igloos, des matériaux pour la nidification et d’autres matériaux d’enrichissement tout au long du protocole. Une observation quotidienne de l’état clinique des animaux sera assurée, avec utilisation d’une grille de scoring pour la détection des points limites. Le seuil de déclenchement est fixé selon un score défini au préalable et qui tient compte des signes éventuels de mal-être (isolement, yeux fermés, dos voûté, poils hérissés, immobilité, consistance des fèces, perte de poids de plus de 15 %, déshydratation, yeux et abdomen creux) suffisamment prédictifs et spécifiques à ce projet.
Expliquer le choix des espèces et les stades de développement y afférents.
Note de l'OXA. Le dossier d'autorisation demande de justifier l'origine des animaux, leur espèce, leur nombre estimé et leur stade de développement (arrêté du 1er février 2013, art. 5). La justification attendue est technique : elle porte sur l'adéquation de l'espèce à l'objectif poursuivi. Ce que l'appartenance à une espèce autorise à faire subir à un individu est une question morale, et le formulaire ne la pose pas. L'appartenance à une espèce, prise seule, ne fonde pourtant pas de différence de statut moral entre des individus également capables de souffrir.
La souris est un modèle couramment utilisé pour étudier les perturbations du microbiote intestinal. La souche utilisée est particulièrement bien documentée et permet de reproduire et d’étudier ces perturbations dans des conditions contrôlées. Elle permet notamment d’administrer facilement des contaminants dans l’alimentation, de contrôler les doses utilisées et de suivre l’évolution de la perturbation du microbiote ainsi que son éventuel retour à l’équilibre. Les souris axéniques, c’est-à-dire dépourvues de microbiote, constituent également un modèle reconnu pour étudier le rôle du microbiote humain et ses interactions avec l’organisme. Leur utilisation dans ce projet est cohérente avec la première partie de l’étude qui utilise la même souche de souris, mais avec un microbiote normal. Les souris axéniques auront 5 semaines à leur arrivée et commenceront le traitement à l’âge de 9 semaines. Cet âge correspond au début de la maturité sexuelle et au stade « jeune adulte » chez la souris. Il est adapté aux objectifs du projet, les perturbations du microbiote intestinal étudiées concernant notamment cette période de la vie. Les souris conventionnelles seront également traitées à partir de l’âge de 9 semaines afin de conserver les mêmes conditions d’âge entre les différents groupes.