Conservation des espèces
- Enseignement supérieur et formation professionnelle
- Maintien des lignées génétiquement modifiées
- Production de routine
- Protection de l’environnement
- Recherche appliquée
- Recherche fondamentale
- Tests réglementaires
Ecologie spatiale des chauves-souris : Effet de l’infection sur les déplacements du Petit Molosse de la Réunion (ESCAPE)
- Conservation des espèces
- Recherche fondamentale
- Éthologie / comportement / biologie animale
- Oncologie
10 chauves-souris du Petit Molosse de la Réunion, une espèce sauvage protégée, vont être capturées puis relâchées le soir même, dans des procédures impliquant un niveau de souffrance léger. Chaque individu subit une biopsie de l'aile, un tatouage et la pose d'un radio-émetteur, ainsi que des prélèvements de salive, d'urine et de fèces, pour suivre ses déplacements par télémétrie selon son statut infectieux. Le porteur indique que la pose de l'émetteur peut modifier le vol la première nuit et présente le projet comme utile aux gestionnaires de la conservation. Les animaux sont tous relâchés dans leur milieu naturel après manipulation.
Objectifs
L’objectif du projet est d’étudier, par télémétrie, les déplacements du Petit Molosse à La Réunion en relation avec le statut infectieux des individus. Il s’articule autour de trois questions : 1) Déterminer la surface du domaine vital, les zones de chasse, et la distance maximale parcourue. 2) Caractériser les réseaux de gîtes, en identifiant le nombre de gîtes visités et la distance entre ces gîtes. 3) Tester si l’infection a un impact négatif sur le déplacement, en comparant notamment la distance parcourue, la durée des sorties, et le nombre de gîtes visités entre individus infectés et non-infectés.
Bénéfices attendus
A l’issue de ce projet, nous aurons les premières informations sur les déplacements du Petit Molosse, notamment sur les zones de chasse qu’il utilise (type d’habitat, surface, distance au gîte), ainsi que sur son comportement (durée de nourrissage, visite d’autres gîtes). Ce projet a pour ambition de permettre aux gestionnaires de la conservation d’avoir en main des données clés sur la biologie et le comportement de cette espèce protégée, afin d’adapter les mesures de gestion proposées. L’analyse d’individus infectés et non-infectés apportera des résultats inédits sur l’effet de l’infection sur le déplacement des chauves-souris. Les résultats pourront être discutés dans le contexte actuel d’émergence de maladies.
Procédures
Ecouvillon buccal, prélèvement d’urine à la pipette, prélèvement de féces avec des pinces, biopsies alaires, taouage alaire et pose d’un radio-émetteur, sur 10 chauves-souris
Impact sur les animaux
La capture et la manipulation peut entraîner un stress. La pose d’un radio-émetteur peut entraîner une modification du comportement de vol (typiquemmment la première nuit, puisque les individus « s’habituent » par la suite).
Devenir
Les chauves-souris seront toutes relachées dans leur milieu naturel, le soir même.
Remplacement
La réalisation des objectifs du projet implique l’étude d’une espèce animale sauvage (Mormopterus francoismoutoui) dans son milieu naturel. Ce projet nécessite donc la capture de cette espèce dans la nature.
Réduction
Les études de télémétrie sont très chronophages et mobilisent un grand nombre de personnes pour suivre les individus équipés. De ce fait, le nombre d’individus qu’il est possible de suivre est limité (maximum 5 en même temps). Compte-tenu de ces contraintes, et pour prendre en compte au maximum la variabilité des comportements entre individus, et entre sexes, nous avons choisi de travailler sur 5 individus mâles et 5 individus femelles, soit 10 au total.
Raffinement
Lors de la capture, les manipulateurs resteront à proximité des pièges pour les surveiller constamment, et récupérer les individus au plus vite. Ils seront hydratés et placés dans des pochons individuels proches, au calme, en présence d’une bouillote pour maintenir leur température corporelle. La manipulation des chauves-souris se fera sur le site de capture pour réduire le temps de capture et ainsi le stress. Les prélèvements d’urine, de salive et de fèces sont indolores. La biospie alaire et le tatouage sont réalisés en quelques secondes. Après la pose de l’émetteur, chaque individu sera replacé dans son pochon pour une durée de 10 minutes, puis relaché. Toutes les manipulations seront réalisées par trois scientifiques formés et experts pour la capture et la manipulation, détenteurs de l’habilitation à la capture des chiroptères délivrée par le MNHN.
Choix des espèces
L’étude des déplacements d’une espèce sauvage par télémétrie nécessite sa capture dans son milieu naturel, puis relâcher, pour suivre ses déplacements. Seuls des individus adultes seront étudiés pour limiter la variation des comportements qui peut exister entre adultes et juvéniles.
Etude de la répartition de lamproie fluviatile (Lampetra fluviatilis) à l’aide des analyses génétiques
- Conservation des espèces
480 juvéniles de lamproie fluviatile vont être utilisés, dans des procédures impliquant un niveau de souffrance léger, puis relâchés sur leur lieu de capture. Ils sont capturés par pêche à l'électricité, anesthésiés, puis un fragment de nageoire de 0,5 cm² au maximum est prélevé pour identification génétique, sur des individus d'au moins 110 mm. Le porteur décrit une espèce classée vulnérable et présente l'étude comme nécessaire à la connaissance de sa répartition et à sa gestion. Il indique que l'analyse génétique de la nageoire est la seule méthode pour distinguer cette espèce de la lamproie de Planer, l'ADN environnemental n'ayant pas été concluant.
Objectifs
Sur le territoire étudié, les trois espèces de lamproies sont présentes : la lamproie de Planer, la lamproie marine et la lamproie fluviatile, les deux dernières étant migratrices anadromes. L’objectif du projet est d’identifier à l’espèce les juvéniles capturés au cours d’inventaires afin de cartographier la répartition de la lamproie fluviatile. Actuellement, il n’existe aucune connaissance sur la répartition et la densité de cette espèce. Classée vulnérable sur la liste rouge des poissons d’eau douce de France métropolitaine (UICN, 2019), la gestion et la protection de cette espèce nécessitent d’acquérir ces données. Les inventaires annuels par pêche électrique mettent également en exergue la présence synchrone de juvéniles du genre Lampetra qui peuvent être soit des juvéniles de lamproie fluviatile, soit des juvéniles de lamproie de Planer. Lors de ces inventaires, le genre Petromyzon peut être distingué du genre Lampetra à l’aide de critères visuels. Ces critères ne permettent cependant pas de distinguer entre eux les juvéniles de lamproie fluviatile des juvéniles de lamproie de Planer. L'objectif est de distinguer les espèces afin de connaître la présence et la répartition de la lamproie fluviatile grâce à l’analyse génétique d’échantillons de nageoires prélevés lors des inventaires.
Bénéfices attendus
Actuellement, très peu de données existent sur la répartition de cette espèce. Les données des échantillonnages par pêche des années précédentes montrent des individus identifiés seulement au genre (Lampetra/Petromyzon) voire à la famille (Petromyzontidae) du fait de la difficulté de détermination sur le terrain. La connaissance de la répartition de la lamproie fluviatile est essentielle pour répondre aux besoins de connaissance et de gestion/protection de cette espèce. Les données acquises répondraient ainsi aux objectifs du plan de gestion des poissons migrateurs et permettraient d'améliorer la gestion de cette espèce : mesures de protection des secteurs où elle est présente, prise en compte de sa présence lors de travaux (aménagements routiers au niveau des cours d’eau par exemple). Les résultats obtenus (cartographie de la répartition) seront portés à connaissance de l’ensemble des acteurs susceptibles d’intervenir dans le domaine : administrations, maîtres d’ouvrages, bureaux d’études, etc. A terme, la réalisation d’une base de données est prévue afin de compiler l’ensemble des observations.
Procédures
Le projet nécessite la capture de lamproies par la technique de la pêche à l'électricité et le prélèvement d'échantillons de tissus (sur la nageoire) d'un maximum de 0,5 cm² sur des individus mesurant au minimum 110 mm. Toutes les opérations sont réalisées par une équipe formée et expérimentée. Le temps total de l’opération depuis la capture jusqu’au relâcher est estimé entre 20 et 60 minutes. La durée de la procédure anesthésie, biométrie, prélèvement et réveil est d’environ 10 minutes.
Impact sur les animaux
La capture est réalisée par la technique de la pêche à l’électricité par des opérateurs formés et aguerris (formation pêche à l’électricité, habilitation électrique). Les effets sur les individus sont de très courte durée puisqu'ils sont immédiatement retirés du champ d’action après immobilisation à l’aide d’épuisettes puis transférés dans un seau. Les réglages de l’appareil de pêche sont maîtrisés par les opérateurs afin de minimiser les effets indésirables rares (blessures internes ou externes). Les prélèvements de tissus sur les individus concernés seront de 0,5 cm2 au maximum, ce qui est requis afin que l’analyse ADN puisse être effectuée. Afin que ce prélèvement n’impacte pas la capacité de nage et d’enfouissement des lamproies qui vivent enfouies dans le substrat durant la phase juvénile, nous nous fixons le seuil plancher de 110 mm concernant les individus sur lesquels prélever un échantillon de tissu.
Devenir
Les juvéniles de lamproies qui feront l'objet de prélèvements d'échantillons de nageoires seront capturés dans le milieu naturel et relâchés dans leur milieu d'origine après prélèvements des échantillons.
Remplacement
Le projet visant l’étude de la répartition de la lamproie fluviatile, il est nécessaire d’appliquer la procédure aux juvéniles de lamproies vivant in situ. Par ailleurs, l’analyse génétique (marqueurs mitochondrial et nucléaire) de tissus de nageoire est la seule méthode existante actuellement pour différencier les deux espèces, les critères visuels ne le permettant pas. La méthode de l’ADN environnemental (recherche de l’ADN d’une espèce dans les prélèvements d’eau) n’est pas applicable non plus puisque les derniers essais effectués sur ces espèces n’ont pas été concluants.
Réduction
L'objectif est d'établir une carte de répartition de la lamproie fluviatile. Pour cela, les stations de captures choisies prennent en compte l'aire de répartition théorique de la Lamproie fluviatile ainsi que les données antérieures de captures. Les prélèvements seront limités aux individus d'une taille minimale de 110 mm, ce qui a pour effet également de réduire le nombre d'individus possibles à prélever. Enfin, un maximum de 6 individus par lieu de capture a été fixé afin de répartir les prélèvements sur l'ensemble des stations où seront capturés des juvéniles de Lampetra tout en réduisant le nombre de prélèvements. Le nombre maximum de prélèvements est fixé à 480 sur les deux années du projet. Selon les données de capture des années antérieures, le nombre de juvéniles du genre Lampetra était en moyenne de 4 sur un des réseaux de stations de captures et de 3.2 sur le second. Ceci représente 66 % du nombre maximal que nous nous fixons cette année ; par conséquent, il est possible que nous n’en prélevions pas davantage. La probabilité de capturer les juvéniles de lamproie fluviatile tout au long des cours d’eau étudiés est forte, ce qui permet de réduire les prélèvements par point de capture sans obérer l’objectif du projet. En effet, toutes les stations à échantillonner ont fait l'objet d'au moins 1 capture de lamproie au cours des échantillonnages d'anguille lors de chaque année d'étude du reseau anguille (2013, 2016, 2019), et sur la moitié d'entres elles, réparties sur l'axe Loire, entre 4 et 59 lamproies ont été capturées, ce qui suffit à confirmer l'espèce. C'est la répartition sur l'axe Loire et sur l'axe Vienne , c'est-à-dire la colonisation la plus amont de la lamproie fluviatile qui est importante. L’objectif du projet est de dresser la carte de répartition de l’espèce et non d’obtenir des données quantitatives.
Raffinement
Lors de la capture, les individus sont immédiatement retirés du champ d’action après immobilisation à l’aide d’épuisettes puis transférés dans un seau. Les réglages de l’appareil de pêche sont maîtrisés par les opérateurs (formation pêche à l’électricité, habilitation électrique). Les lamproies sont ensuite anesthésiées à un stade entrainant une perte de réactivité et de sensations (tissus anesthésiés), une perte d’équilibre et de tonus et de réflexe. Il correspond au stade utilisé pour la chirurgie. Pour réaliser le prélèvement de tissus, la lamproie est placée dans le creux de la main désinfectée et humidifiée de l’opérateur. Les juvéniles anesthésiés sont facilement manipulables sans risque de blessure d’autant que le prélèvement est très rapide. La main est refermée délicatement autour de l’individu pour d’une part couvrir l’œil (si la lamproie est en cours de métamorphose) et ainsi limiter le stress, et d’autre part maintenir l’individu. Pour éviter un risque d’infection des lamproies (et toute contamination génétique des prélèvements), le matériel (ciseaux de dissection et pince) est désinfecté en trois étapes avant chaque prélèvement : un rinçage à la Javel, un rinçage à l’alcool à 90 °C et enfin un rinçage à l’eau déminéralisée. Chaque individu prélevé est ensuite déposé dans un bac de réveil avec de l’eau de rivière jusqu’à ce qu’il retrouve ses capacités de nage et tonus musculaire. Les individus sont relâchés sur leur lieu de capture.
Choix des espèces
L’objectif est de connaître la répartition de la lamproie fluviatile en distinguant les juvéniles de lamproie fluviatile des juvéniles de lamproie de Planer ainsi que de lamproies marines. Il est donc indispensable de réaliser l'étude sur les juvéniles de lamproies.
Robustesse des poissons: une composante clé de la vulnérabilité de leurs populations et de la durabilité en aquaculture
- Conservation des espèces
- Recherche appliquée
- Bien-être animal
- Recherche fondamentale
- Éthologie / comportement / biologie animale
- Oncologie
6 000 bars vont être utilisés, tous tués à l'issue, dans des procédures impliquant un niveau de souffrance léger à modéré. Ils subissent des biométries sous anesthésie, des jeûnes, des tests d'effort en tunnel de nage et une exposition volontaire à des canicules et à des épisodes d'hypoxie pendant quatorze jours, une partie subissant des prélèvements de sang et des biopsies de branchies. Les poissons sont ensuite tués pour peser leurs organes, l'analyse génétique de l'héritabilité exigeant selon le porteur un grand nombre d'individus. Le projet vise la sélection génomique de souches robustes pour l'aquaculture, et le porteur affirme qu'il n'est "pas possible de remplacer l'espèce".
Objectifs
Ce projet étudiera la robustesse individuelle des poissons en tant que déterminant de la vulnérabilité des populations et de la durabilité de l’aquaculture face aux changements climatiques en cours. La robustesse est mesurée comme la capacité d’un animal à grandir et à se reproduire dans les conditions environnementales de son habitat, ainsi que sa capacité à résister à des événements climatiques extrêmes. Ce projet est une étude de cas sur la robustesse d’une espèce de poisson importante pour la pêche et l’aquaculture, le bar européen Dicentrarchus labrax. L’espèce compte trois populations génétiquement distinctes, dans l’Atlantique, la Méditerranée occidentale et la Méditerranée orientale. La robustesse des individus issus de chaque population sera caractérisée pendant l’élevage sur plusieurs années sous trois régimes thermiques saisonniers qui reflètent les aires de répartition des trois populations. La robustesse sera évaluée en termes de croissance et des performances comportementales et physiologiques, saisies à des températures différentes pendant l’élevage. La résilience des individus et des populations face aux événements climatiques extrêmes estivaux, vague de chaleur et épisode d’hypoxie, sera aussi évaluée.
Bénéfices attendus
Les données seront intégrées avec des données de génomique pour révéler la composante héritable de la robustesse. L’ensemble de ces données seront ensuite utilisées pour développer des modèles pour prédire le destin des populations du bar Européen dans des climats futurs, pour mieux préserver les stocks de poissons. Les résultats soutiendront l'aquaculture durable, en permettant la mise en place de programmes de sélection de populations robustes.
Procédures
La totalité des n = 6000 poissons seront soumis à des biométries sous anesthésie et des intervalles de jeune alimentaire. Parmi ces 6000, n = 2756 vont aussi subir d’autres procédures. Un nombre de 774 individus vont subir des analyses de performance comportementale de sévérité légère ; n = 288 seront placés en groupes de 8 dans des aquariums pour 4 jours, n = 486 seront placés en groupes de 6 dans des aquariums pour quelques heures. Un nombre de 432 poissons seront testés pour leur performance physiologique, un protocole de sévérité modérée car il implique être confiné individuellement pour quelques heures dans un tunnel de nage, pour subir un test d’effort. Un nombre de 1550 individus seront placés dans des bassins en groupes de 45 individus pour plusieurs semaines, pour être exposés à des stress environnementaux (canicule ou hypoxie) sur une duree de 14 jours (ou servir de témoins). Basée sur les connaissances de la physiologie de l’espèce le protocole est de sévérité modérée, car les conditions sont calculées pour engendrer des réponses de stress sublétales en restant bien éloigné de tout risque pour la survie des animaux. Finalement, parmi les n = 1550 individus soumis à ces stress, n = 432 vont subir un échantillonnage de leur sang et une biopsie de leurs branchies, sous anesthésie. Un protocole non-létal mis a point sur les poissons et de sévérité modérée.
Impact sur les animaux
Les nuisances et les effets indésirables devraient être limités, toutes les procédures sont d'une sévérité légère ou modérée et sont maîtrisées sur cette espèce. Les conditions d'élevage en captivité, et d'experimentation comportementale et physiologique, ont été optimisées pour cette espèce. La perte d'accès à la nourriture, pendant les phases de jeûne, représente une nuisance mineure et transitoire, les poissons prédateurs sont adaptés à des alternances de festins et de famines. Les tests de performance impliquent un confinement mais sont de courte durée. Les expositions aux stress environnementaux représentent des nuisances transitoires d’une sévérité modérée, cette espèce étant souvent exposée à de telles conditions estivales dans leur environnement naturel (lagunes et estuaires). Le protocole d’échantillonnage du sang, et biopsie des branchies, a été mis à point pour les poissons et ne devrait pas représenter une nuisance majeure.
Devenir
Tous les animaux seront euthanasiés à la fin de leur procédure, pour pouvoir évaluer la taille de leurs organes. Pour les évaluations de la robustesse individuelle des poissons, l’approche génomique et l’analyse génétique de l’héritabilité et des corrélations génétiques nécessitent de travailler sur un nombre relativement important d’individus pour des questions de méthodologie statistique appliquée à ces disciplines.
Remplacement
Il n'est pas possible de remplacer l’espèce Dicentrarchus labrax pour ces recherches qui impliquent la mesure de la robustesse in-vivo des individus d’une espèce de poisson d’importance pour la pêche et la pisciculture.
Réduction
Pour les évaluations de la robustesse individuelle des poissons, l’approche génomique et l’analyse génétique de l’héritabilité et des corrélations génétiques nécessitent de travailler sur un nombre relativement important d’individus pour des questions de méthodologie statistique appliquée à ces disciplines. Typiquement, un nombre de 500 à 1000 poissons par population et par condition environnementale est recommandé pour avoir une précision suffisante des estimations d’héritabilité et de corrélations génétiques. Dans ce cas, il y a 3 populations et 3 conditions, soit un nombre recommandé compris entre 4500 et 9000, d’où le choix de 6000 poissons. Pour les évaluations de la robustesse des populations, en termes des performances comportementales et physiologiques, et de la résilience des populations face aux événements extrêmes, le nombre d’individus est le minimum nécessaire pour pouvoir établir des moyennes populationnelles des traits, et faire des comparaisons statistiquements valides de ces moyennes entre populations et régimes thermiques.
Raffinement
Tout sera mis en place dans le cadre des procédures pour limiter la souffrance et le stress des animaux. L’objectif majeur des protocoles est de limiter au maximum les nuisances ou effets indésirables pendant les procédures, pour obtenir des mesures valides et fiables de la robustesse des individus qui ne soient pas influencées par un état préalable de souffrance, stress ou agitation. Pendant le marquage et les biométries lors des mesures de croissance et de tolérance au jeûne, une procédure d'anesthésie sera appliqué qui est optimisée pour cette espèce. En dehors des mesures biométriques, les poissons seront conservés à des densités optimales, dans des bassins isolés des perturbations. De manière générale, l'alimentation sera conduite ‘ad-libitum’. Les phases de jeûne, avec une durée de 3 semaines, amènent à une perte de masse des poissons mais des expériences précédentes indiquent qu’ils ne posent aucun risque pour leur santé. Les acquisitions comportementales seront faites par vidéo dans des dispositifs utilisés au préalable chez cette espèce et en minimisant les perturbations. Les procédures en tunnel de nage sont bien établies chez les poissons. Pour limiter au maximum la souffrance et le stress des poissons pendant les manipulations, ils sont capturés et transférés dans les tunnels de nage sans exposition à l’air, puis une période de récupération et d'acclimatation d’une durée minimale de 4h est réalisée. Les poissons sont à l’abri de nuisances visuelles et sonores pendant la récupération et les expériences. Les expositions aux événements extrêmes (vague de chaleur ou hypoxie) auront lieu dans une salle dédiée et avec des effectifs d’animaux réduits, dans des bassins isolés des perturbations. Basée sur les connaissances de la physiologie de cette espèce, la gravité des événements extrêmes est calculée pour engendrer des réponses de stress sous-létales en restant bien éloigné de tout risque pour la survie des animaux. Le protocole d’échantillonnage du sang et biopsie des branchies, sous anesthésie, a été mis à point pour cette espèce.
Choix des espèces
Dicentrarchus labrax (bar en Atlantique, loup en Méditerranée) est une espèce de poisson marin côtier, importante pour la pêche et la pisciculture. Comprendre sa variation intraspécifique de robustesse, et les bases génomiques de cette variation, permettra de mieux prédire la capacité de l'espèce à persister face aux changements globaux en cours. Cette compréhension permettra aussi de mettre en place des programmes de sélection génomique de souches tolérantes pour la mariculture en cage dans les zones côtières. Les animaux seront étudiés d'un stade juvénile jusqu’à la maturation sexuelle. Un objectif principal du projet est d'étudier la robustesse de chaque individu, mesurée comme la capacité à grandir dans leurs conditions environnementales actuelles.
BELAMPHI Etude du franchissement d’une zone estuarienne anthropisée par les migrateurs amphihalins
- Conservation des espèces
- Protection de l’environnement
330 poissons vont être utilisés dans des procédures impliquant un niveau de souffrance léger à modéré, puis relâchés sauf incident. Le porteur décrit un marquage acoustique par chirurgie sous anesthésie pour les anguilles et les lamproies, avec ouverture de la paroi musculaire et suture, et une insertion gastrique pour les aloses, afin de suivre le franchissement d'une zone estuarienne aménagée de la Loire. Il indique que ces deux procédures peuvent causer des mortalités directes ou indirectes, les poissons étant remis à l'eau après réveil. Sur le remplacement, il affirme qu'aucune méthode substitutive ni modélisation ne permet de prédire ces comportements individuels.
Objectifs
La Loire a fait l’objet au cours des 19e et 20e siècles de nombreux aménagements pour exploiter ses ressources et améliorer sa navigabilité. Ceux-ci ont entrainé l’enfoncement du lit du fleuve, avec des conséquences dommageables sur le fonctionnement et la morphologie du fleuve lui-même et des impacts multiples sur les milieux naturels et la biodiversité. Il est essentiel que la Loire retrouve son équilibre. C’est l’objectif du programme de rééquilibrage du lit de la Loire, inscrit dans le Contrat pour la Loire et ses annexes (CLA). L’objectif du CLA est de restaurer l’équilibre du fleuve tout en préservant ses différents usages. Dans le cadre du CLA, il est notamment demandé d’étudier l’impact qu’auront les futurs aménagements sur les compartiments biologiques. Dans ces compartiments, les poissons migrateurs amphihalins, qui réalisent une migration entre milieux marins et milieux continentaux à des stades précis et sensibles de leurs stades de vie, sont particulièrement vulnérables et sensibles aux modifications de l’estuaire. Le présent projet a pour objectif d’étudier le comportement actuel des poissons migrateurs amphihalins sur la future zone des travaux. Pour cela, des émetteurs acoustiques seront placés dans des individus de 3 espèces de migrateurs amphihalins : les grandes aloses Alosa alosa, les lamproies marines Petromyzon marinus et les anguilles européennes Anguilla anguilla. Ces émetteurs seront placés sous anesthésie générale, par chirurgie (gravité modérée) pour les anguilles et les lamproies, et par insertion gastrique (gravité légère) pour les aloses. Ces individus marqués seront ensuite suivis le long du site d’étude grâce à des récepteurs placés régulièrement dans la rivière. Ce projet servira de référence et d’état initial. Il sera aussi une base de travail pour déterminer si les futurs aménagements amélioreront, ou au contraire perturberont, le franchissement de la zone par les migrateurs amphihalins. Une seconde étude sera réalisée afin de connaitre l’impact des travaux.
Bénéfices attendus
Il est attendu des données sur la franchissabilité de la zone d’étude par trois espèces migratrices amphihalines. Plus précisément : - impact des ouvrages actuels sur le franchissement : échappement (proportion d’individus franchissant la zone), blocage (temps supplémentaire induit par les ouvrages) ; - technique de franchissement : choix du chenal (droite ou gauche), utilisation des chenaux (latérale ou centrale), cinétique (franchissement continu ou par étape) ; - impact du super-prédateur Silurus glanis sur les populations d’amphihalins (nombre d’individus marqués qui seront prédatés sur la zone d’étude, obtenus grâce à des marques acoustiques capable de réagir à la digestion, donc à une prédation). Toutes ces données seront utilisées afin de rendre compatible les futurs aménagements avec la migration des migrateurs amphihalins, notamment en termes de position, d’orientation et de dimensions des futurs dispositifs d’aide au franchissement. La présence ou non de prédation des amphihalins par le silure sur la zone sera aussi prise en compte, car un dispositif de franchissement peut augmenter cette pression en attirant justement les silures sur cette zone.
Procédures
Les anguilles et les lamproies seront marquées chirurgicalement sous anesthésie générale. L'acte d'insertion de la marque acoustique dans la cavité péritonéale est relativement simple et parfaitement maitrisé par les applicateurs du projet. Seul la paroi musculaire de l’individu à marquer est ouverte, aucun organe interne autre que la peau et les muscles n'est impacté par cette incision. L'incision est ensuite suturée avec du fil résorbable qui disparait en 3 à 4 semaines. L'acte de chirurgie en lui-même dure moins de 5 minutes par individu. Les aloses seront marquées par insertion gastrique, avec anesthésie. Un tube de 9 mm de diamètre est introduit dans la bouche jusqu'à l'entrée de l'estomac, et la marque acoustique est ensuite déposée dans l’estomac. La longueur du tube est calculé au préalable sur plusieurs individus morts de tailles variées achetés dans le commerce afin de tomber exactement sur l’estomac. Cet acte dure moins de 15 secondes par individu. L'individu peut ensuite être remis à l'eau rapidement.
Impact sur les animaux
Au niveau individuel, cette étude nécessite un marquage (chirurgical pour lamproie et anguille, gastrique pour les aloses). Ces deux procédures peuvent occasionner des mortalités directes ou indirectes. Aucun autre effet du marquage n’est à signaler.
Devenir
Tous les animaux seront remis à l'eau dès la fin du marquage sauf euthanasie éthiques en cas d’incident (cf points limites).
Remplacement
Cette étude vise à comprendre le franchissement d’une zone anthropisée et prochainement modifiée par les migrateurs amphihalins. Il n‘existe aucune méthode substitutive, notamment en modélisation, car il est impossible de prédire des comportements individuels, chaque zone étant très spécifique. Il est donc impératif de documenter ce franchissement de manière expérimentale.
Réduction
Le nombre d’individus marqués sur chaque lot est un minimum nécessaire permettant d’effectuer une analyse statistique fiable. De tests de puissance préalables ont été effectués : ces tests permettent d'estimer la taille de l'échantillon nécessaire pour confirmer ou infirmer les hypothèse de manière significative. La taille des lots est celui préconisé par les tests de puissance.
Raffinement
Au niveau des prélèvements par la pêcherie, plusieurs précautions seront prises pour limiter le stress ou les dommages physiques sur les animaux. Le protocole de pêche seront adaptés pour être non traumatisants. Les marquages se feront toujours sous anesthésie générale avec ventilation mécanique des branchies : un tuyau relié à une pompe envoie de l’eau avec anesthésiant (concentration égale au bac d’endormissement) directement dans la bouche des poissons durant toute la durée de l’opération. La taille des marques (9 mm de diamètre, poids < 4 g) est choisie bien en dessous des critères normalement appliqués. Après l’implantation, les poissons sont gardés en bassin de réveil et surveillés individuellement au moins 30 min. Ce temps ne dépasse jamais plus d’une heure au maximum. Aucune remise à l’eau ne sera faite avant que l’animal ait recouvré tous ses réflexes et sa mobilité. Il est observé la reprise de l’équilibre, la reprise d’une activité de nage et la reprise de reflexe d’évitement, notamment à la préhension manuelle. Les poissons seront remis à l’eau le plus rapidement possible (le plus souvent dans l’heure suivant leurs sorties du vivier). Aucune sortie de l’eau sans anesthésie ne sera effectuée de manière prolongée (supérieure à quelques secondes). Lors des sorties de l’eau pour chirurgie, les poissons resteront en permanence en milieu humide (dos dans l’eau, eau qui ruisselle par la bouche). Les opérations se déroulent toujours sur les berges de la rivière.
Choix des espèces
La question des pouvoirs publics porte sur les espèces migratrices amphihalines. Nous avons sélectionné trois de ces espèces : la lamproie marine Petromyzon marinus (encore relativement abondante en estuaire, très robuste), l'anguille européenne Anguilla anguilla (avec des pêcheries actives et très robustes) et la grande alose (pêcheries actives en estuaire, possibilité de marquage en gastrique). Les autre espèces n'ont pas été retenues en raison d'effectifs trop faible (esturgeon, saumon,...) ou d'impossibilité technique (mulets porc, flets...). Les trois espèces seront prélevées pendant leur migration ontogénique : il s’agit donc d’adultes pré-reproducteurs. Par définition, les migrateurs amphihalins traversent cette zone à ce stade : c'est donc le stade d'intéret pour les pouvoirs publics.
Effets des fluctuations thermiques sur la croissance, la morphologie et le comportement de l’omble chevalier
- Conservation des espèces
- Recherche fondamentale
- Éthologie / comportement / biologie animale
- Oncologie
900 ombles chevaliers vont être utilisés, tous tués à l'issue, dans des procédures impliquant un niveau de souffrance modéré. Leurs œufs sont placés sous différents régimes de fluctuations thermiques jusqu'à l'éclosion, ce qui peut réduire leur survie, puis les larves sont filmées et anesthésiées pour des photographies morphologiques. Le porteur justifie le nombre par une mortalité anticipée pouvant atteindre 50 %. Il conclut que l'espèce n'est ni remplaçable ni substituable pour évaluer l'adaptation des salmonidés au réchauffement climatique.
Objectifs
Les salmonidés lacustres sont emblématiques de l'Amérique du Nord et de l'Europe. Ce sont des espèces qui ont une forte importance économique (pêche professionelle et amateure), patrimoniale et un fort interêt écologique de part leur position dans le réseau trophique. Néanmoins, les densités de populations ne sont pas stables. Le réchauffement climatique est l’une des principales causes pouvant expliquer ce déclin. L’objectif général de ce projet sera de quantifier les effets d'extrêmes de température apparaissant lors des premiers stades de vie. Spécifiquement, nous testerons si des extrêmes de température de courte durée (24h) et répétés influencent le développement et le phénotype des individus. L’objectif ici est de comprendre comment des fluctuations de température modifie la croissance et la mortalité larvaire, et si des modifications morphologiques et comportementales peuvent être observées. En effet, la température influence directement la physiologie, le développement et le comportement des individus, et certaines études suggèrent que certains organismes peuvent mettre en place des stratégies évolutives et plastiques afin d’y faire face. Ces analyses nous permettront d'évaluer le potentiel d'adaptation des salmonidés face au changement climatique. De façon plus spécifique, nous répondrons à ces objectifs en plaçant des oeufs de salmonidés à différents régimes de fluctuations de température chroniques (3 conditions : 4,5°C stable, augmentation à 8,5°C et 9,5°C) jusqu'à l'éclosion. Un suivi temporel sera réalisé à quatre pas de temps (750, 900, 1200 1500 degrés jour) sur le développement larvaire (croissance et mortalité) et le phénotype (morphologie et comportement).
Bénéfices attendus
Ce projet apportera des connaissances essentielles quant au potentiel d’adaptation des salmonidés face aux fluctuations thermiques. Les résultats de ce projet détermineront la pertinence d’étudier à plus large échelle l’adaptation potentielle d'individus ayant différentes histoires évolutives. Ces connaissances pourront alors avoir des répercutions opérationnelles afin de proposer une aide stratégique pour la gestion des salmonidés.
Procédures
Les animaux seront mis dans un petit aquarium afin d'être filmés (mesure comportementale, 10min). Ensuite, ils seront anésthésiés afin d'être placés sous un objectif photo et d'être pris en photo. Enfin, ils seront replacés dans leur aquarium. En outre, les fluctuations de températures auront lieu une fois par semaine de la fécondation à la naissance, cela peut induire une survie inférieure et un développement différent.
Impact sur les animaux
Les procédures de ce projet (prise de photo pour mesurer la morphologie et vidéo pour le comportement) n'impliquent qu'un leger stress du à la manipulation des animaux. Nous nous attendons à ce que ce stress se dissipe rapidement après avoir remis les individus dans leur aquarium. Enfin, les fluctuations de température mise en place lors du développement embryonnaire peuvent modifer leur développement, notamment morphologique et comportementale.
Devenir
Pour pallier au stress et souffrances potentiels dû à l’expérimentation, les individus sont mis à mort à la fin de la procédure.
Remplacement
Ce projet a pour but de comprendre les diminutions de densité dans les populations de salmonidés. L'objectif est d'évaluer les effets d’une augmentation de la variabilité thermique en milieu sauvage dans un contexte de réchauffement climatique en prenant en compte une espèce sujette à l’augmentation de la température et dont les effets sont problématiques d’un point de vue économique et écologique. En effet, cette étude permettra de comprendre la sensibilité au changement climatique d'une espèce avec une forte importance économique (pêche professionelle et amateur) et également écologique (prédateur). Le modèle poisson est pertinent pour cette étude car il répond a une problématique spécifique. De plus, chaque espèce répond différemment aux variations environnementales, ainsi il n’est pas remplaçable ni substituable.
Réduction
Cette expérimentation prévoit 3 traitements de température (2 régimes fluctuant et 1 témoin stable). L’effectif de 100 individus par répétition permet d’avoir un effectif de qualité pour avoir la quantité de matière nécessaire à nos analyses, et les 50 individus suivis dans chaque traitement permettent prendre en compte la répétabilité de la variabilité interindividuelle dans chaque traitement ainsi que la variabilité entre les séries, tout en limitant au maximum le nombre d’individus mis à mort gràce à un suivi temporel des mêmes individus (Règle des 3 R : Réduction). Au total 900 individus seront utilisés et mis à mort à la fin de l’étude : (3 traitements * 100 individus + 3 traitements *50 poissons individualisés) = 450 individus. 450*2 (50% de mortalité maximale anticipée) = 900 individus.
Raffinement
Tout au long de l’expérimentation, les structures et conditions expérimentales évolueront avec la croissance des animaux (litrage, nourriture, lumière). Les aquariums disposeront d’un couvercle afin de limiter le stress dû à la lumière. Les animaux seront visités 3 à 4 fois par jours, y compris le week-end. Avant les mesures morphologiques, les individus seront anesthésiés afin de limiter le stress due à la manipulation. Lors des mesures comportementales, une cachette sera disposée dans l'aquarium de test afin de limiter le stress. Enfin, aucune intervention chirurgicale n’est prévue, ainsi les mesures comportementales et morphologiques ne seront pas invasives pour les animaux.
Choix des espèces
Les salmonidés sont en déclin depuis plusieurs décennies, ayant des conséquences économiques, sans que les raisons de ces pertes d’effectifs ne soient complètement comprises. Bien que le réchauffement climatique soit l’une des causes de ce déclin, l’un des facteurs largement sous considéré est l’apparition de phénomène bref et intense de température. Ce projet apportera des connaissances essentielles quant au potentiel d’adaptation des salmonidés face aux fluctuations thermiques. Les résultats de ce projet détermineront la pertinence d’étudier à plus large échelle l’adaptation potentielle des organismes avec différentes origines. Ces connaissances pourront alors avoir des répercutions opérationnelles afin de proposer une aide stratégique pour la conservation des salmonidés. Nous utiliserons des poissons au stade embryonnaire, larvaire et jusqu’au stade juvénile. Ces premiers stades de vie devraient présenter des phénotypes différents selon les traitements des fluctuations de température subit durant le développement embryonnaire.
Etude de l’utilisation de l’habitat terrestre du Pélobate brun (Pelobates fuscus) en Alsace
- Conservation des espèces
40 pélobates bruns, une espèce d'amphibien menacée, vont être capturés dans la nature, opérés pour l'implantation d'un émetteur, puis relâchés, dans des procédures impliquant un niveau de souffrance modéré. La chirurgie sous anesthésie dure moins de vingt minutes et vise à suivre leurs déplacements terrestres pour améliorer la conservation de l'espèce. Le porteur indique un risque de mortalité d'environ 2 %, observé sur un protocole comparable en 2021. Il justifie l'étude sur des individus sauvages par son objet même, la conservation de ce pélobate.
Objectifs
Les amphibiens possèdent un cycle de vie complexe, composé d’une phase aquatique (reproduction et stade larvaire) mais aussi d’une importante phase terrestre. Si la première est très étudiée, les connaissances sur la phase terrestre sont en revanche souvent bien limitées. Cela est notamment dû à la difficulté de suivre des individus en déplacement en milieu terrestre comparé à l’écoute et à l’observation dans / près des mares. Néanmoins, la phase terrestre joue un rôle important dans la vie d’un amphibien et constitue la plus grande partie de son cycle de vie (zones de chasse, d’estivage, d’hivernage). Il est d’autant plus essentiel de connaître la totalité de l’habitat dans le cas d’espèces protégées. Il est aujourd’hui possible de suivre très finement les déplacements d’individus en phase terrestre sur le long terme grâce à la radiotélémétrie. Cette méthode permet, à l’aide d’une antenne et d’un récepteur, de suivre sur de longues distances les déplacements d’individus équipés d’un émetteur radio avec une précision telle qu’il est possible de les retrouver individuellement afin de pointer leur position par un GPS manuel. Ces techniques ont déjà été utilisées et validées pour étudier le déplacement en phase terrestre chez certains amphibiens. L’habitat terrestre n’a été que très peu étudié chez le Pélobate brun (Pelobates fuscus), espèce menacée en France (statut en « En danger (EN) » de l’UICN). Cette étude vise à caractériser les déplacements fins en phase terrestre du Pélobate brun.
Bénéfices attendus
Cette étude devrait nous permettre de mieux connaître les micro et macrohabitats utilisés par le Pélobate brun ainsi que ses patterns de déplacements, encore peu connus, permettant ainsi une meilleure gestion de son habitat et donc des mesures de conservation plus efficaces.
Procédures
En dehors du stress lié à la capture et à la manipulation, la nuisance prévue est l’implantation des émetteurs (chirurgie), cette nuisance est cependant réduite au maximum par l’anésthésie et l’emploi complémentaire d’analgésique. L’opération en elle-même dure moins de 20min, et le réveil se fait dans l’heure.
Impact sur les animaux
La probabilité d’apparition d’effets indésirables voire de mortalité des individus à la suite d’un stress dû à la capture, au déplacement, à l’opération et au maintien en captivité ne peut être réduite à zéro. Notamment, il y a eu 2% de mortalité (1 individu/46) pour le même protocole réalisé sur une autre espèce d’amphibien, en 2021. Les nuisances potentielles liées à la chirurgie concernent d’une part les risques inhérents à l’anesthésie et les risques possibles liés à la chirurgie en elle-même (problème de cicatrisation etc). Cependant ces risques restent bas : l’espèce cicatrise bien et la bonne formation des opérateurs mène à un risque quasi-nul de problème lors de l’opération.
Devenir
L’objectif est de suivre le déplacement des individus dans leur habitat naturel, il est donc obligatoire de les relacher.
Remplacement
Cette étude a pour objectif d’améliorer la conservation du Pélobate brun et concerne donc spécifiquement cette espèce, ainsi elle ne peut pas être réalisée via une autre approche qu’en étudiant le comportement des individus sauvages de cette espèce.
Réduction
Un nombre réduit d’individus sera utilisé lors de l’expérimentation. Cela nous permet d’avoir une puissance statistique suffisante tout en limitant le nombre d’individus manipulés. Réduire d’avantage cet effectif serait statistiquement risqué car nous ne pouvons écarter une mortalité induite par la capture, les manipulations, le transport et la chirurgie (2% de mortalité pour le même protocole réalisé sur une autre espèce d’amphibien, en 2021), ou une mortalité naturelle pendant l’expérimentation (prédation, maladie).
Raffinement
« Pendant la période de captivité les individus seront placés dans des vivariums à température ambiante (~20°C), dans un milieu maintenu humide, au calme et dans l’obscurité, enrichi de cachettes faites de pots en terre. Les individus seront nourris ad libitum avec des grillons vivants (Acheta domestica ; 1cm). La procédure chirurgicale est réalisée sous anesthésie générale et avec l’application d’un analgésique local. Pendant cette phase de captivité temporaire (48h à 72h) et de récupération post-chirurgicale, différentes évaluations sont mises en place pour déterminer quotidiennement les points limites, afin de limiter la douleur des animaux et permettre le relâcher dans de bonnes conditions.
Choix des espèces
Le but est d’étudier l’utilisation de l’habitat terrestre par le Pélobate brun dans le cadre de son étude et de sa conservation, ainsi le remplacer par une autre espèce n’est pas envisageable. D’autre part uniquement des adultes seront utilisés. Nous nous intéressons au déplacement en milieu terrestre des pélobates, éliminant ainsi de l’étude le stade larvaire qui est aquatique. Ainsi seuls des individus adultes et de poids suffisants (plus de 19 g) seront utilisés.
Etude du système immunitaire d’un Micromammifère exposé à des métaux toxiques
- Conservation des espèces
- Recherche appliquée
- Alimentation animale
- Toxicologie (hors obligations réglementaires)
100 mulots sylvestres capturés dans la nature vont être utilisés, tous tués à l'issue par dislocation cervicale, dans des procédures impliquant un niveau de souffrance modéré. Ils subissent des prélèvements de sang par voie rétro-orbitaire sous anesthésie et une injection de LPS, avant d'être tués pour prélever leurs organes. Le porteur anticipe une mortalité de 3 % dans les pièges et un stress lié à la capture et à l'hébergement. Il affirme que l'usage d'animaux sauvages est "requis", la réponse immunitaire des individus sauvages différant de celle des animaux de laboratoire.
Objectifs
Le concept de «One Health» postule que la santé humaine, animale et environnementale sont liées et promeut une approche systémique des questions environnementales, au profit des problématiques de santé publique associées. De nombreux changements environnementaux induits par les activités humaines (Fragmentation des habitats, pollution, zoonoses, ...) affectent les écosystèmes et la faune sauvage à l’échelle mondiale. Parmi ces menaces, l’exposition aux éléments traces métalliques (ETM) peut induire de nombreux effets toxiques à tous les niveaux d’organisation biologique (de la molécule aux services écosystémiques). L’exposition de Mammifères sauvages à des ETM toxiques a montré un effet immunosuppresseur aussi bien en laboratoire qu’en milieu naturel, les rendant potentiellement plus susceptibles aux pathogènes circulant dans l’environnement. Les performances du système immunitaire des animaux sont par ailleurs modulées par la qualité et la quantité des ressources alimentaires disponibles dans leur environnement. Les études abordant les effets des métaux sur le système immunitaire des Mammifères terrestres in natura sont rares et les mécanismes de l’immunomodulation par les métaux et par les ressources alimentaires mal connus. Des études comparatives portant sur le système immunitaire de rongeurs ont montré une différence significative des réponses immunitaires entre des groupes d’individus sauvages et de laboratoires, rendant nécessaire l’expérimentation sur le terrain, en complément d’approches en laboratoire. Dans ce contexte, l’objectif du présent projet vise à comprendre les mécanismes des impacts des métaux toxiques et de la qualité nutritionnelle sur l’état et le fonctionnement du système immunitaire de Rongeurs sauvages. Après une étude préliminaire visant à la mise au point, chez le Mulot sylvestre, de tests immunologiques développés chez la Souris domestique, le projet portera sur le site d’une ancienne fonderie de zinc (Zn) et de plomb (Pb) située dans les Hauts-de-France. Ce site se distingue par un gradient de concentrations en cadmium (Cd), Pb et Zn dans les sols : les concentrations décroissent des zones les plus contaminées, situées au pied de l’ancien site métallurgique, vers des zones peu affectées à plusieurs kilomètres de l’ancienne usine (et considérées comme « témoin » dans la présente étude).
Bénéfices attendus
Ce projet permettra une meilleure compréhension de l’impact des polluants métalliques sur le système immunitaire d’une espèce sauvage, le Mulot sylvestre. Ces résultats permettront de développer des marqueurs de toxicité non conventionnels (par opposition aux marqueurs classiquement utilisés en évaluation des risques écotoxicologiques (ERE) que sont la mortalité, la croissance ou la reproduction) qui pourront à terme être transposés dans les procédures réglementaires d’ERE. L’immunomodulation du système immunitaire par les métaux permettra également d’évaluer l’impact potentiel sur la susceptibilité de ces Rongeurs à héberger des pathogènes zoonotiques, c’est-à-dire transmissible à l’Homme (par exemple les bactéries Borrelia sp. responsables de la maladie de Lyme).
Procédures
Pour les procédures 1 et 2, une prise de sang sera réalisée sous anesthésie générale pour chaque animal. Pour la procédure 3, les animaux recevront deux prises de sang sous anesthésie générale espacées de 5 jours. La prise de sang est effectuée en insérant une pipette Pasteur dans le sinus rétro-orbitaire des Mulots sylvestres pour collecter un échantillon sanguin (~150-200 µL en fonction de la masse de l’animal considéré) par capillarité, méthode de prélèvement considérée comme la moins stressante chez des souris de laboratoire. Le volume de sang maximal prélevé est estimé à 1,5% de la masse corporelle, soit 300 µL de sang pour un individu de 20 g. La prise de sang sera réalisée 2h après une injection intrapéritonéale de LPS (500 µg/kg). A la suite de cette intervention les animaux seront euthanasiés par dislocation cervicale.
Impact sur les animaux
Mortalité La littérature ainsi que l’expérience des personnels impliqués dans ce programme laissent envisager un taux de mortalité de l’ordre de 3%. Les causes de décès peuvent être un stress conduisant à une rupture des cervicales ou un refroidissement en période froide (peu probable au printemps) et/ou pluvieuse dans les pièges. Des arrêts cardiaques peuvent être constatés dans les pièges ou lors des manipulations. En dehors de l’arrêt des captures en cas de conditions météorologiques défavorables, ces mortalités indésirables sont difficilement totalement évitables. Stress à la capture et durant les manipulations Les captures d’organismes sauvages entrainent nécessairement un stress, réduit au minimum par la relève des pièges dès que possible le matin (les captures ayant généralement lieu la nuit). Dès que les animaux sont sortis des pièges ou des cages, et après détermination spécifique immédiate, les animaux non-cibles (Campagnols par exemple) sont immédiatement relâchés, réduisant le stress au minimum. Les animaux-cibles (Mulots sylvestres) sont immédiatement anesthésiés pour la suite des manipulations (examen morphologique pour la détermination du sexe, mesures mophométriques pour la détermination de l’âge, prise de sang, injection de LPS). Les animaux trop jeunes sont relâchés dès les mesures morphométriques permettant d’estimer leur âge, de même que les femelles gestantes. Stress durant l’hébergement L’hébergement, sous tente et avec contrôle des conditions environnementales (Température, hygrométrie), dure de quelques heures à 5 jours maximum dans le présent projet. L’hébergement est individuel, ce qui, au printemps, correspond au comportement solitaire des Mulots sylvestres en période de reproduction et évite d’éventuels comportements antagonistes. L’observation comportementale et la pesée (permettant d’évaluer un point-limite fixé à une perte de masse de 20%) sont quotidiennes de manière à détecter un éventuel stress élevé chez les individus. L’expérience de l’équipe sur cette espèce montre que les individus tolèrent la captivité courte (5 jours) sans montrer de comportements (activité motrice, alimentaire…) dénotant un stress élevé.
Devenir
Les individus seront mis à mort pour un prélèvement d'organes. Ces organes permettront la mise au point de mesures immunologiques et la mesure de l’exposition aux métaux, grâce aux mesures des concentrations dans les tissus. Il s’agit d’une décision prise collégialement par les membres de la structure du bien-être animal de notre unité, au regard des aspects éthiques, scientifiques et logistiques.
Remplacement
L’objectif du projet est d’étudier la réponse immunitaire d’animaux exposés à une contamination environnementale en fonction de leur charge parasitaire (helminthes intestinaux) et de la qualité nutritionnelle de leur alimentation. L’utilisation d’animaux est requise car, à notre connaissance, aucune approche de modélisation ne permettrait d’obtenir de telles données. Des études comparatives sur le système immunitaire de rongeurs ayant montré que la réponse immunitaire d’individus sauvages et d’animaux de laboratoire différaient significativement, l’utilisation d’animaux sauvages est donc aussi requise.
Réduction
La variabilité inter-individuelle des réponses immunitaires est très forte en conditions naturelles. La variabilité liée à la biodisponibilité des ETM (Capacité de transfert de l’environnement vers un organisme) conduit aussi à des concentrations variables en ETM dans les organes cibles de différents individus du même site. Sur la base de ces informations, les effectifs prévus pour les procédures 1, 2 & 3 ne peuvent être inférieurs à 20 Mulots (Procédure 1), 40 Mulots (Procédure 2) et 40 Mulots (Procédure 3) pour garantir une puissance statistique suffisante et la valorisation scientifique des résultats.
Raffinement
Suite à une procédure invasive telle qu’une prise de sang dans le sinus rétro-orbitaire ou une injection de LPS, les animaux sont remis en cage et observés à différents temps après la procédure pour évaluer leur état sanitaire (blessure à l’œil, comportement dénotant une diminution de la vue, apathie, manque d’appétit…). Un point-limite (perte de 20% de la masse) est évalué quotidiennement lors des périodes d’hébergement (qui n’excédent pas 5 jours dans le présent projet). Les animaux seront hébergés sous tente avec un contrôle des conditions environnementales (Température, hygrométrie) et les anesthésies, mesures et prélèvements seront effectués dans le véhicule agréé pour expérimentation animale, donc en un lieu séparé de l’hébergement. Les animaux conservés pour les expérimentations sont hébergés entre quelques heures et 5 jours maximum en fonction de la procédure concernée. Les animaux sont hébergés dans les meilleures conditions possibles (hébergement individuel pour éviter des comportements antagonistes, cages adaptées, enrichissement). L’ensemble des procédures est effectuée par ou sous supervision directe de personnels hautement qualifiés et expérimentés dans le domaine de ce type d’expérimentation.
Choix des espèces
L’espèce choisie est le Mulot sylvestre (Apodemus sylvaticus). Il s’agit d’un Micromammifère abondant, ubiquiste, opportuniste avec un régime alimentaire varié (Majoritairement granivore). Son positionnement trophique intermédiaire le place comme une source de nourriture de premier choix pour un grand nombre de prédateurs (Rapaces et Mammifères) incluant des espèces patrimoniales (Milan royal par exemple). Leurs nombreuses utilisations dans la littérature permettent de les définir comme bio-indicateurs des impacts des activités anthropiques dans les écosystèmes, incluant la pollution environnementale. Leur facilité de capture et leur capacité à être maintenus en captivité en font un modèle biologique idéal par rapport aux objectifs scientifiques de cette étude. Les Mulots sylvestres utilisées dans la procédure 1 permettront de tester le croisement possible entre les techniques développées sur Souris et l’espèce modèle retenue dans ce projet, le Mulot sylvestre. Seuls des individus d’âge subadulte et adulte (masse supérieure à 15g) seront utilisés pour cette étude.
Expérimentations de marquage pour mieux comprendre le cycle de vie du thon rouge Thunnus thynnus
- Conservation des espèces
- Recherche fondamentale
- Éthologie / comportement / biologie animale
- Oncologie
234 poissons, thons rouges et listaos, vont être utilisés dans des procédures impliquant un niveau de souffrance modéré à sévère, pour poser des marques électroniques et suivre leurs migrations. Le porteur indique que 222 seront relâchés en mer après capture, sortie de l'eau et pose de marque, et que 12 seront tués pour récupérer les capteurs. Il décrit un protocole de capture rapide, moins de deux minutes hors de l'eau, avec intubation et double ancrage de la marque pour limiter les blessures. Une partie des tests met au point des marques internes de fréquence cardiaque, essayées au préalable sur des thons morts.
Objectifs
Le thon rouge Thunnus thynnus est une espèce qui a historiquement subi une surexploitation, ce qui a mené à un plan de reconstitution initié en 2007. Depuis, la situation du stock Est-Méditerranée s’est substantiellement améliorée. Il reste néanmoins de grandes étapes à franchir pour la gestion et la conservation de ce stock, ainsi que des espèces de grands pélagiques en général. En particulier, la compréhension des liens entre l’environnement physique (e.g. le climat) et les processus biologiques (migrations, reproduction, nutrition) sont aujourd’hui mal connus pour ces espèces à très larges aires de répartition. Ce projet a pour objectif général de mieux comprendre le cycle de vie du thon rouge, et les expérimentations ont deux volets principaux. Le premier sera le marquage d’animaux sauvages en haute mer, avec des marques archives électroniques externes de type 'pop-up' qui enregistrent des informations environnementales (température, lumière, pression), à transmission satellite pour pouvoir retracer les parcours de migration. Les marquages auront lieu sur des bateaux de pêche commerciale. Le deuxième volet sera des expériences pour le développement de marques 'pop-up' innovantes et pour la mise au point de méthodes de marquage avec des capteurs internes. Ces expériences seront toujours des marquages en bateau, sur des thons listao Katsuwonus pelamis (île de La Réunion, en palangrier) et des juvéniles de thon rouge (Golfe du Lion en palangrier). Contrairement au thon rouge, le thon listao est plus abondant, plus facilement accessible à la pêche et de moindre importance commerciale. Le listao est un modèle idéal pour faire des tests de dispositifs électroniques innovants qui seront utilisés in fine sur les thons rouges. Des marquages sur des juvéniles de thon rouge serviront pour la mise au point de déploiements de capteurs internes qui enregistrent des données physiologiques, notamment l’impédance des tissus et la fréquence cardiaque. À long terme, l’ensemble des expériences vont servir au développement des marques archives à transmission satellite qui enregistrent des données physiologiques, à utiliser pour comprendre les liens entre environnement et physiologie pendant le cycle de vie des animaux sauvages.
Bénéfices attendus
Les expériences de marquage ‘pop-up des thons rouges représenteront une avancée majeure dans notre compréhension de la biologie de cette espèce. Le projet permettra aussi des avancements importants vers le développement de tags externes archives qui enregistrent plusieurs variables physiologiques chez les espèces des grands pélagiques marines. Les expériences sur les thons listaos (masse 3 - 6 kg), permettront de tester des marques pop-up qui sont des alternatives aux marques actuellement en commerce, moins chères mais plus performants. En particulier, avec un ancrage dans le muscle axial qui sera équipée d’un système d’électrodes pour un capteur de taux de gras, par mesure de l’impédance des tissus. Les mesures de taux de gras indiquent l’état nutritionnel du poisson et pourront fournir des aperçus sur les zones de nourrissage des thons le long de leur trajet migratoire. Les expériences avec les marques physiologiques sur les juvéniles de thon rouge dans le Golfe Lion permettront de maîtriser les protocoles de déploiement des marques externes qui mesure l’impédance, mais aussi des marques internes qui enregistrent la fréquence cardiaque. L’observation de la fréquence cardiaque est la meilleure façon d’estimer l’activité métabolique des animaux en liberté. Il existe des marques en commerce qui enregistrent l’électrocardiogramme (ECG) pour pouvoir calculer la fréquence cardiaque mais, étant des systèmes archive interne, le tag doit être récupéré pour obtenir les données. Une approche issue de la chirurgie humaine, la laparoscopie, a été utilisée sur des thons morts pour établir le placement optimal des marques ECG en proximité du cœur.
Procédures
Le présent projet envisage le marquage de 110 thons rouges avec des marques archives électroniques externes de type 'pop-up'. Les individus seront pêchés à la canne sur des palangriers commerciaux ou depuis des senneurs sur les sites de reproduction. Le protocole de capture limite au maximum la souffrance et le stress des animaux grâce à des temps de pêche réduits (
Impact sur les animaux
Pour le marquage avec les tags externes 'pop-up', les nuisances et les effets indésirables seront très limités, grace au méthode de capture et marquage rapide. Un système de trocart sera utilisé pour implanter les marques internes de la façon la plus rapide et le moins nuisible possible, soit dans la cavité péritonéale, soit intramusculaire dans la mâchoire. Le fait de minimiser l’invasivité de l’intervention maximisera les chances de survie de l’animal, et évitera les effets sur son comportement et son bien-être. Certains des thons marqués avec des tag physiologiques (n = 6) seront relâchés équipés avec des ‘survival tags’, pour confirmer que le marquage n’a pas d’impact sur leur survie, en comparaison avec des thons capturés mais non-marqués (n = 6). Pour n = 12 de ces thons rouges, la marque sera placée puis les animaux seront remis à l'eau attachés avec un hameçon, pour enregistrer leur fréquence cardiaque et évaluer la qualité du signal ECG obtenu. Ces dernières expériences serviront pour la mise en œuvre du marquage de thons adultes en cage.
Devenir
222 thons seront relâchés dans leur milieu naturel et 12 seront mis à mort pour récupérer les marques électroniques.
Remplacement
Ces études doivent être réalisées sur le thon rouge car l’objectif est d’améliorer les connaissances sur l’écologie de cette espèce dans son environnement naturel. On remplacera cependant celui-ci par des poissons morts ou par le thon listao quand cela sera possible, notamment pour les tests de mise au point méthodologique ou pour des développements électroniques.
Réduction
Le nombre d’individus utilisés est optimisé afin de permettre de réaliser des tests statistiques appropriés aux différents objectifs du projet et tenant compte de la grande valeur économique des thons rouges adultes. Le nombre a été déterminé pour permettre de capturer plusieurs réplicats de séries temporelles générées par les capteurs des marques électroniques permettant de renseigner fréquence cardiaque, profondeur, température ambiente, lumière, accélération. Les expérimentations ne relèvent pas de la comparaison de population, mais de la collecte de données en milieu naturel sur des processus que nous cherchons à caractériser (e.g. migrations). Il n’est donc pas possible de calculer le nombre nécessaire d’individus a priori et nous avons choisi un chiffre permettant d’obtenir suffisamment d’information exploitable en tenant compte des aspects logistiques complexes de ces opérations, de la probabilité que la marque ne fonctionne pas correctement ainsi que de la valeur commerciale des individus. Pour le marquage des thons rouges avec marques archives en bateau, chaque année pendant 5 ans, 5 individus juvéniles seront marqués dans le Golfe du Lion et sur la côte Atlantique, et 12 individus adultes matures sur les sites de reproduction. Pour les thons listao, chaque année pendant 5 ans, 20 individus seront marqués avec différents prototypes de marques archives électroniques. Pour la mise au point des méthodes de déploiements de capteurs internes, des études préliminaires seront achevées sur 24 thons juvéniles pour évaluer la méthode la plus rapide et moins stressante de placement des deux types de marque.
Raffinement
Le protocole de marquage des thons rouges et listaos sur bateau avec des marques externes a déjà été mis au point. Notamment, le protocole limite au maximum la souffrance et le stress des animaux grâce à des temps de pêche réduits (
Choix des espèces
Le thon rouge est le modèle principal du projet. C’est une espèce exploitée emblématique, notamment en Méditerranée. De nombreuses questions scientifiques importantes tant au point de vue fondamental (e.g. déterminisme des migrations et des routes migratoires en relation avec l’environnement) qu’appliqué (e.g. zones de pontes, temps de résidence, structuration de la population) doivent cependant être résolues pour gérer de façon durable cette espèce. Les outils développés dans le cadre du présent projet visent précisément à aborder ces questions. Le thon listao est une espèce abondante dans l'Océan Indien, son utilisation permet de réduire le nombre de thons rouges utilisés pour achever les tests de différentes modèles nouveaux de marques archives. Les individus seront une combinaison de juvéniles (pas sexuellement matures) et adultes (stade reproductif). Les expériences avec les marques physiologiques sur les juvéniles de thon rouge permettront de maîtriser les protocoles de déploiement des marques externes qui mesure l’impédance, mais aussi des marques internes qui enregistrent la fréquence cardiaque. Le marquage de 110 thons rouges adultes avec des marques archives 'pop-up' permettra de mieux connaitre les zones de reproductions, les migrations transatlantiques et les zones de nourricerie de cette espèce. Les marquages de 100 thons listaos en Océan Indien permettront de tester des marques pop-up qui sont des alternatives aux marques actuellement commercialisées, moins chères et plus performants.
Impact d’un parasite externe (Helobdella stagnalis) sur une espèce protégée d’amphibiens, le Crapaud vert (Bufotes viridis)
- Conservation des espèces
6 crapauds verts mâles, espèce protégée, vont être capturés dans la nature puis maintenus en captivité trois semaines dans des procédures impliquant un niveau de souffrance léger, avant d'être relâchés. Une vingtaine de sangsues sont placées sur eux et comptées chaque jour, pour déterminer si ce parasite se nourrit du sang des adultes ou se contente de les transporter. Le porteur reconnaît que le stress de la capture et de la captivité peut entraîner une mortalité qu'il ne peut réduire à zéro. Il affirme qu'aucun élevage de cette espèce n'existe et qu'une autre espèce ne refléterait pas la relation étudiée.
Objectifs
Nos études récentes portent sur le rôle de piège éclogique que pourrait jouer les bassins d’orage routiers (‘BO’, bassins contruits pour récupérer les eaux d’écoulement polluées) pour bien des espèces d’amphibiens en danger, dont le Crapaud vert (Bufotes viridis). Nos résultats indiquent qu’une espèce de sangsue (Helobdella stagnalis) s’y développe sélectivement et serait directement impliquée dans la mortalité massive des têtards du Crapaud vert nés dans ces bassins artificiels. Les têtards y sont dévorés jusqu’au dernier et la charge « parasitaire » de ces sangsues sur les adultes est très élevée dans certains BO. La biologie de cette famille de sangsues dépourvues de rostre reste très peu connue et l’objectif de la présente étude est de déterminer si ces sangsues sont uniquement transportées par les crapauds adultes (phorésie) ou sont véritablement hématophages (parasitisme vrai). En effet si c’était le cas chez les crapaud adultes, cela pourrait fortement impacter leur vitalité, leur comportement reproducteur dans les bassins, voire leur survie post-reproduction. Si c’est le cas, des mesures de gestion de cette espèce de sangsue dans les BO seront indispensables , afin de limiter son impact sur les populations du Crapaud vert, mais éventuellement d’autres espèces d’amphibiens en danger.
Bénéfices attendus
Cette étude permettra de confirmer ou infirmer le parasitisme effectif d’une espèce de sangsue sur la phase adulte d’une espèce d’amphibien en danger. Ces sangsues sont très peu étudiées dans le monde, et le parasitisme par cette espèce sur le crapaud vert ou d’autres amphibiens n’a jamais été démontré ni prouvé. Ces résultats nous permettront, si le parasitisme est confirmé, de valider nos hypothèses de travail et de proposer des mesures de gestion de ces sangsues dans les bassins d’orage infestés.
Procédures
Capture dans la nature, transport (15 minutes maximum) et maintien en captivité (3 semaines maximum). Un comptage du nombre de sangsue sur chaque individu, sera réalisé 1 fois par jour manuellement sur animal vigile. En fin d’expérimentation, l’ensemble des sangsues fixées aux crapauds seront retirées délicatement à l’aide d’une pice à épilé.
Impact sur les animaux
La probabilité de mortalité des individus suite à un stress dû à la capture, au déplacement, à l’expérimentation et au maintien en captivité ne peut être réduite à zéro. En revanche, sur le terrain la charge « parasitaire » observée était d’environ 20 sangsues/individus, sans avoir noté des comportements ‘anormaux’ des individus hôtes. Ici, nous allons mettre 20 sangsues avec 6 crapauds, aussi nous supposons que cela n’impactera pas les capacités de locomotion, de nourrissage, ni la survie à court- ou long-terme de ces individus. Enfin le prélèvement de sangsues (i.e. délicatement à l’aide d’une pice à épilé) sur les crapauds ne devrait pas entraîner de nuisance particulière, étant donné que : (1) Hs est une espèce de sangsue sans machoire mais muni d’une ventouse buccale qui lui permet de se fixer sur les téguments ; (2) comme toutes les espèces de sangsues, elle utilise une salive anesthésiante.
Devenir
Le Crapaud vert est une espèce en danger d’extinction, il va de soit de relacher l’ensemble des individus à la fin de l’expérimentation
Remplacement
Cette étude concerne spécifiquement le Crapaud vert et ne peut pas être réalisée via une approche in silico ou via des tissus vivants.
Réduction
Un nombre réduit d’individus sera utilisé lors de l’expérimentation (6 mâles). Cela nous permettra de mettre en évidence le parasitisme par Helobdella stagnalis. De plus, certains individus de crapaud pourraient montrer des comportements différents liés au stress de la captivité, en allant moins souvent dans l’eau par exemple et donc être moins susceptible d’être en contact avec les sangsues.
Raffinement
L’aquarium où seront maintenus les crapauds sera aménagé avec un enrichissement maximum. Il comportera une partie terrestre avec de nombreux abris et cachettes, de la mousse humidifiée quotidiennement et une partie aquatique de faible profondeur (3cm), afin d’éviter toute noyade. Les crapauds seront nourris ad libitum avec des grillons vivants (Acheta domestica ; 1cm).
Choix des espèces
Le but de l’étude est d’observer le parasitisme d’une sangsue sur une espèce d’amphibien sauvage : le Crapaud vert. Il n’existe pas d’élevage disponible de cette espèce en laboratoire. L’utilisation d’amphibiens d’élevages de tout autre espèce ne pourrait pas refléter le lien hôte-‘parasite’ que l’on souhaite étudier. La prédation des sangsues sur les têtards a été démontré dans une de nos études précédentes, aujourd’hui nous souhaitons démontrer le parasitisme de ces sangsues sur les individus adultes uniquement.
Développement d’une biotechnologie innovante adaptée à la conservation et à la régénération des ressources génétiques de Salmonidés sauvages menacés.
- Conservation des espèces
10 800 poissons salmonidés vont être utilisés, tous tués à l'issue, dans des procédures impliquant un niveau de souffrance modéré. Le porteur décrit une stérilisation par choc de pression, la greffe de cellules germinales par injection dans l'abdomen d'embryons tout juste éclos, un marquage par transpondeur et une collecte de gamètes sous anesthésie. Il indique que les embryons surnuméraires sont tués vingt-quatre heures après l'éclosion et que les animaux greffés sont tués après la collecte des gamètes. Le projet est présenté comme un outil de conservation d'espèces menacées, le corégone et l'omble chevalier, en les faisant produire par des espèces d'élevage.
Objectifs
L'objectif du projet est de développer une méthode pour la conservation des ressources génétiques et la restauration des espèces de salmonidés en voie de disparition dans leur milieu naturel. Nous nous focaliserons sur le corégone (Coregonus lavaretus) et l’Omble chevalier (Salvelinus alpinus).
Bénéfices attendus
Les Corégones et l’Omble chevalier sont des espèces de Salmonidés en danger d’extinction dans leur milieu naturel en raison de l’anthropisation des lacs ou ils vivent, d’une surpêche, et du changement climatique. Les cellules germinales souches d’une espèce à préserver peuvent être cryopréservées dans l’azote liquide et être greffées ultérieurement à des animaux receveurs appartenant à une espèce proche (greffes interspécifiques) pour générer des gamètes conformes à l’espèce donneuse de cellules germinales souches. Le projet proposé permettra de vérifier si les greffes de cellules germinales souches de Corégones ou d’Ombles chevaliers sont possibles dans une ou plusieurs espèces de salmonidés bien disséminés sur le territoire national et dont l’élevage est bien maîtrisé en pisciculture commerciale (truite Arc-en-ciel, la truite fario et l’Omble de fontaine). Le projet permettra aussi d’évaluer le sexe et les stades de maturation sexuelle favorable à l’efficacité des greffes.
Procédures
Le projet, qui s'étallera sur une durée de 5 ans, prévoit de greffer par injection intra-abdominale des cellules germinales souches de Corégones et d'Ombles chevaliers à des embryons juste éclos et anesthésiés de truites arc-en-ciel, de truites fario, ou de saumon de fontaine rendus stériles par triploïdisation. La triploïdisation est préalablement réalisée par un choc de pression de 700 bars pendant 3 minutes, 40 minutes après la fécondation. La piqûre nécessaire à la greffe est réalisée à l'éclosion en moins de deux minutes par embryon. 72 lots de 150 embryons seront produits par lot pour déterminer le sexe et le stade de maturation sexuelle des animaux donneurs favorables au taux de succès de la greffe. Les animaux injectés seront marqués individuellement sous anesthésie à l'aide de transpondeurs en moins de 2 minutes chacun pour permettre leur regroupement dans des bassins adaptés à l'évolution de leur croissance et la vérification de leur ploïdie. 15 mâles et 15 femelles pour chaque lot seront gardés jusqu'à la collecte des gamètes à l'âge de 2 ou 3 ans. La collecte des gamètes sur des animaux anesthésiés nécessite environ 3 minutes par animal. La greffe des cellules germinales souches aux embryons tout juste éclos n'entraine pas de souffrance ou de malformations particulières chez les animaux de la prise alimentaire à l'âge adulte.
Impact sur les animaux
Le stress et la souffrance des animaux sont pris en charge lors des procédures expérimentales car celles-ci sont réalisées sous anesthésie. La greffe peut conduire à une surmortalité des embryons entre 4 et 10 jours après la greffe, c’est-à-dire bien avant la première prise alimentaire. Cette surmortalité peut être limitée en prenant des embryons issus de femelles de 3 ans. Les animaux qui survivent jusqu’au début de la prise alimentaire se développent ensuite normalement par rapport à des congénères triploïdes non greffés.
Devenir
Les embryons triploïdes surnuméraires non injectés seront euthanasiés 24h après l'éclosion. Tous les embryons injectés seront marqués à l'aide d'un transpondeur et gardés en vie jusqu'à la maturation sexuelle. Au maximum, 15 mâles et 15 femelles par lot seront gardés jusqu'à la collecte des gamètes. Les animaux greffés seront euthanasiés après la collecte des gamètes car la maturation sexuelle entraine une augmentation de la susceptibilité des animaux aux maladies.
Remplacement
La régénération de populations animales à partir de matériel biologique n'a pas d'approches expérimentales alternatives qui permettraient de s'affranchir de l'utilisation d'animaux. Le stress et la souffrance des animaux sont pris en charge lors des procédures expérimentales en réalisant systématiquement une anesthésie des animaux. Une surveillance quotidienne permet d’euthanasier les larves, alevins, adultes malformés car ils sont susceptibles de ressentir de la souffrance en raison de la présence de récepteurs nociceptifs. Ces malformations sont potentiellement liées aux gestes expérimentaux mais elles sont aussi observées dans le cadre d'élevage de poissons diploïdes ou triploïdes non manipulés. Les animaux transplantés avec des cellules souches germinales sont apparemment normaux à l'âge adulte et ils atteignent une croissance (poids et taille) similaire à celle de leurs congénères non manipulés maintenus dans les mêmes conditions d'élevage.
Réduction
Le nombre de lots expérimentaux a été adapté au plus juste pour adresser les points majeurs qui affectent la réussite des greffes. Le nombre d'animaux par lot tient compte de la mortalité observée dans les élevages et du nombre d'animaux nécessaires pour l'évaluation de la variabilité de la fertilité et de la qualité des gamètes des animaux greffés.
Raffinement
Le stress et la souffrance des animaux sont pris en charge lors des différentes procédures grâce à l'anesthésie des animaux.
Choix des espèces
Les espèces donneuses de cellules germinales souches (Corégones et Ombles chevaliers) sont des espèces en danger d'extinction dans leur milieu naturel. Les espèces receveuses (truite Arc en ciel, truite fario et Omble de fontaine) ont été choisies car d'une part, leur parenté taxonomique devrait être favorable au succès des greffes et à la production de gamètes de qualité, et d'autre part, leur élevage est bien maîtrisé dans les fermes aquacoles. De plus, la stérilisation de ces espèces par triploïdisation fait partie des procédures standards d'élevage.
Etude du déplacement des truites porteuses de larves de moule perlière
- Conservation des espèces
- Recherche fondamentale
- Éthologie / comportement / biologie animale
- Oncologie
200 truites sauvages vont être capturées dans des procédures impliquant un niveau de souffrance modéré, puis relâchées après intervention. Le porteur décrit une capture par pêche électrique suivie de l'insertion chirurgicale d'une marque dans la cavité abdominale sous anesthésie, une seule fois par animal. Il indique que tous les poissons sont remis à l'eau après contrôle sanitaire et récupération complète de l'anesthésie. L'objectif affiché est de suivre les déplacements de truites porteuses de larves de moule perlière entre un bief et un cours d'eau.
Objectifs
Le tronçon de cours d’eau et son bief, objet de l’étude, abrite la plus importante population de moules perlières du bassin versant. Les différentes études conduites sur le site montrent que la population de moules perlières est vieillissante, pas ou très peu renouvelée, et pourrait disparaitre à moyen terme (une vingtaine d’années). Les observations régulières de glochidies (stade larvaire enkysté des larves de moules) sur les branchies de truite confirment cependant la reproduction des moules sur le bief mais celle-ci ne présume pas de l'accomplissement du cycle biologique de l'espèce au-delà de ce stade, notamment de la réussite du développement benthique des jeunes moules. En effet, les très rares observations de juvéniles pourraient indiquer la très faible survie de ces individus, pour des raisons qui restent encore à préciser (colmatage des substrats…). Le cours d’eau à proximité du bief pourrait présenter des habitats de meilleur qualité pour les moules que ceux du bief, du fait notamment du moindre colmatage des fonds. Les études piscicoles ont montré par ailleurs une densité de truites relativement faible dans le bief si on la compare à celle du cours d’eau principal. Sur ces constats, la question se pose de l’interaction de la population de moule du bief entre les deux milieux : que deviennent les glochidies produites par les moules du bief une fois fixées sur les truites ; parviennent-elles, au moins pour une partie, à rejoindre le cours d’eau et disséminer ainsi l’espèce depuis le bief ? Répondre à ces interrogations et caractériser le rôle éventuel du bief comme « réservoir biologique », pour la population de moule perlière, nécessite de comprendre le déplacement des truites porteuses des glochidies entre les deux milieux aquatiques.
Bénéfices attendus
Comprendre et mesurer les déplacements des truites entre le bief et le cours d'eau qui l’alimente et caractériser le rôle du bief comme « réservoir biologique » pour la population de moule perlière, c’est-à-dire comme milieu (« hot spot » de biodiversité) à partir duquel l’espèce pourrait se disséminer dans la rivière et participer ainsi à accroitre sa population.
Procédures
Capture de poissons sauvages par pêche électrique puis insertion chirurgicale, sous anesthésie générale, de marques semi actives, de type Pit-Tag, dans la cavité péritonéale (temps d'intervention 10 minutes maximum). Une seule opération de ce type est effectuée par animal.
Impact sur les animaux
Insertion de marques PIT-tags dans la cavité péritonéale des truites, suite à anesthésie générale et incision (temps d'intervention 10 minutes maximum). Une seule opération de ce type est effectuée par animal, le déplacement de ce dernier, ou son bien-être n'est pas modifié par la présence de la marque. Toutes les précautions sont prises lors de l'intervention chirurgicale pour limiter le risque d'infection. En ce qui concerne les opérations d’échantillonnage par pêche électrique, ces dernières sont mises en œuvre par du personnel formé, elles sont encadrées et réglementées par arrêté préfectoral. Toutes les dispositions sont prises pour assurer la sécurité des personnes (port des EPI, utilisation du matériel certifié) et limiter au maximum le risque de blessures ou de dommages vertébraux sur les poissons (réglage des appareils en fonction de la conductivité et de la température de l’eau). Le ratio taille (poids) de la marque / taille (poids) de l'individu sera évidemment respecté en utilisant des transpondeurs de type « Pit-tag » de tailles 12, 13 et 23 mm adaptées à la taille et au poids des poissons marqués (le poids du Pit-tag ne devant pas dépasser 2% du poids de l’individu). Dans notre cas la taille minimum des poissons marqués sera de 100 mm et la taille maximale de 250 mm. Les poids respectifs des individus iront de 30 g à 350 g.
Devenir
Le but de cette étude étant de connaitre les déplacements des truites porteuses de glochidies de moule dans le temps, tous les animaux capturés temporairement pour les besoins de marquage seront relâchés immédiatement après l’intervention.
Remplacement
La capture et le marquage in situ d’un certain nombre d’individus de truite sont rendus nécessaires pour les besoins de l'étude. S’agissant d’une expérimentation en milieu naturel sur des espèces sauvages (truite et moule perlière), il n’est pas envisageable de réaliser cette étude in vitro ou en conditions contrôlées avec des poissons d’élevage qui ne reproduiraient pas le comportement des poissons sauvages.
Réduction
La taille de l'échantillon doit être suffisante pour dégager des résultats fiables et statistiquement interprétables. Le test statistique paramétrique dit U de Mann-Whitney sera utilisé afin de vérifier l’hypothèse de sélectivité de franchissement des obstacles en fonction de la taille des individus, ainsi que des tests non paramétriques (AFC ou ACP)). Les opérations de marquages prévoient un objectif d’une centaine de truites par an pendant 2 ans, soit 200 truites sur la durée totale de l’étude. Cette taille de l’échantillon (tailles des populations de truite estimées à environ 300 individus dans le bief et plusieurs milliers dans le cours d'eau à proximité du bief) sera suffisante pour répondre nos interrogations quant au déplacement de l’espèce porteuse de glochidies de moule entre le bief et le cours d’eau.
Raffinement
Toutes les manipulations se feront sous anesthésie par du personnel qualifié sur le site d’étude. L'ensemble des poissons ne sera remis à l'eau qu’après contrôle de l’état sanitaire (absence de lésions) et récupération totale de l’anesthésie. Les points limites (comportement du poisson lors de l’anesthésie, pigmentation anormale liée au choc électrique) sont suffisamment prédictifs et précoces pour limiter la souffrance de l’animal et exclure des individus avant intervention chirurgicale le cas échéant. Suite aux recommandations du vétérinaire-référent, l’anesthésie sera réalisée par balnéation dans une solution de benzocaïne Benzoak®avec une posologie de 25mg/L. Compte tenu du caractère nouveau de l’emploi de cette molécule dans nos procédures, si nous constatons sur les 10 premiers poissons que la mise en place de ce nouveau protocole d’anesthésie est difficilement maitrisable, nous reviendrons à un protocole initial, utilisé jusqu’alors et maitrisé, via la balnéation dans une solution d’iso eugénol Aqui-S à 8mg/L sur le reste de notre procédure.
Choix des espèces
La truite commune, (Salmo trutta fario) est l'espèce cible de l'étude à travers son rôle de poisson hôte pour la moule perlière (Margaritifera margaritifera). Ce sont bien les truites qui seront capturées et marquées pour être suivies dans leurs déplacement entre les milieux aquatiques (bief et cours d’eau). Les moules ne feront pas l’objet de manipulation et seront simplement comptées à leur stade larvaire fixé sur les branchies de la truite. Nos suivis antérieurs sur le site d’étude ont montré que les stades juvéniles immatures de truite étaient en majorité parasités par les larves de moule (54% de truitelles d’un an et 38% de truites sub-adultes), ces cohortes étant numériquement dominantes dans le milieu aquatique au moment de la reproduction estivale des moules. Ce sont donc ces stades de développement des truites qui seront majoritairement marqués.
Etude de la cryoconservation des spermatozoïdes aviaires pour la gestion de la biodiversité
- Conservation des espèces
- Recherche appliquée
- Diagnostic des maladies
- Maladies animales
- Recherche fondamentale
- Système urogénital
Autres oiseaux : 138
346 oiseaux, 208 poules et 138 cailles, vont être utilisés dans des procédures déclarées d'un niveau de souffrance léger. Les interventions se limitent à des collectes de semence et des inséminations, mais les mâles sont maintenus en cage individuelle en raison de leur agressivité, pour une étude sur la cryoconservation du sperme aviaire au service de la filière volaille et de la biodiversité. Le porteur indique que les animaux sont gardés vivants puis proposés à d'autres expérimentations à la fin du projet. Il affirme qu'aucune alternative in vitro n'existe pour produire des spermatozoïdes fécondants chez ces espèces.
Objectifs
A l’échelle mondiale, le maintien de la diversité génétique des espèces animales est un enjeu majeur, notamment pour les espèces de rente comme les volailles représentant la première source de protéines animales pour l’alimentation humaine. Actuellement, la sélection des races basées sur des critères de croissance s’accompagne d’une réduction majeure de la diversité génétique. La conservation des ressources génétiques est donc cruciale pour protéger la biodiversité, restaurer des espèces ou races menacées et contrer les épidémies ou les accidents de reproduction. De nos jours, la cryoconservation des spermatozoïdes est l'approche la plus répandue car elle se base sur la collecte de grandes quantités de cellules, le respect du bien-être animal (prélèvement non-invasif) et la possibilité d’un stockage long. Cependant chez les espèces aviaires, ces protocoles sont longs et fastidieux, dépendants de la fertilité des animaux, ainsi que des espèces et races considérées. De plus, les taux de fertilité après décongélation sont plus faibles que ceux obtenus avec de la semence fraiche. Des optimisations sont donc encore nécessaires afin de tendre vers un protocole applicable à toutes les espèces et races aviaires, notamment celles présentant une faible fertilité des mâles. L’amélioration de ces protocoles passe nécessairement par la compréhension des mécanismes cellulaires et moléculaires impliqués dans les capacités fécondantes des spermazotoïdes. Ces mécanismes connus, il est alors possible d’identifier des leviers d’amélioration de la conservation de la semence aviaire. Ainsi, les objectifs de ce projet sont multiples. Tout d’abord, nous souhaitons mieux comprendre les mécanismes moléculaires sous-jacents à la fécondance d’un spermatozoïde, dans deux espèces aviaires d’interêts agronomique et scientifique, la caille et la poule, en comparant de façon individuelle la qualité des spermatozoïdes d'animaux de haute fertilité à ceux d'animaux de basse fertilité. Ces données nous permettrons dans un second temps d'améliorer les protocoles déjà existants de cryoconservation de la semence pour les espèces et races domestiques françaises. Ce projet, finance par le CRB anim (ANR-11-INBS-0003), a débuté en 2016 et se finit fin juin 2022, sous la DAP APAFIS#4026-2016021015509521 qui se termine en février 2022. La présente DAP a pour objet de poursuivre les expérimentations déjà débutées (animaux déjà présents) sur la période de février à juin 2022.
Bénéfices attendus
Les protocoles de cryoconservation de la semence aviaire actuellement disponibles présentent certaines failles. En effet, seuls les individus ayant une bonne fertilité au départ présentent une bonne capacité de cryoconservation avec une bonne fertilité observable après décongélation. Il est donc nécessaire de mieux comprendre les mécanismes moléculaires impliqués dans la fécondance du spermatozoïde aviaire, en comparant des animaux présentant un haut et un faible taux de fertilité, pour identifier des leviers d'amélioration de la cryoconservation de la semence aviaire. De plus, le protocole actuellement le plus répandu utilise comme cryoprotectant (agent de protection des cellules contre les dommages de la congélation), le glycérol. Or cette substance est associée à une forte réduction de la fertilité des animaux lorsqu'elle subsiste dans les échantillons de semence inséminés. Aujourd’hui, il est donc nécessaire de supprimer le glycérol par des moyens longs et complexes. Nous avons pour objetif de développer de nouvelles approches pour retirer cette substance, reposant notamment sur un gel colloïdal. Enfin, sur la base de nos données obtenues chez la poule, nous travaillons également à l’élaboration d’un protocole de cryoconservation de la semence de caille, procédure jusqu’à présent non décrite.
Procédures
Les seules interventions prévues sont la collecte de semence chez les mâles et les inséminations des femelles. Ces deux interventions sont non invasives et couramment menées en élevage. La seule procédure est l'hébergement des mâles en cage individuelle (entre 30 et 60 semaines d'âge) car les mâles sexuellement matures sont agressifs les uns envers les autres et il est impossible de les mettre avec les femelles pour éviter les inséminations non contrôlées. L’hergement en cage individuelle est donc la seule solution pour éviter les accidents d’élevage (agressivité) et certifier la justesse des données (insémination des femelles non contrôlées).
Impact sur les animaux
Le prélèvement de semence est un acte non invasif chez les espèces caille et poule. Cependant, afin de limiter le stress lié à la manipulation, seuls trois prélèvements seront effectués par semaine. Les inséminations artificielles sont des procédures classiquement développées en élevage sans stress pour les animaux. Nous limitons cependant le nombre d’insémination à cinq par mois afin de limiter tout stress lié à la manipulation excessive des individus. L’hébergement des mâles en cage individuelle (nécessaire car les mâles sexuellement matures sont agressifs les uns envers les autres) mais également la présence de différents individus dans les cages des femelles (mise en place de hiérarchie) peuvent être source d’inconfort et de stress. En cas d’arrêt de ponte, d’un mâle ne donnant plus de semence, de diarrhée, de prostration, de l’absence de chant ou de caquètement, ou de tout autre signe de maladie même bénigne, l’intervention d’un vétérinaire est prévue. Après traitement, la décision que l’animal réintègre ou non l’expérimentation se fera en fonction de son état de santé.
Devenir
Les animaux sont maintenus en vie tout au long du projet. Les animaux seront proposés pour d'autres expérimentations à la fin du projet auprès de l'unité expérimentale.
Remplacement
Ce projet concerne la reproduction d’espèces aviaires. A l’heure actuelle, aucune alternative in vitro n’existe pour la production de spermatozïdes fécondants ou de fécondation in vitro chez ces espèces.
Réduction
Nous travaillons actuellement sur 48 coqs et 66 cailles mâles. D’après notre expérience, ces chiffres nous permettent de constituer des groupes de mâles de faible fertilité entre 5 et 10 individus, permettant des analyses statistiques concluantes sur les taux de fertilité (évalués sur les nombres d’œufs fertilisés par chi2). Pour déterminer précisement la fertilité d’un mâle, l’insémination de 8 ou de 4 femelles par mâle pour respectivement les espèces poule et caille est généralement préconisée. Afin de limiter le nombre d’animaux, nous n’étudions pas la fertilité de tous les mâles en même temps. En effet, nous effectuons plusieurs campagnes d'analyse de la fertilité (4 pour les cailles et 3 pour les poules) durant lesquelles la fertilité individuelle de maximum 18 mâles cailles et 20 coqs est étudiée sur respectivement 72 et de 160 femelles. La fertilité des individus se maintenant généralement dans le temps, les groupes ainsi identifiés de bons et mauvais reproducteurs peuvent ainsi être constitués pour l’ensemble du protocole. Ainsi, ce projet concerne 48 coqs et 160 poules (soit 208 poules) mais également 66 cailles mâles et 72 cailles femelles (soit 138 cailles), soit 346 animaux au total. L'analyse de la fertilité des mâles actuellement en expérimentation (APAFIS#4026-2016021015509521 ) est aujourd'hui en cours.
Raffinement
Aucune douleur particulière n'est attentue avec ce protocole. De plus, les mâles sont entrainés au moins deux fois par semaine au prélèvement de semence par massage dorsal depuis l’âge de 30 semaines afin de limiter tout stress lié à la manipulation. Cependant, tout signe de stress accru notamment lié aux manipulations répétitives est fortement surveillé. En cas d’arrêt de ponte, d’un mâle ne donnant plus de semence, de diarrhée, de prostration, de l’absence de chant ou de caquètement, ou de tout autre signe de maladie même bénigne, l’intervention d’un vétérinaire est prévue. Après traitement, la décision que l’animal réintègre ou non l’expérimentation se fera en fonction de son état de santé.
Choix des espèces
La caille et la poule sont deux espèces à fort interêt agronomique mais également des espèces modèles pour les autres espèces aviaires. En effet, la cryoconservation de la semence de ces deux espèces est un enjeu important pour la filière volaille (maintien des lignées/races à fort potentiel) mais les protocoles développés pour ces deux espèces serviront également de base pour la cryoconservation de la semence d'autres espèces aviaires. Les animaux doivent être matures sexuellement afin d’étudier leur reproduction, soit entre 30 et 60 semaines d’âge.