Moutons

Réduire les émissions de méthane de l'élevage ovin laitier passe ici par la sélection génétique, en repérant les brebis qui en produisent le moins pour orienter la reproduction de la race Lacaune. 550 brebis vont être utilisées dans des procédures d'un niveau de souffrance léger. Chacune est isolée cinquante minutes dans une chambre d'accumulation pour mesurer ses gaz, et 360 d'entre elles subissent deux intubations à six semaines d'intervalle pour prélever du liquide de rumen, geste que le porteur reconnaît stressant pour les jeunes brebis, avec un risque de lésion de la bouche. Toutes poursuivront ensuite leur carrière de production dans l'élevage.

Objectifs

Le projet de phénotypage fin a pour objectif général de quantifier le méthane et le dioxyde de carbone émis par les fermentations dans le rumen des brebis laitières et d’estimer la faisabilité d’une sélection, soit à partir d’une mesure directe des quantités de gaz produits, soit sur des mesures indirectes de ces émissions à partir des spectres du lait ou de bactéries présentes dans le rumen.

Bénéfices attendus

L’impact environnemental des ruminants est largement documenté : nous savons que les rations fourragères impliquent une augmentation des émissions des gaz à effet de serre, du fait de fermentations ruminales accrues. Les études génétiques sur des bovins et des ovins allaitants montrent que les émissions de gaz à effet de serre sont héritables : 15 à 30 % de la variabilité est d’origine génétique. En revanche, aucune publication ne fait référence à l’héritabilité du méthane émis par les ovins laitiers, et ni à la possible prédiction de ce méthane à partir des spectres du lait ou du microbiote ruminal. Notre projet apportera des premières estimations de paramètres génétiques des émissions de gaz à effet de serre pour les ovins laitiers, nourris de deux régimes alimentaires différents. Une recherche de gènes à effet majeur sur la production de méthane pourra aussi être conduite. De plus, les potentiels prédicteurs (spectres laitiers ou microbiote du rumen) seront disponibles pour quantifier leur capacité prédictive, car il est peu probable de pouvoir réaliser à terme des mesures de méthane émis chez tous les sélectionneurs Lacaune. Enfin, des premières estimations de différences d’efficience alimentaire d’animaux divergents pour leurs émissions de méthane permettront d’identifier des liens entre ces 2 groupes de caractères. Par ailleurs, la pertinence de l’application en ovin laitier des équations de prédiction bovine des gaz émis à partir des spectres du lait sera objectivée.

Procédures

MODIFICATION Sur l'ensemble du projet, 360 brebis seront concernées par des prélèvements de fluide ruminal et de fèces : chaque prélèvement dure moins d’une minute par animal. Chaque animal aura 2 prélèvements de fluide ruminal, espacés de 6 semaines. Ces prélèvements se font sur animaux vigiles.

Impact sur les animaux

Les nuisances possibles sur l’ensemble des animaux sont une peur à entrer dans la chambre PACs : l’animal apeuré peut être agité, ou très abattu, voulant faire demi-tour. Pour la collecte du jus de rumen, l'intubation des primipares peut être stressante : l’animal peut se débattre ou être lésé au niveau de la bouche lors de l'intubation. La mise aux portillons individuels pour contrôler l’alimentation nécessite un temps de familiarisation pour certains animaux, afin qu’ils puissent réellement manger à leur faim.

Devenir

Toutes les brebis poursuivront leur carrière de production dans l’élevage.

Remplacement

Notre projet porte sur l’impact environnemental des émissions de GES des élevages ovins laitiers. Les principales émissions de gaz à effet de serre de ces élevages proviennent de la fermentation entérique des ruminants. Les émissions de méthane entériques ont des origines génétiques, microbiennes et alimentaires complexes. Les expérimentations in vitro ont permis de caractériser les fermentations entériques et leur impact sur les émissions de gaz, en particulier en lien avec l’alimentation. Cependant, le microbiote digestif évolue au sein d’un holobionte , et interagit donc avec son hôte. Ce projet a donc pour but d’étudier l’holobionte (l'hôte et ses microbiotes). Les relations existantes entre un microbiote et son hôte sont complexes et en partie d’origine génétique et ne peuvent donc être étudiées que sur des animaux, pour rendre compte de la variabilité individuelle. De plus, nous cherchons des prédicteurs biologiques de ces émissions de gaz : si le microbiote est un possible prédicteur, il est difficile et couteux d’accès. Nous allons donc récupérer les spectres du lait obtenus automatiquement à chaque contrôle laitier officiel et les utiliser comme possibles prédicteurs. Le recours à l’animal ne peut donc être évité.

Réduction

Notre projet repose sur le phénotypage de 550 brebis. Aucun phénotypage des GES n’a déjà été effectué en race Lacaune, donc 550 brebis correspond à l’effectif minimum pour obtenir une précision suffisante pour les estimations d'héritabilités ; les corrélations génétiques entre émission de méthane et autres caractères risquent d'être encore peu précises. De plus, nous bénéficierons des prises de sang effectuées en routine pour le suivi génétique de l’élevage ; le sang des animaux ne sera donc prélevé qu’une seule fois. Les prélèvements de jus de rumen ne seront réalisés que sur un sous-effectif d’animaux (environ 360 animaux) puisque nous nous intéresserons qu’aux jeunes brebis (L1 à L3), sachant que la parité des animaux est un facteur important de la variabilité de la composition du microbiote ruminal.

Raffinement

Tous les animaux seront élevés en lots, dans la bergerie habituelle, sur des aires paillées, y compris le lot de 40 primipares dont l’ingestion individuelle est enregistrée : le maintien en lots permet l’expression des comportements sociaux. Le suivi des animaux est quotidien, par les nombreux passages des animaliers pour un suivi visuel, mais aussi 2 fois par jour lorsque les brebis passent en salle de traite. Chaque portillon étant dédié à un animal, toutes les brebis peuvent se nourrir ad libitum. Le milieu est enrichi avec des brosses et grattoirs. Les mesures d’émissions de gaz nécessitent d’isoler l’animal dans une chambre durant 50 minutes : une notation du comportement des animaux sera enregistrée. Toute agitation ou signe de mal-être induira une sortie anticipée de la chambre respiratoire. Les prélèvements de fluide ruminal ne sont pas des prélèvements habituels en élevage ovin. Néanmoins, le personnel de l’établissement utilisateur a été formé et pratique ce type de prélèvement depuis plusieurs années. Les prélèvements sont effectués sur un temps court avec très peu de contention des animaux, et sont réalisés avec du matériel vétérinaire adapté. Les prélèvements de féces sont des prélèvements occasionnels pour vérifier si les animaux sont parasités. Ils seront pratiqués par le personnel formé à ce type de prélèvement, sans isolement des animaux. Les prélèvements de lait se feront lors du contrôle laitier, sans manipulation supplémentaire de la brebis. A la fin des prélèvements (effectués sur les animaux ayant eu une mesure de méthane), une poignée de granulés est donnée à l’animal pour associer le prélèvement à un évènement positif. Les animaux sont habitués dès leur plus jeune âge au contact humain, et en particulier à être manipulés. Ils font l’objet d’une surveillance visuelle toute particulière au moment des prélèvements et après ceux-ci.

Choix des espèces

L’étude des émissions entériques de gaz à effets de serre est primordiale pour l’espèce bovine qui en est responsable des plus grandes quantités d’émission de GES d’origine animale. L’espèce ovine, même si elle est moins émettrice, présente néanmoins 3 avantages pour étudier le volet génétique de l’impact environnemental de l’élevage des ruminants : des troupeaux avec de grands effectifs (animaux élevés dans les mêmes conditions donc une réduction des facteurs de variation qui perturbent les modèles d’évaluation génétique), une sélection génétique opérationnelle (la sélection génomique est effective en ovins laitiers depuis 2015 en France) et un outil portable de quantification des émissions de gaz. Les chambres portables d’accumulation ou PACs, sont utilisées à des fins de sélection en Nouvelle Zélande et dans plusieurs pays du nord de l’Europe. De plus, sur les ovins laitiers, il est possible de tester simultanément les capacités prédictrices des microbiotes ruminal, fécal et des spectres du lait sur les mêmes animaux. La production de méthane est notamment liée à la quantité ingérée par les ruminants. Or le début et le milieu de la lactation sont des phases qui requièrent le plus d’énergie pour la brebis, d’où le choix de ces stades de production (espacés de 2 mois) où l’ingestion est élevée. La production de méthane est également dépendante du gabarit de l’animal : il convient donc d’étudier des animaux d’âges différents (brebis et primipares). Enfin, les spectres moyen infra rouge de lait étant un possible prédicteur, il est nécessaire que l’étude soit conduite lorsque l’animal est en lactation.

132 brebis vont être utilisées dans des procédures d'un niveau de souffrance léger, dont 36 brebis de réforme abattues pour que les douves adultes soient comptées dans leur foie. Les autres subissent cinq à neuf prélèvements de fèces et deux à trois prises de sang, d'environ trente secondes chacun, et restent ensuite dans l'établissement. L'enjeu déclaré est économique et sanitaire pour la filière ovine, la petite douve du foie résistant apparemment à l'albendazole, seule molécule autorisée en France contre ce parasite. Sur le remplacement, le porteur se contente d'une phrase, les ovins étant les "animaux cibles" et aucune méthode de substitution n'existant selon lui.

Objectifs

Dicrocoelium dendriticum (Dd), la petite douve du foie, est un parasite affectant un grand nombre d’hôtes dont les ovins et les bovins. L’infestation de l’hôte provoque des troubles hépatiques qui peuvent conduire à une perte d’efficacité alimentaire, voire à des symptômes cliniques d’insuffisance hépatique pouvant conduire à la mort. Elle a une importance économique et sanitaire cruciale pour l’élevage ovin. Les troubles hépatiques, y compris subcliniques et notamment en fin de gestation, peuvent avoir un impact important sur la production et la santé des brebis et sur la survie des agneaux. En France, jusqu’à ces dernières années, ce parasite préoccupait uniquement l’élevage ovin. Mais, de plus en plus d’élevages bovins sont désormais concernés par la petite douve, avec des conséquences semblables sur la santé des animaux. Comme le cycle de ce parasite est complexe, avec deux hôtes intermédiaires, la gestion de l’infestation ne peut reposer que sur le traitement antiparasitaire. L’Albendazole (ABZ) est la seule molécule ayant une AMM en France pour traiter la petite douve chez les bovins et les ovins (traitement à 15 mg/kg en une seule prise par voie orale). Cette situation est à risque concernant l’émergence de résistance au traitement. Or, depuis plusieurs années, les techniciens d’élevages et les vétérinaires reçoivent de plus en plus de sollicitations d’éleveurs ovins qui suspectent une diminution de l’efficacité du traitement. Récemment, des chercheurs ont mis en évidence, par un suivi coproscopique de brebis chez un éleveur, que l’efficacité de l’ABZ est très inférieure à celle attendue (38% vs. 90%, n=15). Ces éléments peuvent nous conduire à envisager l’émergence d’une résistance de D.d à l’ABZ.

Bénéfices attendus

Le bénéfice principal de ce projet est de mettre au point un test d'évaluation de la résistance de la petite douve à l'albendazole utilisable en élevage.

Procédures

Les brebis seront soumises à des prélèvements de fécés et sang : ces prélèvements auront une durée de moyenne d'environ 30 secondes par brebis. Les 60 animaux de la procédure 1 auront 5 prélèvements fécaux et en plus 12 animaux auront 2 prélèvements sanguins. Les 60 animaux de la procédure 3 auront 8 prélèvements fécaux et en plus 12 animaux auront 3 prélèvements sanguins. Les 12 animaux de la procédure 2 auront 9 prélèvements fécaux et 2 prélèvements sanguins.

Impact sur les animaux

Un stress léger peut être ressenti par les brebis lors de la contention pour les prélèvements de fécaux et sanguins. Lors des prélèvements de fécaux et sanguins, les brebis peuvent ressentir une gêne légère de courte durée, mais pas de douleur chronique ou aigüe d'intensité modérée ou élevée. Ces interventions n’entrainent pas d’altération de l’état général.

Devenir

Dans les 3 procédures, les 12 brebis de réforme seront abattus en fin de procédure pour permettre le comptage des petites adultes dans le foie. Dans les procédures 1 et 3, les 48 brebis en production mobilisées dans ces deux procédures, soit 9- animaux au total, seront gardés en vie et resteront dans l'établissement utilisateur à l'issue du projet.

Remplacement

Les ovins sont les animaux cibles de ce projet et il n'existe pas de méthode alternative.

Réduction

Les effectifs ont été réduits au maximum pour les trois procédures expérimentales afin de limiter le nombre d'animaux mobilisés tout en permettant de répondre aux objectifs du projet. Le nombre d’animaux par groupe a été réduit au strict minimum

Raffinement

Les brebis seront dans leurs conditions d’élevage habituelles (en groupes) dans un bâtiment d’élevage conventionnel sur litière paillée et feront l’objet d’une surveillance journalière pendant toute la durée du protocole. Pour les prélèvements de fèces, la contention sera faite par des animaliers expérimentés, dont la présence journalière répétée en interaction positive (alimentation, soins) est associée à une diminution du comportement de fuite des brebis et donc de leur stress face à la contention. En cas de signes de maladie (par exemple fièvre > 40°C, problèmes respiratoires, décubitus prolongé, anorexie, perte de poids >15 %...) ou d’impact sur l’état général des animaux (prostration, cachexie, alopécie…), une intervention vétérinaire aura lieu et un traitement adapté (antidouleurs, anti-inflammatoires, antibiotiques) sera mis en place (l’animal sortira du protocole si nécessaire).

Choix des espèces

Les ovins sont l'une espèce les plus sensibles à la petite douve et sont donc l'espèce cible pour cette étude. Nous mobiliserons des brebis adultes à l'entretien ou en début de gestation ayant pâturées de l'herbe depuis plusieurs mois et étant infestées de petites douves selon leur implication dans la 1ière ou la 2nd procédure. Ce sont ces catégories animales qui sont concernées par ces infestations et aux stades physiologiques étudiés, les risques sanitaires sont faibles.

Sensibiliser les éleveurs à un usage raisonné des vermifuges de synthèse et "communiquer largement les résultats" : 1 260 brebis vont être utilisées dans des procédures impliquant un niveau de souffrance léger. Elles subissent seulement des prélèvements de matières fécales, deux ou trois selon la procédure, espacés de quinze jours et durant quelques secondes, et toutes retournent ensuite dans leur troupeau. Le porteur mobilise des brebis adultes déjà infestées de strongles gastro-intestinaux ou de petite douve, à l'entretien ou en début de gestation, et justifie l'espèce par le fait qu'elle est la cible du projet. La démonstration cherche à valider une piste alternative à l'albendazole, la consommation de radis noir, et à en "promouvoir" l'usage, une finalité de conseil technique aux éleveurs davantage que de production de connaissances.

Objectifs

L'objectif de ce projet est de sensibiliser les éleveurs sur l'utilisation raisonnée des anthelmintiques de synthèse pour luttter contre les parasites internes en particulier les strongles gastro-intestinaux et la petite douve. Pour cela deux pratiques vont être mis en oeuvre pour démontrer leur efficacité et communiquer largement les résultats. Le test de réduction de l'excrétion fécal évalue la présence et la proportion de population résistante de styrongles. Il permet d'identifier les molécules éfficaces contre les strongles dans l'élevage et d'adapter les pratiques pour maintenir leur efficacité. La seconde procédure a pour objectif de trouver une méthode alternative à l'albendazole pour lutter contre la petite douve qui aujourd'hui la seule molécule efficace et homologué en France. Des travaux menés en élevage sur la consommation de radis noir ont montré des résultats intérréssants sur la réduction de l'eccrétion d'oeuf de petite douve. Ce projet vise à les valider et promouvoir leur utilisation.

Bénéfices attendus

Ce projet a pour objectif de sensibiliser les éleveurs et techniques sur l'intérêt de mettre en oeuvre certaines pratiques pour limiter la résistance aux anthelminthiques de synthèse de certains parasites internes (strongles gastro-intestinaux et la petite douve). Ainsi à l'issu de cette procédure, les éleveurs pourront faire évoluer leur pratiques en utilisant de façon raisonnée et en alternance les différents antiparasitaires afin qu'ils maintiennent leur efficacité.

Procédures

Les brebis seront soumis uniquement à des prélèvements fécaux au nombre de 2 pour la première procédure et à 3 pour la seconde pour suivre leur état parasitaire. Ces prélèvements seront tous espacés de 15 jours pour ne pas impacter la santé et le bien être des animaux. Cette procédure est très courte, de quelques secondes car les quantités nécessaires sont faibles environ 10g.

Impact sur les animaux

Un stress léger peut être ressenti par les brebis lors de la contention pour les prélèvements de fécaux. Lors des prélèvements de fécaux, les brebis peuvent ressentir une gêne légère de courte durée, mais pas de douleur chronique ou aigüe d'intensité modérée ou élevée. Ces interventions n’entrainent pas d’altération de l’état général.

Devenir

Les procédures mises en oeuvre sont très légères et elles n'occasionne qu'une légère gêne aux animaux. Les prélèvements fécaux sont des procédures régulièrement réalisées en élevage pour suivre l'état de santé des animaux sans impact sur celui-ci. Dans ces conditions, l'ensemble des animaux retourneront au sein de leur troupeau à l'issu de la procédure.

Remplacement

Les ovins sont les animaux cibles de ce projet et il n'existe pas de méthode alternative.

Réduction

Les effectifs ont été réduits au maximum pour les deux procédures expérimentales afin de limiter le nombre d'animaux mobilisés tout en permettant de répondre aux objectifs du projet.

Raffinement

Les brebis seront dans leurs conditions d’élevage habituelles (en groupes) dans un bâtiment d’élevage conventionnel sur litière paillée et feront l’objet d’une surveillance journalière pendant toute la durée du protocole. Pour les prélèvements de fèces, la contention sera faite par des animaliers expérimentés, dont la présence journalière répétée en interaction positive (alimentation, soins) est associée à une diminution du comportement de fuite des brebis et donc de leur stress face à la contention. En cas de signes de maladie (par exemple fièvre > 40°C, problèmes respiratoires, décubitus prolongé, anorexie, perte de poids >15 %...) ou d’impact sur l’état général des animaux (prostration, cachexie, alopécie…), une intervention vétérinaire aura lieu et un traitement adapté (antidouleurs, anti-inflammatoires, antibiotiques) sera mis en place (l’animal sortira du protocole si nécessaire). Le cas écheant (non réponse aux traitements ou blessure de l'animal non soignable), l’animal sera euthanasié par surdosage de barbiturique par voie intraveineuse, selon la posologie appropriée et le poids de l'animal.

Choix des espèces

Les ovins sont l'une espèce les plus sensibles aux strongles gastro-intestinaux et la petite douve et sont donc l'espèce cible pour cette étude. Nous mobiliserons des brebis adultes à l'entretien ou en début de gestation ayant pâturées de l'herbe depuis plusieurs mois et étant infestées de strongles et/ou de petites douves selon leur implication dans la 1ière ou la 2nd procédure. Ce sont ces catégories animales qui sont concernées par ces infestations et aux stades physiologiques étudiés les risques sanitaires sont faibles.

Pour mesurer combien de méthane émettent des agneaux nourris de légumineuses riches en tanins, 80 moutons mâles en croissance sont infestés pour moitié par un parasite sanguicole pendant deux mois. Ces procédures impliquent un niveau de souffrance léger, avec perte d'appétit, anémie légère et ralentissement de la croissance attendus chez les animaux parasités. Chaque agneau subit une prise de sang et une fouille rectale par semaine, plus deux périodes de quinze jours en cage individuelle avec un sac de collecte fixé sur lui. Tous rejoignent ensuite le troupeau expérimental, le porteur estimant qu'aucune altération n'empêche leur réintroduction, l'enjeu déclaré étant de réduire l'empreinte climatique des élevages du Sud.

Objectifs

Les récentes données de la FAO montrent que les élevages les moins productifs du monde (pays du Sud, petites îles, etc.) sont paradoxalement de forts émetteurs de gaz à effet de serre, notamment de méthane, par kg de lait ou de viande. Ceci est lié à la part élevée des besoins d’entretien dans les besoins totaux, en raison notamment de la régulation thermique des animaux en climat chaud et de la forte proportion d’animaux au pâturage. En effet, les animaux au pâturage consomment une ration riche en fibres, ce qui favorise la fermentation entérique et donc la production de méthane. Par ailleurs, le pâturage expose les animaux aux parasites digestifs. Les petits ruminants sont parasités par les nématodes gastro-intestinaux, qui entrainent une inflammation de la paroi intestinale, réduisant l’absorption des nutriments, augmentant les pertes protéiques et les besoins énergétiques pour combattre l’infestation. Une diminution de l’ingestion et de l’efficacité alimentaire est observée en fonction des espèces de parasites, augmentant ainsi les émissions de méthane par unité de production. Certaines légumineuses contenant des métabolites secondaires comme les tanins présentent un intérêt pour réduire les émissions de méthane. Les tanins qui sont des composés polyphénoliques naturellement présents dans certaines plantes, peuvent en effet moduler la fermentation ruminale en inhibant la croissance des microorganismes producteurs de méthane, réduisant ainsi les émissions de GES. Ils peuvent également avoir un effet anthelminthique réduisant ainsi l'infection par des vers intestinaux et améliorant la santé digestive des ruminants. Ainsi, un régime alimentaire contenant une quantité suffisante de tanins pourrait inhiber la production de méthane en régulant la fermentation ruminale mais aussi en réduisant les effets négatifs du parasitisme sur la digestion. Cette étude cherche donc à mieux comprendre les mécanismes d’interaction alimentation x statut parasitaire et leurs effets sur les performances zootechniques (ingestion, digestion, croissance) et les émissions de méthane entérique des ruminants. Pour cela, nous avons choisi d’étudier ces mécanismes sur des agneaux en croissance parasités ou non par Haemonchus contortus, très répandu en milieu tropical, et recevant ou non une alimentation incluant une source de protéine végétale tropicale (pois de Vigna Unguiculata) contenant des tanins condensés.

Bénéfices attendus

Les bénéfices attendus de ce projet résident dans une meilleure compréhension des interactions entre la qualité des protéines de la ration, la présence de tanins, et le parasitisme chez les ruminants en milieu tropical (qui exerce une pression continue en raison de contions favorables toute l'année), ainsi que de leurs effets sur les performances de croissance et les émissions de méthane entérique. Ces connaissances permettront d’identifier des leviers nutritionnels, comme l’utilisation de légumineuses riches en tanins, pour améliorer la santé digestive des animaux et réduire leur impact environnemental, tout en s’appuyant sur des ressources locales (animal et végétal).

Procédures

La moitié des animaux seront soumis à une infestation contrôlée par Haemonchus contortus pendant 2 mois afin de simuler le parasitisme des ruminants en milieu tropical. Des prélèvements sanguins seront effectués chaque semaine sur tous les animaux pour évaluer l’impact physiopathologique de l’infestation en fonction des régimes alimentaires. En parallèle, des échantillons de fèces seront collectés une fois par semaine sur tous les animaux par fouille rectale pour mesurer la charge parasitaire. Ces prélèvements par fouille rectale dureront moins de 3 minutes par animal. Enfin, lors de la présence des animaux en cages individuelles (2x 15 jours par essai), un bilan digestif sera réalisé sur tous les animaux et impliquera un prélèvement de fèces pendant 5 jours consécutifs afin de mesurer la digestibilité des régimes alimentaires.

Impact sur les animaux

Dans le cadre de ce projet, plusieurs nuisances ou effets indésirables, bien que limités et encadrés, sont à prévoir : - Infestation parasitaire : Les animaux seront volontairement infestés par le parasite H. contortus. Cette infestation peut induire une dégradation transitoire de l’état général (perte d’appétit, légère anémie, ralentissement de la croissance). Toutefois, elle restera modérée car la race de mouton Martinik est connue pour sa résistance au parasitisme digestif, et sera traitée efficacement à l’aide d’un anthelminthique à la fin de chaque période de 42 jours. Par ailleurs l’état clinique des animaux infestés sera surveillé quotidiennement afin de réagir rapidement en cas de dégradation trop importante de l’état de santé des animaux. - Isolement temporaire : Lors des phases de digestibilité, les animaux seront logés en cage individuelle pendant 42 jours. La taille des cages respecte les normes préconisées par le ministère de l’agriculture et le bâtiment est semi-ouvert permettant un éclairage naturel. Cependant, cette mise en cage individuelles entraînera une réduction des possibilités de déplacement ainsi que des interactions sociales entre les animaux. Les conditions d’hébergement des animaux seront adaptées : cages permettant le contact physique avec les congénères à travers les barreaux et des enrichissements sont présents dans les cages (brosses). - Manipulations répétées : Les pesées hebdomadaires de sang et de fèces par fouille rectale, ou via des sacs de prélèvements individuels, sont susceptibles d’occasionner un stress ou un inconfort. Afin de réduire cet inconfort, les pesées sont réalisées sans manipulation (chaque cage est ouverte en donnant accès à l’animal sur un couloir conduisant au plateau de pesée). De retour dans leur cage, lorsqu’un prélèvement sanguin est prévu, il est réalisé à la veine jugulaire en maintenant l’animal entre les jambes du technicien. Après chaque manipulation, l’animal reçoit une poignée de concentré (prélevé dans sa ration journalière pour respecter le plan expérimental). Les interventions seront réalisées par du personnel expérimenté, selon les procédures standardisées, en minimisant le temps de contention et de prélèvement (moins de 3 minutes par animal et par prélèvement). - Changements d’environnement : Les alternances entre hébergements collectifs et individuels occasionnent un stress adaptatif qui sera anticipé par une période d’adaptation de deux semaines à chaque début de phase.

Devenir

Les animaux n'auront subi aucune altération physiologique ou physique empêchant keur réintroduction au sein du troupeau expérimental de l'unité expérimentale

Remplacement

L’étude des effets croisés entre l’alimentation et le statut parasitaire sur les performances zootechniques et les émissions de méthane des ruminants nécessite le recours au modèle animal. En effet, ces interactions complexes requièrent une approche systémique, permettant d’appréhender, au sein d’un même organisme, l’expression simultanée de mécanismes biologiques interdépendants tels que la fermentation ruminale, la production de méthane et les réponses physiopathologiques induites par le parasitisme. Une telle complexité ne peut être reproduite de manière fiable sans recourir à un modèle animal vivant.

Réduction

Un total de 40 animaux par essais est requis pour ce projet (soit 40 animaux au total, en comptant la répétition). Ce calcul repose sur une analyse statistique basée sur notre connaissance de la variabilité individuelle rapportée dans la littérature concernant les mesures de performances zootechniques et les émissions de méthane des animaux parasités et non parasités en milieu tropical, notamment dans des essais utilisant des ressources alimentaires riches en tanins dans l’alimentation. Pour détecter un effet fort à modéré des facteurs alimentation en interaction avec le statut parasitaire, avec un seuil de significativité de 5 % et une puissance statistique de 80 %, un effectif minimum de 10 animaux par modalité de facteur est nécessaire, soit un total de 40 animaux par essai. Les comparaisons entre traitements seront réalisées avec des tests statistiques utilisés habituellement pour ce type de plan expérimental.

Raffinement

Depuis leur naissance jusqu’au début de l’expérimentation, les animaux seront élevés dans des conditions d’élevage classiques. Par la suite, ils seront transférés dans leur environnement expérimental, et une période d’adaptation de 14 jours sera mise en place. Cette phase a pour but de permettre aux animaux de s’habituer à leur nouveau mode d’hébergement ainsi qu’à l’alimentation expérimentale. Elle leur permettra également de se familiariser avec les manipulations hebdomadaires (prélèvements), afin de réduire le stress induit par ces interventions. De plus, cette période d’adaptation offrira au personnel animalier l’opportunité de surveiller de près l’évolution de l’infestation chez les sujets volontairement infestés. Afin d’améliorer leur bien-être, les animaux logés en cages individuelles bénéficieront d’enrichissements de milieu, notamment des blocs à lécher et des brosses suspendues, destinés à stimuler leur activité et à compenser la restriction de leur liberté de mouvement. Pour réduire les effets de l’isolement social, les cages permettent les interactions physiques entre congénères. Des tapis de couchage seront également installés pour améliorer le confort thermique et postural des animaux. Concernant la collecte individuelle des fèces, les sacs seront fixés sur les animaux 4 à 5 jours avant le début des 8 jours de collecte, afin de leur permettre de s’y habituer progressivement. Par ailleurs, des mesures continues permettront de détecter d’éventuels signes d’inconfort tout au long de l’expérimentation. Les animaux feront l’objet d’une observation quotidienne assurée par du personnel formé au bien-être animal, attentif à tout signe physiologique ou comportemental anormal, et prêt à intervenir en conséquence.

Choix des espèces

Cette étude cherche à mieux comprendre les mécanismes d’interaction entre une alimentation riche en tanins et le statut parasitaire, ainsi que leurs effets sur les performances zootechniques et les émissions de méthane entérique des ruminants. Le mouton a été choisi pour cette étude en raison de sa sensibilité aux tanins et à la prévalence de 100% des infestations parasitaires digestives lorsque les animaux sont élevés au pâturage. Comme tous les ruminants, il émet également une quantité significative de méthane entérique, ce qui permet d’évaluer l’impact des tanins et du parasitisme sur ces émissions. Son gabarit réduit, sa phase de croissance courte et sa manipulation aisée le rendent plus adapté que les bovins aux contraintes expérimentales. Les animaux utilisés seront des moutons mâles en croissance, âgés de 6 mois d’âge au début de l’essai et 10 mois en fin d’expérimentation. En effet, les jeunes moutons de 6 mois sont dans une période de croissance , durant laquelle les performances zootechniques (ingestion, digestion, croissance) sont particulièrement sensibles aux effets de l’alimentation et du parasitisme. Ce choix nous permettra ainsi d’évaluer de manière précise l’impact des régimes alimentaires et du statut parasitaire sur l’efficacité alimentaire et les émissions de méthane entérique. Par ailleurs, à cet âge, les animaux sont physiologiquement stabilisés mais pas encore influencés par des phénomènes liés à la maturité sexuelle complète, ce qui limite les variations hormonales susceptibles d’interférer avec les mesures expérimentales.

Améliorer la valeur marchande du cuir d'agneau : 200 agneaux de race Lacaune sont utilisés dans des procédures impliquant un niveau de souffrance léger, tous gardés vivants et maintenus dans l'élevage à l'issue. Chacun subit une prise de sang à la veine jugulaire sur animal vigile, et 30 d'entre eux une biopsie cutanée à la croupe sous anesthésie locale. Le porteur indique que la douleur au site d'incision peut durer 24 à 48 heures et que le risque infectieux n'est pas exclu. Le défaut visé, de petites perforations appelées piqué de laine, dégrade un "co-produit de l'élevage ovin actuellement mal exploité".

Objectifs

Les cuirs des agneaux de race Lacaune peuvent présenter un défaut, appelé piqué de laine (petites perforations du cuir, semblables à des trous d’épingle), qui dégrade sa valeur. L’objectif du projet est de mieux caractériser, dans cette race, une région du génome qui influence positivement la qualité du cuir. Cette région du génome comporte un gène dont un variant, qui est retrouvé naturellement dans la population, semble expliquer la variabilité observée de la qualité des cuirs. Pour cela une étude spécifique des agneaux porteurs ou non de ce variant est nécessaire pour mieux connaitre leurs caractéristiques et pouvoir évaluer les impacts sur les autres paramètres zootechniques.

Bénéfices attendus

Cette étude permettra de mieux comprendre le rôle joué par la génétique sur la qualité du cuir, en analysant ses impacts sur la structure de la peau et sa composition protéique. Elle permettra de mettre en lien les différences de génotype et de composition de la peau avec la qualité des cuirs tannés mais aussi avec les caractéristiques de la laine, la morphologie et la croissance des animaux. A long terme, ces connaissances permettront d’établir de nouvelles pistes de sélection sur la qualité du cuir afin de mieux valoriser ce co-produit de l’élevage ovin actuellement mal exploité.

Procédures

200 agneaux feront l’objet d’un prélèvement sanguin à la veine jugulaire. La prise de sang sur animal vigile durera environ 30 secondes par animal. Enfin, 30 animaux parmi les 200 feront également chacun l’objet d’une biopsie cutanée au niveau de la croupe. Cette procédure sera réalisée sous anesthésie locale et durera en tout une dizaine de minutes.

Impact sur les animaux

Dans ce projet nous réalisons des prises de sang à la veine jugulaire et des biopsies cutanées. Les agneaux peuvent éprouver un stress associé à la contention nécessaire aux interventions. Ils peuvent aussi ressentir une douleur légère au moment de l’introduction de l’aiguille. La prise de sang peut engendrer un hématome localisé sur le site de la ponction mais sans aucune altération de l’état général des animaux. A la suite de la biopsie cutanée, les animaux pourront ressentir une douleur pendant 24 à 48h sur le site de l’incision. Une désinfection sera effectuée mais le risque infectieux n’est pas exclu. Le site de l’incision sera suturé avec du fil résorbable afin de faciliter la cicatrisation des animaux.

Devenir

A la fin de chaque procédure tous les animaux sont gardés en vie et resteront dans l’élevage.

Remplacement

Bien qu’il existe des modèles cellulaires de peau, ils ne permettent pas de refléter avec précision les mécanismes moléculaires de la peau d’un agneau en croissance. De plus, l’utilisation de modèles cellulaires de peau ne permet pas de mettre en évidence l’effet de la mutation sur les autres caractères phénotypiques de l’animal : poids, morphologie et aspect de la laine.

Réduction

L’effectif de 200 agneaux nous permettra de mettre en évidence une différence statistiquement significative sur le piqué de laine de 0.5 écart-type avec un risque de première espèce (faux positifs) de 5% et un risque de deuxième espèce (faux négatifs) de 20%. Parmi ces 200 agneaux, 30 feront l’objet de biopsies cutanées :15 agneaux double porteurs et 15 agneaux non porteurs de la mutation. A partir des biopsies cutanées, les deux groupes d’animaux seront comparés sur des critères d’histologie de la peau et d’expression génique. Nous ne connaissons pas la variabilité de ces observations. Cependant, si on se base sur la variabilité du piqué de laine (caractère gaussien final observé, écart-type de 1.14), l’effectif de 15 individus par groupe nous permettra de mettre en évidence une différence statistiquement significative sur les paramètres étudiés de 1 écart-type pour un critère gaussien avec un risque de première espèce (faux positifs) de 5% et un risque de deuxième espèce (faux négatifs) de 20%. Les caractères étudiés grâce aux biopsies cutanées représentent des mécanismes fins de régulation génique, et c’est la raison pour laquelle cette différence de 1 écart-type représente un seuil suffisamment fin quand on se place à l’échelle cellulaire. Les effectifs sont donc réduits au minimum pour prouver nos hypothèses.

Raffinement

Les agneaux sont élevés sur des aires paillées en bergerie avec leur mère jusqu’au sevrage (à 1 mois). Afin de respecter leur comportement grégaire, ils sont sevrés en lots dans la bergerie d’engraissement. Chaque aire paillée dispose de dispositifs d’enrichissements tels que des tables, des chaînes et des disques à mordiller. Le personnel de l’unité utilise les principes d’apprentissage pour favoriser les interactions positives avec les animaux. Le renforcement positif permet par exemple d’associer un renforçateur primaire – par exemple un aliment appétent - à l’expression d’un comportement approprié afin d’en augmenter la fréquence. En cas de développement d’un comportement inapproprié, le contre-conditionnement permettra de rectifier la réponse au stimulus. Ces conditionnements seront utilisés lors de chaque manipulation spécifique des animaux durant le projet. La répétition des interactions positives avec les animaux (lors des soins quotidiens, de l’alimentation, des déplacements), en dehors des procédures expérimentales, limite fortement les comportements de fuite, ou de stress des animaux lors de leur contention. De plus, la contention est effectuée à proximité, donc en présence des congénères pour éviter le stress de l’isolement.

Choix des espèces

La mutation que nous cherchons à caractériser n’a pas été mise en évidence chez d’autres espèces que chez les ovins. Ses conséquences sur la qualité du cuir est une problématique spécifique à l’élevage ovin. Les prises de sang pour extraction d’ADN auront lieu à 2 mois d’âge. A cet âge le sang de l’agneau n’est plus contaminé par celui de sa mère et cet échantillon permet d’obtenir de l’ADN de qualité, indispensable pour les analyses génétiques plus poussées. Les biopsies cutanées auront lieu à l’âge de 2 mois, afin d’évaluer l’effet de la mutation sur les mécanismes moléculaires à un stade de développement précoce de l’animal et de détecter des différences moléculaires entre les agneaux porteurs ou non de la mutation.