Bovins

Déjà utilisés pour la plupart dans des procédures expérimentales de gravité légère ou modérée, ou en surnombre dans des élevages, 1 915 animaux non-humains de quinze espèces vont être utilisés pour former le personnel d'un établissement dont les études visent la mise sur le marché de vaccins et de médicaments vétérinaires, dans des procédures impliquant un niveau de souffrance léger. Parmi eux figurent 500 souris, 400 hamsters dorés, 400 poules, 100 cochons et 100 dindes, et aussi des bovins, des moutons, des chèvres, des chiens, des chats, des lapins, des cobayes, des rats et des gerbilles. Sous tutorat, les apprenants s'exercent à la contention, aux administrations et aux prélèvements, sur des individus éveillés ou anesthésiés, et le porteur décrit un acte pratiqué juste avant la mise à mort de fin de procédure expérimentale. La majorité est ensuite mise à mort, et les jeunes individus commandés exprès "pourront être réutilisés ou placés", selon le porteur, alors que le champ du devenir n'en déclare aucun placé et 50 réutilisés, tous chiens, chats, cochons, chèvres, moutons ou bovins.

Objectifs

Le projet a pour objectif de former le personnel sur les actes techniques pratiqués sur toutes les espèces de l’établissement utilisateur. La plupart des actes de formation s’effectuent sous tutorat lors des procédures expérimentales. L’acte est évalué sans gravité pour l’animal et est pratiqué juste avant une euthanasie de fin de procédure expérimentale. Dans la mesure du possible les animaux utilisés dans ce projet proviennent de procédures expérimentales de gravité « Léger » ou « Modéré ». Dans le cas de formation sur jeunes animaux, les animaux seront commandés spécifiquement pour ce projet et ceux-ci pourront être réutilisés ou placés. Des animaux surnuméraires de procédures expérimentales ou d’élevages pourront être utilisés dans ce projet après avoir étudié toutes les possibilités d’utilisations ou de placement.

Bénéfices attendus

L’objectif étant de former du personnel compétent pour utiliser les modèles animaux à des fins scientifiques et garantir la fiabilité des études qui premettent de commercialiser des vaccins et des produits pharmaceutiques vétérinaires.

Procédures

Toutes les formations s’effectuent sous tutorat. Les actes de formation peuvent porter sur la contention de l’animal, des apprentissages d’administrations ou de prélèvements. En fonction des actes l’animal peut être vigile ou anesthésié. Tous ces actes s’effectuent en quelques minutes et en respect de l’animal.

Impact sur les animaux

Les animaux peuvent présenter une légère augmentation de stress due aux actes techniques et aux manipulations.

Devenir

Dans la majorité des cas les animaux sont euthanasiés après leur réutilisation en formation. Dans quelques cas, les animaux peuvent être utilisés plusieurs fois en formation.

Remplacement

La formation du personnel est assurée par du tutorat lors de procédures expérimentales ou sur des modèles n’utilisant pas l’animal (silicone, informatique, tissus…). Néanmoins, il est parfois indispensable d’avoir recours à des animaux lorsque cet objectif ne peut être atteint par d’autres approches.

Réduction

Il n’y a pas de justification à augmenter les effectifs d’animaux pour la formation, le nombre sera donc réduit au plus juste. Les animaux utilisés pour la formation sont des animaux qui ont déjà été utilisés dans la grande majorité des cas.

Raffinement

L’utilisation d’animaux pour des formations spécifiques ne sont mises en œuvre que lorsque la formation souhaitée ne peut être acquise autrement. La période de formation est toujours supervisée par un tuteur. L'acte de formation est pratiqué sur animal vigile une fois que l'acte est maitrisé sur cadavre ou animal anesthésié, ceci permet au tuteur d'évaluer la maitrise de l'opérateur en condition d'étude. A ce niveau l'acte ne requiert aucune anesthésie ou analgésie. Les points limites mis en place sont des points limites généraux liés à l'espèce. Le personnel est compétent pour identifier les cas pour lesquels l’animal n’est plus dans sa zone de confort. Tous les animaux utilisés pour la formation sont hébergés en groupe. Des enrichissements adaptés du milieu ont été mis en place dans les hébergements. La Structure du Bien-Etre Animal (SBEA) garantit l’amélioration des techniques de soins et des conditions de vie pour les animaux.

Choix des espèces

La formation doit se faire sur l’espèce concernée Le stade de développement des animaux utilisés pour ce projet, sera identique à celui des animaux utilisés dans les procédures expérimentales

24 bovins, veaux et vaches, vont être utilisés dans des procédures impliquant un niveau de souffrance léger, tous replacés dans leur élevage à l'issue. Chaque animal subit deux prises de sang de 80 mL à la veine jugulaire sous contention, répétées à une semaine d'intervalle, le sang servant à comparer in vitro la réponse immunitaire des jeunes et des adultes. Le porteur indique un léger stress de contention et des hématomes possibles, et présente cette étude sur sang prélevé comme une première étape. Il affirme que ces données justifieront ensuite des études in vivo pour lutter contre deux maladies bovines, cryptosporidiose et leptospirose.

Objectifs

La cryptosporidiose et la leptospirose sont deux zoonoses négligées et ré-émergentes particulièrement importantes dans les pays en voie de développement. Elles sont également des maladies de l’élevage bovin, la cryptosporidose étant responsable de diarrhées sévères chez le veau naissant et la leptospirose provoquant des hépatites, néphrites et des avortements chez la vache adulte. Que ce soit pour l’humain ou l’animal, les moyens de lutte contre ces pathogènes ou la vaccination sont inexistants, la recherche de nouveaux moyens de contrôle est donc indispensable. La stimulation du système immunitaire inné est une approche prometteuse pour contrôler de manière non spécifique des maladies infectieuses. En effet, elle induit une réponse immunitaire non spécifique à la fois immédiate (quelques heures) ainsi qu’une réponse mémoire (plusieurs mois) décrite très récemment sous le concept « d’immunité entrainée ou trained immunity ». Dans un objectif très général de stimuler le système immunitaire de l’animal de manière non spécifique dès son plus jeune âge pour lui fournir un potentiel immunitaire efficace tout au long de sa vie, il est nécessaire d’évaluer si une immunité innée entrainée peut être induite chez les jeunes individus. Dans un premier temps, des approches in vitro, telles que celles réalisées chez l’humain, peuvent être mises en place pour répondre à cette question. Ainsi l’objectif du projet est de comparer le potentiel de réponses à court terme et long terme (immunité entrainée) des monocytes sanguins de jeunes veaux à celui des monocytes sanguins de vaches adultes lors d’une stimulation de la réponse immunitaire innée.

Bénéfices attendus

Cette approche in vitro pour évaluer la capacité des jeunes animaux à développer un réponse immunitaire innée mémoire (ou immunité entrainée) apportera des données préliminaires solides qui justifieront de réaliser des études in vivo par la suite pour valider l’efficacité des réponses induites par la stimulation des récepteurs de la réponse immunitaire innée pour lutter contre les infections. L'objectif de comparer les réponses immunes entre les cellules sanguines de veau à celles d'adulte, est une première approche in vitro servant à évaluer si une stimulation du système immunitaire innée du jeune veau pourrait être aussi efficace que celle réalisée in vivo chez l'adulte.

Procédures

Des prélèvements de sang à la veine jugulaire seront réalisés sur les animaux sous légère contention (cornadis pour les vaches adultes). L’intervention dure de 4 à 5 minutes par animal avec un opérateur entrainé (sur chaque animal, deux prélevements de sang (8 x 10mL)). Pour chaque animal, ce même prélèvement sera réalisé à deux reprises, à une semaine d'intervalle.

Impact sur les animaux

Lorsqu'elle est réalisée par du personnel qualifié, la prise de sang (80 mL) dure maximum 5 minutes. La contention pendant la prise de sang peut générer un léger stress. La prise de sang peut aussi générer des hématomes.

Devenir

Les animaux sont replacés (dans leur élevage d’origine), il seront ré-utilisés pour d'autres éxpérimentations.

Remplacement

Etudier le potentiel de réponses immunitaires du sang d’un individu est une première approche en immunologie avant de pouvoir étudier une réponse immunitaire dans un site infecté tel que les muqueuses pour lequel un sacrifice ou un prélèvement invasif serait nécessaire. Comme chez l’humain, le prélèvement de sang est une méthode courante et peu invasive qui permet de ne pas porter atteinte à l’intégrité de l’individu lorsqu’il est réalisé par du personnel qualifié, en respectant l’individu et en respectant les volumes et les fréquences de prélèvements préconisés.

Réduction

6 veaux et 6 adultes seront utilisés (par an) pour réaliser (1) des comparaisons de compositions cellulaires (variable quantitative = nombre de cellules) entre les jeunes et les adultes (2) des incubations des cellules sanguines pour les stimuler ensuite avec différents ligands des récepteurs de l'immunité innée . Le nombre d'animaux (n=6) pour cette étude a été choisi à l'identique de ce qui est réalisé avec du sang humain pour analyser la "trained immunity".

Raffinement

Pour réaliser les prélèvements de sang, les animaux seront manipulés en douceur et seront bien massés sur la zone de ponction. Pour les attirer et les récompenser après les prélèvements, ils recevront du concentré. Ils sont maintenus dans leur environnement habituel (en groupe, logement sur paille, avec foin de qualité).

Choix des espèces

Ce projet est basé sur les bovins car les maladies étudiées dans le cadre du projet (cryptosporidiose et leptospirose) sont deux zoonoses qui affectent l’élevage des bovins et pour lesquels les moyens prophylactiques et thérapeutiques sont peu efficaces ou inexistants. Pour contrôler la cryptosporidiose des jeunes veaux (3 premières semaines de vie), aucun vaccin n’est disponible et l’Halocur est efficace mais uniquement lorsqu’il est administré en préventif, ce qui réduit son utilisation par les éleveurs. Aucun vaccin ni aucun traitement spécifique ne sont disponibles en France pour lutter contre la leptopsirose bovine. Ainsi, pour l'étude nous demandons à avoir accès à du sang de veaux femelles qui seront agées entre 6 et 15 jours (période de sensibilité à la cryptosporidose) et de vaches adultes (au même stade physiologique (idéalement génisses avant première lactation)).

40 vaches laitières vont être utilisées dans des procédures impliquant un niveau de souffrance léger, puis réintégrées au troupeau de la ferme expérimentale. Elles subissent huit prises de sang à la queue et un enregistrement de leurs comportements, dans un protocole qui restreint volontairement leur accès à l'eau pour reproduire des pratiques d'élevage courantes. Le porteur reconnaît qu'un des traitements induira une compétition accrue aux abreuvoirs et un risque de mammites, et cherche à savoir si les vaches les plus dominées manquent d'eau. Le projet, classé en recherche sur le bien-être animal, teste donc l'effet d'une privation d'eau sur les vaches qui la subissent.

Objectifs

L’absence de soif est un critère indispensable pour assurer le bien-être des vaches laitières en élevage. L’objectif de ce projet est de mesurer l’effet sur les vaches laitières de la restriction d’accès à l’eau correspondant à des pratiques d’élevage courantes dans un nombre significatif de fermes laitières. Ces pratiques sont soit liées à de la prévention, soit associées à l’usage du robot de traite. En effet, pour éviter des mammites, les vaches peuvent être attachées au cornadis lors du repas du matin. Il a été montré qu’augmenter la durée debout post-traite jusqu’à 90-120 minutes permet d’assurer que les canaux des trayons, qui constituent une voie d’entrée des pathogènes dans les quartiers de la mamelle, se referment entre la fin de la traite et le moment où les vaches se couchent sur une litière source de contaminations microbiennes. La restriction d’accès à l’eau après la traite est aussi mise en œuvre dans certaines exploitations laitières où les vaches sont traites par robot de traite avec un accès au pâturage. Dans certaines de ces exploitations, la suppression des points d’eau à l’extérieur permet de s’assurer que les vaches reviennent au robot se faire traire parce qu’elles recherchent l’accès à l’eau dans le bâtiment. Les mesures qui seront faites dans ce projet consisteront à caractériser les comportements d’abreuvement, alimentaire et social des animaux en prenant en compte la place de chaque vache dans l’échelle hiérarchique. En effet, les connaissances plus pointues ces dernières années concernant les hiérarchies sociales entre les vaches laitières nous obligent à remettre en question les pratiques d’abreuvement actuelles afin d’être certains que les vaches les plus subordonnées des troupeaux ont bien un accès suffisant à l’eau. Il a notamment été montré que, sur les compétitions à l’auge pour l’aliment, les vaches les plus dominées peuvent avoir un accès restreint aux auges du fait de vaches plus dominantes qui peuvent monopoliser la ressource. L’hypothèse de ce projet est donc qu’un accès modérément restreint à l’eau pour un groupe de vaches puisse avoir des effets délétères plus importants sur les vaches les plus dominées du groupe.

Bénéfices attendus

L’accès à l’eau des vaches dans les fermes commerciales françaises est hétérogène. En outre, la nouvelle définition du bien-être animal décrite par l’ANSES en 2018 insiste sur la prise en compte de l’animal à échelle individuelle. Les études décrivant le comportement d’abreuvement des animaux de manière individuelle et prenant en compte la place hiérarchique des animaux dans le troupeau sont trop peu nombreuses. Du fait de l’étude de l’animal moyen dans les troupeaux laitiers, nous manquons aujourd’hui encore cruellement d’informations quant aux animaux les plus subordonnés des troupeaux dans des contextes de compétition plus ou moins élevée. Cette étude va permettre 1) D’explorer le comportement social, alimentaire et d’abreuvement des animaux à l’échelle individuelle et de la catégorie sociale, 2) Mettre en lumière des dynamiques journalières, possiblement différentes selon ces catégories et le degré de compétition pour l’eau et ainsi 3) De pouvoir étayer les connaissances avec cette approche tridimensionnelle (étude des comportements sociaux, alimentaires et d’abreuvement) qui prendra aussi en compte un panel plus large de critères comme l’étude combinée des interactions négatives et positives (souvent étudiée de manière séparée), de la rumination, de l’ingestion, de l’activité physique journalière, etc. Ces travaux pourront enfin potentiellement mettre en avant un mal-être de certains animaux et/ou de se réinterroger sur certaines pratiques d’élevage. Ils pourront à terme contribuer à affiner les recommandations actuelles relatives à l’abreuvement des vaches laitières.

Procédures

Les vaches seront soumises à 8 prises de sang dans la veine de la queue, ainsi qu’à un enregistrement de leur comportements grâce à des caméras ou des capteurs embarqués. A la fin de la procédure, toutes les vaches seront réintégrées dans le troupeau des vaches laitières de la ferme expérimentale pour retrouver une vie de vache laitière similaire à celles que l’on peut trouver dans les troupeaux commerciaux.vé

Impact sur les animaux

Un des traitements induira une compétition plus importante qu’habituellement aux abreuvoirs, avec sans doute une compétition entre les animaux au moment de la réouverture des vannes des abreuvoirs. Cependant cette pratique reste dans la gamme des niveaux de restriction couramment observée en élevage, notamment pour ceux utilisant les restrictions d’abreuvement pour que les vaches reviennent se faire traire au robot de traite. Trois des 4 traitements pourront par ailleurs engendrer un léger risque de mammites supplémentaire si les vaches non bloquées en cornadis vont se coucher trop rapidement en sortie de traite. Ce risque sera néanmoins limité par le fait que la ration sera distribuée en sortie de salle de traite et que les vaches resteront naturellement debout le temps de leur repas.

Devenir

Tous les animaux utilisés dans ce projet seront réintégrés dans le troupeau des vaches laitières de la ferme expérimentale pour retrouver une vie de vache laitière similaire à celles que l’on peut trouver dans les troupeaux commerciaux.

Remplacement

Il est impossible de remplacer les animaux vivant dans leur contexte d’élevage pour étudier les comportements d’abreuvement, d’ingestion et d’interactions sociales en dynamique dans le temps face à des pratiques de restriction d’abreuvement. Les mesures de comportements d’abreuvement, d’ingestion et d’interactions sociales dans ce contexte sont trop rares pour avoir recours à des modélisations. À ce jour, les seuls indicateurs de déshydratation physiologiques applicables sur des vaches laitières sont des teneurs sanguines (natrémie notamment), et leurs estimations nécessitent des prises de sang. L’enjeu de ce type d’expérimentation à terme est d’être en mesure de déterminer en ferme à partir de la seule description du dispositif d’abreuvement la probabilité que certains animaux puissent se trouver en situation de déshydratation. Ceci nécessitera de disposer de données sur des animaux vivants.

Réduction

Nous considérons que cette étude en carré latin 4X4 avec 40 individus est un bon compromis entre la puissance statistique requise et le nombre d’individus impliqués, d’autant plus qu’un certain nombre d’autres contraintes nous ont amenés à inclure ce nombre conséquent d’individus. La taille des groupes (10 individus) a d’abord été déterminée afin de disposer d’un groupe suffisant d’individus pour que des animaux puissent se trouver en situation de dominance au sein du groupe. Le fait de constituer préalablement des groupes homogènes en termes de hiérarchie sociale permettra par ailleurs de s’assurer de cela malgré une taille de groupe limitée par rapport à celle que l’on peut trouver en ferme classique. Pendant la semaine de caractérisation de l’échelle sociale des individus, les 40 vaches disposeront de 4 abreuvoirs connectés. D’après nos expériences passées, nous pouvons valider que disposer de 40 animaux et 4 abreuvoirs pendant une semaine va nous permettre de recenser un nombre suffisant d’interactions négatives aux abreuvoirs pour établir une hiérarchie sociale de départ robuste. Enfin, le dispositif de carré latin 4X4 nous assurera de disposer de répliqua de mesures sur 4 groupes d’individus, ce qui permettra d’envisager une certaine extrapolation de nos résultats à d’autres groupes. Ce schéma expérimental nous permet par ailleurs de prendre en compte l’effet du groupe et de la semaine expérimentale afin de mieux cerner la variabilité provenant des traitements. Les données seront analysées par analyse de variance en modèle mixte à l’aide du logiciel R en intégrant un effet aléatoire sur les individus. Nous inclurons dans le modèle l'effet des traitements, des semaines de mesures, des catégories sociales au sein des groupes d’individus sur le comportement d’abreuvement des animaux et les autres mesures grâce aux tests de Fischer propre à l’analyse de variance et à des tests de comparaison de moyennes post-hoc (Tukey).

Raffinement

Dans ce protocole, une majorité des mesures sera réalisée par des méthodes d’enregistrement sur les animaux ne nécessitant que peu de contention (capteurs sous forme de collier ou de boucle d’oreille, analyse vidéos, abreuvoirs connectés). Les prises de sang nécessaires à la caractérisation du niveau potentiel de déshydratation des animaux seront limitées au maximum en fin de semaine du carré latin à deux moments de la journée identifiés comme les plus à risque. Elles seront par ailleurs réalisées dans la veine de la queue pour limiter la contention des vaches. Par ailleurs, une grande partie des vaches du troupeau sont habituées à cette pratique et le personnel de la ferme expérimentale maîtrise les prises de sang de ce type, car il les pratique très régulièrement. Par ailleurs, la conduite d’élevage sera respectueuse du bien-être des animaux. Un suivi régulier du comportement et des paramètres indicateurs d’un mal-être des animaux sera mis en place pour détecter le plus rapidement possible tout signe de perturbations et traiter si besoin les animaux malades.

Choix des espèces

La problématique de l’étude, assez spécifique aux vaches laitières, nécessite de travailler avec cette espèce. Les vaches sont de race Prim’Holstein. Il s’agit de la race de vache laitière la plus répandue dans le monde, et les résultats de ce projet ont vocation à être diffusés au niveau international. La mise-bas et la fin de gestation affectant le comportement d’abreuvement des vaches laitières, les vaches choisies dans cette étude sont des vaches gestantes en milieu de lactation, plus représentatives du troupeau moyen laitier. Le recours des vaches en lactation est nécessaire du fait de leurs forts besoins en eau susceptibles de générer plus de compétition aux abreuvoirs que pour des vaches taries.

104 bovins de race rustique, soit 52 couples mère-veau, vont être utilisés dans des procédures impliquant un niveau de souffrance léger, puis réintégrés dans le troupeau de la ferme. Ils font l'objet de pesées mensuelles, de prises de sang, de collectes de fèces par fouille rectale et de poils, pour rechercher des signatures épigénétiques liées aux variations d'élevage au fil des saisons. Le porteur décrit des nuisances limitées à la contention et à des douleurs légères et transitoires. La finalité mêle connaissance fondamentale et objectifs technico-économiques d'optimisation des performances du troupeau.

Objectifs

Des études scientifiques, ont démontré que la santé, l’état corporel et l’environnement (stress, exposition au climat, et/ou aux toxiques) des mères au cours de la gestation, ont des effets sur le développement in utero des fœtus et sur la santé et les performances de la descendance à moyens et longs termes. Pour toutes les espèces, de l’Homme aux bovins en passant par les modèles - rongeurs, la gestation se caractérise par deux grandes périodes : le premier tiers correspond à l’acquisition de l’identité des cellules formant l’organisme (près de 200 types de cellules différents pour un individu) et à la mise en place des organes, les deux tiers suivants sont dédiés à la multiplication cellulaire et la croissance des organes avec une maturation de certaines fonctions vitales. Ces processus biologiques complexes mettent en jeu des signatures dites épigénétiques, qui s’apposent naturellement sur le génome. Ces signatures sont essentielles à l’établissement de l’identité cellulaire et sensibles à l’environnement. Dans ce sens, elles constituent une archive de l’historique de vie de l’individu. Notre projet constitue une étude inédite. Il vise l’identification de ces signatures pour une race bovine rustique, dans un contexte de conduite d’élevage, source de variations de l’environnement au cours des deux périodes-clé de la gestation en termes d’alimentation et d’exposition aux chaleurs estivales. Ainsi, le suivi de couples mère-veau tout le long de l’année permettra de rechercher les signatures épigénétiques chez les mères et les veaux autour du vêlage de printemps et d’automne. Ces nouvelles connaissances de biologie fondamentale sont nécessaires pour mieux comprendre comment le patrimoine génétique (génome) des fœtus s’adapte en termes de fonctionnement aux variations environnementales maternelles. Les signatures épigénétiques identifiées seront aussi sources d’indicateurs, utilisables comme références pour de futures évaluations des effets à longs termes de conduites d’élevage diversifiées.

Bénéfices attendus

L’originalité du projet réside dans une évaluation des effets de l’environnement sur le couple mère-veau par un suivi de signatures épigénétiques chez des vaches de race rustique. Par cette approche, nous recherchons à savoir si les variations de conduite d’élevage au cours de l’année en fonction de la saison, peuvent être enregistrées sous forme de signatures épigénétiques. En effet, au cours de l’année, les vaches sont élevées successivement en extérieur avec accès aux pâturages comme source d’alimentation et une exposition aux changements climatiques, puis en stabulation avec une distribution de fourrages dans un environnement plus contrôlé ; les naissances des veaux sont aussi saisonnées, soit au printemps soit à l’automne. La ferme expérimentale assure un suivi des couples mère-veau (données de santé, de poids et d’état corporel et de comportement) tout le long de l’année, permettant de documenter les effets de l’environnement observables sur les couples mère-veau. Le projet propose une nouvelle forme de suivi en identifiant les signatures épigénétiques révélatrices des effets des variations d’environnement chez les mères (autour de la période de vêlage) et chez les veaux (veaux de printemps et veaux d’automne). Ce sont de nouvelles connaissances de biologie fondamentale, rendues accessibles aujourd’hui, par l’avancée de les techniques d’analyse au sein de notre laboratoire. Elles amélioreront la compréhension que nous avons des capacités d’adaptation à l’environnement des animaux d’élevage : les signatures épigénétiques ainsi observées permettront d’établir des hypothèses fonctionnelles sur les mécanismes de régulation d’expression du patrimoine génétique en réponse aux variations environnementales. Les signatures épigénétiques identifiées constitueront une source d’indicateurs de l’historique de vie des individus. Cela contribuera à notre démarche visant le développement d’un nouvel outil de phénotypage de précision chez les bovins. Ces connaissances seront mobilisées pour réfléchir sur les stratégies de gestion des troupeaux à l’échelle d’élevage couplant utilisation d’une race rustique, périodes de vêlage et mécanismes d’adaptation des animaux d’élevage. Les objectifs seront l’optimisation des performances tant techniques qu’économiques associée à la préservation de la santé, du bien-être et des capacités adaptatives à diverses situations environnementales.

Procédures

Un total de 104 animaux, 52 couples mère-veau, seront inclus dans le protocole et suivis en collectant de nombreuses données observationnelles relatives à la santé et au bien-être des individus. Les animaux seront pesés mensuellement dans des installations dédiées situées sur la ferme (5 à 15 minutes par animal). De plus, des prises de sang, une collecte des fèces et de poils à des stades physiologiques déterminés fourniront les matériels biologiques nécessaires à des analyses complémentaires en laboratoire. Deux prises de sang seront effectuées chez les mères avant et après vêlage et chez les veaux avant et après sevrage (15 à 30 secondes par prise de sang). Seront réalisées une collecte de fèces par individu (avant vêlage pour les mères et avant sevrage pour les veaux ; durée = 30 à 45 secondes par animal) et une collecte de poils (avant vêlage pour les mères et avant sevrage pour les veaux ; durée = 30 à 45 secondes par animal).

Impact sur les animaux

Les nuisances sur les animaux seront limitées. Nous avons identifié un inconfort très modéré pouvant générer un stress, lié (1) à la contention des animaux lors des prélèvements et des pesées, (2) à la mise en place de la piqure lors du prélèvement de sang pouvant occasionner une douleur légère et transitoire, (3) aux prélèvements de fèces obtenus par fouille rectale chez les mères et en réponse à une stimulation rectale avec un thermomètre chez les veaux.

Devenir

Tous les couples mère-veau seront ré intégrés dans le troupeau de la ferme. Ils pourront être si nécessaire inclus dans de nouveaux protocoles puisque les nuissances de celui ci sont réduites au minimum.

Remplacement

Le projet vise à caractériser les effets environnementaux sur les individus. Il nécessite donc des approches menées in vivo. L’objet d’étude est le couple mère-veau d’une race locale et le sujet est l’adaptation de la race à son environnement. L’originalité du modèle repose sur les conditions d’élevage propres au système dans lequel cette race de vache évolue. Il ne peut donc y avoir de remplacement.

Réduction

Le nombre de vaches inclues dans le protocole (52) correspond à la totalité du nombre de vaches présentes sur la ferme expérimentale. Cet effectif est nécessaire afin de prendre en compte les aléas de la reproduction (échec de la mise en reproduction, arrêt de la gestation, gestation gémellaire) et la mortalité des veaux après vêlage (mort périnatale). Le taux moyen de productivité numérique (nombre de veaux sevrés sur nombre de vaches mises à la reproduction) sur la ferme est de 87 pour cent, ce qui fait 45 veaux attendus pour 52 vaches mises à la reproduction. En prenant l’ensemble des vaches, nous nous assurons ainsi de conserver un nombre suffisant de couples mères-veaux avec une répartition entre les groupes primipares et multipares équilibrés pour permettre une analyse statistique des données.

Raffinement

La ferme expérimentale dans laquelle les animaux sont élevés applique les principes des systèmes d’élevage agro écologiques : les vaches sont à la pâture d’avril à octobre, bénéficiant des prairies naturelles. Elles sont en stabulation de novembre à mars, afin d’assurer leur alimentation (foin et céréales autoproduites en AB). Les vaches vêlant sont rentrées au fur et à mesure des vêlages. La stabulation est équipée de brosses et les veaux disposent de guirlandes sensorielles pour leur enrichissement. Tout le personnel de la ferme est détenteur des qualifications nécessaires au suivi et aux prélèvements sur les animaux. Nous effectuerons les prises de sang à la veine sous la queue chez les adultes. Celle-ci est rapide à réaliser, peu douloureuse, avec une contention limitée pour assurer la sécurité de l’animal et celle du préleveur. Chez les veaux, il sera nécessaire de réaliser le prélèvement de sang à la veine jugulaire ; à cet âge, la veine caudale est trop fine et les vertèbres de la queue trop petites, ce qui met en péril la précision du geste. Les veaux seront régulièrement au contact avec l’homme et manipulés durant leur premier mois de vie en les maintenant en stabulation avec leurs mères après le vêlage. La ponction de sang sera de 10 ml, quantité extrêmement faible au regard du volume total de sang ; il est classiquement conseillé qu’une prise de sang n’excède pas 10% du volume de sang total. Chez les bovins on considère que le volume total de sang est de l’ordre de 70 ml/kg soit 3.5 litres chez le veau à la naissance et de 50 litres chez la vache adulte. Pour réduire la nuisance induite par la contention nécessaire pour les prélèvements et les pesées, nous ne multiplierons pas les manipulations des animaux dans les installations de contention pour les différents prélèvements. Nous réaliserons en effet les prélèvements de sang, de fèces et de poils prévus à l’occasion des mesures mensuelles de performances (pesées et notes d’état corporel). La contention des animaux sera faite dans noss installations de contention qui servent à contenir les animaux de manière à ne mettre en danger ni les animaliers, ni les animaux. Tous les prélèvements sont réalisés dans la cage de pesée animal par animal.

Choix des espèces

Il est pertinent d’utiliser pour cette étude une race bovine rustique car le monde agricole a besoin d'informations sur cette race préconisée pour le développement d'une agriculture durable et locale. Les vaches seront suivies à partir de leur mise à la reproduction (monte naturelle) jusqu’au vêlage ; les veaux seront suivis de la naissance au sevrage.

40 bovins vont être utilisés, 20 vaches et 20 veaux, dans des procédures impliquant un niveau de souffrance léger, sans mise à mort. Ils subissent des prélèvements de fèces par fouille rectale toutes les deux semaines pendant la période d'hivernage, un geste estimé à moins de deux minutes. Le porteur indique qu'aucune souffrance ni douleur n'est attendue et que tous les animaux reprennent leur place dans le troupeau. L'objectif déclaré est de tester une méthode de surveillance de l'antibiorésistance dans les effluents d'élevage laitier.

Objectifs

A l'heure actuelle, la gestion des effluents d’élevage s’intéresse presque exclusivement à minimiser le risque de pollution azotée. Cependant, l'épandage de fumier et de lisier peut également entraîner la dissémination de gènes de résistance aux antibiotiques dans l'environnement, la pollution des sols et des cultures avoisinantes par des pathogènes zoonotiques, et la pollution des pâturages par des pathogènes animaux, participant ainsi à leur transmission au niveau du troupeau. Le suivi microbiologique des effluents d'élevage pourrait permettre de mieux maîtriser ces risques sanitaires dans une approche de santé globale, où la santé de l'Homme, des animaux et de l'environnement sont interdépendants. Pour pouvoir mettre en place un suivi des bactéries résistantes aux antibiotiques et de leur virulence dans les effluents et identifier des points de contrôle, il est nécessaire de connaître en amont les niveaux de contamination dans les différentes matrices et la méthodologie la plus adaptée pour suivre ces niveaux de contamination (période de prélèvement, types de matrices, méthodes d'analyse, etc.). C’est l’objet de ce projet, qui s’intéressera en particulier à Escherichia coli.

Bénéfices attendus

Le suivi microbiologique des effluents d'élevage pourrait permettre de mieux maîtriser ces risques sanitaires dans une approche se santé globale, où la santé de l'Homme, des animaux et de l'environnement sont interdépendants.

Procédures

Des prélèvements de fèces par fouille rectale seront pratiqués toutes les deux semaines sur 20 vaches et 20 veaux pendant la période d'hivernage des animaux (15/11 au 15/03). Le prélèvement de fèces est réalisé en moins de deux minutes.

Impact sur les animaux

Les prélèvements de fèces seront réalisés par fouille rectale par un animalier expérimenté, formé afin de maîtriser la technique et effectuer le prélèvement avec douceur. Si l’animal défèque spontanément, les fèces émises seront collectées et échantillonnées directement afin d‘éviter la fouille rectale. Le temps nécessaire au prélèvement fécal est estimé à deux minutes maximum. L’utilisation de gel lubrifiant n’est pas possible dans la mesure où celui-ci contaminerait l’échantillon prélevé et rendrait impossible l’exploitation des résultats des analyses. L'évaluation de la gêne ou éventuellement de la douleur générée par la fouille rectale est faite par observation du comportement des animaux : 1) Pendant la fouille : état calme et animal statique ; 2) Après la fouille : reprise d’une posture normale, état calme de l’animal. Les techniciens intervenants sur ce type de prélèvement ayant une expérience significative, nous n’avons jamais observé de complications nécessitants l’usage de médicaments ou l’intervention d’un vétérinaire.

Devenir

Aucune souffrance ni douleur n'est attendue à l'issur des prélèvements de fèces. L'ensemble des animaux reprendra place dans le troupeau.

Remplacement

Ce projet s’intéresse à la dynamique du microbiote fécal et du microbiote du fumier dans le temps dans une ferme. Ce système naturel complexe ne peut actuellement être remplacé par la culture bactérienne ou la modélisation, étant donné qu’il s’agit de le décrire.

Réduction

Pour cette étude, nous devons comparer les variations de la composition du microbiote intestinal et des gènes de résistance aux antibiotiques avec les variations du microbiote du lisier et du fumier. Lisier et le fumier étant collectés à l’échelle du troupeau, nous avons besoin des fecès d'un nombre suffisant d'animaux pour représenter de manière robuste les variations de la composition du microbiote intestinal à l’échelle du troupeau. La variabilité interindividuelle sur la composition du microbiote et la production d’E.coli est le principal facteur à prendre en compte : plus elle est élevée, plus le nombre d’animaux à prélever pour pouvoir représenter le troupeau est important. De plus, dans une exploitation laitière, veau et vaches laitières composent deux groupes distincts : les veaux sont élevés à part et concentrent une grande partie des problèmes d’excrétion d’E.coli et d’antibiorésistance. La gestion sanitaire du troupeau de veaux et de vaches laitières sont généralement distinct et leurs effluents peuvent également être traités différemment. Chez le veau, dont le microbiote intestinal est en cours d’établissement et qui sont souvent soumis à des problèmes de diarrhées, la variabilité interindividuelle dans la composition du microbiote est très forte. Certains veaux peuvent également excréter un taux élevé d'E. coli. En conséquence, la majeure partie du cheptel présent sera collectée afin de pouvoir représenter le troupeau (20 individus). Pour les vaches adultes, la variabilité interindividuelle est plus faible car le microbiote est considéré comme « à l’équilibre ». D'après notre expérience dans l'identification des communautés microbiennes dans les feces, nous estimons qu'un prélèvement d'environ 10% du troupeau de vaches laitières présentes (20 adultes sur 170) est le strict minimum pour estimer de manière robuste les variations de la composition du microbiote intestinal à l’échelle du troupeau, sans remettre en cause la fiabilité statistique des résultats obtenus. Les données seront traitées selon des modèles linéaires mixtes et des modèles non linéaires, avec la variable d'intérêt à expliquer (prévalence d'E. Coli, quantité de gènes de resistance) en fonction de différentes variables explicatives (individu, matrice prélèvement, pH, Température, traitement antibiotique) prises seules ou en association.

Raffinement

Les conditions de logement des animaux en stabulation répondent aux exigences réglementaires et vont même au-delà grâce à des équipements pemettant un confort optimum des vaches (matelas, brosses) et un suivi fin de leur santé et de leur bien-être (outils d'élevage de précision). Le recours à des procédures faiblement invasives, mises en oeuvre par du personnel formé et habitué à ces prélèvements, assure que ceux-ci se feront dans les meilleures conditions possibles pour les animaux.

Choix des espèces

L'étude porte sur le suivi microbiologique des effluents d'élevage ruminant. 20 veaux : Chez le veau, dont le microbiote intestinal est en cours d’établissement et qui sont souvent soumis à des problèmes de diarrhées, la variabilité interindividuelle dans la composition du microbiote est très forte. Certains veaux peuvent également excréter un taux élevé d'E. coli. En conséquence, la majeure partie du cheptel présent sera collectée afin de pouvoir représenter le troupeau (20 individus). 20 vaches : Pour les vaches adultes, la variabilité interindividuelle est plus faible car le microbiote est considéré comme « à l’équilibre ». Nous estimons qu'un prélèvement d'environ 10% du troupeau de vaches laitières présentes (20 adultes sur 170) est le strict minimum pour estimer de manière robuste les variations de la composition du microbiote intestinal à l’échelle du troupeau.

440 génisses vont être utilisées, toutes gardées en vie, dans des procédures impliquant un niveau de souffrance léger. Quarante donneuses subissent environ cinq sessions de ponctions ovocytaires sous anesthésie épidurale après traitement hormonal de superovulation, et quatre cents receveuses reçoivent un transfert d'embryon, dont deux cents avec prélèvement sanguin. À l'issue, les donneuses sont recyclées vers d'autres projets ou vendues en élevage commercial et les receveuses restent dans leur exploitation. Le porteur décrit un objectif d'amélioration des taux de gestation au service de la sélection génétique bovine, et affirme qu'aucune autre espèce ne peut être choisie.

Objectifs

Actuellement, les biotechnologies de la reproduction et de l’embryon sont utilisées par les entreprises de sélection bovines afin d’accroitre le progrès génétique par la réduction de l’intervalle entre générations et l’augmentation de l’intensité de sélection. Cependant, les taux de gestation obtenus depuis le développement de ces techniques n’ont pas progressé. Pire, des taux de gestation atteignant seulement 35 à 40% sont obtenus dès lors que l’embryon utilisé a été produit in vitro, biopsié et congelé, conduisant à d’importantes pertes économiques et génétiques. Ces échecs peuvent en partie être attribués à une mauvaise évaluation de la qualité des embryons transférés qui ne sont, à ce jour, évalués que d’un point de vue morphologique selon les critères de l’International Embryo Technologies Society qui restent relativement subjectifs et donc variable d’un opérateur à l’autre. Le développement de marqueurs embryonnaires prédictifs de la réussite au transfert permettrait d’améliorer l’efficience de ces techniques par un tri plus sévère et objectif des embryons à transférer. Ce type d’indicateurs n’existe pas à ce jour mais des résultats préliminaires intéressants ont été obtenus par l’utilisation de systèmes de time-lapse permettant de suivre en continu les 1ères étapes du développement embryonnaire. Des embryons de qualité morphologique similaire, atteignant le même stade au même moment, affichent parfois une cinétique de développement totalement différente. Au cours d’un projet antérieur, des taux de gestation contrastés ont été obtenus après transfert d’embryons possédant un profil de développement différent (de 38 à 65% de gestation selon les classes d’embryons transférés). Ces premiers résultats, obtenus sur des effectifs trop faibles, nécessitent d’être confirmés à plus large échelle pour confirmer l’intérêt de ces approches de plus en plus utilisées en médecine humaine. Le projet présenté dans ce document vise donc à déterminer si la classification établie sur ces paramètres (4 classes d’embryons selon leur profil morphocinétique) conduit à des différences significatives de réussite au transfert. De plus, le projet vise également à étudier l'autre facteur de réussite indispensable à l'établissement d'une gestation qui est la réceptivité de la femelle receveuse d'embryons. De la même façon, des biomarqueurs sanguins intéressants ont été identifiés dans un projet antérieur et il convient aujourd'hui de les valider sur un effectif plus large.

Bénéfices attendus

Ce projet permettra de valider ou d’infirmer un nouvel indicateur non invasif de qualité embryonnaire chez les bovins. Ce projet permettra également de progresser dans les connaissances sur la réceptivité des femelles receveuses d'embryons et de valider ou d'infirmer les biomarqueurs sanguins candidats. In fine, l'amélioration des taux de gestation via ces deux approches conduira à une meilleure efficacité des schémas de sélection, notamment par la diminution du nombre d'animaux donneurs et receveurs nécessaires à la procréation des futurs taureaux d'insémination (gains économique, réduction de l'impact environnemental, impact social positif sur les acteurs du schéma).

Procédures

Les 40 génisses donneuses hébergées en conditions expérimentales seront soumises à environ 5 sessions de ponctions ovocytaires après anesthésie épidurale et traitement hormonal de synchronisation et de superovulation (durée de 30 minutes). Les 400 génisses receveuses hébergées en fermes commerciales seront soumises à 1 transfert embryonnaire après anesthésie épidurale et traitement hormonal de synchronisation des chaleurs (durée de 5 minutes). Pour 200 d'entre elles, elles subiront un prélèvement sanguin (durée de 1 à 2 minutes) à la veine caudale juste avant la réalisation du transfert embryonnaire.

Impact sur les animaux

Peu de nuisances sont attendues sur les animaux de ce projet. Les procédures expérimentales mises en oeuvre sont des pratiques couramment utilisées par les professionnels chez les bovins depuis de nombreuses années et ne semblent pas impacter la santé et le bien-être des animaux. En effet, la ponction ovarienne sous contrôle échographique et le transfert d'embryons sont deux techniques de reproduction couramment utilisées par les entreprises de sélection dans le cadre des schémas d'amélioration génétique et sont réalisées sous anesthésie épidurale. De ce fait, le projet présenté n'est susceptible d'engendrer qu'une douleur légère et très ponctuelle chez les animaux. De plus, les prélèvements sanguins, même si ils peuvent générer du stress de façon transitoire, ne devraient pas conduirent à des nuisances importantes (hématome de façon exceptionnelle) pour les animaux puisque ceux-ci sont peu nombreux et de faible volume.

Devenir

Les interventions réalisées sur les animaux étant des procédures d'élevage classiques qui n'induiront, à priori, que peu de nuisances, toutes les génisses seront normalement gardées en vie à la fin de ce projet sauf avis contraire du responsable scientifique, du vétérinaire sanitaire et des éleveurs impliqués. Les génisses donneuses seront éventuellement recyclées pour un autre projet de recherche ou de formation mais pourront également être mises à la reproduction hors expérimentation et vendues en élevage commerciaux pour poursuivre leur carrière. Les génisses receveuses, quel que soit l'issue du transfert seront conservées dans leur exploitation d'origine.

Remplacement

Compte-tenu de l’objectif même de l’étude, le modèle animal ne peut être substitué par un modèle d’étude ex vivo.

Réduction

L’étude est mise en place dans les installations de la station de phénotypage ELIANCE sur un total de 40 génisses donneuses pour la production des embryons et sur 400 femelles receveuses en fermes commerciales. Afin de comparer les taux de gestation et les taux de vêlages entre les différentes catégories d’embryons, une régression logistique (PROC GLIMMIX sous SAS) sera effectuée. A priori, elle inclura l’effet fixe du groupe morphocinétique (A, B, C, D) ainsi qu’un effet aléatoire de l’élevage. D’autres effets pourront être intégrés au modèle après analyse des différents facteurs de variation de la base de données. Les effectifs prévus dans l’étude permettront, en considérant un risque alpha de 5% et une puissance de test de 80%, de mettre en évidence de façon significative une différence minimale de 20% entre les groupes. Des modèles de régressions linéaires pourront également être effectués pour étudier d’autres variables quantitatives (intervalle de temps entre le transfert d’embryons et les échecs de gestation…). Selon les résultats obtenus, d’autres approches statistiques de type random forest pourront aussi être menées (prédiction des taux de gestation à partir des paramètres morphocinétiques bruts) afin d’optimiser l’arbre de classification morphocinétique des embryons. L'analyse des paramètres sanguins des 200 femelles receveuses sera également effectuée par des approches multivariées (ACP, PLS-DA, régressions linéaires intégrant les effets fixes de la gestation et de la classe d'embryons) intégrant les mêmes niveaux de risques statistiques mais également des analyses de type randon forest pour la prédiction de gestation à partir des différents marqueurs mesurés.

Raffinement

Les génisses donneuses utilisées dans ce projet seront placées sous surveillance quotidienne (activité, rumination) et hébergées dans une stabulation répondant aux normes de bien-être animal chez cette espèce (accès aisé à l'auge et aux points d'abreuvements, présence de tapis caoutchouc derrière pour le confort des aplombs, accès à des brosses latérales et dorsales...). En dehors de l'enrichissement du milieux, le raffinement des procédures sera également recherché par la réalisation d'une anesthésie épidurale préalablement à chaque ponction ovocytaire. Compte-tenu de ces précautions, le projet présenté n'est susceptible d'engendrer qu'une douleur légère et très ponctuelle chez les génisses. En cas d’atteinte du point limite (posture de compensation, station prolongée debout ou couché, difficulté pour manger et boire, chute importante de rumination ou de l'activité, modification comportementale induite par stimulation de la zone douloureuse, lésions, modifications neurovégétatives ou physiologiques), les procédures expérimentales seront stoppées et les solutions thérapeutiques à apporter seront définies par le vétérinaire sanitaire de l'élevage. Dans un objectif de renforcement positif, une récompense alimentaire (concentrés, seau de mélasse à lécher,....) sera donnée aux femelles après chaque passage dans la cage de contention. Les femelles receveuses seront conduites selon les pratiques en place dans les élevages concernés. Une anesthésie épidurale sera également réalisée avant chaque transfert embryonnaire. Une attention particulière sera apportée juste après le retrait de l'aiguille en réalisant un point de compression suffisamment long pour réduire au maximum le risque d'hématome et préserver l'intégrité des tissus entre chaque prise de sang.

Choix des espèces

Compte-tenu de l’objectif même de l’étude, aucune autre espèce animale ne peut être choisie. La race Prim’Holstein choisie est la 1ère race laitière française en effectif, et est particulièrement concernée par les biotechnologies de l’embryon. Les animaux donneurs utilisés dans ce projet seront des génisses, toutes pubères. Le modèle génisse a l’avantage, par rapport à un modèle vache, de ne pas présenter de biais expérimentaux liés à l’historique des femelles (conditions de mise bas, interactions avec la production laitière….). Sur le terrain, les transferts sont également majoritairement réalisés sur des génisses car les taux de réussite sont supérieurs à ceux obtenus sur vaches.

14 vaches laitières vont être utilisées dans des procédures impliquant un niveau de souffrance léger, puis rejoindront le troupeau de l'élevage. Leur régime est modifié pour provoquer une sub-acidose du rumen, un inconfort digestif, pendant que des prélèvements par sondage gastro-oesophagien sont réalisés quatre fois et qu'un bolus de mesure du pH est posé dans le rumen. L'objectif déclaré est de tester si l'analyse de l'air exhalé peut détecter ce trouble digestif sur le terrain. Le porteur affirme qu'aucun modèle in vitro ou in silico ne reproduit ce désordre et qu'il est "indispensable" de recourir aux bovins.

Objectifs

L'objectif principal du projet est faire la preuve de concept qu’une analyse volatolomique de l’air exhalé par le ruminant peut être un indicateur non-invasif de santé du rumen en discriminant deux situations alimentaires contrastées en termes de densité énergétique : une ration basée sur des fourrages représentant une alimentation non intensive Vs une ration basée sur des céréales caractéristique d’une alimentation intensive. L'objectif secondaire est d'identifier parmi d’autres matrices non invasives, et plus simples à prélever que l’air exhalé, la ou les combinaisons de matrices qui permettent de discriminer simplement sur le terrain l’état de santé digestive des animaux soumis aux situations nutritionnelles précitées. Les quatre autres matrices envisagées en complément de l’air exhalé sont : fèces, urine, lait, poils (contenant de la sueur).

Bénéfices attendus

Description de nouveaux indicateurs non invasifs et rapidement utilisables sur le terrain pour évaluer le bon fonctionnement du rumen sur le terrain. Il est attendu de faire la preuve de concept que la mesure du volatolome grâce à un appareil portable peut etre développée sur le terrain pour evaluer le bon fonctionnement du rumen d'animaux laitiers.

Procédures

Les animaux seront soumis à une modification de régime alimentaire susceptible d'entraîner l'apparition d'un inconfort digestif et une diminution possible des performances zootechniques. L'objectif du projet étant de monitorer les modifications du volatolome de différentes matrices en lien avec les paramètres fermentaires du rumen. Les prélèvements par sondage gastro-oesophagien seront réalisés 4 fois par animal sur la période expérimentale de 10 semaines. La pose des bolus ruminaux de suivi du pH interviendra dès le premier jour de l'expérimentation. Enfin, nous réaliserons des prélèvements de poils (sueur), d'air exhalé, d'urine et de fèces 4 fois sur l'ensemble de la période expérimentale.

Impact sur les animaux

La sub-acidose est un désordre digestif fréquent chez les bovins en production laitière, entraînant un baisse du pH ruminal.

Devenir

Les procédures étant classées "légères", il n'est attendu aucune gêne, stress ou souffrance résiduelle chez l'animal à la fin de l'expérimentation. Les animaux pourront donc rejoindre le reste du troupeau de l'établissement utilisateur et retrouver les conditions de logement, d'alimentation et de vie classique du troupeau laitier.

Remplacement

La sub-acidose est un désordre digestif fréquent chez les bovins en production laitière. Aucun modèle in vitro / in silico n’est actuellement disponible permettant de reproduire de façon fiable et précise ce désordre. L’évaluation de solutions de détection de ce désordre dans le volatolome doit se faire chez l’animal.

Réduction

Le nombre d'animaux recrutés (14 vaches laitières), d'après notre expérience concernant la variabilité individuelle des paramètres fermentaires du rumen, est le minimum pour obtenir des résultats statistiques fiables. Cet effectif a été validé par la réalisation d'un test de puissance. Les données zootechnique (production et composition du lait, ingestion, NEC, poids vif, etc…) seront analysées à l’aide de modèles mixtes avec mesures répétées. Les données volatolomique seront analysées selon des analyses déjà reportées pour d'autres bases de données métabolomiques : analyses multivariées et univariés seront utilisées pour étudier l’effet du régime alimentaire au cours du temps . Les analyses multivariées permettront en particulier d’explorer les composés organiques volatiles comme biomarqueurs candidats du régime alimentaire et du fonctionnement ruminal.

Raffinement

Les conditions de logement des animaux en stabulation libre répond aux exigences réglementaires et va même au-delà grâce à des équipements pemettant un confort optimum des vaches (matelas, brosses) et un suivi fin de leur santé et de leur bien-être (outils d'élevage de précision). Le recours a des procédures faiblement invasives, mises en oeuvre par du personnel formé et habitué à ces prélèvements, assure que ceux-ci se feront dans les meilleures conditions possibles pour les animaux. Cet essai a également pour but d'évaluer l'intérêt de la mesure de paramètres non invasifs qui pourraient être considérés comme marqueurs de la sub acidose. De ce point de vue le projet est également respectueux de la règle des 3R puisque la mesure d'indicateurs non invasifs pourrait à terme remplacer les mesures susceptibles d'altérer le bien-être de l'animal.

Choix des espèces

Les troubles digestifs chez la vache laitière, tels que la sub-acidose ruminale, sont des désordres courants avec des répercussions économiques importantes en élevage (perte de production, frais vétérinaires...). Le recours à des bovins est indispensable pour étudier le volatolome des différentes matrices susceptibles d'être utilisées pour la détection précoce de ce type de troubles. La sub-acidose n’est pas une pathologie mais un désordre digestif fréquent chez les bovins, laitiers notamment, en production. Nous aurons donc recours à des vaches laitières en lactation.