Projet autorisé, résumé publié en janvier 2023 · Rédigé par le laboratoire au stade de la demande d'autorisation
Colisier : « Évaluation d’une méthodologie de surveillance de l’antibiorésistance dans les effluents d’élevages bovins laitiers »
40 bovins soumis à des fouilles rectales répétées, pour surveiller l'antibiorésistance dans les effluents d'élevages laitiers.
40 animaux (bovins) · souffrance légère
Ce document a été rédigé avant l'expérience. Les souffrances qu'il décrit sont prévues et autorisées. Les bénéfices qu'il annonce sont espérés.
Les résumés non techniques ne rendent jamais compte des résultats obtenus, et aucune appréciation rétrospective n'est publiée en France. Rien ne permet donc de savoir si les bénéfices annoncés ont été atteints.
40 bovins vont être utilisés, 20 vaches et 20 veaux, dans des procédures impliquant un niveau de souffrance léger, sans mise à mort. Ils subissent des prélèvements de fèces par fouille rectale toutes les deux semaines pendant la période d’hivernage, un geste estimé à moins de deux minutes. Le porteur indique qu’aucune souffrance ni douleur n’est attendue et que tous les animaux reprennent leur place dans le troupeau. L’objectif déclaré est de tester une méthode de surveillance de l’antibiorésistance dans les effluents d’élevage laitier.
Résumé produit par un modèle de langage à partir du seul texte du laboratoire, selon une méthode arrêtée par l’OXA. Publié sans relecture individuelle préalable, sous la responsabilité de l’association, et corrigé au fil des relectures.
Ces résumés sont rédigés par les laboratoires à des fins de communication. Leurs affirmations scientifiques ne sont ni sourcées ni relues par les pairs. Les documents qui décrivent en détail les projets et les établissements, dossiers de demande d'autorisation et rapports d'inspection, s'obtiennent sur demande, et l'administration y occulte des passages, parfois au-delà de ce que les juridictions admettent. → Comment lire un résumé non technique
Résumé non technique d'un projet d'expérimentation animale publié sur ALURES le 2023-01-16 00:00:00
("EC NTS/RA identifier" : NTS-FR-511064)
Objectifs et bénéfices escomptés du projet, selon le laboratoire
Réponses rédigées par le laboratoire demandeur, à des fins de communication. Elles ne sont ni sourcées ni relues par des pairs.
Décrire les objectifs du projet.
Note de l'OXA. Cette question est celle du formulaire européen de résumé non technique. Elle est posée au laboratoire qui demande l'autorisation, et sa réponse est écrite avant que la première procédure commence (arrêté du 1er février 2013, art. 5). Ces objectifs servent à justifier l'utilisation des animaux devant le comité d'éthique. Aucun document public ne dira ensuite s'ils ont été atteints : la directive permet aux États de faire mettre à jour le résumé avec les résultats de l'appréciation rétrospective (directive 2010/63/UE, art. 43), la base européenne prévoit de les recevoir, et aucune entrée française n'en porte (base ALURES).
Dans quel but fait-on ça ? · Comment lire un résumé non technique
Texte du laboratoire demandeur, reproduit tel quel
A l’heure actuelle, la gestion des effluents d’élevage s’intéresse presque exclusivement à minimiser le risque de pollution azotée. Cependant, l’épandage de fumier et de lisier peut également entraîner la dissémination de gènes de résistance aux antibiotiques dans l’environnement, la pollution des sols et des cultures avoisinantes par des pathogènes zoonotiques, et la pollution des pâturages par des pathogènes animaux, participant ainsi à leur transmission au niveau du troupeau. Le suivi microbiologique des effluents d’élevage pourrait permettre de mieux maîtriser ces risques sanitaires dans une approche de santé globale, où la santé de l’Homme, des animaux et de l’environnement sont interdépendants. Pour pouvoir mettre en place un suivi des bactéries résistantes aux antibiotiques et de leur virulence dans les effluents et identifier des points de contrôle, il est nécessaire de connaître en amont les niveaux de contamination dans les différentes matrices et la méthodologie la plus adaptée pour suivre ces niveaux de contamination (période de prélèvement, types de matrices, méthodes d’analyse, etc.). C’est l’objet de ce projet, qui s’intéressera en particulier à Escherichia coli.
Quels sont les bénéfices susceptibles de découler de ce projet?
Note de l'OXA. Le formulaire européen demande les bénéfices « susceptibles de découler » du projet. Il appelle donc une projection, et il l'obtient : ce que le laboratoire écrit ici est ce qu'il espère, avant d'avoir commencé. Deux chercheuses ont repris six corpus d'études précliniques déjà menées et pesé les dommages réellement infligés aux animaux contre les bénéfices cliniques réellement obtenus : moins de 7 % de ces études ressortaient défendables (Pound et Nicol, 2018).
Est-ce « inutile » ou « nécessaire » ? · Comment lire un résumé non technique
Texte du laboratoire demandeur, reproduit tel quel
Le suivi microbiologique des effluents d’élevage pourrait permettre de mieux maîtriser ces risques sanitaires dans une approche se santé globale, où la santé de l’Homme, des animaux et de l’environnement sont interdépendants.
Nuisances prévues, selon le laboratoire
Réponses rédigées par le laboratoire demandeur, à des fins de communication. Elles ne sont ni sourcées ni relues par des pairs.
À quelles procédures les animaux seront-ils soumis en règle générale?
Note de l'OXA. La formule « en règle générale » autorise une réponse générale, et c'est l'un des points sur lesquels les examens de qualité trouvent ces documents défaillants. Un examen publié en 2018 a établi que les résumés allemands et britanniques décrivaient mal ce qui est fait aux animaux et ce que ceux-ci pourraient éprouver (Taylor et al., 2018). L'adoption d'un modèle commun européen a nettement amélioré le premier point, à peine le second (Taylor et al., 2024).
Le droit d'accès aux documents · Comment lire un résumé non technique
Texte du laboratoire demandeur, reproduit tel quel
Des prélèvements de fèces par fouille rectale seront pratiqués toutes les deux semaines sur 20 vaches et 20 veaux pendant la période d’hivernage des animaux (15/11 au 15/03). Le prélèvement de fèces est réalisé en moins de deux minutes.
Quels sont les effets/effets indésirables prévus sur les animaux et la durée de ces effets?
Note de l'OXA. C'est l'endroit du document où les animaux devraient apparaître, et c'est celui qui résiste. Un nouvel examen, publié en 2024, a mesuré que cinq des six éléments attendus sur les dommages prévus progressaient depuis l'adoption d'un modèle commun européen. Les effets indésirables sont le sixième : 41 % des résumés allemands et 48 % des britanniques les décrivent complètement. Les auteurs relèvent aussi des effets présentés comme minimes sur des projets classés modérés ou sévères (Taylor et al., 2024). Ces mesures portent sur l'Allemagne et le Royaume-Uni. L'examen de 2018 classait la France parmi les pays les moins bons pour l'identification, l'accessibilité et la qualité de ses résumés, sans les noter rubrique par rubrique (Taylor et al., 2018). Les résumés français suivent aujourd'hui le modèle européen commun.
Les animaux souffrent-ils ? · Comment lire un résumé non technique
Texte du laboratoire demandeur, reproduit tel quel
Les prélèvements de fèces seront réalisés par fouille rectale par un animalier expérimenté, formé afin de maîtriser la technique et effectuer le prélèvement avec douceur. Si l’animal défèque spontanément, les fèces émises seront collectées et échantillonnées directement afin d‘éviter la fouille rectale. Le temps nécessaire au prélèvement fécal est estimé à deux minutes maximum. L’utilisation de gel lubrifiant n’est pas possible dans la mesure où celui-ci contaminerait l’échantillon prélevé et rendrait impossible l’exploitation des résultats des analyses. L’évaluation de la gêne ou éventuellement de la douleur générée par la fouille rectale est faite par observation du comportement des animaux : 1) Pendant la fouille : état calme et animal statique ; 2) Après la fouille : reprise d’une posture normale, état calme de l’animal. Les techniciens intervenants sur ce type de prélèvement ayant une expérience significative, nous n’avons jamais observé de complications nécessitants l’usage de médicaments ou l’intervention d’un vétérinaire.
Justifier le sort prévu des animaux à l’issue de la procédure.
Note de l'OXA. Le formulaire demande de justifier ce sort, non de le décrire. L'analyse dommage-avantage que la directive impose au comité d'éthique porte sur « la souffrance, la douleur et l'angoisse » infligées aux animaux (directive 2010/63/UE, art. 38). Quand ce sort est la mise à mort, celle-ci ne figure donc pas parmi les dommages que le comité met en balance avec les bénéfices annoncés. L'OXA écrit « mise à mort » plutôt que « sacrifice », qui emprunte au registre du don consenti, ou « euthanasie », qui désigne une mort décidée dans l'intérêt de celui qui meurt.
Peut-on parler d'éthique en expérimentation animale ? · Comment lire un résumé non technique
Texte du laboratoire demandeur, reproduit tel quel
Aucune souffrance ni douleur n’est attendue à l’issur des prélèvements de fèces. L’ensemble des animaux reprendra place dans le troupeau.
Application de la règle des "3R", selon le laboratoire
Réponses rédigées par le laboratoire demandeur, à des fins de communication. Elles ne sont ni sourcées ni relues par des pairs.
1. Remplacement
Note de l'OXA. La directive demande au résumé « une démonstration de la conformité » aux exigences de remplacement, de réduction et de raffinement (directive 2010/63/UE, art. 43). C'est donc le demandeur qui démontre sa propre conformité, dans le document même qui sollicite l'autorisation. Cette démonstration peut prendre la forme d'une affirmation qu'aucune méthode de substitution n'existe, que le document n'a pas à sourcer. Ces trois exigences sont par ailleurs subordonnées à l'objectif du projet : elles cherchent à remplacer les animaux dans un projet donné, elles n'interrogent pas ce projet.
Comment avancer vers la fin de l'expérimentation animale ? · Comment lire un résumé non technique
Texte du laboratoire demandeur, reproduit tel quel
Ce projet s’intéresse à la dynamique du microbiote fécal et du microbiote du fumier dans le temps dans une ferme. Ce système naturel complexe ne peut actuellement être remplacé par la culture bactérienne ou la modélisation, étant donné qu’il s’agit de le décrire.
2. Réduction
Note de l'OXA. La réduction dont il est question ici porte sur le nombre d'animaux par groupe expérimental, calculé pour que l'analyse statistique tienne. Le total annoncé dans la fiche est une estimation portant sur une autorisation de cinq ans au maximum (code rural, art. R214-123) : il ne dit pas combien d'animaux seront effectivement utilisés, et il ne se rapporte pas à une année.
Texte du laboratoire demandeur, reproduit tel quel
Pour cette étude, nous devons comparer les variations de la composition du microbiote intestinal et des gènes de résistance aux antibiotiques avec les variations du microbiote du lisier et du fumier. Lisier et le fumier étant collectés à l’échelle du troupeau, nous avons besoin des fecès d’un nombre suffisant d’animaux pour représenter de manière robuste les variations de la composition du microbiote intestinal à l’échelle du troupeau. La variabilité interindividuelle sur la composition du microbiote et la production d’E.coli est le principal facteur à prendre en compte : plus elle est élevée, plus le nombre d’animaux à prélever pour pouvoir représenter le troupeau est important. De plus, dans une exploitation laitière, veau et vaches laitières composent deux groupes distincts : les veaux sont élevés à part et concentrent une grande partie des problèmes d’excrétion d’E.coli et d’antibiorésistance. La gestion sanitaire du troupeau de veaux et de vaches laitières sont généralement distinct et leurs effluents peuvent également être traités différemment. Chez le veau, dont le microbiote intestinal est en cours d’établissement et qui sont souvent soumis à des problèmes de diarrhées, la variabilité interindividuelle dans la composition du microbiote est très forte. Certains veaux peuvent également excréter un taux élevé d’E. coli. En conséquence, la majeure partie du cheptel présent sera collectée afin de pouvoir représenter le troupeau (20 individus). Pour les vaches adultes, la variabilité interindividuelle est plus faible car le microbiote est considéré comme « à l’équilibre ». D’après notre expérience dans l’identification des communautés microbiennes dans les feces, nous estimons qu’un prélèvement d’environ 10% du troupeau de vaches laitières présentes (20 adultes sur 170) est le strict minimum pour estimer de manière robuste les variations de la composition du microbiote intestinal à l’échelle du troupeau, sans remettre en cause la fiabilité statistique des résultats obtenus. Les données seront traitées selon des modèles linéaires mixtes et des modèles non linéaires, avec la variable d’intérêt à expliquer (prévalence d’E. Coli, quantité de gènes de resistance) en fonction de différentes variables explicatives (individu, matrice prélèvement, pH, Température, traitement antibiotique) prises seules ou en association.
3. Raffinement
Note de l'OXA. Le raffinement nomme une amélioration technique de la procédure, sans dire ce qu'elle change pour l'animal qui la subit. La réglementation impose d'atténuer la douleur, dans une limite qu'elle inscrit elle-même : « pour autant que cela soit compatible avec la finalité de la procédure expérimentale » (code rural, art. R214-109). Ce qui reste de souffrance après cette limite est autorisé. Le raffinement ne porte par ailleurs que sur la procédure : les souffrances de la captivité elle-même, confinement, bruit, lumière, manipulations d'entretien, ne relèvent d'aucun des trois R.
La réglementation est-elle « très stricte » ? · Comment lire un résumé non technique
Texte du laboratoire demandeur, reproduit tel quel
Les conditions de logement des animaux en stabulation répondent aux exigences réglementaires et vont même au-delà grâce à des équipements pemettant un confort optimum des vaches (matelas, brosses) et un suivi fin de leur santé et de leur bien-être (outils d’élevage de précision). Le recours à des procédures faiblement invasives, mises en oeuvre par du personnel formé et habitué à ces prélèvements, assure que ceux-ci se feront dans les meilleures conditions possibles pour les animaux.
Expliquer le choix des espèces et les stades de développement y afférents.
Note de l'OXA. Le dossier d'autorisation demande de justifier l'origine des animaux, leur espèce, leur nombre estimé et leur stade de développement (arrêté du 1er février 2013, art. 5). La justification attendue est technique : elle porte sur l'adéquation de l'espèce à l'objectif poursuivi. Ce que l'appartenance à une espèce autorise à faire subir à un individu est une question morale, et le formulaire ne la pose pas. L'appartenance à une espèce, prise seule, ne fonde pourtant pas de différence de statut moral entre des individus également capables de souffrir.
Spécisme et expérimentation animale · Comment lire un résumé non technique
Texte du laboratoire demandeur, reproduit tel quel
L’étude porte sur le suivi microbiologique des effluents d’élevage ruminant. 20 veaux : Chez le veau, dont le microbiote intestinal est en cours d’établissement et qui sont souvent soumis à des problèmes de diarrhées, la variabilité interindividuelle dans la composition du microbiote est très forte. Certains veaux peuvent également excréter un taux élevé d’E. coli. En conséquence, la majeure partie du cheptel présent sera collectée afin de pouvoir représenter le troupeau (20 individus). 20 vaches : Pour les vaches adultes, la variabilité interindividuelle est plus faible car le microbiote est considéré comme « à l’équilibre ». Nous estimons qu’un prélèvement d’environ 10% du troupeau de vaches laitières présentes (20 adultes sur 170) est le strict minimum pour estimer de manière robuste les variations de la composition du microbiote intestinal à l’échelle du troupeau.