Autres oiseaux

Capturées puis relâchées sur leur site, 300 sternes huppées subissent chacune trois prélèvements, deux écouvillons et une prise de sang à la jugulaire, dans des procédures d'un niveau de souffrance léger. L'objectif est d'évaluer le rôle de cet oiseau sauvage dans la circulation des virus influenza aviaire entre les îles du sud-ouest de l'océan Indien et l'Afrique. Le porteur n'attend pas d'effets indésirables au-delà du stress de capture et de contention, estimé à cinq minutes par individu. Les oiseaux de moins d'un an sont écartés par la méthode de capture, et tous sont relâchés après le prélèvement.

Objectifs

L’objectif de cette étude est d’analyser la connectivité entre les îles du sud-ouest de l’océan Indien et le continent africain à travers les déplacements des oiseaux marins. Nos travaux précédents se sont concentrés sur des espèces pélagiques (Sterne fuligineuse ; Onychoprion fuscatus), des espèces effectuant des migrations partielles (Noddi brun et Noddi à bec grêle), ainsi que des espèces relativement sédentaires (Sterne bridée ; Onychoprion anaethetu). Ces espèces ayant peu ou pas de contact avec les côtes africaines, leur rôle dans l’introduction de virus depuis ce continent semble limité. Dans ce projet, nous nous focalisons sur la Sterne huppée (Thalasseus bergii), qui, contrairement aux espèces précédemment étudiées, exploite principalement des habitats côtiers, en particulier dans le canal du Mozambique. Cette espèce vit fréquemment en sympatrie avec d’autres oiseaux marins, aussi bien dans les colonies de reproduction que dans les reposoirs nocturnes, augmentant ainsi les opportunités de transmission virale inter-espèces. Par ailleurs, elle a été l’une des plus touchées par les récentes épidémies de virus H5N1 HP en Afrique du Sud, confirmant son exposition à des virus influenza. Dans ce contexte, nous faisons donc l’hypothèse que la Sterne huppée aurait un rôle majeur dans l’épidémiologie des virus influenza en assurant notamment la connectivité entre les îles et le continent africain.

Bénéfices attendus

L’originalité de notre approche réside dans la combinaison de données écologiques et épidémiologiques pour une compréhension intégrée du rôle de la Sterne huppée dans la dynamique des virus influenza aviaires. D’un point de vue écologique, nos résultats permettront d’identifier les schémas de déplacement et le comportement migratoire de cette espèce. Nous collecterons des données sur les distances parcourues, les zones géographiques occupées, ainsi que sur la direction et la fréquence des déplacements entre les îles et la côte africaine. Sur le plan épidémiologique, cette étude précisera le positionnement de la Sterne huppée en tant que réservoir potentiel du virus influenza aviaire à l’échelle régionale. Nous chercherons notamment à déterminer si la population étudiée a déjà été en contact avec des virus H5 dans le passé. Enfin, nous explorerons les échanges de virus entre espèces en élargissant les analyses sérologiques et virologiques à la Sterne fuligineuse, qui partage le même habitat sur notre site d’étude. En cas de détection de virus par PCR, l’analyse des séquences virales permettra d’identifier d’éventuels flux de gènes et échanges de virus entre espèces et zones géographiques. L’ensemble de ces résultats fournira des connaissances inédites en matière de biosécurité, essentielles pour ces territoires particulièrement vulnérables à l’introduction d’agents infectieux en raison de leurs enjeux de conservation.

Procédures

Trois types de prélèvements seront effectués sur chaque animal : - Un écouvillon cloacal, réalisé à l'aide d'un écouvillon stérile (30 secondes) . - Un écouvillon oropharyngé, réalisé à l'aide d'un écouvillon stérile (30 secondes). - Une prise de sang au niveau de la veine jugulaire ou brachiale (une à deux minutes).

Impact sur les animaux

Toutes les procédures réalisées dans le cadre de ce projet sont de classe légères. De plus, compte tenu de la durée de contention et de manipulation relativement limitée (quelques minutes), nous n’attendons pas d’effets indésirables de type perte de poids, douleur, ou encore comportement anormal. Les manipulations seront effectuées par du personnel expérimenté et selon une chronologie standardisée et assurant une durée de contention minimale (environ 5 minutes par individu). Afin de limiter le stress, des mesures de raffinement et des points limites adaptés à la manipulation d’espèces sauvages seront appliqués (stress engendré par la capture et la manipulation, stress lié à la réalisation de la procédure expérimentale, incapacité à rétablir un comportement normal suite à la capture, la manipulation ou la réalisation de la procédure expérimentale).

Devenir

Tous les animaux seront relâchés sur le sîte de capture.

Remplacement

Le projet porte spécifiquement sur la transmission des agents infectieux chez les espèces ciblées; elles ne peuvent donc pas être remplacées.

Réduction

La détection des agents infectieux dans les populations naturelles est dépendante d'une grande diversité de facteurs liés à l'hôte et à son environnement. L'estimation précise des prévalences d'animaux porteurs d'agents infectieux nécessite de tester un nombre élevé d'animaux, afin de pouvoir être validé statistiquement. Notre approche consistera à raisonner en terme de population (i.e. ensemble d'oiseaux appartenant à la même espèce, étudiés à une date donné, sur un site donné). Pour chaque population, le nombre d'animaux utilisés sera de 30 à 50 individus (selon le succès de capture), ce qui permettra d'avoir un seuil de détection acceptable d'un point de vue statistique (prévalence de 2 %).

Raffinement

Afin de limiter le stress, les oiseaux capturés seront mis dans des sacs de contention, à l'obscurité. Les prélèvements biologiques seront réalisés à l’abri du soleil. Les captures seront conduites en évitant les heures les plus chaudes. Nous débuterons à l’aube, pour une durée maximale de quatre heures. Des captures pourront également être réalisées en fin d'après-midi trois heures minimum avant le coucher du soleil, et aux premières heures de la nuit. Nous éviterons de manipuler des oiseaux par temps de pluie, pour ne pas altérer l’étanchéité des plumes. Pour les prises de sang, la vitesse normale de coagulation pour les oiseaux n'est pas connue mais est habituellement considérée d'une durée d'environ cinq minutes. Le stress et les températures élevées sont susceptibles d'affecter cette durée. La fin de l'écoulement sanguin sera vérifiée systématiquement avant le relâché des oiseaux. Des points limites adaptés aux oiseaux marins seront appliqués.

Choix des espèces

Le projet porte spécifiquement sur la transmission des agents infectieux chez les espèces ciblées; elles ne peuvent donc pas être remplacées. Seuls les oiseaux adultes seront inclus dans l’étude (plus d’un an). Notre méthode de capture étant sélective, nous ne capturerons pas de poussins non volants (au nid), et nous pourrons également nous assurer de ne pas capturer d’individus de moins d’un an étant donné qu’ils présentent des caractéristiques morphologiques et comportementales facilement identifiables (taille des individus, couleur du plumage, dépendance alimentaire aux parents, etc.).

La formation du personnel aux gestes techniques mobilise ici 1 915 animaux de quinze espèces, dans des procédures d'un niveau de souffrance léger : 500 souris, 400 hamsters dorés, 400 poules, 100 porcs, 100 dindes, 50 bovins, 50 moutons, 50 cochons d'Inde, 40 chats, 40 rats, 30 chèvres, 25 chiens, 20 lapins, 10 gerbilles et 100 autres oiseaux. L'objectif déclaré tient autant à l'apprentissage qu'à la fiabilité des études permettant de commercialiser des vaccins et des médicaments vétérinaires. Les stagiaires s'exercent à la contention, aux administrations et aux prélèvements sur des animaux vigiles, l'acte étant le plus souvent pratiqué juste avant une mise à mort de fin de procédure, et le porteur écrit qu'il est "parfois indispensable" de recourir à des animaux quand la formation ne peut être acquise autrement. 130 individus, dont cinq chats et cinq chiens, sont réutilisés d'une formation à l'autre, puis tués dans la majorité des cas.

Objectifs

MODIFICATION : Le projet a pour objectif de former le personnel sur les actes techniques pratiqués sur toutes les espèces de l’établissement utilisateur, raffiner les futurs protocoles ou améliorer les pratiques zootechniques. Concernant la formation du personnel, celle-ci s’effectuent sous tutorat lors des procédures expérimentales. L’acte est pratiqué juste avant une euthanasie de fin de procédure expérimentale. Les animaux utilisés dans ce projet proviennent de procédures expérimentales de gravité « Léger » ou « Modéré ». Dans le cas de formation sur jeunes animaux, les animaux seront commandés spécifiquement pour ce projet et ceux-ci pourront être réutilisés ou placés. Concernant le raffinement de futurs protocoles ou amélioration des pratiques zootechniques, les animaux utilisés sont des animaux surnuméraires ou des animaux qui ont déjà effectué une procédure expérimentale (léger ou modéré) après avoir étudié toutes les possibilités d’utilisations ou de placement.

Bénéfices attendus

L’objectif étant de former du personnel compétent pour utiliser les modèles animaux à des fins scientifiques et garantir la fiabilité des études qui premettent de commercialiser des vaccins et des produits pharmaceutiques vétérinaires.

Procédures

Toutes les formations s’effectuent sous tutorat. Les actes de formation peuvent porter sur la contention de l’animal, des apprentissages d’administrations ou de prélèvements. En fonction des actes l’animal peut être vigile ou anesthésié. Tous ces actes s’effectuent en quelques minutes et en respect de l’animal.

Impact sur les animaux

Les animaux peuvent présenter une légère augmentation de stress due aux actes techniques et aux manipulations.

Devenir

Dans la majorité des cas les animaux sont euthanasiés après leur réutilisation en formation. Dans quelques cas, les animaux peuvent être utilisés plusieurs fois en formation.

Remplacement

La formation du personnel est assurée par du tutorat lors de procédures expérimentales ou sur des modèles n’utilisant pas l’animal (silicone, informatique, tissus…). Néanmoins, il est parfois indispensable d’avoir recours à des animaux lorsque cet objectif ne peut être atteint par d’autres approches.

Réduction

Il n’y a pas de justification à augmenter les effectifs d’animaux pour la formation, le nombre sera donc réduit au plus juste. Les animaux utilisés pour la formation sont des animaux qui ont déjà été utilisés dans la grande majorité des cas.

Raffinement

L’utilisation d’animaux pour des formations spécifiques ne sont mises en œuvre que lorsque la formation souhaitée ne peut être acquise autrement. La période de formation est toujours supervisée par un tuteur. L'acte de formation est pratiqué sur animal vigile une fois que l'acte est maitrisé sur cadavre ou animal anesthésié, ceci permet au tuteur d'évaluer la maitrise de l'opérateur en condition d'étude. A ce niveau l'acte ne requiert aucune anesthésie ou analgésie. Les points limites mis en place sont des points limites généraux liés à l'espèce. Le personnel est compétent pour identifier les cas pour lesquels l’animal n’est plus dans sa zone de confort. Tous les animaux utilisés pour la formation sont hébergés en groupe. Des enrichissements adaptés du milieu ont été mis en place dans les hébergements. La Structure du Bien-Etre Animal (SBEA) garantit l’amélioration des techniques de soins et des conditions de vie pour les animaux.

Choix des espèces

La formation doit se faire sur l’espèce concernée Le stade de développement des animaux utilisés pour ce projet, sera identique à celui des animaux utilisés dans les procédures expérimentales

Gardées vivantes à l'issue du projet pour être réutilisées dans d'autres études d'imagerie ou de comportement, 50 conures à joues vertes vont être utilisées dans des procédures impliquant un niveau de souffrance léger. Chaque oiseau passe un à deux mois d'habituation quotidienne à la contention du corps et de la tête et au bruit du scanner, avant quatre séances d'IRM d'une demi-heure en état éveillé, où il doit appuyer du bec sur un levier. Quelques individus reçoivent un agent chimique immobilisant pour caler les séquences d'imagerie, recours que le porteur déclare "nécessaire". Il présente la réutilisation de ces oiseaux comme une contribution à la réduction du nombre total d'animaux non-humains utilisés, sans indiquer combien de séances supplémentaires les attendent.

Objectifs

Notre projet est un projet de recherche fondamentale visant à étudier et comprendre l’évolution de l’intelligence chez les vertébrés, et plus précisément chez les oiseaux. Notre but est de comprendre comment des cerveaux à l’anatomie très différente peuvent produire des comportements similaires. Le conure à joues vertes est une espèce de perroquet capable de réaliser des comportements complexes, bien que son cerveau soit organisé de façon très différente des mammifères. Néanmoins, un point commun dans l’organisation du cerveau des perroquets et des primates est la taille très importante de leur pallium, la partie du cerveau qui est le siège de la cognition chez les oiseaux et les mammifères. Pour autant, l’organisation du pallium et le rôle de ses différentes régions dans les fonctions cognitives de haut niveau demeurent peu connus chez les perroquets. L’objectif de notre étude est de développer des protocoles d’imagerie d’IRM fonctionnelle chez des perroquets vigiles afin de décrypter le rôle de ces régions dans les fonctions cognitives de haut niveau, jusqu’ici explorés uniquement chez les primates. Pour amorcer cette investigation, nous créerons des protocoles d’IRM fonctionnelle permettant de visualiser activité cérébrale: (i) chez des perroquets éveillés observant, pendant qu’ils seront dans l’IRM, des vidéos de congénères réalisant des tâches complexes et (ii) chez des perroquets éveillés impliqués dans une tâche comportementale.

Bénéfices attendus

Ce projet permettra de développer un nouvel ensemble méthodologique appliqué à un modèle aviaire, ouvrant ainsi la voie à une meilleure compréhension de l’origine des capacités cognitives chez les oiseaux. L’utilisation du conure comme modèle offrira une opportunité pour l’étude des fonctions mentales avancées. Par ailleurs, les données obtenues pourront être comparées à celles d’autres espèces, ce qui contribuera à enrichir nos connaissances sur les mécanismes cognitifs et leurs bases neurobiologiques.

Procédures

Les conures réaliseront des tâches comportementales, visant à associer un stimulus visuel à une action directement dans l’IRM (par exemple appuyer sur un levier ou un capteur avec le bec). Les séances seront introduites de façon progressives et basées sur le renforcement positif, afin de favoriser la coopération volontaire des animaux lors des sessions d’imagerie. Les conures ainsi entrainés auront des séances d’imagerie. Avant ces sessions, les oiseaux suivront un programme d’habituation progressive à l’environnement d’imagerie, incluant la contention et l’exposition graduelle aux sons du scanner. Cet entraînement quotidien, sur 1 à 2 mois, vise à permettre aux animaux de rester calmes et immobiles lors des séances (maximum quatre) ultérieures d’imagerie en condition éveillée, qui dureront environ 30 min. Bien que les séances d’imagerie soient réalisées sur des animaux vigiles, il est indispensable d’optimiser au préalable les séquences d’imagerie afin de réduire au maximum le temps passé par les oiseaux dans l’IRM et assurer la fiabilité de ces séances. Cette étape d’optimisation ne concerne que quelques animaux qui doivent être parfaitement immobiles pendant une période prolongée et le recours à des agents chimiques immobilisants est nécessaire. Les séquences finales permettront de visualiser l’activité cérébrale des perroquets de manière efficace et stable.

Impact sur les animaux

Les nuisances attendues sont : - Un stress lié à la contention nécessaire aux sessions d’IRM, ce risque est limité par une phase d’habituation progressive, mise en place spécifiquement pour réduire au maximum ce stress. Cette étape, d’une durée de 1 à 2 mois, permet une familiarisation graduelle avec le matériel, la contention du corps et de la tête, ainsi qu’avec les sons du scanner. - Un bref stress lié au très cours temps de transport - Une douleur brève liée à l’injection de l’agent chimique immobilisant pour les quelques animaux qui seront utilisés pour optimiser les séquences IRM.

Devenir

Les animaux utilisés dans ce projet ne seront soumis qu’à des procédures classées comme légères et resteront en bonne santé. À l’issue du projet, elles pourront être réutilisées dans d’autres études comportementales ou d’imagerie cérébrale menées au sein du même établissement et en collaboration avec d’autre institut, ce qui contribue à réduire le nombre total d’animaux utilisés.

Remplacement

Les objectifs du projet nécessitent d’étudier directement le fonctionnement cérébral d’animaux éveillés et engagés dans des tâches cognitives, afin de comprendre les mécanismes neuronaux impliqués dans les fonctions cognitives de haut niveau. Ces investigations ne peuvent être remplacées par des approches in vitro ou in silico, car elles requièrent l’observation en temps réel des réponses cérébrales à des stimulations sensorielles et comportementales dans un cerveau intact et fonctionnel. L’utilisation d’oiseaux est pertinente, car certaines espèces, notamment les perroquets, présentent des capacités cognitives avancées comparables à celles des primates (résolution de problèmes, utilisation d’outils, imitation, …). Ces espèces permettent ainsi d’étudier les mécanismes cérébraux à l’origine de ces compétences dans un cerveau ayant évolué de manière indépendante, offrant un modèle unique pour découvrir le facteur nécessaire à l’apparition de la cognition de haut-niveau.

Réduction

Le nombre d’animaux utilisés a été déterminé de manière à être le plus faible possible, tout en garantissant la validité statistique et scientifique des données obtenues. Le pourcentage de réussite de l’entrainement des animaux à rester immobiles dans l’IRM n’étant pas de 100%, nous avons prévu un roulement des sessions afin de préserver le bien-être des oiseaux et de limiter le stress. Chaque animal sera scanné au maximum quatre fois, avec un intervalle d’au moins deux semaines entre deux sessions, permettant une récupération complète. Sur cette base, environ 50 conures à joues vertes seront nécessaires pour atteindre les objectifs expérimentaux, tout en optimisant l’utilisation de chaque individu et en réduisant au minimum le nombre total d’animaux impliqués.

Raffinement

Dès la réception des animaux, leur bien-être sera particulièrement observé par des zootechniciens compétents. Une communication entre le personnel de zootechnie et les expérimentateurs permettra un suivi adéquat des animaux. Afin de réduire au maximum le stress lié à l’habituation, plusieurs mesures de raffinement sont mises en place. L’apprentissage sera réalisé de manière strictement progressive, en commençant par des séances très courtes et en n’augmentant la durée qu’une fois que l’animal montre des signes clairs de tolérance (exploration active, absence d’agitation, posture détendue). Les récompenses alimentaires sont utilisées pour favoriser la coopération et associer positivement le dispositif d’habituation. Durant l’IRM, la température corporelle est contrôlée par un tapis chauffant maintenant une température physiologique stable. La fréquence respiratoire est contrôlée par un système de monitoring. L’IRM est non invasive et ne devrait pas entraîner de douleur chez les animaux ; en cas de signe de douleur ou de détresse, des analgésiques appropriés seront administrés. Pour la mise au point des nouvelles séquences, un très petit nombre de perroquets sera examiné sous anesthésie afin d’assurer leur confort et leur immobilité. Une grille d’évaluation (points limites) sera utilisée pour surveiller l’état des animaux pendant les expériences, en tenant compte de signes visibles de gêne ou de malaise, tels qu’une difficulté à se percher, à maintenir une posture normale, une diminution de l’appétit, des comportements inhabituels ou des plumes arrachées. La présence de lésions visibles sera également surveillée. Si un animal présente des signes de malaise l’expérience sera interrompue, son état général évalué, et les interventions nécessaires seront réalisées selon les recommandations vétérinaires.

Choix des espèces

Les conures à joues vertes combinent des capacités cognitives avancées avec une taille corporelle adaptée aux contraintes techniques de l’IRM, permettant ainsi la mise en place de protocoles d’imagerie fonctionnelle chez des animaux éveillés. L’étude portera sur des adultes âgés de 15 à 20 mois, un stade où le cerveau est pleinement développé et le répertoire comportemental est mature, garantissant l’observation de comportements cognitifs complexes. Ces caractéristiques rendent ces animaux les plus appropriés pour atteindre les objectifs du projet.

Sept prises de sang pour 96 des 120 pigeons bisets capturés, quatre prélèvements de plumes par oiseau, et chaque fois une contention de deux à cinq minutes sur animal vigile, sans anesthésie ni analgésie. Ces procédures, déclarées d'un niveau de souffrance léger, s'accompagnent d'une exposition de deux minutes à une source de chaleur et de lumière censée imiter un bain de soleil, tous les oiseaux étant ensuite relâchés à leur site de capture. Le porteur admet un stress et une détresse lors de la capture et des prises de sang, tolère le halètement pendant l'exposition à la chaleur et n'exclut pas des brûlures si la température visée est dépassée. Il attend de ces manipulations la description d'un comportement encore peu étudié et des données en libre accès.

Objectifs

Nos travaux de recherche appartiennent au champ disciplinaire de l'écologie, qui peut se définir comme l'étude scientifique des relations entre les organismes vivants et leur milieu. Ils portent sur l'étude de la variabilité naturelle des paramètres morphologiques et physiologiques et des comportements chez les espèces animales évoluant en milieu urbain, et donc soumises à de fortes pressions anthropiques. Plus particulièrement, le milieu urbain favorise la transmission des parasites entre individus tout comme il crée des environnements particulièrement contraignant en cas de chaleur : les îlots de chaleur urbain. Toutefois, ces pressions ne s'additionnent peut-être pas, car l'exposition à la chaleur est potentiellement une stratégie antiparasitaire via certains comportements comme le "sunning", soit l'exposition au soleil qui peut soit tuer les parasites par la chaleur, soit les obliger à se déplacer permettant à l'hôte leur détection et leur élimination. Dans ce projet, nous souhaitons mimer expérimentalement ce comportement en exposant des pigeons, connus pour réaliser ce comportement, à des conditions de température et de lumière similaires à celles d'une exposition au soleil afin d'étudier son efficacité antiparasitaire contre les poux des pigeons, son mécanisme (dissociation de l'effet de la température et de la lumière sur les poux) et ses coûts en terme de thermorégulation et de reproduction.

Bénéfices attendus

Les bénéfices du projet sont divers : (1) il va nous permettre de décrire le fonctionnement du comportement de "sunning" encore peu étudié, (2) il améliore notre compréhension des réponses des animaux à des contraintes importantes dues à l'urbanisation et au changement climatique, (3) ces mêmes données, jusqu'ici non existantes à notre connaissance, seront partagées avec la communauté scientifique via des dépôts de données en libre accès, (4) il permettra la récolte de données valorisables dans d'autres projets (mesures des éléments traces métalliques dans les plumes de pigeons parisiens et corrélation avec des mesures morphologiques).

Procédures

Les animaux seront soumis à diverses contention pour des mesures morphologiques (pesée : 1 minute, état de santé : 1 minute, 3x mesures morphométriques du tarse, de l'aile, des doigts : 10 minutes au total), ou l'exposition à notre traitement qui consiste à être maintenu 2 minutes sous une source de chaleur et/ou de lumière comme en milieu naturel. Les prélèvements réalisés sont tous peu invasifs : prélèvement de bouts de plumes (4 par oiseau, les plumes sont coupées sur des parties non inervées et non arrachées - 2 min de contention) et prélèvement sanguin (les 120 oiseaux subissent au moins une prise de sang, 96 d'entre eux en subissent 7, le sang n'est pas prélevé dans la veine mais sur la plaie après piqure par une aiguille immédiatement retirée afin de limiter la contention et la douleur - 5 min de contention au maximum, généralement 2-3 minutes). Toutes nos interventions ont lieu sur animaux vigiles afin d'éviter les effets des anesthésiants et analgésiants sur les comportements des animaux. Lors des interventions, la tête des oiseaux est couverte d'un tissu ou de la main pour les calmer.

Impact sur les animaux

Les nuisances attendues sur les animaux impliquent très majoritairement du stress et de la détresse lors de la capture et des manipulations, notamment lors de la prise de sang. Ce stress est temporaire et n'a aucune conséquence indésirable sur les individus qui retrouvent des comportements sociaux, de toilettage et d'alimentation normaux lors du retour en volière (dans laquelle ils présentent une courbe de suivi de masse normale) ou du relâché en milieu naturel. Il peut arriver que des blessures soient causées par le mode de capture (cela a été très rarement observé). Enfin, il ne peut pas être exclu que des blessures soient causées par la manipulation, bien que nous n'ayons jamais observé jusqu'ici de blessures causées par la pesée, les mesures ou la contention. Enfin, l'exposition à la chaleur pourrait causer stress voire halètement: ces nuisances ont été observées dans la nature sur des pigeons réalisant ce comportement par eux-mêmes et sont également d'intérêt pour notre étude. Le halètement sera toléré lors de l'exposition à la chaleur sauf si on observe qu'il perdure dans le temps après exposition. Cette exposition pourrait aussi causer des brûlures, dans le cas très peu probable (car suivi continu) de températures dépassant les températures visées.

Devenir

Tous les animaux seront relâchés à leur site de capture à la fin de la procédure.

Remplacement

Afin d'atteindre les objectifs scientifiques qui se focalisent sur une population de vertébrés en conditions naturelles et expérimentales, le recours à des animaux est nécessaire et il n'est pas possible aujourd'hui de les remplacer. Des organismes qui ne rentrent pas dans les limites taxonomiques de la législation sur l'expérimentation animale (comme les insectes ou les mollusques) ne présentent pas la même écologie ni la même biologie. Le comportement de sunning n'est observé que chez des organismes endothermes soit uniquement des vertébrés.

Réduction

Le nombre d'individus utilisés est choisi pour permettre d'avoir un nombre suffisant d'individus par groupe et assez de réplicats par traitement. Par exemple, si la température induit une chute du nombre de poux de 25%, nous avons une probabilité de le déceler de 99% avec 96 individus (estimation à l'aide d'un test statistique). De plus, afin de multiplier les bénéfices des captures et de nos différentes manipulations, nous avons opté pour limité le nombre de captures et d'ajouter des mesures légères et très peu invasives (prélèvement d'un bout de plume, mesures morphologiques supplémentaires) afin de répondre à des questions scientifiques supplémentaires. Cela permet de ne pas capturer plus d'individus sur la même période ou dans le futur.

Raffinement

Toutes nos procédures sont légères en terme de stress et de souffrance infligée à l'animal. De plus, les pigeons bisets sont très tolérants à la capture et à l'hébergement. L'utilisation de tissu pour les couvrir en cage et de tissus ou de la main lors de la contention est efficace pour les calmer car nos procédures sont réalisés sur animaux vigiles. Nous n'utilisons pas d'anesthésiant ou d'analgésiant afin d'éviter les effets néfastes sur le comportement. Les individus seront vus tous les jours à l'aide d'une grille d'évaluation afin d'identifier tout animal en mauvaise santé ou en condition de stress intense sur la base des points limites préalablement définis afin de le sortir des conditions expérimentales. Les volières correspondent aux critères définis pour l’élevage du pigeon biset (voir dossier d'agrément). Les pigeons seront hébergés dans une volière extérieure construite en grillage galvanisé, divisée en 16 compartiments et couverte en partie par un toit en tôle afin que les oiseaux puissent se protéger des intempéries. Chaque compartiment (L=3.10m, l=2m, h=2.40m, volume=14.88m3, surface au sol=6.2m2) peut accueillir un maximum de 12 individus. La surface au sol représente plus de 2 fois la surface recommandée par l’annexe A de la Convention Européenne (3 m2 pour 12 individus). De plus, les compartiments sont plus longs que larges, ce qui permet aux individus d’effectuer de brefs vols. Par ailleurs, chaque compartiment est enrichi de 6 nichoirs en bois brut laqué, de 4 perchoirs en bambou d’une longueur totale de 5 mètres, 1 mangeoire de 60 cm, un abreuvoir d’eau (réservoir de 7 litres) et une baignoire de faible profondeur de 30 cm de diamètre. Tous ces enrichissements permettent de réduire le stress de la captivité pendant tout le protocole. L'équipe technique et scientifique a l'expérience du travail sur cette espèce. L'ensemble des manipulateurs est formé par tutorat aux gestes décrits.

Choix des espèces

Le pigeon biset Columba livia apparaît comme étant un modèle animal idéal pour étudier les mécanismes écologiques et évolutifs en milieu urbain. En effet, c’est un oiseau issu d’élevage domestique relâché par l’homme par le passé qui s’est installé dans les zones urbaines et qui est, à priori, soumis à de fortes pressions évolutives. De par ses grandes facilités d’adaptation, il constitue le modèle vertébré « sauvage » le plus répandu en zone urbaine. Par ailleurs, cette espèce est très répandue et ne constitue pas une espèce menacée d’extinction. Les pigeons échantillonnés et prélevés en milieu naturel seront tous adultes (plus de 8 mois). Des pigeons plus jeunes ont des taux de mortalité plus élevés à court terme, il est donc possible qu'ils meurent rapidement après baguage. De plus ils sont plus sensibles au stress, notre impact serait plus grand si nous les manipulions. La reconnaissance de l'adulte se fait sur critères morphologiques : la caroncule du bec n’est pas encore blanche mais reste rosée chez les pigeons jeunes, ils sont également plus petits, une masse qui dépasse rarement 250g et ont un bréchet saillant. Dans le cas où nous doutons de l’âge d’un individu, il sera considéré comme juvénile.

Capturés au filet dans la nature à proximité d'élevages, 1 160 pigeons et moineaux sauvages sont tous relâchés sur leur site de capture, dans des procédures impliquant un niveau de souffrance léger. Chaque oiseau subit un écouvillonnage cloacal, un écouvillonnage de la gorge, une prise de sang à la jugulaire ou à l'aile et le retrait des parasites accrochés à ses plumes. Le porteur indique ignorer la vitesse normale de coagulation chez les oiseaux, l'estime à cinq minutes et prévoit de vérifier l'arrêt du saignement avant chaque relâche, les oiseaux étant maintenus en sac de contention à l'obscurité et réhydratés au glucose. Sur le remplacement, il écrit en une phrase que le projet porte sur la transmission d'agents infectieux chez ces espèces, qui ne peuvent donc pas être remplacées, et reprend mot pour mot la même phrase à la rubrique du choix des espèces.

Objectifs

Les élevages jouent un rôle clé dans l’émergence de zoonoses (e.g. SARS-CoV1, H1N1), en servant de ponts épidémiologiques entre les réservoirs d’agents infectieux de la faune sauvage et les populations humaines. Un cortège d’agents infectieux zoonotiques (e.g. bactéries leptospires), ou à potentiel zoonotique (e.g. virus influenza, coronavirus), a été identifié chez de nombreuses espèces animales sauvages, dont certaines sont commensales et vivent à proximité de l’homme (rats, souris, chauves-souris, pigeons). Au sein de la faune sauvage, certains de ces virus sont capables de passer la barrière d’espèce et de se transmettre entre espèces (e.g. Astrovirus entre les oiseaux et chauves-souris). Bien que les approches "One Health" préconisent d’intégrer les compartiments humains, animaux et leurs environnements, peu d’études arrivent à consacrer simultanément un même effort de recherche sur les trois compartiments. La surveillance des écosystèmes sauvages et domestiques est également essentielle pour évaluer les risques d'émergences. Les espèces peridomestiques, à l'interface entre la faune sauvage et les animaux de rente, peuvent avoir un rôle d'intermédiaire entre la circulation de virus dans ces deux compartiments. Ceci a été démontré par exemple pour les virus influenza aviaires, que l'on retrouve chez des espèces péridomestiques à proximité des fermes infectées. Ces espèces pourraient également avoir un rôle dans la maintenance locale de certaines épizooties. Dans ce contexte, nous proposons d'identifier le rôle épidémiologique des deux espèces péridomestiques particulièrement abondantes: le pigeon domestique (Columba livia) et le moineau domestique (Passer domesticus). Nous ciblerons en particulier (i) l'interface entre les oiseaux sauvages et les élevages de volailles et (ii) la transmission virale au sein des habitats occupées simultanément par des pigeons et chauves-souris (e.g. ponts). La détection des virus d'intérêt médical suivants sera réalisée par biologie moléculaire et sérologie: virus influenza, coronavirus, paramyxovirus, astrovirus. Aucune capture ou prélèvement biologique ne sera réalisée sur les chauves-souris.

Bénéfices attendus

Ce projet apportera des connaissances sur le rôle épidémiologique des espèces péridomestiques. Il permettra une meilleure articulation des problématiques de santé animale et humaine, et de protection de la biodiversité. Les connaissances acquises permettront d’éclairer les décisions politiques et réglementaires et participeront à une prise en compte plus intégrée des enjeux liés aux espèces exotiques, à la santé animale et publique.

Procédures

Quatre types de prélèvements seront effectués sur chaque animal : - Un écouvillon cloacal, réalisé à l'aide d'un écouvillon stérile (30 secondes). - Un écouvillon oropharyngé, réalisé à l'aide d'un écouvillon stérile (30 secondes). - Une prise de sang au niveau de la veine jugulaire ou brachiale (1 à 2 minutes). - La collecte de parasites hématophages attachés ou dans les plumes des oiseaux (30 secondes).

Impact sur les animaux

Toutes les procédures réalisées dans le cadre de ce projet sont de classe légères. De plus, compte tenu de la durée de contention et de manipulation relativement limitée (quelques minutes), nous n’attendons pas d’effets indésirables de type perte de poids, douleur, ou encore comportement anormal. Les manipulations seront effectuées par du personnel expérimenté et selon une chronologie standardisée et assurant une durée de contention minimale (mesures morphométriques, prélèvements de fèces et de salive, prise de sang). Afin de limiter le stress, des mesures de raffinement et des points limites adaptés à la manipulation d’espèces sauvages seront appliqués (stress engendré par la capture et la manipulation, stress lié à la réalisation de la procédure expérimentale, incapacité à rétablir un comportement normal suite à la capture, la manipulation ou la réalisation de la procédure expérimentale).

Devenir

Tous les animaux seront relâchés dans la nature, sur le site de capture.

Remplacement

Le projet porte spécifiquement sur la transmission des agents infectieux chez les espèces ciblées; elles ne peuvent donc pas être remplacées.

Réduction

La détection des agents infectieux dans les populations naturelles est dépendante d'une grande diversité de facteurs liés à l'hôte et à son environnement. L'estimation précise des prévalences d'animaux porteurs d'agents infectieux nécessite de tester un nombre élevé d'animaux, afin de pouvoir être validé statistiquement. Notre approche consistera à raisonner en termes de population (i.e. ensemble d'oiseaux appartenant à la même espèce, étudiés à une date donnée, sur un site donné). Pour chaque population, le nombre d'animaux utilisés sera de 30 à 50 individus (selon le succès de capture), ce qui permettra d'avoir un seuil de détection acceptable d'un point de vue statistique (prévalence de 2 %).

Raffinement

Afin de limiter le stress, les oiseaux capturés seront mis dans des sacs de contention, à l'obscurité. Les prélèvements biologiques seront réalisées à l’abri du soleil. Les captures seront conduites en évitant les heures les plus chaudes. Nous débuterons à l’aube, pour une durée maximale de quatre heures. Des captures pourront également être réalisées en fin d'après midi trois heures minimum avant le coucher du soleil. Nous éviterons de manipuler des oiseaux par temps de pluie, pour ne pas altérer l’étanchéité des plumes. Pour les prises de sang, la vitesse normale de coagulation pour les oiseaux n'est pas connue, mais est habituellement considérée d'une durée d'environ cinq minutes. Le stress et les températures élevées sont susceptibles d'affecter cette durée. La fin de l'écoulement sanguin sera vérifiée systématiquement avant le relâché des oiseaux. Enfin, l'hydratation des oiseaux sera réalisée systématiquement avec une solution de glucose. Des points limites adaptés aux espèces concernées seront également mis en place.

Choix des espèces

Le projet porte spécifiquement sur la transmission des agents infectieux chez les espèces ciblées; elles ne peuvent donc pas être remplacées. Les animaux seront classés en trois grandes catégories d'age pour ce projet : poussins, juvénile et adulte. Tous seront échantillonnés.

Capturés au filet dans 80 jardins répartis sur huit villages, maintenus moins de cinq minutes en main pour une prise de sang, un écouvillonnage cloacal et des mesures, puis bagués et relâchés sur place, 8 640 passereaux vont être utilisés dans des procédures impliquant un niveau de souffrance léger. Le protocole porte sur douze espèces, dont la mésange charbonnière, le moineau domestique, le rouge-gorge familier et le rossignol philomèle, et compare la contamination par les pesticides entre jardins entourés d'agriculture conventionnelle et jardins en agriculture biologique. L'effectif se déduit d'un plan d'échantillonnage à trois individus par sexe, par âge, par espèce et par jardin, étalé sur quatre ans. Chaque oiseau ne subit la procédure qu'une fois, et les individus recapturés sont relâchés sans nouvelle manipulation.

Objectifs

Depuis plusieurs décennies, l’utilisation massive et croissante de pesticides de synthèse dans l’agriculture conventionnelle a permis une augmentation considérable des rendements agricoles mais elle a également eu des effets sur la biodiversité et notamment sur les populations d’oiseaux, même si la magnitude de ceux-ci reste l’objet de controverses. La conversion à l’Agriculture Biologique, dans le cadre de la politique agricole commune et soutenue par l’État français, permet de proposer un ensemble de mesures permettant la restauration des écosystèmes agricoles et ainsi de promouvoir la biodiversité. A ce jour, beaucoup d’études se sont intéressées à la comparaison entre l’agriculture conventionnelle et biologique avec pour résultats principaux que les densités et abondances des espèces et des individus sont plus importantes dans les paysages en agriculture biologique. En revanche, un effet positif sur la dynamique des populations évoluant en agriculture biologique, reste encore à démontrer, d’autant qu’identifier les processus et mécanismes impliqués reste aussi à l’ordre du jour. Une des hypothèses principales serait que l’absence d’utilisation de produits phytosanitaires en agriculture biologique améliorerait la santé des individus. L’objectif de ce projet est d’apporter des connaissances cruciales au regard de la contamination et des effets sublétaux (c'est à dire des effets n’entraînant pas directement la mort de l'individu mais une dégradation de son état de santé général) de l’agriculture conventionnelle par rapport à l'agriculture biologique, sur 12 espèces de passereaux nichant dans 80 jardins de 8 villages (10 jardins par village) au sein d’un agrosystème, en comparant en conditions naturelles le taux de contamination des oiseaux par les pesticides ainsi que plusieurs marqueurs de leur « santé ». Ces 8 villages seront choisis selon un double gradient de pression en pesticide. Le premier gradient sera obtenu en choisissant des villages qui sont plus ou moins entourés d’agriculture biologique. Le second gradient sera obtenu en fonction de l’éloignement du jardin à la plus proche parcelle en agriculture conventionnelle.

Bénéfices attendus

Le bénéfice principal attendu de ce projet sera de comprendre comment l’agriculture biologique peut être un levier pour préserver la biodiversité aviaire en diminuant l’exposition aux pesticides des individus et de savoir/comprendre/déterminer si l’état de santé des oiseaux et de leurs populations s’améliore par rapport à des paysages dominés par l’agriculture conventionnelle.

Procédures

Les individus seront capturés dans la nature et un prélèvement de sang, de fiente et un écouvillonnage seront réalisés. Le temps de manipulation ne durera pas plus de 5 minutes.

Impact sur les animaux

1) Tout d’abord, il y aura un stress léger lié à la capture. En effet, la capture par des filets maillants est la procédure habituelle pour capturer des passereaux et n’engendre pas de traumatisme ni de mortalité quand elle est réalisée dans des conditions météorologiques favorables. 2) Il y aura ensuite un stress léger lié à la contention des oiseaux pendant les mesures (mesures de comportement, mesures morphométriques, mesure du parasitisme) qui durera moins de 5 minutes. 3) Il pourra y avoir une gêne légère et passagère lors du prélèvement cloacal et lors de la prise de quelques microlitres de sang avec effraction. Chacun de ces gestes (écouvillon et sang) durera moins d'une minute (compris dans les 5 minutes).

Devenir

Tous les individus seront bagués et relachés sur le site de capture après les manipulations et chaque individu ne subira qu'une seule fois la procédure. Si un individu est recapturé, il sera relaché.

Remplacement

S’agissant de suivi populationnel pour comprendre des mécanismes complexes en milieu naturel, il n'existe pas de modèle in vitro ou in silico permettant de remplacer les animaux vivants.

Réduction

Le nombre d'individus est réduit à son maximum et est celui qui permettra de réaliser des analyses statistiques avec une puissance suffisante pour détecter des effets sublétaux. Notre projet se focalisera sur 12 espèces différentes afin de pouvoir relier l'écologie de l'espèce à l'exposition aux pesticides, il faut un nombre suffisant d'individus capturés dans les différents villages et jardins. L’étude sera réalisée sur 3 individus par sexe (mâle versus femelle), âge (adulte versus jeunes volants de l’année), espèce (12 espèces) et jardin (10 jardins). Au total, des prélèvements et des mesures seront réalisés sur 8640 oiseaux sur les 4 ans du projet au maximum.

Raffinement

L’ensemble des manipulations est réalisé dans le respect de l’animal aussi bien pour les adultes que les jeunes à l'envol. Les manipulations sont faites de façon à minimiser le stress, dans un temps limité et toujours à proximité du site de capture. Les oiseaux seront relâchés sur le site précis de capture. Les expérimentations sont réalisées avec des conditions météorologiques optimales (température supérieure à 10°C, absence de pluie et de vent) afin de minimiser le stress et l'impact de la manipulation. Les manipulations seront réalisées par des personnes expérimentées uniquement et des points limites stricts ont été déterminés préalablement afin de préserver le bien-être de l'animal pendant la durée de la capture. Les manipulations seront réalisées dans le respect du protocole sanitaire. Le matériel de prélèvement sera stérile et à usage unique. En cas de stress marqué, l'expérience sera immédiatement arrêtée et l'animal sera isolé dans son sac jusqu'à retour au calme avant d’être relâché. Les individus recapturés sur deux années différentes rentreront dans deux procédures différentes. Les sacs seront nettoyés entre chaque session.

Choix des espèces

Les passereaux sont un modèle parfaitement adapté à notre questionnement puisque pendant la période de reproduction, ils restent à proximité de la haie et du jardin où ils nidifient (dans un rayon de 150 mètres pour la plupart des espèces) nous permettant ainsi d'être certains que les individus seront confrontés à une exposition aux pesticides en agriculture conventionnelle ou en absence de pesticides pour les jardins entourés d'agriculture biologique. Les différentes espèces de notre projet seront les plus abondantes dans notre site d’étude afin de disposer d'un échantillon statistique suffisant et ce seront les espèces les plus grosses nous permettant de pouvoir prendre un échantillon de sang sans dommage. Nous travaillerons sur 12 espèces : l'accenteur mouchet, le bruant zizi, la fauvette à tête noire, la fauvette grisette, l'hypolaïs polyglotte, le merle noir, la mésange charbonnière, la mésange bleue, le moineau domestique, le pinson des arbres, le rossignol philomèle et le rouge-gorge familier. Les études seront faites sur les adultes et sur les jeunes volants (c'est à dire les individus ayant quitté les nids et qui seront donc déjà autonomes au même titre que les adultes)