Conservation des espèces

Exposés un mois durant à une lumière artificielle nocturne et à un enregistrement de bruit routier montant jusqu'à 60 décibels, 300 têtards de crapaud commun subissent des procédures impliquant un niveau de souffrance léger. À la fin de l'expérience, chaque têtard est posé sur un support froid pour réduire son activité, écouvillonné, puis tué par surdosage d'anesthésique. Le porteur affirme qu'il est "nécessaire" de tuer les têtards pour prélever l'intestin, et annonce que le reste des tissus, dont la tête, sera congelé pour "rentabiliser" les échantillons pendant plusieurs années. Le champ de devenir déclare pourtant 45 individus rendus vivants, sans que la narration précise lesquels échappent à la mise à mort.

Objectifs

L’approche « Santé Unique » souligne la nécessité d’une meilleure compréhension des perturbations de la dynamique des interactions entre les populations humaines et animales pour le contrôle des épidémies futures. Dans ce cadre, le système immunitaire est un acteur majeur du contrôle de la composition des espèces bactériennes chez les espèces hôtes. En contrôlant les communautés bactériennes aux interfaces hôte-bactéries (tels que le système digestif ou la peau), il a probablement un fort impact sur la composition des microbiotes des organismes. Or en milieu naturel, la fonction immunitaire, qui permet de lutter contre le challenge constant représenté par les agents pathogènes, est modulée par les conditions environnementales. Chez certaines espèces d’amphibien, les gènes liés à la réponse immunitaire innée de têtards de crapaud commun soumis à de la pollution lumineuse nocturne (ALAN pour Artificial Light At Night) sont sous-exprimés par rapport aux animaux témoins, alors que ceux liés à l’inflammation sont très sur-exprimés. En milieu naturel, les organismes sont exposés à un ensemble de pollutions qui peuvent agir de façon synergique. La pollution sonore (bruit du trafic routier), est souvent concomitante à ALAN. Bien que l’effet de la pollution sonore sur le statut immunitaire d’une espèce d’amphibien anoure adulte ait déjà été démontré, peu d’études concerne l’effet synergique de ces deux stresseurs anthropiques. Ce projet a pour objectif de caractériser fonctionnellement l’impact croisé d’ALAN et de la pollution sonore sur les communautés bactériennes (commensales et pathogéniques) du crapaud commun, espèce considérée comme sentinelle des zones humides. Sachant que l’immunité est responsable de l’état de santé global des organismes (résistance aux maladies infectieuses, bactéries pathogènes, développement de cancers) et que les études multi-stress en milieu naturel sont encore rares, les résultats obtenus permettront de mieux appréhender les effets cocktails de l’exposition croisée de ces deux pollutions anthropiques sur la faune sauvage.

Bénéfices attendus

Ce projet va permettre, pour la première fois, de caractériser l’effet croisé (et non unique) de deux sources de pollutions anthropiques très communément expérimentées par les espèces en milieu naturel, et ce, en utilisant des valeurs d’exposition réalistes retrouvées sur un grand nombre de sites en milieu naturel. L’impact croisé de ces deux stresseurs anthropiques sera évalué sur les communautés bactériennes pathogènes et commensales hébergées par l’hôte. Cette étude s’inscrit donc dans le cadre du concept de Santé Unique qui émerge de plus en plus dans la programmation des politiques de santé publique alors que les données scientifiques sont encore parcellaires. En effet, comprendre les dynamiques d’interactions entre les sources de pollutions anthropiques et les espèces en milieu naturel est indispensable au contrôle des épidémies futures. Par ailleurs, les amphibiens sont le groupe de vertébrés le plus menacé d’extinction actuellement, notamment en raison des perturbations anthropiques. Comprendre l’impact de ces pollutions lumineuse et nocturne sonore sur les têtards de crapauds communs fréquemment rencontrés dans les zones humides urbaines et péri-urbaines permettra d’aider à la préconisation de mesures de conservation des populations à destination des gestionnaires d’espaces naturels. Les résultats attendus du projet seront valorisables au niveau fondamental en écologie microbienne et rapidement exploitables par les politiques publiques notamment pour l’établissement de trames noires et de zones refuges pour la biodiversité.

Procédures

Durant l’expérimentation, les animaux du groupe ALAN seront soumis à de la pollution lumineuse de 19h à 07h (intensité 0.1lux), les animaux du groupe Pollution sonore seront exposés à une bande enregistrée reproduisant les niveaux de pollution sonore observée sur un cycle circadien (en moyenne 30dB la nuit et avec des pics ponctuels allant jusqu’à un maximum de 60dB la journée. Les animaux du groupe (ALAN + pollution sonore) seront exposés aux deux pollutions selon ces même modalités. A la fin de l’expérimentation (1 mois) et avant la mise à mort par surdosage de MS-222, chaque têtard sera rincé et placé sur un support froid (de manière à réduire son activité) en vue d’un frottis cutané réalisé à l’aide d’un petit écouvillon stérile. Ce prélèvement unique de < 1 minute sera réalisé par une personne expérimentée. L’individu sera ensuite immédiatement euthanasié.

Impact sur les animaux

Aucune étude scientifique ne renseigne pour l’instant les effets physiologiques et comportementaux de l’exposition croisée à ces deux types de pollutions anthropiques chez des stades larvaires d’amphibien, ce que notre étude sera justement en mesure de mieux comprendre. La pollution lumineuse nocturne induit une expression différentielle des gènes des têtards en particulier au niveau du système immunitaire. Sans que le lien fonctionnel ait été encore formellement démontré, il se peut que les têtards soumis à la pollution lumineuse soit immunodéprimés. Une étude récente a étudié les effets de l’exposition à la pollution sonore seule en animalerie sur des têtards d’amphibien nord-américain. Elle reporte une prise alimentaire diminuée et une activité moindre de ces têtards, mais un taux de croissance et une date d’arrivée à la métamorphose similaire. Cependant, cette étude utilise un niveau de pollution sonore supérieur et continu (70 dB) à celui que nous prévoyons d’utiliser.

Devenir

Il est nécessaire d’euthanasier les têtards à la fin de l’expérimentation pour pouvoir prélever les échantillons intestinaux et ainsi caractériser le microbiote intestinal.

Remplacement

La composition des communautés microbiennes des animaux se met en place durant le développement. Elle est complexe, influencée par de multiples drivers (alimentation, immunité, génétique…) et modulée en miroir des conditions environnementales locales (pollution, stress, présence de pathogènes…). Cette composition des microbiotes n’est pas modélisable et la caractérisation de l’effet de stress externes sur son développement nécessite le prélèvement sur organisme vivant et sain. Aucune expérience in vitro ou in silico ne peut permettre d’accéder à ce type de données.

Réduction

La capture et l’échantillonnage réalisés sur les individus adultes ont été optimisés statistiquement, de façon à réduire au maximum le nombre d’œufs utilisés et prélevés dans la nature et le nombre de têtards élevés en animalerie, tout en obtenant des résultats significatifs. Le nombre de têtards prélevés (N=75 pour chacun des 4 groupes expérimentaux, soit N=300 au total) représente le nombre minimal d’individus nous permettant d’avoir une information réaliste et exploitable statistiquement, compte tenu de la haute variabilité individuelle de la composition des communautés bactériennes intestinales et cutanées. Une autorisation préfectorale est en cours d’obtention pour le site concerné, le nombre d’individus et les prélèvements réalisés. Le reste des tissus, en particulier la tête (cerveau et yeux), sera prélevé et stocké à -80°. Ces tissus pourront servir ultérieurement à l’étude de l’expression génique suite à l’exposition aux différents stresseurs. Ceci permettra de fait de rentabiliser l’ensemble des échantillons pendant plusieurs années. Cette procédure a déjà été utilisée avec succès au laboratoire.

Raffinement

Le bien-être des animaux est une condition sine qua non de cet élevage. Les conditions d'hébergement, couramment utilisées et maîtrisées dans notre équipe, sont les plus appropriées pour réduire le plus possible toute angoisse que pourraient ressentir les animaux. En particulier la température de l’eau (17°C ± 1°C), source de stress importante chez ces animaux sera contrôlés deux fois par jours. L’oxygénation de l’eau se fera en continue par des pompes et bulleurs adaptés aux aquariums. Le nettoyage de fèces par aspiration sera réalisé tous les deux jours (au début de développement) et tous les jours (quand les individus seront plus gros et s’alimenteront plus à ~2 semaines) pour assurer une eau toujours propre et empêcher tout développement bactérien ou fongique dans les aquariums. Enfin, l’élevage des têtards de chaque ponte se fera en petit groupe de 5 individus par aquariums, ce qui permet d’éviter toute pression de densité représentant un fort stress pour ces stades larvaires. Par ailleurs, le bien-être animal sera assuré par la présence de personnel compétent 7J/7J pour l’observation et le soin des animaux.

Choix des espèces

Les amphibiens présentent un état de conservation défavorable dans la plupart des régions du monde. Le crapaud commun, espèce sentinelle des zones humides, est présent dans les zones péri-urbaines et urbaines régulièrement soumise à la pollution nocturne et sonore. Ainsi, dans son environnement naturel, cette espèce expérimente des éclairements nocturnes et des niveaux sonores important pouvant affecter sa physiologie et son comportement. De plus, ce taxa étant particulièrement sensible aux épidémies bactériennes et fongiques, les résultats obtenus seront susceptibles d’avoir une grande portée de conservation afin d’établir des préconisations de gestion auprès des gestionnaires des territoires qui promeuvent la présence de zones humides en ville pour améliorer le bien-être des citadins. Nous avons choisi de travailler sur le stade larvaire car un nombre grandissant d’études reporte l’importance de perturbations environnementales subies pendant les stades juvéniles sur l’état de santé des individus, et plus particulièrement sur le développement du microbiote. Nous savons déjà que l’exposition à de faibles valeurs de pollution lumineuse nocturne est responsable de modifications de l’expression des gènes du système immunitaire chez les têtards, il est donc fort probable que ces modifications immunitaires de l’hôte aient un effet direct sur leur capacité à contrôler leurs communautés bactériennes aux interfaces telles que les intestins ou la peau.

Tous relâchés à l'issue, 630 pigeons bisets sont capturés, bagués, pesés, mesurés et soumis à des prises de sang, dans des procédures d'un niveau de souffrance léger. Une partie passe quatre à cinq mois en volière, avec six prises de sang et un harnais GPS porté quatre mois, le reste étant manipulé puis relâché sur le lieu de capture. Le porteur indique renoncer à toute anesthésie et à toute analgésie pour éviter d'altérer le comportement, et décrit un stress temporaire "sans aucune conséquence indésirable", qu'il appuie sur le retour à des comportements normaux d'alimentation et de toilettage. L'objet déclaré, mesurer l'effet des canicules urbaines sur la survie et la reproduction, sert aussi les plans d'action des collectivités pour la biodiversité urbaine.

Objectifs

Nos travaux de recherche appartiennent au champ disciplinaire de l'écologie, qui peut se définir comme l'étude scientifique des relations entre les organismes vivants et leur milieu. Ils portent sur l'étude de la variabilité naturelle des paramètres morphologiques et physiologiques et des comportements chez les espèces animales évoluant en milieu urbain, et donc soumises à de fortes pressions anthropiques. Plus particulièrement, nous nous demandons comment les canicules induisent des modifications du comportement. Si ces modifications ne sont pas assez efficaces pour moduler les contraintes des canicules sur la physiologie, nous nous attendons à observer des variations dans les taux de survie et de reproduction des individus. Dans ce projet, nous voulons baguer des pigeons bisets à des fins de reconnaissance individuelle afin de pouvoir évaluer la démographie de la population et les taux de survie et de reproduction. En parallèle, nous souhaitons équiper un sous-échantillon de ces individus avec des GPSs pour suivre leur comportement. Pour se faire, nous voulons tester la tolérance des individus à des harnais GPSs en volières et vérifier sur une journée que l'équipement de pigeons en ville permet bien de collecter des données.

Bénéfices attendus

Les résultats de ces différents travaux permettront de mieux comprendre les mécanismes de réponses des pigeons, et des oiseaux de manière plus générale, aux contraintes des canicules en milieu urbain. Ces informations sont importantes pour les prédictions des effets des changements climatiques sur la biodiversité. Ces données intéressent également les collectivités territoriales dans leurs plans d'action pour la biodiversité urbaine et sa cohabitation avec l'humain.

Procédures

Dans le cadre du test de tolérance des pigeons aux harnais GPS, un lot d'animaux sera capturé et hébergé pendant 4-5 mois en volières. Ils seront soumis vigiles à diverses mesures de masse, taille et couleur, à des tests de réponse immunitaire et à un baguage (5 min par individu), 6 prises de sang seront répartis sur 5 mois pour déterminer le sexe des individus et la concentration de leurs hormones de stress (5min par individu par mois), une pesée hebdomadaire (1 min par individu par semaine). La moitié d'entre eux sera équipé d'un harnais GPS (10 min par individu) qui sera retirée après 4 mois. Pour compléter cette procédure et vérifier que le système GPS fonctionne en conditions naturelles un autre lot de pigeons sera équipé de GPS à l'aide d'un harnais après mesures et une prise de sang (10-15 minutes de manipulation au total, 48h avec le GPS au maximum). Pour les animaux du suivi populationnel : 500 individus vigiles seront soumis à une contention avec prise de sang, baguage, pesée et mesures (5 à 10 minutes par individu). 100 parmi eux seront équipés d'un harnais GPS (5 minutes par individs). Tous les individus seront relâchés sur le lieu de capture à la fin des procédures.

Impact sur les animaux

Les nuisances attendues sur les animaux impliquent très majoritairement du stress et de la détresse lors de la capture et des manipulations, notamment lors de la prise de sang, de l'injection pour le test de la réponse immunitaire et la pose du harnais GPS. Ce stress est temporaire et n'a aucune conséquence indésirable sur les individus qui retrouvent des comportements sociaux, de toilettage et d'alimentation normaux lors du retour en volière (dans laquelle ils présentent une courbe de suivi de masse normale) ou du relâché en milieu naturel.

Devenir

Nos procédures sont peu invasives et tous les animaux seront relâchés à l'issue des manipulations / expérience. En milieu naturel les individus manipulés s'envolent et vont se nourrir très rapidement après le relâché et les individus utilisés en volière sont regulièrement revus en milieu naturel les animaux suivant le protocole ce qui nous indique que nos protocoles n'excluent pas un relâché.

Remplacement

Afin d'atteindre les objectifs scientifiques qui se focalisent sur une population de vertébrés en conditions naturelles, le recours à des animaux est nécessaire et il n'est pas possible aujourd'hui de les remplacer. Des organismes qui ne rentrent pas dans les limites taxonomiques de la législation sur l'expérimentation animale (comme les insectes ou les mollusques) ne présentent pas la même écologie et la même biologie. Ainsi, seuls des vertébrés sont endothermes ou possèdent des plumes, points essentiels de nos projets, ou réalisent des mouvements journaliers traçables en milieu urbain.

Réduction

Le nombre d'individus le plus bas possible est utilisé dans nos protocoles afin de permettre un compromis entre une limitation du nombre d'individus et permettre d'identifier des effets en réponse à nos manipulation ss'ils existent. Lorsque cela a été possible, nous avons estimé le nombre minimum d'individus nécessaires à l'aide d'outils statistiques. Au total le projet inclue 630 pigeons.

Raffinement

Toutes nos procédures sont légères en terme de stress et de souffrance infligée à l'animal. De plus, les pigeons bisets sont très tolérants à la capture et à l'hébergement. L'utilisation de tissu pour les couvrir est efficace pour les calmer car nos procédures sont réalisés sur animaux vigiles. Nous n'utilisons pas d'anesthésiant ou d'analgésiant afin d'éviter les effets néfastes sur le comportement. Les procédures les plus stressantes (prise de sang) sont le plus espacées possible. Les individus seront vus tous les jours afin d'identifier tout animal en mauvaise santé ou en condition de stress intense afin de le sortir des conditions expérimentales. En milieu naturel, tout animal déjà blessé ou qui semble en mauvaise santé sera relâché dans qu'aucun gestion autre que du baguage et éventuellement des mesures morphométriques (masse) ne soient réalisées. En volière, des comportements anormaux (stéréotypés, surtoilettage), une blessure, ou une perte de masse trop importante impliquera la sortie d'un individu de la procédure, sa mise en quarantaine et le contact du vétérinaire pour les soins ou l'euthanasie. Les volières correspondent aux critères définis pour l’élevage du pigeon biset. Chaque volière accueillera un maximum de 12 individus et a une surface au sol supérieure à la surface recommandée. De plus, les volières permettent aux individus d’effectuer de brefs vols. Par ailleurs, chaque compartiment est enrichi de nichoirs, de perchoirs en bambou, d'un mangeoire, d'un abreuvoir d’eau et d'une baignoire de faible profondeur. Tous ces enrichissements permettent de réduire le stress de la captivité pendant tout le protocole. L'équipe technique et scientifique a l'expérience du travail sur cette espèce.

Choix des espèces

Le pigeon biset Columba livia apparaît comme étant un modèle animal idéal pour étudier les mécanismes écologiques et évolutifs en milieu urbain. En effet, c’est un oiseau issu d’élevage domestique relâché par l’homme par le passé qui s’est installé dans les zones urbaines et qui est, a priori, soumis à de fortes pressions évolutives. De part ses grandes facilités d’adaptation, il constitue le modèle vertébré « sauvage » le plus répandu en zone urbaine.Elle est également appropriée pour l'étude de l'effet des fortes chaleurs urbaines car soumises aux îlots de chaleur urbains partout dans le monde et présentant des morphes différents, impliquant des réponses à la température différente. Par ailleurs, cette espèce est très répandue et ne constitue pas une espèce menacée d’extinction. Les pigeons échantillonnés et prélevés en milieu naturel seront tous adultes (plus de 8 mois) reconnus sur la base de leur morphologie. Des pigeons plus jeunes ont des taux de mortalité plus élevés à court terme, il est donc possible qu'ils meurent rapidement après baguage ou équipement GPS. De plus ils sont plus sensibles au stress, notre impact serait plus grand si nous les manipulions. Enfin, ils sont trop petits pour être équipés de harnais GPS.

Tous remis à l'eau après manipulation, 900 ombles sont capturés au filet, anesthésiés, photographiés et amputés d'un fragment de nageoire pelvienne de 0,5 cm, dans des procédures d'un niveau de souffrance léger. L'opération dure moins de deux minutes par poisson et n'est pratiquée qu'une fois, sur trente populations de lacs d'altitude à raison de trente individus chacune. Le porteur affirme que ces procédures sont sans séquelles importantes et que les poissons peuvent être remis à l'eau "sans conséquences", tout en retenant des adultes au motif qu'ils sont les moins affectés par le prélèvement de nageoire. L'objet déclaré est de comprendre le déclin des salmonidés face au réchauffement, sur des poissons dont les populations ont été introduites dans ces lacs pour la pêche de loisir.

Objectifs

Les salmonidés sont des espèces emblématiques en raison de leur importance économique (pêche professionnelle et amateur), patrimoniale et écologique. Néanmoins, malgré des politiques de conservations, les populations connaissent de nombreuses fluctuations. Le réchauffement climatique est l’une des causes pouvant expliquer ce déclin, la température influençant la physiologie, le développement et la performance des individus. Certaines populations présentent une sensibilité plus faible à une hausse de la température, laissant apparaitre une possible adaptation. Aussi, au cours des siècles derniers des salmonidés ont été introduits dans plusieurs lacs différents à des fins de pêches de loisirs. Ces milieux présentant des régimes thermiques distincts, le fait que les populations d’ombles se maintiennent suggère qu’ils ont pu s’adapter à des températures contrastées. Ce projet a pour but de comprendre la diminution des effectifs dans les populations de salmonidés. Les animaux sont relachés dans leur milieu à la fin du projet.

Bénéfices attendus

Globalement, ce projet permettra d’approfondir nos connaissances sur l’écologie d’une espèce sensible aux variations de température menacée du fait du changement climatique. Alors connaitre leur évolution trophique et morphologique dans ces milieux nous permettra de mieux appréhender leurs places et leurs effets dans ces écosystèmes patrimoniaux.

Procédures

Les poissons seront pêchés au filet, anésthésiés, pris en photo, puis le prélèvement d’un morceau de nageoire (0.5cm,

Impact sur les animaux

Les procédures de ce projet n’impliquent qu'un léger stress dû à la manipulation des animaux, à leur maintien dans des bacs de reveil et à l'anésthésie. Le prélèvement de petites sections de nageoire sera effectué.

Devenir

Les procédures de ce projet étant légère et sans séquelles importantes pour les poissons, ils pourront être remis à l’eau sans conséquences.

Remplacement

Ce projet a pour but de comprendre la diminution des effectifs dans les populations de salmonidés. L'objectif est d'évaluer les effets d’une augmentation de la température en milieu sauvage dans un contexte de réchauffement climatique en prenant en compte une espèce sujette à l’augmentation de la température. Le modèle poisson est pertinent pour cette étude car il répond a une problématique spécifique. De plus, chaque espèce répond différemment aux variations environnementales, ainsi il n’est pas remplaçable ni substituable.

Réduction

Cette expérimentation prévoit de mesurer les différences morphologiques, génétiques et de régime alimentaire entre 30 populations de salmonidés. Trente individus par populations sont nécessaires afin de pouvoir calculer des différences fiables entre les populations. Les 30 populations sont un minimum afin de conduire des analyses corrélatives avec les facteurs environnementaux (Règle des 3 R : Réduction).

Raffinement

Les poissons seront anesthésiés avant de les manipuler afin de réduire leur stress. L’anesthésie sera légère car les manipulations n’induisent qu’une faible nuisance, ce qui permettra d’obtenir un réveil plus rapide et donc une remise à l’eau plus rapide. Pendant les manipulations, la tête des poissons sera recouverte d’un linge humide pour réduire le stress. Les poissons resteront en observation après leur reveil avant leur remise à l'eau afin de s'assurer de leur bien-être. Les pêches et toutes les manipulations seront effectuées par du personnel expérimenté.

Choix des espèces

Les populations de certains salmonidés sont en déclin, notamment dans les lacs depuis plusieurs décennies, sans que les raisons de cet effondrement ne soient complètement comprises, ayant des conséquences pour la préservations des espèces concernés et les pêcheurs amateurs et professionnel. Certains lacs étant sensibles du changement climatique, ce projet apportera des connaissances essentielles au potentiel d’adaptation rapide des ombles face au réchauffement climatique. Nous utiliserons des poissons au stade adulte. Cela correspond aux poissons les plus capturables et moins impactés par le prélèvement d’une section de nageoire (plus grande nageoire et elle repousse).

Gardés vivants à l'issue de la procédure, 20 000 rats vont subir une biopsie de l'oreille dans des procédures d'un niveau de souffrance léger, leur devenir étant ensuite décidé par le chercheur en charge de la lignée. Chaque animal reçoit une bague à une oreille et un poinçon de 1,5 mm à l'autre, entre 12 et 15 jours de vie, avant le sevrage, pour permettre le génotypage. Le porteur justifie ce calendrier par l'organisation de l'animalerie, un gain "de temps, de place et de travail" et une capacité d'hébergement limitée. Ces 20 000 interventions accompagnent la gestion d'un élevage de lignées transgéniques créées sur commande, activité que l'établissement décrit comme une prestation.

Objectifs

Réaliser une biopsie d'oreille sur les rats génétiquement modifiés afin de pouvoir génotyper les animaux d'intérêt (Fondateurs, maintien de lignées, ou validation de cryoconservation des modèles).

Bénéfices attendus

Caracérisation génétique des lignées commandées pour les projets scientifiques des chercheurs et optimisation de la gestion des élevages. Il est important de réaliser le génotypage des animaux tôt, afin d'avoir les résultats si possible avant le sevrage, pour constituer les cagées directement. Cela permet un gain de temps, de place et de travail dans l'animalerie.

Procédures

Nous identifions les animaux par la pose d'une bague d'oreille et nous génotypons les animaux par une biopsie de 1.5mm de diamètre sur l'autre oreille à l'aide d'une pince spécialement dédiée. Cette procédure est réalisée une seule fois par animal. L'acte de biopsie et identification est très rapide (maximum 20 secondes pour les 2 actes d'identification et de biopsie). L'animal est donc contenu durant quelques secondes seulement et remis immédiatement à la mère.

Impact sur les animaux

Le poinçon peut entrainer douleur légère et de courte durée au site de prélèvement

Devenir

Tous les animaux sont gardés en vie à la suite de cette procédure peu invasive. La biopsie permettra de déterminer le génotype de l'animal. Le chercheur en charge de la lignée déterminera son devenir en fonction des projets qu'il mène.

Remplacement

Pas d’autre possibilité que le recours à l’animal vivant pour le prélèvement de tissus.

Réduction

La réduction du nombre d'animaux utilisés et leur bien-être est une préoccupation permanente. Le raffinement de nos techniques de transgénèse, de procréation médicalement assistée et de cryoconservation permet de générer de moins en moins d'animaux pour l'ensemble des prestations de l'institut, ce qui permet de réduire de manière importante la quantité d'animaux générés et donc biopsiés. De plus, nous utiliserons dès que possible, de schémas d’accouplement optimisés ne nécessitant pas ou peu de génotypage, afin de produire un maximum d’animaux « utiles »

Raffinement

La méthode de poinçon à l'oreille est éprouvée, précise, rapide et standardisée ce qui limite les effets indésirables stress/douleurs sur les animaux. De plus, les animaux sont surveillés quotidiennement ce qui permet de faire un suivi de la cicatrisation dans le temps. Nos rats sont hébergés en cages ventilées, en groupe, avec de multiples enrichissements : bâton de bois à ronger, balles de bois à ronger, nids, croquettes de nourriture au fond de la cage.

Choix des espèces

Le rat, comme la souris , est un très bon modèle d'expérimentation animale car il est de petite taille, son génome est parfaitement connu et il a un taux de reproduction très rapide. Il est couramment utilisé par les chercheurs qui nous commandent des prestations de création de lignées transgéniques Les rats seront prélevés entre 12 et 15j de vie, avant le sevrage. Cet âge a été judicieusement choisi car avant 12j, l'oreille ne s'est pas assez développée et ce n'est qu'un bourgeon sur lequel il est difficile de réaliser une biopsie. et après 15j, nous n'aurions pas les résultats de génotypage avant le sevrage (3 semaines), ce qui ne nous permet pas de faire les cagées définitives. Notre capacité d'hébergement est limitée et il nous faut donc optimiser la place constamment. Ce fonctionnement nous permet d'économiser du temps, des ressources et de la manutention pour les animaliers.

24 petites roussettes vont être utilisées dans des procédures impliquant un niveau de souffrance léger, douze réintroduites en mer et douze, nées en captivité, tuées à l'issue. Chaque individu passe seize heures en chambre de respirométrie pour mesurer sa consommation d'oxygène puis subit une biométrie sous anesthésie courte, pour calibrer un modèle qui doit prédire la taille des populations de requins et raies ovipares en 2100 selon deux scénarios climatiques. Le porteur décrit une méthode non invasive et revendique un projet destiné à terme à remplacer l'expérimentation animale par la modélisation. Il indique que les individus capturés en mer ont de fortes chances de survivre au relâcher, les jeunes éclos en captivité étant tués selon la réglementation.

Objectifs

A partir d’un nombre très limité d’individus (24 au total) et d’une procédure légère (respirométrie statique à flux intermittent, méthode non invasive communément employée chez les poissons), le projet doit permettre la mise au point d’une approche couplée de bioénergétique et de modélisation qui doit permettre de prédire la taille des populations de petite roussette (Scyliorhinus canicula) en 2100 dans le cadre de 2 scénarios climatiques : (i) les émissions de CO2 se maintiennent aux niveaux actuels jusqu'en 2050, puis diminuent sans atteindre l'objectif de zéro net d'ici 2100 et (ii) les émissions de CO2 triplent d'ici 2075.

Bénéfices attendus

Une fois le modèle calibré sur la petite roussette (Scyliorhinus canicula), il pourra être utilisé pour prédire la taille des population de d'autres espèces d'élasmobranches ovipares tempérées ayant les mêmes dépenses énergétiques, c’est-à-dire que la taille des populations de d’autres espèces pourra être connue sans avoir à réaliser d’expérimentation animale. Ces estimations pourront servir à guider les mesures de gestion de ces espèces dont près de la moitié sont menacés d’extinction en Atlantique Nord-Est, le changement climatique pouvant exacerber les pressions anthropiques directes existantes.

Procédures

Après stabulation aux températures désirées (15,5°C; 17,5°C, 19,0°C) pendant 1 mois, les capacités métaboliques des individus seront mesurés gràce à une méthode non invasive. Les individus seront placés dans des chambres de respirométrie pendant 16h et surveillés toutes les heures. Le test alternera des phases de mesure de consommation d’oxygène (20 à 60 minutes en fonction de la température) et de 60 minutes de renouvellement d’oxygène (i.e. 10-12 mesures en tout pour un individus). L’estimation des capacités métaboliques étant rapportés au poids de chaque individu, une biométrie (longueur totale et standard, masse) sous anesthésie courte sera réalisée après chaque test.

Impact sur les animaux

Le transport des individus subadultes et adultes (2h) pourra engendrer un stress qui sera diminué en transportant les individus dans des mésocosmes oxygénée et dans lesquels les animaux seront dans le noir. Les températures appliquées (15.5°C; 17,5°C; 19°C) sont des températures rencontrés par l'espèce (gamme de température allant de 10 à 20°C), par conséquent les conditions d'élevage ne représenteront pas de nuisance supérieures à celles rencontrées dans le milieu naturel. La nuisance associée à la découverte d'un nouvel environnement sera atténuée par une heure consacrée à l'acclimatation des individus aux chambres de respirométrie enrichie d'une cachette et de pierres. L'isolement pendant la procédure pouvant entrainer une nuisance légère (animaux non grégaires), les chambres de respirométrie transparentes seront placées par paires dans des mésocosmes. Le stress associé à la biométrie sera réduit grâce à une anesthésie courte.

Devenir

Tous les animaux prélevées en milieu naturel seront réintroduits. Les individus n'ayant été qu’acclimatés au maximum pendant 3 semaines, placés en stabulation pendant un mois puis 18h dans des chambres de respirométrie, pesés et mesurés, ils ont de fortes probabilité de survivre lors de leur réintroduction dans leur milieu naturel. La réintroduction de juvéniles en milieu naturel est couramment employée en conservation des raies et requins ovipares. Ceux nés en captivité seront euthanasiés conformément à la réglementation.

Remplacement

A ce jour il est impossible de quantifier la consommation en dioxygène en fonction de la température autrement que par respirométrie statique à flux intermittent (méthode non invasive communément employée). Toutefois, à partir d’un nombre très limité d’individus (24 au total) d’une espèce modèle (Scyliorhinus canicula) et d’une procédure légère, le projet doit permettre de calibrer un modèle permettant de prédire la taille des populations de nombreuses espèces de raies et de requins ovipares en 2100 dans le cadre de 2 scénarios climatiques. Ce projet a donc pour but final d’utiliser la modélisation en remplacement de l'expérimentation animale.

Réduction

Un nombre très limité d’individus (24 au total) d’une espèce commerciale (Scyliorhinus canicula), classée > sur la liste rouge de l’Union International pour la Conservation de la Nature (UICN) est nécessaire et suffisant pour calibrer un modèle permettant de prédire la taille des populations de nombreuses espèces de raies et de requins ovipares en 2100 dans le cadre de 2 scénarios climatiques sans avoir à utiliser d’animaux en expérimentation animale. Ce petit nombre d'individus a déjà permis d’obtenir la relation recherchée pour calibrer le modèle sur d’autres espèces. Par ailleurs, l’hébergement et la procédure légère mis en place doivent permettre la réintroduction des animaux en milieu naturel. La réintroduction est couramment réalisée pour la conservation des raies et requins qui pondent des œufs.

Raffinement

Le stress associé au transport des individus (2h) sera diminué en transportant les individus dans des mésocosmes oxygénée et dans lesquels les animaux seront dans le noir. Chacun des aquariums de 700 L permettra d’héberger des groupes de 8 individus (4 juvéniles séparés de 2 subadultes et 2 adultes par une cage grillagée en plastique). Les bassins seront alimentés par de l’eau de mer pompée directement en Manches afin de proposer une eau dont la composition chimique est la plus proche du milieu naturel et équipés indépendamment d’un système de filtration externe (limitation des champs électrique), mécanique et biologique. La température sera mesurée en continu et ajustée automatiquement. La salinité, l’oxygène et les nitrates seront mesurés hebdomadairement tandis que l'ammonium et les nitrites seront mesurés quotidiennement. L'eau des aquariums sera renouvelée d'un tiers quotidiennement. Les individus seront nourris ad libitum, deux fois par semaine (digestion très longue) avec des calmars et du merlu préalablement décongelées (limitation des risque d’infection parasitaire). L'alimentation avec des aliments ayant des valeurs nutritives variées (merlu et calmar) augmentera la probabilité que la plupart des éléments essentiels soient ingérés. L’alimentation sera complétée si nécessaire par un supplément en vitamines (C) et minéraux pour éviter toute carence chez les animaux hébergés. Une surveillance quotidienne sera assurée en plus des périodes de nourrissage afin de détecter des modifications de l’aspect physique et du comportement des poissons. Des abris en plastique permettront de fournir des cachettes tandis que des tunnels offriront des possibilités de jeu. L'anesthésie courte permettra de limiter le stress lié à la biométrie.

Choix des espèces

Les élasmobranches (raies et requins) constituent la deuxième classe de vertébrés la plus menacée d’extinction à ce jour (près de 50% des espèces sont menacés d’extinction en Atlantique Nord-Est). Le réchauffement des eaux représente un défi supplémentaire pour la survie de ces espèces qui ne régulent pas leur température interne. L’approche couplée de bioénergétique et de modélisation a déjà permis de prédire la taille des populations de Rhinoptera bonasus. Cependant, le modèle développé n'a pas été construit pour qu'il soit transposable à une autre espèce et en particulier à une espèce tempérée et ovipare. A l'heure actuelle, il est donc impossible de prédire la taille des populations des différentes espèces de raies et requins ovipares tempérés. La petite roussette (Scyliorhinus canicula), classée « préoccupation mineure » selon la liste rouge de l’UICN, couramment rencontrée au sein des aquariums (conditions optimales de développement connues) est un organisme modèle pour l'étude des raies et des requins en Atlantique Nord-Est, c'est donc cette espèce qui a été choisie pour calibrer le modèle développé pour les raies et requins tempérée ovipares. Le modèle doit être calibré sur des individus de différentes tailles (i.e. stades de développement) pour correctement décrire la consommation en dioxygène en fonction de la taille des individus. Une plus grande variabilité étant attendu chez les juvéniles, leur nombre est plus grand. Le nombre de subadultes et adultes est quant à lui limité par les capacités d’accueil des animaux dans des conditions optimales (déterminées par la capacité de filtration des pompes). La dynamique des populations est contrainte par la fécondité des femelles, par conséquent, l’approche mise en place est basée sur les femelles. La taille à maturité des femelles n’est pas précisément décrite, ce qui implique d’inclure des individus selon une fourchette de taille assez grande, c’est pourquoi le projet comptera 6 subadultes femelles (maturité non certaine) et 6 adultes femelles (maturité certaine). Enfin, il est impossible de déterminer le sexe des embryons dont la durée d’incubation est de 6 mois avant leur éclosion. Par conséquent, nous avons valorisé tous les individus éclos (6 femelles et 6 mâles) sachant que l'énergie allouée pour l'investissement reproducteur est nul la première année pour les petites roussettes et donc n’entrainera pas d’erreur pour la calibration du modèle.

100 manchots royaux et 100 albatros à bec jaune vont être capturés brièvement puis relâchés, dans des procédures impliquant un niveau de souffrance déclaré léger. Chaque oiseau subit une capture, un marquage, une vaccination expérimentale contre la grippe aviaire H5 et des prélèvements sanguins, avant d'être relâché sur son lieu de capture. Le porteur affirme que ces populations sauvages ne peuvent pas être remplacées et attend des enseignements pour d'éventuels plans de vaccination en milieu naturel, bénéfices renvoyés au conditionnel et au futur. Les impacts déclarés se limitent au stress de la capture et à la douleur des injections et prélèvements.

Objectifs

L’objectif est de mesurer la réponse en anticorps suite à la vaccination contre l'influenza aviaire hautement pathogène H5. Chez le manchot royal, il s’agira de vacciner des poussins afin d’étudier la dynamique de leur réponse immunitaire pendant leur (longue) période d’élevage sur la colonie de reproduction. Chez l’albatros à bec jaune, il s’agira de vacciner des adultes reproducteurs afin d’étudier la dynamique de leur réponse immunitaire et le transfert d’anticorps maternels à leur jeune l’année suivante.

Bénéfices attendus

Nous attendons une meilleure connaissance de la réponse immunitaire d'espèces sauvages à une vaccination contre un agent pathogène important, ce qui peut être utile pour envisager des plans de vaccination contre ce type de pathogène en populations naturelles. Cette étude permettra de plus de s'assurer de l'innocuité du vaccin chez les espèces considérées, qui pourraient être très sensibles au virus de l'influenza aviaire hautement pathogène émergeant actuellement dans les populations d'oiseaux marins sauvages. Elle sera conduite dans une région géographique qui n’est pas encore touchée par l'influenza aviaire hautement pathogène, mais où cette problématique pourrait se poser dans le futur. Des bénéfices sont donc attendus dans le cadre de problématiques de biologie de la conservation et d'écologie des maladies infectieuses.

Procédures

Les individus sont soumis à des captures brèves (quelques minutes) pour la réalisation d'un marquage, d'une vaccination et de prélèvements, puis ils sont relâchés dans la nature au lieu de capture. Cela concerne un total de 100 manchots royaux et 100 albatros à bec jaune (en incluant les témoins).

Impact sur les animaux

Stress lors des captures et douleur légère lors des injections et prélèvements.

Devenir

Les individus sont d'espèces sauvages non captives et ils seront relâchés dans leur milieu naturel à l'endroit de leur capture.

Remplacement

L'objectif étant d'évaluer la réponse immunitaire à un vaccin contre l'influenza aviaire hautement pathogène de sous-type H5 dans des populations d'oiseaux sauvages en conditions naturelles, les populations considérées ne peuvent pas être remplacées. Néanmoins, il est à noter que les résultats attendus chez les deux espèces considérées pourraient être applicables à des espèces phylogénétiquement proches et au statut de menace plus élevé (par exemple, l'albatros d'Amsterdam, le gorfou sauteur subtropical et l'albatros hurleur Diomedea ).

Réduction

Les tailles d'échantillons considérées ont été déterminées afin de réduire au maximum le nombre d'animaux utilisés tout en s'assurant d'obtenir des données informatives. Les tailles d'échantillons prennent notamment en compte la relativement forte survie naturelle des stades des espèces considérées (survie du poussin de manchot royal après l'âge de 35 jours, survie interannuelle d'adultes d'albatros à bec jaune).

Raffinement

Les techniques de capture et de prélèvements ont fait l'objet d'un raffinement afin de provoquer le moins d'effets négatifs sur les oiseaux, de même que les vaccins utilisés. Les techniques d'analyses permettent de travailler avec de petits volumes de sang prélevé. Plus précisément, la vaccination se fait par voie intra-musculaire (injection de 0.2 ml) et les prises de sang sont réalisées à l’aile ou à la patte selon la taille de l’individu manipulé. Les oiseaux sont relâchés rapidement sur le site de leur capture et les populations font l’objet de suivis démographiques.

Choix des espèces

Ces deux espèces ont été choisies car elles permettent d'évaluer la réponse immunitaire au vaccin anti-influenza aviaire hautement pathogène sous-type H5 avec un dérangement minimum et pour des espèces pour lesquelles il est particulièrement important d'évaluer si un tel vaccin pourrait être utilisé. L'émergence de l'influenza aviaire hautement pathogène en 2022 dans de nombreuses populations naturelle d'oiseaux marins, avec des mortalités très fortes d'adultes et de poussins, montre l'importance de disposer de ce type d'information pour ces espèces. Ceci est en particulier justifié par le fait que ces espèces ont la particularité de vivrent en colonie denses et d'être fortement sensibles à des facteurs de mortalités affectant les adultes. Chez le manchot royal, les vaccinations seront faites chez des poussins afin de suivre la dynamique de leur réponse pendant leur croissance. Chez l'Albatros à bec jaune, la vaccination est faite sur des adultes pour évaluer la réponse à long terme (entre années, car ils peuvent être suivi à cette échelle) et le transfer maternel d'anticorps et sa persistence chez les poussins.

4 500 oiseaux vont être utilisés dans des procédures impliquant un niveau de souffrance léger, capturés puis relâchés sur leur site sans être tués. Chaque oiseau subit en quelques minutes des écouvillons cloacal et oropharyngé, un frottis de plumes et une prise de sang à la jugulaire, sans anesthésie. Le porteur indique que ces manipulations induisent un stress chez ces espèces sauvages, sans attendre de perte de poids ni de comportement anormal. L'étude vise à mesurer les risques épidémiologiques liés aux oiseaux exotiques envahissants à La Réunion, que le porteur juge apporter des connaissances "indispensables".

Objectifs

Ce projet ambitionne d’apprécier les risques épidémiologiques associés à la modification de la communauté des oiseaux de l’Île de la Réunion par les espèces d’oiseaux exotiques envahissantes. L’île de la Réunion constitue l’un des 34 « points chauds » de la biodiversité à l’échelle mondiale. La composition de ses communautés d'oiseaux a été fortement affectée depuis l’arrivée de l’homme il y a près de 400 ans. Plus de 50 % des espèces d'oiseaux indigènes de l'île auraient ainsi disparu du fait de leur surexploitation et dégradation de leurs habitats . Ce territoire est à présent fortement exposé à la menace des invasions biologiques. Environ 70 espèces exotiques de vertébrés y ont été recensés en milieu naturel, dont 26 espèces d’oiseaux. Les communautés d’oiseaux sont aujourd’hui composées d’un assemblage d’espèces dominé par les espèces introduites. Elles représenteraient plus de la moitié de la biomasse des oiseaux terrestres à l’échelle de l’Île. Ces estimations ne tiennent pas compte des élevages de volailles, qui représentent également une biomasse considérable à l’échelle de l’île. Le potentiel de perturbations que peuvent générer les oiseaux invasifs sur le fonctionnement des écosystèmes et celui des populations des faunes natives s’avère par conséquent extrêmement élevé.

Bénéfices attendus

En se focalisant sur l’effet de la composition des communautés d’oiseaux et de leurs habitats, sur la diversité et la dynamique de transmission des agents infectieux, ce projet apportera des connaissances indispensables à une évaluation du risque sanitaire associé à l’introduction d’espèces invasives et ainsi permettre une meilleure articulation des problématiques de santé et de protection de la biodiversité dans un territoire ultra-marin comme celui de l’Île de la Réunion (concept « One Health »). Les connaissances acquises permettront d’éclairer les décisions politiques et réglementaires et participeront à une prise en compte plus intégrée des enjeux liés aux invasions biologiques, à la santé animale et publique.

Procédures

Cinq types de prélèvements seront effectués sur chaque animal : - Un écouvillon cloacal, réalisé à l'aide d'un écouvillon stérile. - Un écouvillon oropharyngé, réalisé à l'aide d'un écouvillon stérile. - Un frottis sur les plumes alaires, réalisé à l'aide d'un écouvillon stérile. - Une prise de sang au niveau des veines jugulaires, brachiales, ou métatarsienne médiane. - La collecte de parasites hématophages attaché à l'oiseau (e.g. tiques). L'ensemble de ces prélèvements durera environ 3 minutes pour chaque animal. L’anesthésie des oiseaux étudiés dans le projet représente en soit une procédure de classe supérieur à celle qui sera réalisée ici. Afin de limiter le stress des oiseaux, nous n'anesthésierons donc pas les animaux dans le cadre de ce projet.

Impact sur les animaux

Toutes les procédures réalisées dans le cadre de ce projet sont de classe légères. De plus, compte tenu de la durée de contention et de manipulation très limitée (quelques minutes), nous n’attendons pas d’effets indésirables de type perte de poids, douleur, ou encore comportement anormal. Toutes les espèces concernées étant des espèces sauvages, l’ensemble des procédures induira cependant un stress sur les animaux. Afin de limiter ce stress, des mesures de raffinement et des points limites adaptés à la manipulation d’espèces sauvages seront appliqués.

Devenir

Tous les animaux seront remis en liberté sur le site où ils ont été capturés après réalisation de la procédure expérimentale (excepté les oiseaux manipulés dans le centre de soin).

Remplacement

Le projet porte spécifiquement sur la diversité et a transmission des agents infectieux chez des oiseaux sauvages, dans leur environnement naturel. Les espèces ciblées ne peuvent donc pas être remplacées. Au delà des espèces sauvages, nous envisageons également la capture ponctuelle et la collecte de prélèvements sur des poules domestiques en semi-liberté, afin de mettre en évidence des échanges d’agents infectieux avec les volailles

Réduction

La détection des agents infectieux dans les populations naturelles est dépendante d'une grande diversité de facteurs liés à l'hôte et son environnement. L'estimation précise des prévalences d'animaux porteurs d'agents infectieux nécessite de tester un nombre élevé d'animaux, afin de pouvoir être validé statistiquement. Le nombre d'oiseaux nécessaire pour réponde à nos questions scientifique est estimé à 4500

Raffinement

La première précaution est de limiter le dérangement lié à la capture des oiseaux, afin de ne pas affecter leur succès reproducteur (ne pas casser les œufs, faciliter leur prédation, ou isoler le poussin de ses parents trop longtemps). Immédiatement après la capture, un niveau de priorité de manipulation des oiseaux sera établi en fonction du statut reproducteur de l'individu et de la sensibilité de l'espèce à la manipulation. Afin de limiter le stress, les oiseaux capturés seront mis dans des sacs de contention, à l'obscurité. Les prélèvements biologiques seront réalisées à l’abri du soleil de manière rapide, calme et sûre. Nous éviterons de manipuler des oiseaux par temps de pluie, pour ne pas altérer l’étanchéité des plumes. La pose d'une bague permettra également d'identifier individuellement les oiseaux et de les relâcher immédiatement en cas de recapture. Pour les prises de sang, la vitesse normale de coagulation pour les oiseaux n'est pas connue, mais est habituellement considérée d'une durée d'environ cinq minutes. Le stress et les températures élevées sont susceptibles d'affecter cette durée. La fin de l'écoulement sanguin sera être vérifiée systématiquement avant le relâché des oiseaux. Enfin, l'hydratation des oiseaux sera réalisée en cas d'atteinte de points limites.

Choix des espèces

Le projet porte spécifiquement sur la diversité et a transmission des agents infectieux chez des oiseaux sauvages, dans leur environnement naturel. Les espèces ciblées ne peuvent donc pas être remplacées. Au delà des espèces sauvages, nous envisageons également la capture ponctuelle et la collecte de prélèvements sur des poules domestiques en semi-liberté, afin de mettre en évidence des échanges d’agents infectieux avec les volailles. Les animaux seront classés en trois grandes catégories d'âge pour ce projet : poussin, juvénile et adulte.

540 ombles juvéniles vont être utilisés, gardés en vue d'une réutilisation, dans des procédures impliquant un niveau de souffrance léger. Chaque poisson est placé seul dans une chambre de respirométrie de 500 millilitres pendant une vingtaine d'heures, après un jeûne de 44 heures, puis soumis à des mesures d'excrétion et de consommation de proies. Le projet compare les populations de deux lacs face au réchauffement et aux pratiques de repeuplement. Le porteur décrit un stress léger lié à l'isolement et juge le modèle poisson "pertinent" pour l'étude.

Objectifs

Les salmonidés lacustres sont emblématiques de l'Amérique du Nord et de l'Europe. Ce sont des espèces qui ont une forte importance économique (pêche professionnelle et amateur), patrimoniale et un fort interêt écologique. Néanmoins, les populations sont en dangers. Les captures de pêche montrent des variations irrégulières, due à plusieurs facteurs comme le réchauffement climatique. Pour pallier à ces déclins, des politiques de repeuplement (lâchés de poissons issus de reproductions assistées) ont lieu. Bien que ces lâchés maintiennent une certaine densité de populations, ils sont débattus car des effets sur les capacités d’adaptation. Les lâchés s’effectuent de peuvent introduire des individus venant de population différente, ce qui peut s’avérer problématique pour la génétique des populations. L’objectif de ce projet est d’évaluer les effets du repeuplement et du réchauffement climatique sur des traits phénotypiques. Spécifiquement, ce projet testera si différentes populations présentent des phénotypes différents et si la température (4° et 8°) influencent le phénotype des individus. Les observations seront réalisées sur la physiologie (métabolisme et excrétion de nutriments) et le régime alimentaire (taux de consommation).

Bénéfices attendus

Les pratiques de repeuplement des salmonidés sont mises en œuvre dans de nombreux pays. Les résultats de ce projet permettront d’apporter de premiers indices quant aux potentiels effets sur la diversité fonctionnelle des populations et à plus long terme de répondre à la question des effets du repeuplement sur la diversité intraspécifique et les services écosystémiques associés. En plus d’apporter des idées sur les bénéfices et conséquences potentielles de ces approches au niveau local (régulation et production de poisson), ce projet aura un impact plus large en questionnant les stratégies de gestion et conservation des salmonidés en général.

Procédures

Des mesures respirométriques seront effectué dans un récipient hermétique (500ml) pendant 20h environ ce qui limiteras sensiblement leur mouvement (la petite taille des poissons aux stades de développement étudiés, la contrainte physique due à la taille des chambre respirométrique sera limitée). Ces mesures impliqueront un jeun de 44h (mis à jeun pendant 24h avant la mesure + 20h de mesure) qui ne devrait pas impacter le développement des poissons. Un léger stress pourra être ressenti dû à l’isolement des poissons. L’eau y sera renouvelée toutes les 10min pour s’assurer que la qualité de l’eau reste bonne durant le test. Les mesures d’excrétion se feront dans un récipient de 500ml pendant 1h. Le taux de consommation de proie impliquera de laisser les animaux dans un contenant de 500ml pendant 20min en présence de daphnie, proies naturelles de l’espèce étudiées.

Impact sur les animaux

Les procédures de ce projet n’impliquent qu'un léger stress dû à la manipulation des animaux. Les mesures de taux métabolique impliquent de laisser les poissons dans une chambre métabolique de 500ml pendant 20 à 24h. Un léger stress pourra être ressenti dû à l’isolement des poissons, la contrainte physique sera limitée du fait de la petite taille des poissons étudiés (stades larvaires et juvéniles). L’eau y sera renouvelée toutes les 10min pour s’assurer que la qualité de l’eau reste bonne durant le test.

Devenir

Afin de réduire le nombre d'animaux utilisés dans le laboratoire et étant donné que les procédures de ce projet n'impliquent qu'un leger stress aux animaux, ils seront gardés en vue d'une réutilisation.

Remplacement

Ce projet a pour but de comprendre les effets du repeuplement piscicole et du changement climatique sur la diversité des populations de poissons. L'objectif est d'évaluer ces effets dans un contexte de réchauffement climatique en prenant en compte une espèce sujette à l’augmentation de la température. Ces effets sont, de plus, problématiques d’un point de vue économique et écologique. En effet, cette étude permettra de comprendre la sensibilité au changement climatique d'une espèce avec une forte importance économique (pêche professionelle et amateur) et également écologique (prédateur). Les pratiques de repeuplement sont extrêmement développées autour des salmonidés sans que les effets sur les populations ne soient vraiment prises en compte, ainsi le modèle poisson est pertinent pour cette étude.

Réduction

Cette expérimentation prévoit de mesurer les traits dans 2 traitements de température (4.5 et 8.5°C) chez 3 populations avec 10 familles chacune. Les analyses statistiques envisagées sont notamment des analyses de variances (ANOVA) et des modèles linéaires à effets mixtes (GLMM). L’effectif de 18 individus par famille/population (chiffre qui tient compte de la mortalité) de mesure permet d’avoir un effectif de qualité pour avoir la robustesse statistique nécessaire à nos analyses afin de déceler des effets de la température et de la population d’origine tout en limitant au maximum le nombre d’individus mis à mort (Règle des 3 R : Réduction).

Raffinement

Les aquariums disposeront d’un couvercle et de cachette (tubes en céramiques) afin de limiter le stress dû à la lumière. Lors des mesures de consommation, des proies vivantes seront placé dans le récipient (et non des aliments inertes), permettant de stimuler les animaux. Lors des mesures métabolique une période d’observation d’une heure sera mise en place afin de vérifier la bonne acclimatation des individus au système expérimental.

Choix des espèces

Nous utiliserons des poissons au stade juvénile. Ce stade de vie devraient présenter des phénotypes différents selon les populations d’origine et les traitements de température de température subit durant le développement embryonnaire.

465 cochons et 80 chèvres vont être utilisés dans des procédures impliquant un niveau de souffrance légère, réintégrés à l'élevage à l'issue. Les truies, les chèvres et leurs petits subissent des prélèvements répétés de sang et de salive au fil de la gestation, de la lactation et du sevrage, pour comparer un élevage en plein air à un élevage conventionnel. Le porteur signale un stress lié aux fortes températures et au contact avec la clôture électrifiée. Le projet vise des "itinéraires techniques" agricoles jugés viables, avec un bénéfice attendu à cinq ans.

Objectifs

L'objectif est de caractériser les performances zootechniques (reproduction, bien être et santé) ainsi que les services (fertilité du sol et tassement) rendus soit par i) une association originale de femelles reproductrices caprine et porcine au sein d’un système de pâture (0,5 ha) en rotation (essai 1) ; ii) soit par une rotation de 2 truies sur une parcelle de 2 800 m² (essai 2) ; iii) pour les truies, une comparaison avec les performances de 4 truies en système conventionnel, en bâtiment. L’objectif final (à terme dans 5 ans) est d’intégrer cette expérimentation dans un contexte plus large de systèmes d’élevage fournissant à la fois de l’alimentation (humaine et animale) et de l’énergie à partir des ressources renouvelables disponibles à la ferme ou à proximité. Cela passe entre autre par la minimisation (voire l’élimination) de l’utilisation d’intrants au fur et à mesure de l’expérimentation, dans l’alimentation des animaux et la production d’énergie.

Bénéfices attendus

Le projet permettra d’acquérir des nouvelles connaissances scientifiques et techniques sur les services et dis-services écosymétiques d’un système pâturé de rotation entre chèvres et truies, notamment sur : - Le comportement maternel des animaux en plein air - Le niveau de bien-être des animaux comparés aux systèmes conventionnels - Les performances zootechniques des animaux en patûrage tournant, combinant deux espèces différentes - Les effets de l’interaction caprine-porcine sur l’infestation parasitaire des chèvres, sur l’apport des déjections caprine-porcine dans l’enrichissement du sol, le niveau optimal de rotation pour éviter le tassement du sol et la gestion de l’enherbement. A long terme, le projet permettra de consolider les informations permettant d’identifier des itinéraires techniques viables sur le plan économique et environnementale.

Procédures

Les chèvres seront soumis à des prélèvements sanguins: volume de 2 x 6 ml / fréquence : 3 (avant la mise-bas, à la mise-bas et au sevrage); des prélèvements de salive: volume : 2 x 6 ml / fréquence : 3 (avant la mise-bas, à la mise-bas et au sevrage). Les truies seront soumis à des prélèvements sanguins: volume de 2 x 6 ml / fréquence : 9 (avant la mise-bas, en milieu de lactation et au sevrage, matin, midi et soir); des prélèvements de salive: volume de 2 x 6 ml / fréquence : 9 (avant la mise-bas, en milieu de lactation et au sevrage, matin, midi et soir). Les porcelets seront soumis à des prélèvements sanguins: volume :de 2 x 6 ml / fréquence: 1 au sevrage et des prélèvements de salive: volume de 2 x 6 ml / fréquence : 6 (en milieu de lactation et au sevrage, matin, midi et soir).

Impact sur les animaux

Effets prévus sur les animaux : - Stress lié à l’élevage en plein air : les truies peuvent être stressées par une température ambiante élevée en milieu extérieur : les abris permettront de limiter le stress lié à la température ambiante et les bains de boue, naturellement mises en place par les truies, seront favorisés en augmentant artitificiellement (par arrosage) la surface liée au bain de boue. - Stress lié à l’élevage en plein air : contact avec la clôture électrifiée. La durée des effets est courte (quelques secondes) en lien avec la durée du contact. Les animaux non nés ou nés en plein air, s’habituent en quelques minutes à la clôture. La surface de pâture est suffisante et au-delà des normes pour éviter des contacts fréquents avec la clotûre. Nuisances en lien avec les prélèvements sanguins et salivaires: les prélèvements sont réalisés par des techniciens expérimentés en moins de 2 minutes.

Devenir

A l'issue de chaque procédure, les animaux sont replacés dans les conditions d'élevage (plein air ou conventionnel).

Remplacement

L'utilisation de l'animal est nécessaire pour documenter sur les performances d’élevage en plein air en comparaison avec l'élevage conventionnel en bâtiment.

Réduction

Le nombre d'animaux a été déterminé en fonction des surfaces de pâture disponibles et en minimisant le chargement des truies pour éviter les pollutions par les rejets azotés (à titre indicatif, la surface disponible par truie est supérieure à 1150 m²/an alors que la norme est de 670 m²/an). Par ailleurs, des collectes non invasives de salive pourraient remplacer à terme les dosages sanguins, en fonction de la corrélation entre les dosages salivaire et sanguin).

Raffinement

Les conditions d'hébergement sont raffinées par le fait même que les animaux soient en plein air (hormis pour les phases hors-sols qui respecte les normes d’élevage en vigueur), ce qui permet aux animaux d’exprimer leur comportement naturel de brouteur (chèvres et chevreaux) ou de fouineur-fouisseur (truies et porcelets) . Les manipulations seront réalisées par du personnel de l'Etablissement Utilisateur agréé, et ayant les compétences nécessaires pour l'expérimentation animale.

Choix des espèces

L'objectif est de caractériser les services écosystémiques et dis-services de l’élevage en plein air, en vue de proposer aux agriculteurs-éleveurs des itinéraires techniques économiquement et environnementallement viables pour valoriser les races caprine et porcine Créole et fournir des denrées alimentaires d’origine animale saines et favorisant le bien-être des animaux. Les espèces incluses dans l'expérimentation constituent la cible de l'étude. Les chèvres et les truies sont des animaux en stade de se reproduire. L’âge est supérieur à 6 mois pour les chèvres et de 8 mois pour les truies. Les chevreaux sont sevrés à 3 mois d’âge et les porcelets à 7 semaines d’âge.