Lien cause à effet entre microbiote et diarrhée chez l’agneau

Ce projet propose de suivre le flux d’établissement microbien depuis sa source (rumen et vagin de la brebis, environnement) jusqu’à l’écosystème du rumen adulte (un mois après le sevrage) chez des agneaux sains et diarrhéiques. L’objectif est d’établir une relation de cause-conséquence entre l’installation du microbiote et l’apparition des troubles digestifs chez le jeune. Nous recherchons à relever les trois critères qui définissent la causalité : i) ordre chronologique – X arrive avant Y ; ii) la relation entre X et Y n’est pas due au hasard et iii) Il n’y a rien d’autre qui explique la relation entre X et Y.

A l’issue du projet, nous souhaitons raccourcir la liste des microbes différentiellement abondants identifiés dans la première phase. Ceci nous permettra d’imaginer une nouvelle expérimentation afin de répondre au troisième critère de la causalité : il n’y a rien d’autre qui explique la relation entre X et Y.

Les brebis et les agneaux subiront des prélèvements sur animaux vigiles (prises de sang, de contenu ruminal et de féces). Les brebis auont deux prélèvements à deux mois d’intervale. les agneaux subiront les mêmes prélèvements mais avec une fréquence plus élevés une dizaine ente la naissance et l’âge de 3 mois. La réalisation du prélèvement sera en soit très rapide car chacun ne durera qu’une à deux minutes en incluant la contention.

Les animaux seront logés et soignées dans les conditions traditionnelles ; de même les techniques des prélèvements sont des pratiques couramment appliquées. Le contenu ruminal sera prélevé par sonde oesophagienne. Un stress transitoire est généré par ce type de prélèvement et dans certains cas une légère irritation de l’oesophage peut être observée. La contention physique des animaux s’effectuera dans les conditions habituelles d’élevage. Une personne compétente maintiendra la tête de l’animal pour éviter son balancement de gauche à droite et permettre l’ouverture de la bouche. L’expérimentateur introduira alors doucement le tube protecteur dans la bouche de l’animal, puis la sonde elle-même, et attendra que l’animal déglutisse la sonde avant de l’enfoncer précautionneusement, au rythme des déglutitions de l’animal, jusque dans le rumen. Une fois la sonde en place dans le rumen, le tube protecteur sera attaché au mufle de l’animal par une pince mouchette. Cette mouchette ne sera pas utilisée pour contenir ou restreindre l’animal, mais simplement pour éviter que le tube protecteur de la sonde ne sorte de la cavité buccale : en aucun cas la personne chargée de la contention ne devra tenir la mouchette durant le prélèvement. Une fois le prélèvement effectué, la sonde sera retirée lentement, puis la mouchette et enfin le tube protecteur. L’animal sera alors libéré de sa contention et reprendra sa place normalement dans le troupeau. L’ensemble de ces manipulations ne dure que 1 à 3 minutes. Les prises de sang seront réalisées à la veine jugulaire.

A l’issue de l’expérimentation, les brebis et les agneaux femelles seront gardées en vie : au tarissement des brebis, celles-ci retourneront dans le troupeau expérimental de même que les agneaux femelles pour assurer le renouvellement. Les agneaux mâles seront abattus dans notre abattoir expérimental où des prélèvements et mesures seront réalisés dans les différents compartiments du tube digestif afin de le caractériser finement..

L’objectif est de comprendre les déterminants microbiens déclancheurs des diarrhées chez le jeune ruminant, un travail sur les ovins s’avère donc, par définition en tant qu’espèce-cible et espèce-modèle, plus pertinent qu’un autre modèle pour les ruminants d’élevage. L’étude de la modulation du microbiote gastrointestinal après la naissance nécessite d’utiliser des agneaux nouveau-nés. Les agneaux seront répartis en lots 12h après la naissance et jusqu’à l’âge de 3 mois.