Maintien des lignées génétiquement modifiées

Moins de trente secondes, un poinçon dans le pavillon de l'oreille, une fois par animal : c'est le seul geste décrit pour 37 400 souris et 1 430 rats, dans des procédures impliquant un niveau de souffrance léger. Le projet s'intitule "Évaluation et suivi du bien-être animal" et sert à héberger, croiser et produire des lignées génétiquement modifiées pour le compte de chercheurs extérieurs à l'établissement. Une partie des animaux part vers d'autres établissements pour y être expérimentée, une autre reste pour l'élevage, et le porteur indique que les surnuméraires, ceux dont le génotype ne sert pas aux croisements et les reproducteurs dont la fécondité baisse avec l'âge sont mis à mort. Les lignées concernées sont immunodéficientes, hémophiles ou porteuses d'un phénotype qui n'apparaît qu'avec l'âge, ces dernières étant expédiées ailleurs ou tuées avant que la tumeur ou la dystrophie musculaire ne se déclare.

Objectifs

Un phénotype est considéré comme dommageable si les animaux de la lignée sont susceptibles de ressentir, du fait de l’altération génétique, une douleur, une détresse, une souffrance ou un préjudice durable équivalents ou supérieurs à ceux causés par l'introduction d'une aiguille effectuée conformément aux bonnes pratiques vétérinaires. Aussi, toutes lignées avec un phénotype dommageable même s’il ne s’exprime pas dans des conditions qui permettent d’éviter son expression chez les animaux hébergés doivent être encadrées par une autorisation de projet. Notre établissement héberge différentes lignées de souris et de rats génétiquement altérées pour le compte de chercheurs externes au laboratoire et donc selon les projets, l’unité peut accueillir ou produire des lignées à phénotype dommageable. Ce projet a deux objectifs : - L’évaluation du bien-être animal par la mise en place d’une procédure d’identification et de caractérisation d’un phénotype dommageable (procédure 1). - Mise en place de raffinement afin que le phénotype ne s’exprime pas au sein de l’établissement, on parle ici de phénotype dommageable potentiel non exprimé dans nos conditions d’élevage (procédure 2). PROCÉDURE 1 Evaluation du bien-être animal, cette procédure s’applique à : 1. La réception d’une nouvelle lignée. 2. La création d’une nouvelle lignée par croisement entre deux lignées génétiquement altérées. Les animaux seront suivis avec la grille d’évaluation du bien-être animal au moins une fois par semaine. Suite à cette évaluation, les lignées seront classées comme suit : - lignée à phénotype NON DOMMAGEABLE ; - lignée à phénotype DOMMAGEABLE NON EXPRIMÉ, ces animaux entrent dans la procédure 2 ; - lignée à phénotype DOMMAGEABLE EXPRIMÉ, nécessité d’une DAP spécifique pour la prise en charge de ces animaux. PROCÉDURE 2 Cette procédure ne concerne que les lignées qui à l’issue de la procédure 1 de ce projet ont été identifiées comme lignée à phénotype dommageable non exprimé. Plusieurs types de lignées entrent dans cette catégorie : - les lignées immunodéficientes, - les lignées hémophiles, - les lignées pour lesquelles le phénotype dommageable ne s’exprime que pour un génotype donné, - et les lignées dont le phénotype dommageable apparait à un âge défini. Le but de cette procédure est de mettre en place une surveillance du bien-être de ces animaux afin de s’assurer que les raffinements mis en place permettent que le phénotype dommageable ne s’exprime pas.

Bénéfices attendus

Le bénéfice attendu est la détection et la prise en charge précoce d’un phénotype dommageable potentiel et par conséquent d’une éventuelle douleur pour éviter que cette dernière s'exprime. La procédure 1 permettra de définir et mettre en place une méthode générique d’évaluation du bien-être animal lors de la réception ou de la création par croisement de nouvelles lignées dans l’établissement. La procédure 2 permettra de gérer différents types de lignées ayant un phénotype dommageable potentiel mais non exprimé au sein de l’établissement avec des raffinements adaptés. Elle précise également les modalités de surveillance du bien-être de ces lignées afin de confirmer l’absence des nuisances. Ces deux procédures permettront ainsi d’élever différents modèles de souris ou de rat de chercheurs extérieurs à notre laboratoire pour les intégrer dans leurs projets de recherche avec les différents bénéfices précisés dans chaque projet d’utilisation (DAP spécifique).

Procédures

Une partie des animaux sera prélevée à l’oreille afin de réaliser le génotypage. Cette méthode consiste à prélever un petit échantillon de tissu sur la périphérie du pavillon de l’oreille où le tissu est le plus mince, à l’aide d’un poinçon ou d’un ciseau. Cette intervention n’est réalisée qu’une fois par animal et dure moins de 30 secondes.

Impact sur les animaux

Les lignées IMMUNODÉFICIENTES peuvent présenter différents niveaux de déficits immunitaires dont certains se traduisent en caractéristiques phénotypiques variées (développement des infections, baisse de fécondité, mortalité précoce, diarrhées, etc.). Ces animaux seront hébergés en isolateurs ou en portoirs ventilés, en conditions sanitaires de type « SOPF » (sans opportuniste, ni pathogène) qui permettent d’éviter les nuisances liées à l’immunodéficience. Les lignées HÉMOPHILES (déficientes pour des gènes codant pour les facteurs de coagulation) sont caractérisées par le temps de saignement prolongé uniquement en cas de section de la veine de la queue, qui ne sera pas pratiquée dans notre établissement pour éviter les nuisances. Ces animaux seront prélevés uniquement à l’oreille pour le génotypage et l'identification (un seul prélèvement), qui ne provoque pas de saignement prolongé sur ces lignées. Par ailleurs, le génotypage et l’identification ne seront pas systématiques puisqu’il s’agit de lignées maintenues à l’état homozygote. Nous prélèverons et identifierons ainsi uniquement les reproducteurs. D'autres caractéristiques possibles de ces lignées qui n'ont pas été observées dans nos conditions d'élevage sont : le saignement spontané pouvant entraîner un gonflement/hématome (joue, pattes postérieures) et la mort prématurée après des bagarres en raison d'hémorragies internes. Cependant, une attention particulière sera apportée en cas d'agressivité entre animaux et, si cela est constaté, les animaux seront suivis tous les jours avec la grille d'évaluation. Les lignées à phénotype TARDIF lié à l’âge (par exemple : développement de tumeurs ou de dystrophie musculaire entraînant dégénérescence progressive des muscles et une faiblesse musculaire) seront systématiquement expédiées pour expérimentation dans un autre établissement ou mises à mort avant occurrence de la nuisance. Les lignées à phénotype lié au GÉNOTYPE seront maintenues avec un schéma d’accouplement connu pour ne pas générer d’animaux au phénotype dommageable. Aucune nuisance n'est prévue lorsque l'élevage est effectué dans nos conditions d’hébergement. Néanmoins, dès qu’un animal présente un score = 1, la surveillance sera quotidienne et la vétérinaire et/ou la SBEA seront sollicités pour la mise en place de mesures supplémentaires de raffinement.

Devenir

Une partie des animaux portant le génotype d’intérêt sera expédiée dans d’autres établissements utilisateurs pour expérimentation. Une autre partie des animaux sera utilisée pour l’élevage ou l’expérimentation dans notre établissement. Les animaux utilisés pour l’élevage seront mis à mort si non nécessaires pour maintenir l’élevage (e.g. si génotype sans intérêt pour les schémas de croisements, surplus, ou si leur fécondité est réduite du fait de leur âge). Les animaux ayant atteint les points limites selon la grille d’évaluation seront mis à mort.

Remplacement

Les modèles de souris et de rats concernés par ce projet générique sont inscrits dans différents projets scientifiques extérieurs à notre laboratoire. Les porteurs de projets apporteront dans chacune de leurs DAP d'utilisation des précisions sur les alternatives non animales disponibles et expliqueront pourquoi elles ne peuvent pas être utilisées aux fins du projet.

Réduction

Nous mettons en place le nombre minimal d’accouplements nécessaires pour produire sur demande les lots expérimentaux pour chaque porteur de projet. Le but étant de limiter au maximum le nombre d’animaux et, si aucune expérimentation n’est planifiée, les lignées seront maintenues au minimum. La production des animaux sera ainsi planifiée et suivie par l’expérimentateur et les zootechniciens afin de limiter le nombre d’animaux générés au strict nécessaire pour les besoins expérimentaux et l’élevage. Le nombre de reproducteurs, le schéma de croisement et la durée d’accouplement seront définies en amont de la mise en place des croisements. Ces paramètres seront définis en fonction des objectifs et des différentes caractéristiques connues des lignées (fertilité des reproducteurs, viabilité de la descendance, nombre d’animaux/portée, ratio génotypes). Les lignées à phénotype dommageable potentiel lié au génotype seront maintenues avec un schéma d’accouplement connu pour ne pas générer d’animaux au phénotype dommageable. Les élevages seront suivis via les fichiers de l'élevage. Le nombre total d’animaux indiqué comprend les animaux pour accouplements et les animaux issus des accouplements et nécessaires pour l’expérimentation pour les projets scientifiques associés. Les chercheurs sont fortement conseillés de procéder au cryoarchivage de leurs lignées et de ne pas les garder sous forme respirant en fin de leurs projets expérimentaux. La SBEA prendra, le cas échéant, le contact avec le chercheur pour argumenter l’arrêt d’élevage et la cryoconservation de souche.

Raffinement

Les animaux seront hébergés en groupes sociaux dans des cages avec divers enrichissements. Pour les souris, elles sont hébergées en cage de type « II long » à 6 animaux maximum à partir du sevrage et à 4 animaux maximum au sevrage pour les cages de type « I long ». Pour les rats, ils sont hébergés en cage dite « 900 » à 2 animaux pour un poids individuel maximum de 600g ou à 3 maximum dans les cages dites « 1800 ». Les animaleries de notre unité ont un contrôle sanitaire périodique. Les animaux d’âge représentatif et de génotype pertinent seront suivis avec la grille d’évaluation et de surveillance du bien-être animal contenant des points limites précoces à minima une fois par semaine et ce jusqu'à leur mise à mort, décès ou l’envoi vers l’établissement utilisateur où sera réalisée l’expérimentation. Dans la procédure 2, en plus du suivi avec la grille de surveillance, des méthodes de raffinement spécifique au type de dommages potentiels seront mises en place pour éviter l’expression de ces phénotypes. Les lignées IMMUNODÉFICIENTES seront ainsi hébergées en isolateurs ou en portoirs ventilés, en conditions sanitaires de type « SOPF » (sans opportuniste, ni pathogène). Les lignées HÉMOPHILES seront prélevées uniquement à l’oreille pour le génotypage et l'identification (un seul prélèvement). Par ailleurs, le génotypage et l’identification ne seront pas systématiques puisqu’il s’agit de modifications en homozygote. Nous prélèverons et identifierons ainsi uniquement les reproducteurs. Une attention particulière sera apportée en cas d'agressivité entre animaux et, si cela est constaté, les animaux seront suivis tous les jours avec la grille d'évaluation. Par ailleurs, nous ne rassemblerons pas de mâles issus d'accouplements différents lors du sevrage pour limiter le risque de bagarres. Si nous devons le faire pour éviter d'isoler un mâle, nous rajouterons de l'enrichissement dans la cage et les animaux seront suivis tous les jours avec la grille d'évaluation. Les lignées à phénotype TARDIF lié à l’âge seront expédiées pour expérimentation dans un autre établissement ou mises à mort avant occurrence de la nuisance.

Choix des espèces

La souris et le rat sont parmi des modèles d'animaux les plus utilisés dans la recherche en raison de leurs nombreuses similitudes avec l’homme. De plus, le choix de ces modèles est dépendant des protocoles déjà existants et décrits dans la littérature permettant ainsi des échanges internationaux au sein de la communauté scientifique. Les justifications techniques et scientifiques détaillées pour chaque lignée utilisée seront apportées dans les projets « utilisateurs » (DAP spécifique). Une partie des animaux sera utilisée pour les croisements dès l’âge de deux mois et ce jusqu’à un âge où le taux de fécondité est maintenu stable selon la souche ou jusqu’au point précoce de l’expression d’un phénotype tardif. Une autre partie sera utilisée dans notre établissement ou envoyée dans d’autres établissements pour expérimentation selon l’âge d’utilisation dans de différents projets scientifiques ou avant l'expression d'un phénotype tardif lié à l’âge.

Un millimètre de queue coupé, une fois par animal, c'est la procédure appliquée à 84 330 souris et 3 000 rats, dans des actes déclarés d'un niveau de souffrance léger. Ce prélèvement sert au génotypage d'animaux génétiquement altérés produits pour la cancérologie, la cardiologie, la neurologie ou les maladies métaboliques, et l'établissement héberge aussi des lignées immunodéprimées. Le porteur écrit que les individus dont le génotype ne présente pas d'intérêt seront mis à mort et que les autres partiront vers d'autres projets, sans jamais indiquer quelle proportion est concernée. Il évoque des méthodes moins invasives, génotypage par la salive ou prélèvement par buvard sur les aérations, en les décrivant comme des pistes encore à l'étude.

Objectifs

Notre établissement utilisateur produit des animaux génétiquement altérés dédiés à la recherche scientifique dans divers domaines tel que la cancérologie, cardiologie, neurologie, maladies métaboliques etc. Pour cela, nous utilisons une méthode de prélèvement de queue pour la caractérisation génétique. De plus, nous hébergeons des lignées immunodéprimées pour certains projets expérimentaux.

Bénéfices attendus

Les lignées immunodéprimées ont pour objectif de répondre à des questions scientifiques dans le domaine de l’immuno-oncologie ou pour le maintien d’un statut sanitaire SPF avec les sentinelles. Le génotypage permet la caractérisation génétique des lignées génétiquement altérées avec (animaux immunodéprimés) ou sans phénotype dommageable pour optimiser la gestion des élevages et la production des animaux pour les projets scientifiques des différentes structures travailant dans notre animalerie (thématiques développées : cancérologie, digestif, cardiaque, osseux...).

Procédures

Prélèvement de queue (1mm), une seule fois.

Impact sur les animaux

La biopsie au niveau de la queue peut entrainer de la douleur et du stress chez l'animal. L’immunodépression fragilise les animaux d’un point de vu immunitaire, mais cela n’impacte pas leur bien être tant qu’ils sont maintenus dans des conditions d’hébergement adaptées.

Devenir

Les animaux sont prévus pour une utilisation continue dans divers projets scientifiques. La biopsie de queue permet le gnéotypage et en fonction des croisement effectués permettra d'identifier les animaux utiles aux études. Ceux dont le génotype ne serait pas d'intérêt seront mis à mort en sachant que les croisements sont réalisés de manière à optimiser au maximum la génération d'animaux à génotypes intéressants.

Remplacement

Jusqu’à présent la méthode de biopsie de queue était la plus efficace pour identifier génétiquement les animaux. Cependant nous réfléchissons à mettre en place des méthodes moins invasives tel que le génotypage via prélèvement de la salive. La difficulté d’une méthode non invasive est qu’elle doit être applicable à tous et implique d'avoir une méthode génotypage standard avec des kits commerciaux, ce qui n'est pas le cas dans toutes les équipes de recherche. Nécessité d’utilisation des animaux pour l’objectif de projets en immuno-oncologie. Concernant les sentinelles, nous sommes en cours de développement d’une méthode de prélèvement par buvard directement au niveau des aérations, ce qui nous affranchirai de l’utilisation des animaux.

Réduction

Le nombre d'animaux utilisé est basé sur les statistiques des années précédentes et en lien avec les différents besoins en fonction des projets scientifiques. Ce dernier reste suffisamment important pour pouvoir y inclure de futurs projets d’ici les 5 prochaines années. Néanmoins nous avons pu observer une baisse de production des animaux d’élevage depuis 2020. Nous réfléchissons à développer des méthodes de génotypage moins invasives tel que le prélèvement par la salive. Concernant les sentinelles, nous sommes en cours de développement d’une méthode alternative aux animaux de prélèvement par buvard directement au niveau des aérations, ce qui nous affranchirai de l’utilisation des animaux. Lorsqu’une lignée n’a plus d’intérêt scientifique à long terme, nous optons de plus en plus pour un arrêt de cette dernière et d’envisager une méthode de conservation autre tel que la cryoconservation.

Raffinement

La biopsie de queue est réalisée lors du baguage soit en vigile soit sous anesthésie générale. Cette méthode est approuvée, précise, rapide (quelques secondes), standardisée et réalisée par du personnel formé, ce qui limite les effets de stress et douleurs chez les animaux. L’anesthésie permet de favoriser la bonne pose de la bague et le prélèvement de queue dans un environnement plus confortable pour le manipulateur et l’animal. L’immunodépression fragilise les animaux d’un point de vu immunitaire, mais cela n’impacte pas leur bien être tant qu’ils sont maintenus dans des conditions d’hébergement adaptés avec un statut sanitaire stricte et une fréquence de change rapprochée. Dans toutes les préocédures des points limites précoces sont mis en place afin de minimiser au maximum la douleur des animaux.

Choix des espèces

Nous avons majoritairement des élevages de souris et un petit élevage de rats. Ces animaux sont utilisés en fonction des besoins pour les différents projets scientifiques. Les animaux restent à minima le temps du sevrage de ces deniers, soit 3 semaines (21jours), ils sortent ensuite en fonction des âges utilisés dans les projets pour lesquels ils sont produits. La biopsie de queue quand elle est nécessaire est réalisée entre 1 semaine et 3 semaines d'âge en fonction de l'âge auxquels les animaux seront utilisés dans les études ultérieures.

2 976 poules et coqs vont être utilisés pour aboutir à seulement 16 coqs et 48 poules reproducteurs par génération et par lignée, dans des procédures d'un niveau de souffrance léger. Chaque individu subit jusqu'à trois prises de sang sur animal vigile, parfois au sinus occipital, geste dont le porteur reconnaît qu'il peut causer des lésions cérébrales. L'élevage se déroule sous restriction alimentaire permanente et en cages collectives redécoupées, avec des risques de picage, de plaies cutanées et d'atteintes locomotrices, sur environ 42 semaines. Les survivants seront réutilisés dans d'autres protocoles, la finalité étant de sélectionner des poulets plus efficaces à digérer leur aliment pour la filière avicole.

Objectifs

Initiée en 2004, la sélection divergente a permis de créer un modèle d’étude très original de l’efficacité des animaux à digérer leur aliment, un déterminant majeur de l’efficacité alimentaire et de l’impact environnemental de la production du poulet de chair. Les études génétiques et génomiques menées sur les deux lignées ont d’ores et déjà permis de suggérer plusieurs gènes candidats et zones du génome candidates au déterminisme de ce caractère. Un biomarqueur a récemment été identifié sur ce caractère. Il s’agit de la colorimétrie du sérum qui est fortement corrélé à l’efficacité digestive. Le présent projet vise d’une part à poursuivre la sélection des animaux sur l’efficacité digestive grâce à ce biomarqueur, beaucoup moins contraignant en termes de bien-être animal que les mesures précédentes (bilan digestif avec placement des animaux en cage individuelle) afin d’approfondir les recherches de gènes impliqués, et d’autre part se maintenir les deux lignées divergentes en optimisant les inséminations artificielles pour éviter la consanguinité

Bénéfices attendus

Grâce au maintien de lignées de poulet uniques, sélectionnées de façon divergente sur le l’efficacité digestive, le projet permettra de mieux comprendre les mécanismes d’adaptation des animaux à un aliment changeant en réponse au changement climatique, tout en maintenant les performances et en limitant l’impact environnemental de l’élevage avicole. Cette sélection, en exacerbant les différences naturellement présentes chez les animaux, permettra de mettre en évidence des marqueurs génétiques utilisables en sélection ou des marqueurs biologiques utilisables en élevage. Le projet permettra ainsi de contribuer à l’élaboration de stratégies de sélection durables.

Procédures

Les animaux seront soumis à un maximum de 3 prises de sang réalisés sur animaux vigiles. Ceci représente au total 3 minutes de procédure (1/prise de sang) La taille des cages collectives sera sur une période maximale de 5 semaines divisé en deux pour constituer à partir d'un groupe de 6 poules, 2 groupes de 3 poules. Les animaux seront soumis à une restriction alimentaire dû à une distribution de la nourriture sous forme de repas avec des quantités limités pour limiter l'obésité chez les animaux. Ceci sera faite sur l'ensemble de la période d'élevage en cage

Impact sur les animaux

Le passage à la cage collective change la structure sociale du groupe et provoque intrinsèquement des risques de picage entre les animaux pouvant conduire à des plaies cutanées plus ou moins profondes et étendues. Ce phénomène peut se reproduire au moment où l’on sépare les cages de femelles en 2, puis au moment où l’on supprime cette séparation après la reproduction. Il est aussi possible d’observer des atteintes à l’appareil locomoteur. Au cours des élevages de longue durée comme ici, il est aussi possible d’observer une dégradation de l’état général d’un individu aux causes parfois non définies avant une autopsie. L’expression des comportements alimentaire est restreint du fait de la restriction alimentaire. Enfin, la réalisation d’une prise de sang est susceptible de conduire à la formation d’un hématome. Si elle est effectuée au niveau du sinus occipital, des lésions cérébrales peuvent être observées. La prise de sang implique également une contention brève (1 minute) qui peut provoquer un stress chez l’animal momentanément privé de sa liberté de mouvement.

Devenir

Nous utilisons ici nos individus pour permettre la production d'une descendance. Nos animaux n'ayant pas subi d'intervention majeure, nous envisageons de les réutilisés dans des protocoles de recherche nécessitant des individus de cette lignée.

Remplacement

L’objectif de ce projet est de maintenir une population d’animaux vivant avec un caractère d’intérêt agronomique. Il n’est pas possible d’avoir cette démarche sans l’utilisation de ceux-ci.

Réduction

Au total, 2976 animaux seront requis pour la réalisation de 1 à 3 prises de sang. Cet effectif a été calculé pour permettre d’avoir une base de sélection suffisante pour sélectionner les animaux sur leurs performances de colorimétrie et aboutir à l’obtention à la mise en reproduction de 16 coqs et 48 poules par génération et par lignée. Avec ces effectifs, nous avons estimé grâce à des outils de génétique des populations que nous arriverons à maintenir suffisamment de variabilité géntitique pour effectuer notre sélection. Or, maintenir la variabilité génétique et contrôler la consanguinité sont des éléments indispensables pour maintenir une population animale en bonne santé.

Raffinement

Raffinement de l’hébergement : Les animaux seront maintenus en groupes sociaux tout au cours de l’élevage. Les animaux en cage collective auront à leur disposition divers combinaisons d’enrichissement : perchoir, bloc à piquer, des chaînettes métalliques, des bandelettes de tissus pour stimuler le jeu, un isoloir sera inclus dans une extrémité des cages pour permettre aux animaux une zone de cache. Pour limiter les phénomènes de picage, des répulsifs dit anti picage pourront être appliqués sur les animaux victimes de picage. Les animaux seront soumis à une observation soutenue, plusieurs fois par jour, afin de détecter le plus précocement possible toute dégradation du bien-être. Un arbre de décision visant à faciliter la gestion quotidienne des animaux (atteinte ou non du point limite) a été développé et sera fourni aux zootechniciens chargés du suivi des animaux. Raffinement de la procédure: Cas de la prise de sang au sinus occipital: afin de réduire le risque de lésions cérébrales pouvant être associé à la réalisation d'un prélèvement de sang au sinus occipital, le préleveur utilisera une garde qu'il positionnera sur son aiguille afin d'éviter tout possibilité d'enfoncer l'aiguille trop profondément. La facilité de visualisation de ce site d'injection évite l'arrachage de plumes douloureux pour les animaux. Un point de compression de 30-60s sera effectué pour limiter également la formation d'un hématome. Deux expérimentateurs seront mobilisés pour une prise de sang afin de permettre la réalisation d'une contention appropriée par l'un pendant que l'autre réalisera la prise de sang. Ceci permettra de limiter les mouvement erratiques des animaux susceptibles d'engendrer un échec de la prise de sang. Les personnes affectées à cette tâche seront des personnes habituées à la contention et à la prise de sang sur la volaille. Les personnes en charge du prélèvement de sang au sinus occipital auront reçu une formation spécifique à ce geste et seront des personnes le réalisant régulièrement afin de maximiser la fluidité des gestes. Cas de la prise de sang effectué à la veine alaire ou jugulaire: afin d'améliorer l'accès à ses veines, de l'alcool à 70°C sera appliqué au niveau du site d'injection pour désinfecter la zone de prélèvement mais aussi pour profiter des capacités de vasodilatation de ce produit rendant la ponction plus simple. De même un point de compression sera effectué et deux expérimentateurs seront mobilisés.

Choix des espèces

L’efficacité à digérer les régimes avicoles est associée à la poule domestique. La sélection sur ce critère a été faite sur cette espèce. C’est pourquoi nous l’avons choisi ici. Les animaux seront utilisés de la naissance jusqu’à l’âge adulte d’environ 42 semaines pour suivre les performances colorimétrie du sérum, de croissance et de reproduction, produire les poussins destinés au renouvellement des lignées, mais aussi couvrir les besoins en individus demandés par les projets de recherche s’appuyant sur ce phénotype.

Piquées deux fois à l'aiguille pour un prélèvement de 2 mL, parfois au sinus occipital avec un risque de lésion cérébrale, 1 560 poules subissent des procédures d'un niveau de souffrance léger avant d'être réutilisées dans d'autres protocoles. L'élevage court jusqu'à 42 semaines sous restriction alimentaire, en cages collectives où le porteur reconnaît des risques de picage pouvant causer des plaies cutanées profondes et des atteintes locomotrices. Il écrit qu'il n'est "pas possible" de maintenir une population porteuse d'un caractère d'intérêt agronomique sans utiliser ces animaux. La finalité est zootechnique et commerciale, maintenir deux lignées sélectionnées sur le pH ultime de la viande, qui en détermine les qualités sensorielle et technologique.

Objectifs

La sélection d'animaux présentant des caractéristiques agronomiques d’intérêt permet de conduire des recherches sur les mécanismes physiologiques et génétiques contrôlant ces caractères. Le projet vise à maintenir des lignées sélectionnées de façon divergente sur le pH ultime, mesure de l’acidité finale de la viande et qui détermine ses qualités sensorielle et technologique. Ces recherches visent à promouvoir des systèmes agricoles fournissant une alimentation saine et de qualité.

Bénéfices attendus

Grâce au maintien de lignées de poulet uniques, sélectionnées de façon divergente sur le pH ultime de la viande, le projet permettra de mieux comprendre les mécanismes d’élaboration de la qualité de la viande de volaille (première viande produite au monde) et de développer des outils de progrès utilisables en sélection (marqueurs génétiques) ou en élevage (marqueurs biologiques). Le projet permettra également de mieux comprendre l’impact des variations de réserves énergétiques musculaires sur des indicateurs de robustesse de l’animal (qualité du poussin, capacité reproductive, santé osseuse) et de contribuer à l’élaboration de stratégies de sélection durables.

Procédures

Deux prises de sang de 2 mL d'une durée de moins d'une minute seront effectuées: l'une servira à établir la parenté des individus l'autre à contrôler l'efficacité de la couverture vaccinale.

Impact sur les animaux

Un stress lié au passage en cage collective peut être observé chez nos animaux, entraînant notamment des troubles du comportement alimentaire qui durent généralement de 48 à 72 heures. La mise en cage peut également modifier la structure sociale du groupe, entraînant des comportements de dominance-dominé qui peuvent être observés jusqu'à ce que la structure sociale se rétablisse. Le passage à la cage collective comporte intrinsèquement des risques de picage entre les animaux, pouvant entraîner des plaies cutanées plus ou moins profondes et étendues, ainsi que des atteintes à l'appareil locomoteur. Au cours des élevages de longue durée comme celui-ci, une dégradation de l'état général d'un individu peut également être observée, les causes étant parfois indéfinies avant une autopsie. L'expression des comportements alimentaires est restreinte en raison de la restriction alimentaire. Enfin, la réalisation d'une prise de sang est susceptible de conduire à la formation d'un hématome. Si elle est effectuée au niveau du sinus occipital, des lésions cérébrales peuvent survenir. La contention au moment de la prise de sang peut également générer un stress chez l'animal, qui est momentanément privé de ses mouvements (maximum 1 minute).

Devenir

Nous utilisons les individus pour permettre la production d'une descendance. Les animaux n'ayant pas subi d'intervention majeure, nous envisageons de pouvoir les réutiliser dans des protocoles de recherche nécessitant des individus de cette lignée.

Remplacement

L’objectif de ce projet est de maintenir une population d’animaux vivants avec un caractère d’intérêt agronomique. Il n’est pas possible d’avoir cette démarche sans l’utilisation de ceux-ci.

Réduction

Au total, 1560 animaux seront requis pour la réalisation d’une prise de sang. Cet effectif a été calculé pour permettre l’obtention à la mise en reproduction de 24 coqs et 60 poules par génération et par lignée. Pour cela, nous avons estimé que nous devons réaliser une prise de sang sur 30 mâles et 70 femelles par génération afin de permettre un contrôle de la consanguinité et de la variabilité génétique. Ici, nous prévoyons d'effectuer un maximum de 7 générations sur une durée de 5 ans. Maintenir la variabilité génétique et contrôler la consanguinité sont des éléments indispensables pour maintenir une population animale en bonne santé. Ces effectifs intègrent aussi la possibilité de la survenu d'une infertilité chez l'un de nos animaux

Raffinement

Raffinement de l’hébergement : Les animaux seront maintenus en groupes sociaux tout au long de l’élevage. Ils auront à leur disposition diverses combinaisons d’enrichissement : perchoir, bloc à piquer, des chaînettes métalliques, des bandelettes de tissus pour stimuler le jeu, un isoloir sera inclus dans une partie des cages collectives pour permettre aux animaux d’avoir une zone de cache. Pour limiter les phénomènes de picage, des répulsifs dits anti-picage pourront être appliqués sur les animaux victimes de picage. Les animaux seront soumis à une observation soutenue, plusieurs fois par jour, afin de détecter le plus précocement possible toute dégradation du bien-être. Une grille d’évaluation spécifique du bien-être des volailles sera remplie a minima deux fois par semaine, et autant que de besoin. Un arbre de décision visant à faciliter la gestion quotidienne des animaux (atteinte ou non du point limite) a été développé et sera fourni aux zootechniciens chargés du suivi des animaux. Raffinement des procédures. Les prises de sang seront effectuées par du personnel qualifié spécifiquement formé à ces gestes. Pour éviter des lésions cérébrales pouvant être observées selon le mode de prélèvement, une garde sera appliquée à notre aiguille pour éviter d'enforcer l'aiguille trop profondément. Pour éviter la formation d'un hématome, de l'alcool 70°C sera utilisé comme vasodilatateur pour mieux visualiser les veines et éviter l'arrachage des plumes douloureux pour l'animal. Un point de compression de 30-60s sera appliqué également. Pour limiter le stress de la prise de sang ce geste sera fait par deux personnes : l'une réalisant la contention l'autre le prélèvement.

Choix des espèces

Le pH ultime est un critère de qualité de la viande associé à la poule domestique. La sélection sur ce critère a été faite sur cette espèce. C’est pourquoi nous l’avons choisie ici. Les animaux seront utilisés de la naissance jusqu’à l’âge adulte d’environ 42 semaines pour suivre les performances de croissance et de reproduction, produire les poussins destinés au renouvellement des lignées, mais aussi couvrir les besoins en individus demandés par les projets de recherche s’appuyant sur ce phénotype.

Issus des élevages d'un institut qui étudie les maladies neurologiques et neuromusculaires, 28 125 souris et 3 125 rats vont être utilisés dans des procédures impliquant un niveau de souffrance léger. Chacun subit un poinçonnage de l'oreille de moins de vingt secondes pour prélever le tissu qui servira au génotypage, 10 % au maximum en subissant un second. Le porteur présente ce tri génétique comme un moyen d'ajuster la production d'animaux au plus juste des besoins des projets de l'institut. 21 874 animaux sont gardés vivants pour être réutilisés ou pour maintenir les lignées, environ 9 375 étant tués parce que leurs caractéristiques génétiques ne correspondent à aucun usage prévu.

Objectifs

Différentes maladies maladies neurologiques, telles que des pathologies neurodégénératives (Alzheimer, Parkinson, ...), psychiatriques (dépression, schizophrénie, …), neuromusculaires (myopathies), ou modèle de régénérescence neuronale sont étudiées dans l'Institut afin de comprendre ces pathologies et de développer des traitements. Pour ces études, des modèles animaux porteurs de modifications génétiques sont utilisés, ainsi que des animaux controles. L'objectif de ce projet est l'identification des modifications génétiques (appelée "génotypage") des animaux issus de nos élevages afin de constituer des groupes homogènes et de taille adaptée pour les études ultérieures, aussi bien pour les animaux controles que pour les animaux modèles des pathologies.

Bénéfices attendus

L'identification des modifications génétiques portées par chaque animal permettra de le placer dans le bon groupe (groupe controle ou groupe présentant la pathologie), et d'adapter les procédures d'élevage au plus juste du besoin des utilisateurs. Les animaux issus de nos élevages seront ainsi caractérisés génétiquement de façon fiable et reproductible, assurant ainsi une utilisation à bon escient des animaux dans les différents projets de l'Institut.

Procédures

Les animaux subiront un petit prélèvement rapide de tissu par poinceau à l'oreille, ou ailleurs si ce n'est pas possible. Il sera réalisé en parallèle de l'identification. Un maximum de 10% des animaux subira un second prélèvement. Chaque prélèvement durera moins de 20 s.

Impact sur les animaux

Le prélèvement pourra induire de la douleur et du stress chez les animaux. Ils seront réduits au maximum en étant réalisés par du personnel formé et qualifié, avec un geste rapide et précis.

Devenir

La majeure partie des animaux seront gardés en vie pour 1- le placement en utilisation continue ou la réutilisation dans une procèdure expérimentale afin de répondre à une autre question scientifique ou 2- assurer le maintien de la lignée et utilisés pour la reproduction. Les animaux dont les caractéristiques génétiques ne leur permet pas d'être placés dans la procédure expérimentale pour laquelle ils ont été produits, ou d'être reutilisés dans une autre procédure, ou d'être utilisés pour le maintien de la lignée seront mis à mort. Du fait de la complexité des caractéristiques génétiques recherchées (animaux porteurs de plusieurs modifications génétiques simultanément), ce nombre est estimé au maximum à 30% des animaux produits, soit 9375.

Remplacement

L'identification des modifications génétiques portées par chaque anaimal utilisé ensuite dans les projets de recherche est une caractéristique propre à chaque animal et ne peut être réalisé que sur les animaux produits pour ces différents projets, cette production étant adaptée au plus juste des besoins de ces projets grace cette identification.

Réduction

La production des animaux sera réalisée pour chaque lignée au plus juste des besoins dans le projet de recherche qui suivra la production, et l'identification des modifications génétiques de chaque animal produit permettra de limiter cette production au nombre précisement requis dans chaque groupe expérimental. Le calcul du nombre d'animaux requis dans chaque procédure est réalisé avec des méthodes statistiques. Des schémas d'accouplement sont mis en place pour limiter la production des animaux, en produisant principalement les animaux utiles. Une conservation sous forme congelée (sperme ou embryons) est réalisée pour les lignées pour lesquelles la production en continue n'est pas nécessaire.

Raffinement

Le prélèvement de tissu, d'une taille très réduite, sera réalisé par du personnel formé, selon une méthode rapide et éprouvée afin de limiter le stress et la douleur chez l'animal. La cicatrisation du point de prélevement sera suivie au cours des jours suivant le prélèvement. En parallèle, des méthodes de prélèvement non invasives seront testées, avant d'envisager ultérieurement leur mise en place en routine, l'analyse sur prélèvement sanguin comme réalisé chez l'homme n'étant pas transposable à la souris ou au rat.

Choix des espèces

Pour la plupart des pathologies étudiées dans l'Institut, des modèles murins ont été développés par modification génétique, et ce sont donc ces modèles murins qui seront utilisés pour leur pertinence avec la pathologie correspondante chez l'homme. Le prélèvement pour l'identification des modifications génétiques sera réalisé principalement entre 7 et 28 jours après la naissance. Toutefois, quelques animaux pourront être prélevés à l'age adulte principalement pour une confirmation des données génétiques, ou à un âge plus précoce que 7 jours s'il est important d'avoir ces informations plus précocement.

Produites en interne pour alimenter d'autres protocoles d'immunologie, 3 000 souris transgéniques vont être utilisées dans des procédures impliquant un niveau de souffrance léger, à raison de 600 par an. Chacune subit au sevrage, à trois semaines, l'ablation de l'extrémité de la queue, et une biopsie de l'oreille si un second prélèvement s'avère utile. Aucune n'est tuée dans ce projet, dont l'objet se réduit à identifier génétiquement les animaux : 2 800 partent vers des expérimentations ultérieures et 200 sont gardées comme reproductrices. Le porteur indique explorer le prélèvement de poils, de salive ou de fèces pour remplacer le bout de queue, sans donner d'échéance.

Objectifs

L'objectif du projet est de caractériser génétiquement les souris transégniques produites pour être utilisées en immunologie dans l'étude d'une population de lymphocytes T.

Bénéfices attendus

Les bénéfices seront la caractérisation génétique de la lignée permettant l'optimisation de la gestion de l'élevage et permettant de fournir des animaux pour les projets scientifiques (utilisation continue vers des DAP expérimentation)

Procédures

Le projet permettra d'identifier les animaux à partir d’un échantillon de queue prélevé par biopsie caudale (5 secondes). Si besoin d'un second prélèvement, une biopsie auriculaire sera prélevée (5 secondes aussi). Cela représente 600 animaux par an.

Impact sur les animaux

Les nuisances sont celles liées au prélèvement de biopsie de queue ou d'oreille pour génotypage qui peut entrainer une sensation d'inconfort. Cette nuisance est passagère et n'entraîne pas de complications majeures.

Devenir

Les animaux seront gardés en vie pour utilisation continue pour les expérimentations (2800 animaux) ou pour maintien de la lignée (reproducteurs, 200 animaux).

Remplacement

Nous utilisons une méthode de génotypage non-invasive dans la mesure du possible: détection de la GFP par illumination sous lampe UV. Néanmoins pour la lignée porteuse des modifications génétiques autres que GFP, il n'y a pas de remplacement possible et nous devons réaliser un génotypage par PCR. Il n'existe pas d'alternative à l'utilisation de lignées murines génétiquement altérées pour étudier de manière mécanistique la biologie des lymphocytes MAIT dans un organisme vivant intégré.

Réduction

Le nombre d'animaux qui vont subir le prélèvement pour génotypage est réduit à son minimum: La production est lié aux besoins des projets scientifiques. Les schémas d'accouplement sont optimisés pour ne produire que des animaux "utiles" porteurs de modifications génétiques d'interet.

Raffinement

Pour minimiser la douleur associée au prélèvement de l'extrémité de la queue ou d'oreille des souris de 3 semaines, l'équipe de l'animalerie travaille activement à l'exploration de nouvelles techniques de génotypage. Des approches alternatives, comme le prélèvement de poils, de salive ou de fèces, sont actuellement en cours d'étude. Le prélèvement de tissu est réalisé par une méthode éprouvée, précise, rapide et standardisée de façon à limiter les effets indésirables (stress et douleur). Du Douxocalm sera appliqué en cas de signes de stress ou douleur.

Choix des espèces

La souris est le modèle de choix en immunologie du fait de la parenté génétique avec l'humain et car les lymphocytes T (notamment les MAIT) y ont été largement étudiés. La souris est l'espèce pour laquelle nous disposons d’outils moléculaires et génétiques et de modèles de pathologies bien établis permettant l'étude de la biologie des lymphocytes MAIT. Les souris sont prélevées au moment de leur sevrage et identification par bague à l'oreille, 3 semaines après la naissance. La réalisation de l'identification et du prélèvement au même moment permet de limiter les effets indésirables du prélèvement (une seule préhension).