Oiseaux

980 diamants mandarins vont être utilisés dans des procédures impliquant un niveau de souffrance léger, 510 tués, 420 réutilisés et 50 placés chez des particuliers. Ils sont exposés à un mélange de métaux lourds sur plusieurs générations, avec pose de puces, prises de sang, prélèvements de plumes et de sperme, pour mesurer les effets de la pollution urbaine sur leur physiologie et leur reproduction. Le porteur s'appuie sur des expériences antérieures pour affirmer n'attendre ni mortalité ni douleur importante, seulement un stress lié à la manipulation. Il conclut qu'aucun modèle in vitro ou in silico ne rend compte de "l'organisme entier" d'un oiseau vivant.

Objectifs

Les activités humaines sont une source de stress pour la faune sauvage. Cependant, il est difficile de mettre en évidence les effets dissociés de différentes sources de stress dans le milieu naturel. Pour établir des relations causales, des études en laboratoire sont nécessaires. C’est pourquoi dans ce projet nous adoptons une approche écotoxicologique en laboratoire sur le modèle d’étude diamant mandarin (Taeniopygia guttata) qui est une espèce d’oiseau modèle en écophysiologie. Nous nous concentrerons sur les effets de la pollution en éléments traces métalliques, comme le plomb, le cadmium, le cuivre. Ces éléments peuvent avoir des effets importants sur la santé humaine et sur celle de la faune sauvage. Dans des expériences précédentes nous avons testé l’hypothèse que le stress oxydatif est le mécanisme physiologique sous-jacent à ces effets négatifs sur la santé. Le stress oxydatif résulte d’une surcharge des défenses antioxydantes par des espèces réactives de l’oxygène et peut causer des dommages sur les lipides, les protéines et l’ADN. Nous avons notamment montré un lien entre expositions aux polluants et dommages sur l’ADN chez les mâles adultes de diamant mandarins. A la suite de ces études, nous allons maintenant travailler à l’échelle de plusieurs générations, notamment car certains polluants peuvent avoir des effets uniquement sur certains stades de développement ou pendant certaines périodes du cycle de reproduction, ou des effets sur les cellules germinales qui ne se détectent qu’à la génération suivante. Le premier objectif de ce projet est donc de tester les possibles effets sur plusieurs générations de l’exposition aux polluants : des effets sur le développement des jeunes aux effets à long terme qui peuvent être aussi transmis aux descendants. Notre deuxième objectif est de travailler à la fois sur des jeunes et des adultes mâles et femelles pour étudier l’effet sexe et aussi les effets des polluants sur la reproduction.

Bénéfices attendus

Habituellement les études en écotoxicologie se limitent à un seul polluant, un seul sexe et une seule génération. Notre projet permet de répondre à toutes ces limites en étudiant des effets à long terme sur plusieurs générations d’un mélange de polluants metalliques représentatif du milieu urbain. Les résultats attendus nous permettrons donc de mieux comprendre la complexité des réponses des organismes à ce type de pollution. Notamment nous pourrons identifier des relations causales entre un mélange de polluants et les paramètres physiologiques des oiseaux. Nous pourrons également déterminer si la sensibilité des mâles et des femelles est identique et quel stade de développement est le plus vulnérable face à ces polluants. Enfin, même s’il est connu que certaines molécules peuvent avoir des effets sur les générations suivantes, comme le DDT (insecticide) sur les coquilles d’œufs, les effets inter-générationnels sont encore peu étudiés. Notre étude permettra d’une part de mesurer ces potentiels effets mais aussi de mieux comprendre les modes d’action (distinction des effets pré et post nataux par exemple). A long terme notre projet permettra d’apporter des clés de compréhension sur les effets de l’urbanisation sur les populations d’oiseaux. Par exemple, certaines des mesures physiologiques utilisées sont réalisables sur des animaux sauvages (prise de sang, plumes, morphométrie) ce qui permet d’envisager de les utiliser comme marqueur des effets de la pollution sur la santé des oiseaux in situ.

Procédures

Les différentes interventions sur les oiseaux : - pose de puces d'identification (30 secondes) – mesures morphométriques et pesées (entre 6 et 8 mesures, 3 minutes, animal vigile) - imagerie médicale sous anesthésie générale (10 oiseaux et 4 mesures par oiseau pour les tests et 40 oiseaux et 2 mesures par oiseau pour l'expérience principale, la prise d'image dure environ 3 min) - mesure de la coloration du bec (3 mesures, 2 min, animal vigile). Tous les prélèvements seront effectués sur des animaux vigiles : - prise de sang (entre 1 et 5 prélèvements, environ 30 secondes) - plumes (entre 1 et 5 prélèvements, environ 1 seconde) - sperme (1 prélèvement, 1 à 3 minutes).

Impact sur les animaux

Les animaux seront exposés à un mélange de polluants représentatif d’une pollution urbaine caractérisée par une faible concentration de chaque polluant. De ce fait, et aussi d’après nos précédentes expériences (APAFIS#26929), nous n’attendons pas d’effets indésirables majeurs (mortalité, perte de poids conséquente, perte de mobilité), de douleur ou de stress chronique. Les différents prélèvements (plumes, sang…) et manipulations (pose de puces d'identification, pesée…) ne sont pas invasifs et ne génèrent pas de douleur importante, néanmoins il y a quand même un stress pour les oiseaux liés à leur prise en main. Nos précédentes expériencesmontrent que ce type de prélèvement et le stress associé n’engendrent pas d’effets indésirables ou chroniques sur les oiseaux.

Devenir

Les animaux seront soit gardés en vie jusqu’à leur mort naturelle, soit réutilisés dans d’autres projets, soit replacés chez des particuliers.

Remplacement

Les méthodes actuelles de remplacement in vitro et in silico ne sont pas utilisables car on s’intéresse aux effets sur l’organisme entier et les modèles actuels ne permettent pas de prendre en compte la complexité d’un oiseau vivant et les polluants en mélange. Notre étude sur la physiologie et le comportement doit donc être réalisée sur des oiseaux vivants. Nous avons choisi une espèce modèle en laboratoire pour ne pas impacter la faune sauvage.

Réduction

Pour les tests de nouvelles méthodes sur les adultes (métabolisme, cytomètre) nous avons prévu une taille d'échantillon minimale avec réutilisation des animaux entre les deux tests (total de 10 individus). Pour le test de la technique d'imagerie nous avons là aussi 10 individus avec des mesures répétées sur chaque individu pour limiter le nombre total d'oiseaux utilisés. Pour l'expérience principale, la taille d’échantillon proposé (20 couples par groupe) permet d’avoir un échantillon suffisant pour réaliser des analyses statistiques en prenant en compte les aléas possibles liés au travail sur des animaux vivants. Effectivement, certains couples ne se reproduiront pas ou auront des pontes stériles. Cette proportion est estimée à 30% des couples. De plus, nous souhaitons travailler sur plusieurs générations et il faut donc qu’à chaque génération nous ayons suffisamment d’individus. Les tests statistiques prévus sont des modèles linéaires mixtes pour prendre en compte les mesures répétées sur un même individu. Nous mettrons des covariables dans les modèles quand cela est pertinent, par exemple : poids de l’oiseau, nombre d’œuf pondus.

Raffinement

Les différentes phases du protocole ont été conçues avec soin pour favoriser le bien-être des animaux : - Enrichissement structurel (branchages et perchoirs, litière pour fouiller au sol, nichoirs et fibres de coco lors de la reproduction, baignoires dans les volières extérieures) et enrichissement alimentaire (millet, os de seiche, gravier) - Attention particulière portée à l’état du plumage et à la posture des oiseaux lors des visites quotidiennes (indicateurs majeurs du bien-être) - Écartement de la procédure d’un animal si signe de souffrance (voir les indicateurs de bien être ci-dessus) et/ou perte de masse > 20% (= points limites) - Surveillance accrue au réveil de l’anesthésie lors des mesures par imagerie - Les oiseaux seront dérangés au minimum pendant l’expérimentation, c’est-à-dire que les mesures, prises de sang et autres prélèvements (plumes, œufs…) seront regroupés autant que possible. Le stress des oiseaux est donc limité en réduisant la fréquence des dérangements. Les dérangements sont aussi réduits de par l’utilisation d’antenne RFID pour enregistrer le comportement d’incubation. - transport des oiseaux dans des boîtes de transport individuelle. Les boîtes sont opaques pour limiter le stress et elles sont rembourrées avec de la fibre de coco pour garantir le confort des oiseaux.

Choix des espèces

Espèce modèle largement utilisée en laboratoire dans des études en écologie et évolution, notamment sur le stress oxydant, le comportement social, la sélection sexuelle et les effets maternels. Cela nous permet d’avoir des valeurs de référence 2) Continuité avec nos travaux précédents Nous travaillerons sur des adultes (âgés entre 1 et 3 ans au début de l’expérience) pour étudier les effets sur la reproduction et sur des jeunes (de la naissance à la mort) pour étudier les effets du traitement sur le développement

305 poulets de chair vont être utilisés dans des procédures impliquant un niveau de souffrance déclaré léger, pour tester deux probiotiques ajoutés à leur alimentation. Le porteur nourrit volontairement les animaux avec une formule "peu sécurisante" enrichie en seigle pour dégrader les conditions digestives et mesurer l'effet préventif des additifs. 94 animaux sont tués pour prélèvements d'organes digestifs, une mortalité d'environ 17 individus est anticipée, et les 194 restants doivent être proposés à l'adoption ou tués faute de famille d'accueil. L'objectif affiché relève de la performance zootechnique et de la rentabilité des élevages intensifs, le porteur présentant ces additifs déjà commercialisés comme une voie "prometteuse".

Objectifs

L’apparition de troubles digestifs est une problématique récurrente des élevages de poulets de chair dits intensifs, en lien avec les fortes capacités d’ingestion des souches d’animaux utilisées, augmentant la sollicitation du système digestif (Ducatelle, 2023). Des facteurs de stress variés (ambiance d’élevage inadaptée, aliment de moindre qualité, manipulations…) et l’apparition de pathogènes contribuent également à l’apparition de ces troubles dits multifactoriels. Ces affections digestives réduisent les performances zootechniques des élevages (mortalité, morbidité, réduction de l’efficience alimentaire…) avec des conséquences économiques élevées. Les effets délétères de ces troubles sur l’environnement (rejets azotés dans les effluents) et sur le bien-être animal (inconfort digestif, litières humides…) sont également montrés. Des approches préventives globales sont essentielles pour lutter contre ces affections digestives. Les plans d’action mobilisés par les professionnels du milieu consistent ainsi à travailler à la fois sur la gestion des environnements d’élevage et des protocoles de nettoyage/désinfection, le contrôle de la qualité des matières premières alimentaires et des transitions nutritionnelles ou encore l’utilisation de solutions nutritionnelles. Dans un contexte où l’amélioration de la durabilité des élevages est un enjeu majeur (limitation des intrants médicamenteux, amélioration du bien-être des animaux de rente, maintien de la rentabilité économique des systèmes d’élevage…), l’utilisation d’additifs alimentaires à visée d'amélioration de la santé des animaux représente donc une voie prometteuse. L’utilisation de probiotiques, additif contenant des micro-organismes à visée santé (généralement bactéries ou levures), est largement répandue dans le secteur de la nutrition animale. L’apport exogène de spores bactériennes est particulièrement intéressant puisque les spores représentent une forme de résistance des bactéries aux conditions défavorables. Cet essai vise donc à valider l’intérêt de deux types de probiotiques (respectivement constitués de spores ou de levures vivantes) intégrés séparément à l’alimentation de poulets de souches standards tout au long de leur vie. Les formules alimentaires utilisées seront dites peu sécurisantes (Matières premières entraînant de potentiels déséquilibres digestifs), de façon à se placer dans des conditions d’élevage légèrement dégradées et à tester l’intérêt préventif des additifs.

Bénéfices attendus

Ce projet vise à renforcer l’arsenal de lutte préventif pour une meilleure santé intestinale, élément clé de la production (performances technico-économiques) et du bien-être animal (importance de l’intestin pour les activités métaboliques et le système immunitaire). La filière avicole est en effet en recherche constante de plans d’action pour lutter contre ces affections digestives dans le cadre d’une approche globale de préservation de la santé (Filières avicoles, 2020, numéro 839). Des modèles de digesteur in vitro suivis de mise en culture ont permis de pré-valider les capacités d’implantation de ces probiotiques dans le tractus digestif. Les bénéfices santé de ces produits candidats (additifs autorisés sur le marché en alimentation animale) ont également pu être précédemment validés sur d’autres espèces (en ruminants notamment avec des premières méta-analyses publiées), ce qui suggère de potentiels bénéfices zootechniques. L’apport de supplémentations efficaces pour lutter contre les possibles facteurs antinutritionnels de matières premières variées pourrait permettre d’utiliser des ingrédients dits moins digestibles, mais plus durables (ressources locales, co-produits…), tout en maintenant l’efficience alimentaire des animaux et en limitant les rejets azotés. D’un point de vue scientifique, ce projet permettra de mieux définir les modes d’action de probiotiques, à savoir leur rôle sur les communautés microbiennes ou la fonction barrière intestinale (inflammation, jonction serrée…). Les capacités de germination et d’implantation des spores bactériennes seront particulièrement analysées au regard de la physiologie digestive particulière du poulet de chair.

Procédures

Hormis des pesées régulières des animaux (pesées individuelles réalisées dans le calme), aucune intervention n'est prévue sur ces derniers animaux vivants. Seuls des abattages ciblés sont prévus pour la collecte d'échantillons biologiques digestifs.

Impact sur les animaux

L’utilisation de formules enrichies en blé et seigle peut induire une réduction des performances de croissance et des perturbations digestives comparativement à un régime formulé de façon optimale comprenant un mélange de blé et de maïs supplémentés en enzymes exogènes. L’incorporation de seigle sera toutefois limitée à 5% dans nos formules pour ne générer que des perturbations physiologiques légères. A titre de comparaison, en conditions commerciales, les apports sont généralement limités à 2,5%. De précédents essais testant l’incorporation d’enzymes exogènes ont testés des niveaux d’incorporation de seigle allant jusqu’à 25% tout en maintenant un statut sanitaire satisfaisant.

Devenir

94 animaux seront euthanasiés pour les prélèvements Nous faisons l'hypothèse que 6% des animaux (soit 17 animaux) seront morts au bout de 35 jours d'élevage conformément aux résultats observés en élevage (en moyenne 5% avec des aliments commerciaux) Ainsi, en faisant l'hypothèse de ce taux de mortalité atteint,194 poulets de chair seront restants à la fin de l'essai (305 - 94 - 17) et seront conservés pour suivi zootechnique jusqu'à 35 jours puis seront proposés à l'adoption pour des familles de particuliers bénéficiant de basse-cour, ou, dans l'impossibilité de les placer, seront euthanasiés et les carcasses éliminées par équarrissage.

Remplacement

Pour cet essai, l'objectif est d'évaluer l'impact de l'ajout de ces additifs autorisés sur le marché de l'alimentation animale sur les performances et la physiologie digestive des poulets de chair en situations d’élevage légèrement dégradées. L’utilisation d’animaux est nécessairement requise pour la mesure de ces paramètres (prélèvement de contenus et tissus digestifs). Des essais in vitro avec digesteurs statiques ont été préalablement menés pour tester la résistance des probiotiques aux conditions gastriques et leurs viabilités en conditions intestinales. Ainsi seuls les probiotiques avec des bénéfices zootechniques et sanitaires escomptés sont testés.

Réduction

(1) Concernant notre étude mécanistique, lors de la phase de prélèvements à 28 jours d’âge, 24 animaux seront abattus pour chaque traitement expérimental (ntot=24*3 (pour les lots traités) + 22*1 (pour le lot témoin) =94). Des échantillons de contenus et tissus jejunal, iléal et cécal seront prélevés pour chaque animal. Lors de la saignée, le sang sera également récupéré pour l’obtention de sérum. L’estimation du nombre d’animaux nécessaires repose ici sur les analyses de microbiote intestinal. Notre objectif est d’avoir 80% de chances de pouvoir détecter une différence d’abondance relative de genres bactériens de 0,5% entre deux traitements. Pour atteindre cet objectif, on détermine le nombre de poulets de chair nécessaires à l’aide de la fonction power.t.test de R. On obtient ainsi qu’un minimum de 24 individus par groupe est nécessaire compte tenu des objectifs mentionnées ci-dessus. (2) Concernant notre approche zootechnique avec mesure du gain de poids individuel et de la consommation d’aliments, un minimum de 45 animaux par traitement non prélevés apparaît nécessaire. Dans notre cas, 48 animaux seront dédiés au suivi zootechnqiues pour chaque groupe (animaux non prélevés). Le programme R mobilisé a été pwr.anova.test. On obtient le nombre de 44,5 poulets par groupe, soit 45 animaux. De façon à avoir le même nombre de poulets par cage, nous passons ainsi de 45 poulets à 48 poulets par groupe expérimental. Ce nombre est nécessaire et suffisant pour détecter de potentielles différences statistiques de poids vifs entre les 4 traitements.

Raffinement

Dans cette expérimentation, le principe de raffinement est assuré par plusieurs voies. Pour ce faire les animaux sont élevés à plusieurs en cages aux normes (Directive 1999/74/CE) et enrichies (Directive 2010/63/UE, Décret n°2013-118) d’un système de balles pendues ce qui permet aux animaux d’élargir leur gamme d’activité. Ils pourront profiter d’une radio qui leur apporte une ambiance sonore et les apaise. Dans un souci de réduction de l’angoisse et du stress des animaux élevés en cages, l’animalerie a été construite de telle sorte que les animaux puissent interagir entre eux au sein des cages ou entre cages adjacentes : ils se voient, s’entendent et peuvent se toucher. Pendant toute la durée de l’élevage, les animaux sont élevés dans des conditions d’ambiance optimales de température, d’humidité et de luminosité en accord avec les recommandations des sélectionneurs. Un tel dispositif d'élevage en cage sans accès à un parcours assure une bonne répétabilité des mesures (plusieurs cages utilisées par traitement, dans les mêmes conditions d'élevage ce qui limite la variabilité) et permet de mieux contrôler les conditions d’ambiance. Le dispositif en cages grillagées utilisé permet également l’élimination régulière des fientes dans des bacs de récupération. Cela permet ainsi aux animaux de ne pas être en contact avec leur déjection. Pour réduire toute nuisance liée au caractère peu digestible de l’aliment distribué, une attention particulière sera accordée à l’aspect du cloaque des poulets. Une fois par semaine, un score cloacal sera évalué pour chaque individu (lors des pesées). Si plus de 30% des poulets présentent un cloaque sale (score 3), le système d’abreuvement sera purgé et les abreuvoirs et coupelles scrupuleusement nettoyés. Si un score supérieur à 60% des individus est obtenu, nous jugeons que les diarrhées sont trop importantes et mettront un terme à l’essai en repassant (avec transitions alimentaires) sur un aliment commercial. Enfin, un contrôle du comportement social des animaux, de leurs vocalises et de leur répartition spatiale sera effectué quotidiennement. Les pesées (poids vifs et aliments) seront également confrontées aux objectifs de performances fournis par les professionnels pour sassurer du bon déroulé de l'essai. Des décrochages de performance en dehors des intervalels de confiance des données sélectionneurs observées sur plusieurs jours consécutifs pourront justifier également un arrêt de l'essai.

Choix des espèces

La filière avicole recherche de nouvelles solutions pour réduire l’utilisation d’antibiotiques en élevage tout en améliorant la santé digestive des animaux. En agissant sur l’ecosystème microbien et l’épithélium digestif, les probiotiques représentent des solutions à ce défi. L’utilisation de probiotiques à l’efficacité démontrée in vivo sur l'espèce concernée (ici le poulet de chair) apparaît donc fondamentale dans le cadre de démarches préventives de gestion de la santé animale.

617 poulets vont être utilisés, tous tués à l'issue, dans des procédures impliquant un niveau de souffrance léger. Chaque animal reçoit un gavage unique d'un mélange bactérien à un jour, puis est élevé jusqu'à l'âge d'abattage de 35 jours avant le prélèvement de son tube digestif, pour relier composition du microbiote et efficacité alimentaire. Le porteur décrit le gavage comme source de stress, de risque de fausse route et d'irritation de l'œsophage. Il affiche comme objectif final le développement d'un "produit probiotique commercialisable" réduisant le coût de production avicole.

Objectifs

Chez les oiseaux d’élevage, les conditions d’incubation ne permettent pas le contact entre les œufs ou les poussins et les adultes. Le transfert de flore intestinale entre les jeunes et les adultes ne se fait donc pas comme cela serait le cas dans le milieu naturel et la mise en place du microbiote est donc retardée. De précédents travaux des partenaires du projet ont montré que l’administration de mélanges bactériens aux poussins permettaient d’améliorer l’implantation du microbiote et avait des effets bénéfiques sur la santé digestive des animaux. Pour que cette technique puisse être mise en place en élevage, il est important désormais de quantifier le lien entre la composition de ce microbiote et l’efficacité alimentaire, car ce critère est l’élément essentiel du coût de production des animaux et de l’impact environnemental de l’élevage avicole. Ce lien est aujourd’hui d’autant plus important que les régimes avicoles se diversifient pour augmenter la part de matières premières n’entrant pas en concurrence avec l’alimentation humaine. L’objectif de notre projet est donc d’implanter une flore intestinale complexe chez les poussins, de suivre l’évolution de l’efficacité alimentaire des animaux sur l’ensemble du cycle de production, puis de séquencer le microbiote caecal des poulets en fin de vie afin de quantifier les corrélations entre la composition du microbiote caecal et l’efficacité alimentaire du poulet. L’objectif in fine est, en identifiant les espèces bactériennes les plus corrélées à l’efficacité alimentaire, de développer un produit probiotique commercialisable augmentant l’efficacité alimentaire chez le poulet.

Bénéfices attendus

Cette étude vise à définir quelles espèces bactériennes, parmi celles composant le mélange testé, permettent de favoriser simultanément la santé digestive et les performances des animaux d’élevage. L’identification précise des espèces bactériennes les plus corrélées à l’efficacité alimentaire pourrait permettre de raffiner la composition du mélange à administrer aux animaux. In fine cette étude vise à permettre le développement de solution bactérienne commercialisable.

Procédures

Les animaux seront uniquement soumis à une procédure de gavage (durée inférieur à 30 secondes) à leur arrivé à 1 jour avec 0.5mL d'un mélange bactérien issus de poulet sain.

Impact sur les animaux

Les nuisances sur les poussins viennent de l’acte de gavage qui comprend la contention (génératrice de stress), un risque de fausse route au moment de l’introduction de la sonde et une légère irritation de l’œsophage le lendemain.

Devenir

Les animaux seront élevés jusqu’à l’âge commercial d'abattage (35 jours) afin de permettre la collection du tube digestif des animaux et la flore microbienne associée.

Remplacement

Les relations entre la composition du microbiote et l’efficacité alimentaire des poulets sont complexes et ne peuvent être étudiées que sur des poulets vivants.

Réduction

L’effectif de 617 animaux sera utilisé pour cette expérience. Ce nombre se justifie par l’existence d’une très grande variabilité de la composition de la flore microbienne entre les individus même si ceux-ci reçoivent un mélange bactérien commun. De plus notre effectif intégre un taux de mortalité de 5%, ce qui est classique en élevage de poulets

Raffinement

Raffinement de l’hébergement : Afin de faciliter le démarrage des animaux, des abreuvoirs et des feuilles recouvertes d’aliment seront disposés au sol. Les mangeoires électroniques utilisées pour la mesure de la consommation alimentaire des animaux jouent également le rôle d’enrichissement de milieu, car elles comportent des plateaux sur lesquels les animaux aiment se percher. Les feuilles recouvertes d’aliment pourront aussi être un enrichissement pour les animaux du fait de sa possible manipulation (picorage, déchirage) par les poussins. Des boîtes cartonnées seront disposées au sol pendant l’élevage, qui permettent aux poussins de se cacher au-dessous au démarrage, puis servent de perchoirs ensuite. Raffinement des procédures: La procédure de gavage sera effectuée par des personnes expérimentées et qualifiées, et les animaux seront manipulés avec douceur et pendant une durée réduite (moins de 30 secondes pour la procédure). Afin de réduire le risque de fausse route de la solution orale le gavage sera effectué par deux personnes l’une réalisant la contention et la palpation de l’œsophage pour vérifier la bonne position de la canule de gavage. L’autre réalisant l’administration lente de la solution afin de ne pas provoquer une dilatation trop brusque des tissus. Une seule tentative de gavage sera réalisée par animal. Le gavage étant susceptible de provoquer une irritation passagère de l’œsophage, l’intensité lumineuse sera réduite dans la zone d’hébergement pour tranquilliser les animaux à la suite de cette manipulation. Les animaux seront observés quotidiennement pendant toute la période d’élevage avec une attention accrue dans les premiers jours qui suivront la procédure, afin d’identifier les animaux présentant un état de santé ou une croissance insuffisante (perte de poids supérieur à 10%). Si l’état de santé d’un animal est trop dégradé, il sera euthanasié.

Choix des espèces

L’objectif étant de déterminer les corrélations entre la composition du microbiote et la performance des poulets, nous avons choisi de travailler directement sur notre espèce cible : le poulet de chair. Les poulets sont élevés de 1 à 35 jours, ce qui correspond à la durée d’élevage moyenne constatée pour ces poulets, qui sont ceux majoritairement utilisés dans les élevages commerciaux de poulets de chair.

100 manchots royaux et 100 albatros à bec jaune vont être capturés brièvement puis relâchés, dans des procédures impliquant un niveau de souffrance déclaré léger. Chaque oiseau subit une capture, un marquage, une vaccination expérimentale contre la grippe aviaire H5 et des prélèvements sanguins, avant d'être relâché sur son lieu de capture. Le porteur affirme que ces populations sauvages ne peuvent pas être remplacées et attend des enseignements pour d'éventuels plans de vaccination en milieu naturel, bénéfices renvoyés au conditionnel et au futur. Les impacts déclarés se limitent au stress de la capture et à la douleur des injections et prélèvements.

Objectifs

L’objectif est de mesurer la réponse en anticorps suite à la vaccination contre l'influenza aviaire hautement pathogène H5. Chez le manchot royal, il s’agira de vacciner des poussins afin d’étudier la dynamique de leur réponse immunitaire pendant leur (longue) période d’élevage sur la colonie de reproduction. Chez l’albatros à bec jaune, il s’agira de vacciner des adultes reproducteurs afin d’étudier la dynamique de leur réponse immunitaire et le transfert d’anticorps maternels à leur jeune l’année suivante.

Bénéfices attendus

Nous attendons une meilleure connaissance de la réponse immunitaire d'espèces sauvages à une vaccination contre un agent pathogène important, ce qui peut être utile pour envisager des plans de vaccination contre ce type de pathogène en populations naturelles. Cette étude permettra de plus de s'assurer de l'innocuité du vaccin chez les espèces considérées, qui pourraient être très sensibles au virus de l'influenza aviaire hautement pathogène émergeant actuellement dans les populations d'oiseaux marins sauvages. Elle sera conduite dans une région géographique qui n’est pas encore touchée par l'influenza aviaire hautement pathogène, mais où cette problématique pourrait se poser dans le futur. Des bénéfices sont donc attendus dans le cadre de problématiques de biologie de la conservation et d'écologie des maladies infectieuses.

Procédures

Les individus sont soumis à des captures brèves (quelques minutes) pour la réalisation d'un marquage, d'une vaccination et de prélèvements, puis ils sont relâchés dans la nature au lieu de capture. Cela concerne un total de 100 manchots royaux et 100 albatros à bec jaune (en incluant les témoins).

Impact sur les animaux

Stress lors des captures et douleur légère lors des injections et prélèvements.

Devenir

Les individus sont d'espèces sauvages non captives et ils seront relâchés dans leur milieu naturel à l'endroit de leur capture.

Remplacement

L'objectif étant d'évaluer la réponse immunitaire à un vaccin contre l'influenza aviaire hautement pathogène de sous-type H5 dans des populations d'oiseaux sauvages en conditions naturelles, les populations considérées ne peuvent pas être remplacées. Néanmoins, il est à noter que les résultats attendus chez les deux espèces considérées pourraient être applicables à des espèces phylogénétiquement proches et au statut de menace plus élevé (par exemple, l'albatros d'Amsterdam, le gorfou sauteur subtropical et l'albatros hurleur Diomedea ).

Réduction

Les tailles d'échantillons considérées ont été déterminées afin de réduire au maximum le nombre d'animaux utilisés tout en s'assurant d'obtenir des données informatives. Les tailles d'échantillons prennent notamment en compte la relativement forte survie naturelle des stades des espèces considérées (survie du poussin de manchot royal après l'âge de 35 jours, survie interannuelle d'adultes d'albatros à bec jaune).

Raffinement

Les techniques de capture et de prélèvements ont fait l'objet d'un raffinement afin de provoquer le moins d'effets négatifs sur les oiseaux, de même que les vaccins utilisés. Les techniques d'analyses permettent de travailler avec de petits volumes de sang prélevé. Plus précisément, la vaccination se fait par voie intra-musculaire (injection de 0.2 ml) et les prises de sang sont réalisées à l’aile ou à la patte selon la taille de l’individu manipulé. Les oiseaux sont relâchés rapidement sur le site de leur capture et les populations font l’objet de suivis démographiques.

Choix des espèces

Ces deux espèces ont été choisies car elles permettent d'évaluer la réponse immunitaire au vaccin anti-influenza aviaire hautement pathogène sous-type H5 avec un dérangement minimum et pour des espèces pour lesquelles il est particulièrement important d'évaluer si un tel vaccin pourrait être utilisé. L'émergence de l'influenza aviaire hautement pathogène en 2022 dans de nombreuses populations naturelle d'oiseaux marins, avec des mortalités très fortes d'adultes et de poussins, montre l'importance de disposer de ce type d'information pour ces espèces. Ceci est en particulier justifié par le fait que ces espèces ont la particularité de vivrent en colonie denses et d'être fortement sensibles à des facteurs de mortalités affectant les adultes. Chez le manchot royal, les vaccinations seront faites chez des poussins afin de suivre la dynamique de leur réponse pendant leur croissance. Chez l'Albatros à bec jaune, la vaccination est faite sur des adultes pour évaluer la réponse à long terme (entre années, car ils peuvent être suivi à cette échelle) et le transfer maternel d'anticorps et sa persistence chez les poussins.

150 pigeons des villes vont être capturés puis relâchés, utilisés dans des procédures impliquant un niveau de souffrance léger. Chaque oiseau est maintenu deux à trois semaines en volière, pesé, épouillé, soumis à une prise de sang et à une injection sous-cutanée d'un mitogène, dans le cadre de travaux pratiques de master. Le porteur indique que ces gestes n'occasionnent qu'un stress transitoire et que les individus, marqués, sont ensuite suivis pour d'autres programmes de recherche. Il affirme que les objectifs pédagogiques, dont l'apprentissage de la manipulation d'un animal vivant, ne peuvent être atteints avec des vidéos ou des cadavres.

Objectifs

Dans le cadre de la formation en Master, nous avons mis en place une session de travaux pratiques (en automne) sur la découverte des ectoparasites, des parasites intestinaux et des parasites sanguins du pigeon urbain en relation avec le phénotype (poids, sexe, couleur, immunocompétence) et l'environnement (degré d'urbanisation) de celui-ci. L'objectif de ces travaux pratiques est quadruple. Le premier est d'observer la diversité des parasites du pigeon dans différents tissus (plumes, intestin et sang) et leurs cycles de vie. Le deuxième est fondamental et vise à faire comprendre aux étudiants le rôle des facteurs phénotypiques et environnementaux sur les paramètres épidémiologiques (prévalence et intensité). Le troisième vise à leur apprendre à manipuler et à mesurer des vertébrés vivants ainsi que de réaliser une prise de sang sur ce vertébré. Le quatrième est de les sensibiliser à l'éthique en expérimentation animale en leur enseignant les rudiments en éthique animale (les 3R, la douleur, les points limites, la législation etc...). Dans ce contexte, les étudiants seront invités à manipuler un pigeon, le peser, lui mesurer les tarses, l'aile, lui peigner les plumes pour collecter les ectoparasites du plumage, lui prélever une goutte de sang afin d'identifier les parasites sanguins et lui injecter un mitogène en sous-cutané pour mesurer une valeur de l'immunocompétence.

Bénéfices attendus

Les bénéfices de ces travaux pratiques sont, comme décrit précédemment, multiples. Le premier est d'observer la diversité des parasites du pigeons dans différents tissus (plumes, intestin et sang) et leurs cycles de vie. Le deuxième est fondamental et vise à faire comprendre aux étudiants le rôle des facteurs phénotypiques et environnementaux sur les paramètres épidémiologiques (prévalence et intensité). Le troisième vise à leur apprendre à manipuler et à mesurer des vertébrés vivants ainsi que de réaliser une prise de sang sur ce vertébré. Le quatrième est de les sensibiliser à l'éthique en expérimentation animale en leur enseignant les rudiments en éthique animale (les 3R, la douleur, les points limites, la législation etc...).

Procédures

Les pigeons seront capturés en condition naturelle avec une épuisette raquette, placés en volière 2 semaines avant la procédure et seront soumis à 3 interventions sur animaux vigiles: la première constitue des mesures morphométriques et un épouillage par une contention spécifique (20 minutes), la deuxième est une prise de sang unique par individu (5 minutes) et la troisième est une injection unique en sous-cutané d'un mitogène (5 minutes). Ces interventions seront effectuées les unes après les autres et dureront moins de 30 minutes par individu. A l'issue de cette procédure (2 jours de TP) et donc après moins de 3 semaines en volières, les pigeons seront relâchés à l'endroit où ils ont été capturés.

Impact sur les animaux

Les nuisances attendues concernent principalement le stress de la capture de la manipulation, du brossage, de la prise de sang et de l'injection et d'un environnement non adapté lors du transport. Ces nuisances ne durent que le temps de la manipulation ou du transport et n'engendrent aucun effet indésirable. En effet, dans nos précédentes études, les pigeons se remettent rapidement de telles interventions et reprennent des comportements normaux (alimentation, lissage des plumes, reproduction et interactions sociales).

Devenir

A la fin de la procédure, les pigeons seront replacés dans les volières avant d'être relâchés dans leur milieu de capture. En effet, l'ensemble des procédures étant légères, elles n'impactent pas la survie et la reproduction des individus en conditions naturelles. De plus les individus sont marqués, cela nous permet de suivre ces individus dans le temps afin d'estimer leurs survies pour nos programmes de recherche sans avoir à en recapturer. Nous mutualisons donc ces animaux à des fins de recherche.

Remplacement

Afin d'atteindre les objectifs pédagogiques qui se focalisent sur une population de vertébré en conditions naturelles, le recours à des animaux est nécessaire et il n'y a pas moyen de le remplacer. En effet, il est impossible d'estimer la variabilité entre individus en prévalence et abondance de parasites et en immunocompétence à l'aide de vidéos, de mannequins ou de cadavres. De plus, l'objectif pédagogique vise également l'apprentissage de la manipulation d'un animal vivant. Ces objectifs ne sont atteignables qu'en utilisant des animaux vivants. Dans ce contexte, le pigeon biset Columba livia apparaît comme étant un modèle animal idéal pour étudier les mécanismes écologiques et évolutifs en milieu urbain. En effet, c’est un oiseau issu d’élevage domestique relâché par l’homme par le passé qui s’est installé dans les zones urbaines et qui est, a priori, soumis à de fortes pressions évolutives. De par ses grandes facilités d’adaptation, il constitue le modèle vertébré « sauvage » le plus répandu en zone urbaine. Son étude permet d’une part de dégager des principes généraux et fondamentaux en écologie urbaine et en évolution en milieu urbain et d'autre part d'étudier les différents parasites qu'il héberge. La variabilité individuelle des pigeons peut être caractérisée facilement par des étudiants (coloration, comportement, immunocompétence, mesure morphométrique) grâce à des protocoles mis au point dans notre laboratoire et l'identification de nombreux parasites est accessible. Toutes ces caractéristiques en font un modèle idéal pour enseigner de manière pratique toutes les approches évolutive, écologique et éco-épidémiologique. De plus, cette espèce est très répandue et ne constitue pas une espèce menacée d’extinction.

Réduction

Nous échantillonnerons 30 pigeons par an (30 par TP sur 5 ans donc 150 au total) que nous maintiendrons en captivité dans les volières. Les promotions d'étudiants sont autour de 20 pour les TPs. Cet effectif nous permettra d'avoir au moins un pigeon par étudiant. En mutualisant les données, il sera également possible de tester des relations entre les variables individuelles et les variables épidémiologiques avec une bonne puissance statistique. En nous basant sur les TPs précédents, les tests de puissance révèlent par exemple qu'un effectif de 30 permet de détecter une corrélation significative entre la couleur mélanique et l'immunocompétence. Ceci correspond donc à un effectif minimum permettant à la fois d'avoir une puissance statistique pour détecter les relations et de faire manipuler l'ensemble des étudiants.

Raffinement

Pendant ces 3 semaines, les pigeons seront hébergés en volière extérieure en grillage galvanisé, divisée en 16 compartiments et couverte en partie par un toit en tôle. Les compartiments sont plus longs que larges, ce qui permet aux individus d’effectuer de brefs vols. Chaque compartiment est enrichi de 6 nichoirs, de 4 perchoirs en bambou, une mangeoire, un abreuvoir d’eau et une baignoire. Tous ces enrichissements permettent de réduire le stress de la captivité. Aucune médication n'est prévue dans le cadre de cette procédure (pas d'acte invasif) mais une surveillance attentive permet de suivre les animaux de manière ciblée. De plus, cette procédure repose sur une équipe technique et pédagogique ayant une expérience sur le pigeon de plus de 15 ans. Lors du déroulement du projet, nous avons également identifié des points limites. En effet, dans le cas où nous détectons un comportement anormal, des signes d'infection, une perte de masse de plus de 30 pourcent, ou une blessure conséquente à la procédure (ces informations sont donc les points limites), les individus seront alors exclus des procédures et isolés en quarantaine. Le vétérinaire sera alors contacté pour soigner ou euthanasier l'individu.

Choix des espèces

Le pigeon biset Columba livia apparaît comme étant un modèle animal idéal pour étudier les mécanismes écologiques et évolutifs en milieu urbain. En effet, c’est un oiseau issu d’élevage domestique relâché par l’homme par le passé qui s’est installé dans les zones urbaines et qui est, a priori, soumis à de fortes pressions évolutives. De par ses grandes facilités d’adaptation, il constitue le modèle vertébré « sauvage » le plus répandu en zone urbaine. La variabilité individuelle des pigeons peut être caractérisée facilement par des étudiants (coloration, comportement, immunocompétence, mesure morphométrique) grâce à des protocoles mis au point dans notre laboratoire et l'identification de nombreux parasite est accessible. Toutes ces caractéristiques en font un modèle idéal pour enseigner de manière pratique toutes les approches évolutive, écologique et éco-épidémiologique. De plus, cette espèce est très répandue et ne constitue pas une espèce menacée d’extinction. Les pigeons échantillonnés seront tous adultes (jeunes adultes entre 4 et 8 mois ou adultes de plus de 8 mois). Les adultes sont, d'une part, moins sensibles au stress de la procédure que les juvéniles et, d'autre part, présentent une variabilité en parasites plus importantes que les juvéniles. Ils sont donc plus adaptés à l'objectif scientifique du TP qui vise à expliquer la variabilité de la prévalence et l'abondance des parasites par différentes variables individuelles.

240 poulets vont être utilisés, tous tués à l'issue, dans des procédures impliquant un niveau de souffrance léger. 220 d'entre eux sont infestés par des vers intestinaux par voie orale ou cloacale, puis abattus à 84 jours pour dénombrer les vers dans leur tube digestif. L'objectif est de mettre au point un modèle d'infestation reproductible pour l'élevage de volailles. Le porteur met en avant un enjeu "technico-économique" et présente le parcours extérieur, obligatoire en élevage biologique, comme un réservoir de parasites.

Objectifs

En élevage avicole biologique et label, l’accès à une zone herbagée extérieure (appelée aussi parcours extérieur) pour les animaux est une obligation réglementaire. Le parcours contribue en partie au bien-être animal car il apporte un environnement adapté à l’expression naturelle de leur comportement exploratoire. Cependant, le parcours de volailles constitue également un réservoir de parasites qui peuvent représenter un facteur de risque pour la santé animale. Parmi eux, les helminthes (vers parasites intestinaux) peuvent avoir un effet négatif sur le bien-être animal, mais également un impact technico-économique considérable dans les élevages de volailles : diminution de la consommation alimentaire, surconsommation d’eau, diminution de la prise de poids, amaigrissement, déséquilibre digestif, diarrhées, voire mortalité dans les cas les plus graves… L’objectif de ce projet est de mettre au point, chez le poulet de chair, un modèle d’infestation par les helminthes, pour reproduire une infestation d’un niveau comparable à ce que l’on peut trouver sur le terrain, mais sans atteindre de mortalité. Afin de trouver un modèle robuste, répétable et en adéquation avec la réalité du terrain, nous testerons plusieurs modèles d’infestation en prenant en compte 4 paramètres principaux : la voie d'administration (orale ou intra-cloacale), le choix du type d’helminthes (œufs ou larves), la fréquence des inoculations et le nombre d’helminthes administrés. Les modalités d’infestations testées au cours de ce projet seront définies à partir de la littérature. Ce modèle permettra par la suite de développer et mettre au point des solutions efficaces pour lutter contre l’helminthiase du poulet, mais également de documenter l’impact du parasite Ascaridia galli sur les performances d’élevage.

Bénéfices attendus

En trouvant le bon modèle d’infestation expérimental, c’est-à-dire une infestation par les helminthes qui entraine des baisses de performances, notre projet offrira la perspective de réaliser des études plus poussées dans la recherche de solutions efficaces contre l’helminthiase du poulet, d’apporter des solutions concrètes aux éleveurs et de documenter les niveaux d’infestation tolérables dans les élevages. Aussi, dans le contexte actuel où la recherche de solutions naturelles est un enjeu de société, notre projet pourra aboutir, à plus long terme, au développement de solutions naturelles pour la lutte contre les helminthiases.

Procédures

Les 240 poulets du projet seront pesés individuellement à 3 reprises entre le début de la procédure à 36 jours et leur abattage à 84 jours, afin de connaitre et comparer leur performance de croissance. La durée d’une pesée est inférieure à 10 secondes par poulet. Parmi les 240 poulets, 220 seront soumis à une infestation par des helminthes. L’infestation se réalisera par inoculation orale ou intra-cloacale sur animaux vigiles. Chaque inoculation (au nombre de 1 ou 5/animal à raison d'une par jour) durera moins de 20 secondes.

Impact sur les animaux

Les effets négatifs sur les animaux sont liés à la contention lors des inoculations, des pesées et de la pose de bague d’identification, et au stress léger et passager que cela peut engendrer pour l'animal. L’infestation pourra entrainer une légère diminution de la consommation d’aliment et un poids des animaux légèrement inférieur.

Devenir

Tous les animaux seront mis à mort en fin d'expérimentation à des fins de prélèvements du tube digestif pour la recherche et le dénombrement de vers d’Helminthes dans les contenus digestifs.

Remplacement

Notre projet a recours à des méthodes alternatives du type « in vitro » pour le développement des œufs d’helminthes, le développement des larves en larves infestantes au sein de ces œufs, ainsi que pour leur maintien en vie. Cependant, il n’existe à ce jour, pas de méthodes in vitro ou in silico pour étudier les réponses physiologiques des individus face aux parasites (ici les helminthes) auxquels ils sont exposés. En effet, le développement d’une helminthiase au sein d’un organisme et la réaction des animaux sont très variables et dépendants de l’animal. Aussi, l’analyse des contenus digestifs en fin de procédure, nécessitent obligatoirement le recours à des animaux.

Réduction

Nous avons choisi d’étudier 11 modèles d’infestation (et 1 modalité témoin non infestée) parmi toutes les possibilités qui combinent le type d’infestation (œufs ou larves), la voie d'innoculation, le nombre d’helminthes inoculés et le nombre d’inoculations (de 1 prise unique à 5 prises). Nous avons sélectionné les modèles qui nous paraissent être les plus pertinents, en combinant la réalité du terrain, la réalité de l’expérimentation et les résultats d'études antérieurs. Nous aurons besoin de 20 animaux dans chacune des 12 modalités (soit 240 animaux au total). Ce nombre de 20 animaux par modalité est optimisé pour réaliser des statistiques fiables et trouver des différences significatives pour évaluer l'effet de l’infestation sur la croissance des animaux et évaluer le degré d’infestation généré par les modèles par dénombrement du nombre de vers retrouvés dans les contenus digestifs à 84 jours d’âge.

Raffinement

Les animaux seront élevés dans des parquets (petits enclos où se trouvent les poulets), au sol sur des copeaux, en groupe de 20 par parquet afin de créer des relations sociales. Des ficelles et des pierres à piquer seront installées dans chaque parquet en tant que matériel d’enrichissement. Les animaux seront hébergés dans des conditions optimales d’alimentation et de soins. Dans ce projet, nous avons porté une vigilance particulière aux conséquences des modèles d’infestation que nous avons choisis : aucun d’entre eux n’entrainera de mortalité, ni de signes cliniques sévères. Seules des réductions de consommation alimentaire et des ralentissements de croissance sont attendues. Toutes les contentions (inoculations et pesées) seront réalisées dans le calme par des personnes expérimentées. Le matériel de pesée sera adapté à la taille et à la morphologie des animaux. Des points limites sont déterminés et une évaluation du bien-être des poulets sera complétée quotidiennement par le personnel animalier pour permettre de détecter précocement toute altération de leur état de santé ou de leur comportement. Pour chaque paramètre d’atteinte au bien-être, des actions seront prises sans délai.

Choix des espèces

S'agissant d'un objectif finalisé sur la santé des volailles, le choix du poulet (gallus gallus) a été fait car il s’agit de l'espèce majeure sur le terrain et d'un modèle reconnu par la filière. Les poussins arriveront dans notre élevage à 1 jour d’âge, mais ne seront étudiés que sur la période 36-84 jours. En effet, l’infestation n’aura lieu qu’à partir de 36 jours d’âge car c’est à partir de cet âge que les animaux ont accès au parcours extérieur, et qu'ils vont potentiellement commencer à ingérer des œufs d’helminthes. Nous étudierons ensuite les animaux infestés sur toute la durée d’élevage, c’est-à-dire jusqu’à 84 jours qui correspond à l’âge classique d’abattage pour cette souche à croissance lente.

4 500 oiseaux vont être utilisés dans des procédures impliquant un niveau de souffrance léger, capturés puis relâchés sur leur site sans être tués. Chaque oiseau subit en quelques minutes des écouvillons cloacal et oropharyngé, un frottis de plumes et une prise de sang à la jugulaire, sans anesthésie. Le porteur indique que ces manipulations induisent un stress chez ces espèces sauvages, sans attendre de perte de poids ni de comportement anormal. L'étude vise à mesurer les risques épidémiologiques liés aux oiseaux exotiques envahissants à La Réunion, que le porteur juge apporter des connaissances "indispensables".

Objectifs

Ce projet ambitionne d’apprécier les risques épidémiologiques associés à la modification de la communauté des oiseaux de l’Île de la Réunion par les espèces d’oiseaux exotiques envahissantes. L’île de la Réunion constitue l’un des 34 « points chauds » de la biodiversité à l’échelle mondiale. La composition de ses communautés d'oiseaux a été fortement affectée depuis l’arrivée de l’homme il y a près de 400 ans. Plus de 50 % des espèces d'oiseaux indigènes de l'île auraient ainsi disparu du fait de leur surexploitation et dégradation de leurs habitats . Ce territoire est à présent fortement exposé à la menace des invasions biologiques. Environ 70 espèces exotiques de vertébrés y ont été recensés en milieu naturel, dont 26 espèces d’oiseaux. Les communautés d’oiseaux sont aujourd’hui composées d’un assemblage d’espèces dominé par les espèces introduites. Elles représenteraient plus de la moitié de la biomasse des oiseaux terrestres à l’échelle de l’Île. Ces estimations ne tiennent pas compte des élevages de volailles, qui représentent également une biomasse considérable à l’échelle de l’île. Le potentiel de perturbations que peuvent générer les oiseaux invasifs sur le fonctionnement des écosystèmes et celui des populations des faunes natives s’avère par conséquent extrêmement élevé.

Bénéfices attendus

En se focalisant sur l’effet de la composition des communautés d’oiseaux et de leurs habitats, sur la diversité et la dynamique de transmission des agents infectieux, ce projet apportera des connaissances indispensables à une évaluation du risque sanitaire associé à l’introduction d’espèces invasives et ainsi permettre une meilleure articulation des problématiques de santé et de protection de la biodiversité dans un territoire ultra-marin comme celui de l’Île de la Réunion (concept « One Health »). Les connaissances acquises permettront d’éclairer les décisions politiques et réglementaires et participeront à une prise en compte plus intégrée des enjeux liés aux invasions biologiques, à la santé animale et publique.

Procédures

Cinq types de prélèvements seront effectués sur chaque animal : - Un écouvillon cloacal, réalisé à l'aide d'un écouvillon stérile. - Un écouvillon oropharyngé, réalisé à l'aide d'un écouvillon stérile. - Un frottis sur les plumes alaires, réalisé à l'aide d'un écouvillon stérile. - Une prise de sang au niveau des veines jugulaires, brachiales, ou métatarsienne médiane. - La collecte de parasites hématophages attaché à l'oiseau (e.g. tiques). L'ensemble de ces prélèvements durera environ 3 minutes pour chaque animal. L’anesthésie des oiseaux étudiés dans le projet représente en soit une procédure de classe supérieur à celle qui sera réalisée ici. Afin de limiter le stress des oiseaux, nous n'anesthésierons donc pas les animaux dans le cadre de ce projet.

Impact sur les animaux

Toutes les procédures réalisées dans le cadre de ce projet sont de classe légères. De plus, compte tenu de la durée de contention et de manipulation très limitée (quelques minutes), nous n’attendons pas d’effets indésirables de type perte de poids, douleur, ou encore comportement anormal. Toutes les espèces concernées étant des espèces sauvages, l’ensemble des procédures induira cependant un stress sur les animaux. Afin de limiter ce stress, des mesures de raffinement et des points limites adaptés à la manipulation d’espèces sauvages seront appliqués.

Devenir

Tous les animaux seront remis en liberté sur le site où ils ont été capturés après réalisation de la procédure expérimentale (excepté les oiseaux manipulés dans le centre de soin).

Remplacement

Le projet porte spécifiquement sur la diversité et a transmission des agents infectieux chez des oiseaux sauvages, dans leur environnement naturel. Les espèces ciblées ne peuvent donc pas être remplacées. Au delà des espèces sauvages, nous envisageons également la capture ponctuelle et la collecte de prélèvements sur des poules domestiques en semi-liberté, afin de mettre en évidence des échanges d’agents infectieux avec les volailles

Réduction

La détection des agents infectieux dans les populations naturelles est dépendante d'une grande diversité de facteurs liés à l'hôte et son environnement. L'estimation précise des prévalences d'animaux porteurs d'agents infectieux nécessite de tester un nombre élevé d'animaux, afin de pouvoir être validé statistiquement. Le nombre d'oiseaux nécessaire pour réponde à nos questions scientifique est estimé à 4500

Raffinement

La première précaution est de limiter le dérangement lié à la capture des oiseaux, afin de ne pas affecter leur succès reproducteur (ne pas casser les œufs, faciliter leur prédation, ou isoler le poussin de ses parents trop longtemps). Immédiatement après la capture, un niveau de priorité de manipulation des oiseaux sera établi en fonction du statut reproducteur de l'individu et de la sensibilité de l'espèce à la manipulation. Afin de limiter le stress, les oiseaux capturés seront mis dans des sacs de contention, à l'obscurité. Les prélèvements biologiques seront réalisées à l’abri du soleil de manière rapide, calme et sûre. Nous éviterons de manipuler des oiseaux par temps de pluie, pour ne pas altérer l’étanchéité des plumes. La pose d'une bague permettra également d'identifier individuellement les oiseaux et de les relâcher immédiatement en cas de recapture. Pour les prises de sang, la vitesse normale de coagulation pour les oiseaux n'est pas connue, mais est habituellement considérée d'une durée d'environ cinq minutes. Le stress et les températures élevées sont susceptibles d'affecter cette durée. La fin de l'écoulement sanguin sera être vérifiée systématiquement avant le relâché des oiseaux. Enfin, l'hydratation des oiseaux sera réalisée en cas d'atteinte de points limites.

Choix des espèces

Le projet porte spécifiquement sur la diversité et a transmission des agents infectieux chez des oiseaux sauvages, dans leur environnement naturel. Les espèces ciblées ne peuvent donc pas être remplacées. Au delà des espèces sauvages, nous envisageons également la capture ponctuelle et la collecte de prélèvements sur des poules domestiques en semi-liberté, afin de mettre en évidence des échanges d’agents infectieux avec les volailles. Les animaux seront classés en trois grandes catégories d'âge pour ce projet : poussin, juvénile et adulte.