Résumé non technique d'un projet d'expérimentation animale publié sur ALURES le 2023-03-01 00:00:00
("EC NTS/RA identifier" : NTS-FR-027550)
460 souris vont être utilisées, toutes tuées à l’issue, dans des procédures impliquant un niveau de souffrance léger. Elles reçoivent un antibiotique dans l’eau de boisson pendant deux jours, puis un gavage unique avec une banque de mutants d’Escherichia coli multirésistants, avant que leurs fèces soient séquencées pour repérer les gènes utiles à la colonisation intestinale. Le porteur affirme ne pas s’attendre à une gêne pour les animaux et prévoit leur mise à mort dès une perte de poids supérieure à 10 %. Il conclut que cette question « ne peut être réalisée que sur un modèle animal », sans détailler d’alternative testée.
Résumé produit par un modèle de langage à partir du seul texte du laboratoire, selon une méthode arrêtée par l’OXA. Publié sans relecture individuelle préalable, sous la responsabilité de l’association, et corrigé au fil des relectures.
Objectifs et bénéfices escomptés du projet, selon le laboratoire
Réponses rédigées par le laboratoire demandeur, à des fins de communication. Elles ne sont ni sourcées ni relues par des pairs.
Décrire les objectifs du projet.
Note de l'OXA. Cette question est celle du formulaire européen de résumé non technique. Elle est posée au laboratoire qui demande l'autorisation, et sa réponse est écrite avant que la première procédure commence (arrêté du 1er février 2013, art. 5). Ces objectifs servent à justifier l'utilisation des animaux devant le comité d'éthique. Aucun document public ne dira ensuite s'ils ont été atteints : la directive permet aux États de faire mettre à jour le résumé avec les résultats de l'appréciation rétrospective (directive 2010/63/UE, art. 43), la base européenne prévoit de les recevoir, et aucune entrée française n'en porte (base ALURES).
Dans quel but fait-on ça ? · Comment lire un résumé non technique
Texte du laboratoire demandeur, reproduit tel quel
Les bactéries Escherichia coli sont des bactéries retrouvées naturellement au sein du microbiote intestinal, c’està-dire les microorganismes hébergés dans notre intestin. La grande majorité des E. coli sont non pathogènes. Cependant, ces bactéries ont une grande capacité d’échange de matériel génétique et peuvent au fil de leur évolution acquérir de nombreux gènes. Parmi ceux-ci, les gènes responsables de la résistance aux antibiotiques sont ceux qui attirent le plus l’attention de la communauté hospitalière. En effet, de plus en plus d’E. coli résistent à plusieurs antibiotiques (on parle alors de souches multi-résistantes) les rendant extrêmement difficiles à traiter et pouvant conduire à des infections fatales chez les patients notamment immunodéprimés. Au sein des E. coli multi-résistants, un clade (un regroupement de plusieurs souches ayant une organisation génomique et une origine commune) est particulièrement scruté car sa fréquence est en constante augmentation aussi bien chez les Hommes que chez les animaux, suggérant une très forte capacité à coloniser le tractus digestif. Le but de notre étude est de comprendre les mécanismes adaptatifs qu’ont développés ces souches de manière à coloniser si efficacement le tractus digestif. Pour cela, nous disposons de souches multi-résistantes présentes chez l’Homme et retrouvées en clinique depuis plusieurs années, ainsi que des souches multi-résistantes apparues récemment chez l’Homme et dont la fréquence de détection et donc le portage augmentent rapidement. Nous disposons pour chacune des souches d’une banque de mutants. Une banque de mutants correspond à plusieurs dizaines de milliers de clones de la bactérie initiale dans lesquelles, à l’aide d’une approche moléculaire, un élément mobile appelé transposon a été inséré aléatoirement dans le chromosome bactérien. Le transposon en s’intégrant de façon aléatoire dans le génome bactérien va inactiver le gène dans lequel il s’est intégré. Nous gaverons de souris avec les banques de mutants puis par séquençage, des bactéries présentes dans les fèces, nous déterminerons pour chaque souche les gènes importants pour l’implantation intestinale. La découverte de protéines cruciales pour l’implantation intestinale des E. coli multi-résistants pourrait ouvrir la voie à de nouvelles approches thérapeutiques visant à limiter la colonisation intestinale de ces souches.
Quels sont les bénéfices susceptibles de découler de ce projet?
Note de l'OXA. Le formulaire européen demande les bénéfices « susceptibles de découler » du projet. Il appelle donc une projection, et il l'obtient : ce que le laboratoire écrit ici est ce qu'il espère, avant d'avoir commencé. Deux chercheuses ont repris six corpus d'études précliniques déjà menées et pesé les dommages réellement infligés aux animaux contre les bénéfices cliniques réellement obtenus : moins de 7 % de ces études ressortaient défendables (Pound et Nicol, 2018).
Est-ce « inutile » ou « nécessaire » ? · Comment lire un résumé non technique
Texte du laboratoire demandeur, reproduit tel quel
Le projet permettra du point de vue scientifique une meilleure compréhension des mécanismes mis en jeux pour faciliter la colonisation intestinale des bactéries multi-résistantes aux antibiotiques. Nous espérons mettreen lumière des protéines clefs impliquées dans la colonisation bactérienne et ainsi proposer de nouvelles stratégies permettant de limiter cette colonisation intestinale.
Nuisances prévues, selon le laboratoire
Réponses rédigées par le laboratoire demandeur, à des fins de communication. Elles ne sont ni sourcées ni relues par des pairs.
À quelles procédures les animaux seront-ils soumis en règle générale?
Note de l'OXA. La formule « en règle générale » autorise une réponse générale, et c'est l'un des points sur lesquels les examens de qualité trouvent ces documents défaillants. Un examen publié en 2018 a établi que les résumés allemands et britanniques décrivaient mal ce qui est fait aux animaux et ce que ceux-ci pourraient éprouver (Taylor et al., 2018). L'adoption d'un modèle commun européen a nettement amélioré le premier point, à peine le second (Taylor et al., 2024).
Le droit d'accès aux documents · Comment lire un résumé non technique
Texte du laboratoire demandeur, reproduit tel quel
Les animaux recevront via l’eau de boisson un antibiotique pendant 2 jours. C’est une procédure classique qui n’induit aucun stress/douleur chez l’animal. Les animaux seront ensuite gavés avec un volume de 200μl (1 seul gavage). Le gavage se fera sur animal vigile par du personnel expérimenté habitué à cet acte qui hormis la contention n’induit aucune douleur à l’animal (le temps moyen de l’acte entre la prise de l’animal dans sa cage, la contention, le gavage ne dépasse jamais les 20 secondes).
Quels sont les effets/effets indésirables prévus sur les animaux et la durée de ces effets?
Note de l'OXA. C'est l'endroit du document où les animaux devraient apparaître, et c'est celui qui résiste. Un nouvel examen, publié en 2024, a mesuré que cinq des six éléments attendus sur les dommages prévus progressaient depuis l'adoption d'un modèle commun européen. Les effets indésirables sont le sixième : 41 % des résumés allemands et 48 % des britanniques les décrivent complètement. Les auteurs relèvent aussi des effets présentés comme minimes sur des projets classés modérés ou sévères (Taylor et al., 2024). Ces mesures portent sur l'Allemagne et le Royaume-Uni. L'examen de 2018 classait la France parmi les pays les moins bons pour l'identification, l'accessibilité et la qualité de ses résumés, sans les noter rubrique par rubrique (Taylor et al., 2018). Les résumés français suivent aujourd'hui le modèle européen commun.
Les animaux souffrent-ils ? · Comment lire un résumé non technique
Texte du laboratoire demandeur, reproduit tel quel
Nous ne pensons pas que les manipulations proposées induisent une quelconque gène chez l’animal étant donné que les souches utilisées ne sont pas pathogènes et les animaux immunocompétents. Cependant, un suivi quotidien des animaux sera réalisé de manière à repérer toute détresse animale. Si un animal présente un des critères suivant : perte de poids supérieure à 10%, un dos vouté, le poil dru, ou une démarche traduisant une souffrance, il sera immédiatement mis à mort. Pour faciliter le suivi des animaux, un système de score intégrant différents paramètres (apparence, comportement, signes cliniques…) sera utilisé de manière à nous assurer qu’aucun animal n’est en souffrance.
Justifier le sort prévu des animaux à l’issue de la procédure.
Note de l'OXA. Le formulaire demande de justifier ce sort, non de le décrire. L'analyse dommage-avantage que la directive impose au comité d'éthique porte sur « la souffrance, la douleur et l'angoisse » infligées aux animaux (directive 2010/63/UE, art. 38). Quand ce sort est la mise à mort, celle-ci ne figure donc pas parmi les dommages que le comité met en balance avec les bénéfices annoncés. L'OXA écrit « mise à mort » plutôt que « sacrifice », qui emprunte au registre du don consenti, ou « euthanasie », qui désigne une mort décidée dans l'intérêt de celui qui meurt.
Peut-on parler d'éthique en expérimentation animale ? · Comment lire un résumé non technique
Texte du laboratoire demandeur, reproduit tel quel
Les animaux auront été traités avec des antibiotiques et gavés par des bactéries rendant leur réutilisation dans un autre protocole impossible.
Application de la règle des "3R", selon le laboratoire
Réponses rédigées par le laboratoire demandeur, à des fins de communication. Elles ne sont ni sourcées ni relues par des pairs.
1. Remplacement
Note de l'OXA. La directive demande au résumé « une démonstration de la conformité » aux exigences de remplacement, de réduction et de raffinement (directive 2010/63/UE, art. 43). C'est donc le demandeur qui démontre sa propre conformité, dans le document même qui sollicite l'autorisation. Cette démonstration peut prendre la forme d'une affirmation qu'aucune méthode de substitution n'existe, que le document n'a pas à sourcer. Ces trois exigences sont par ailleurs subordonnées à l'objectif du projet : elles cherchent à remplacer les animaux dans un projet donné, elles n'interrogent pas ce projet.
Comment avancer vers la fin de l'expérimentation animale ? · Comment lire un résumé non technique
Texte du laboratoire demandeur, reproduit tel quel
Le but du travail est comprendre comment les bactéries multi-résistantes aux antibiotiques colonisent le tractus digestif. Ceci ne peut être réalisé que sur un modèle animal.
2. Réduction
Note de l'OXA. La réduction dont il est question ici porte sur le nombre d'animaux par groupe expérimental, calculé pour que l'analyse statistique tienne. Le total annoncé dans la fiche est une estimation portant sur une autorisation de cinq ans au maximum (code rural, art. R214-123) : il ne dit pas combien d'animaux seront effectivement utilisés, et il ne se rapporte pas à une année.
Texte du laboratoire demandeur, reproduit tel quel
Des expériences préliminaires menées au laboratoire nous ont permis grâce au séquençage du génome de nombreuses souches d’intérêt, de sélectionner les clones les plus représentés chez les patients. Ainsi nous réduirons le nombre d’animaux en limitant le nombre de souches et en ne testant que les plus relevantes (c’est-à-dire les plus fréquentes chez les patients).
3. Raffinement
Note de l'OXA. Le raffinement nomme une amélioration technique de la procédure, sans dire ce qu'elle change pour l'animal qui la subit. La réglementation impose d'atténuer la douleur, dans une limite qu'elle inscrit elle-même : « pour autant que cela soit compatible avec la finalité de la procédure expérimentale » (code rural, art. R214-109). Ce qui reste de souffrance après cette limite est autorisé. Le raffinement ne porte par ailleurs que sur la procédure : les souffrances de la captivité elle-même, confinement, bruit, lumière, manipulations d'entretien, ne relèvent d'aucun des trois R.
La réglementation est-elle « très stricte » ? · Comment lire un résumé non technique
Texte du laboratoire demandeur, reproduit tel quel
Les animaux seront stabulés dans une salle climatisée (22 ± 2°C) avec un cycle 12/12h (jour/nuit, 7h00 à 19h00) et un taux d’humidité maintenu à 55%. Les animaux auront libre accès à la boisson et à la nourriture. Le milieu sera enrichit à l’aide de maisons en carton. Un suivi quotidien des animaux sera effectué de manière à repérer toute détresse animale. Le poids des souris sera également suivi avec attention (pesées 2 fois par semaine) car c’est un très bon marqueur de l’inflammation intestinale et de la sévérité d’une diarrhée. Une perte de plus de 10% du poids avant le gavage constituera un critère d’arrêt et l’animal en question sera mis à mort. De plus, nous utilisons un système de score (présenté en annexe) dont les paramètres sont : l’apparence, le comportement naturel, l’hydratation, les signes cliniques, et le comportement provoqué.
Expliquer le choix des espèces et les stades de développement y afférents.
Note de l'OXA. Le dossier d'autorisation demande de justifier l'origine des animaux, leur espèce, leur nombre estimé et leur stade de développement (arrêté du 1er février 2013, art. 5). La justification attendue est technique : elle porte sur l'adéquation de l'espèce à l'objectif poursuivi. Ce que l'appartenance à une espèce autorise à faire subir à un individu est une question morale, et le formulaire ne la pose pas. L'appartenance à une espèce, prise seule, ne fonde pourtant pas de différence de statut moral entre des individus également capables de souffrir.
Spécisme et expérimentation animale · Comment lire un résumé non technique
Texte du laboratoire demandeur, reproduit tel quel
Les animaux utilisés seront des souris de fond génétique C57BL/6 wild-type. Ces dernières sont particulièrement utilisées dans les expériences de colonisation du tractus digestif par des bactéries notamment les E. coli. Les animaux utilisés seront tous des jeunes adultes (6 à 8 semaines) au début de la procédure expérimentale. Au sein de la communauté scientifique, c’est à cet âge là que les expériences de colonisation intestinale se font.