Bien-être animal

150 moutons vont être utilisés dans des procédures impliquant un niveau de souffrance léger, 60 brebis renvoyées dans le troupeau et 90 agneaux envoyés à l'abattoir après l'essai. Ils subissent des tubages répétés pour prélever du liquide du rumen, afin de tester des méthodes d'alimentation censées réduire le temps de travail des éleveurs ovins. Le porteur indique que la pose de la sonde cause stress et gêne et qu'une acidose reste possible, avec perte d'appétit et difficultés à se tenir debout. Il présente le bénéfice comme un gain de temps d'astreinte pour la filière, sans effet négatif attendu sur le troupeau.

Objectifs

L’objectif du projet est de renforcer l’attractivité de la filière ovine en simplifiant le travail. Pour cela, plusieurs solutions sur le temps passé à l’alimentation quotidienne des animaux sont testées. L’objectif est donc d’expérimenter et de tester de nouvelles pratiques réduisant le travail d’astreinte lors de la distribution de l’alimentation pour les diffuser auprès des éleveurs. Dans ces essais, l’impact sur les brebis de la distribution en une seule fois (au lieu de deux) du concentré et l’automatisation du rationnement des agneaux sont étudiés.

Bénéfices attendus

Ce projet permettra d’apporter des connaissances sur les différentes méthodes de distributions de l’alimentation des animaux. Lors des essais, plusieurs critères seront pris en compte, comme l’impact des méthodes testées sur le bien-être des animaux et le temps passé à chaque lot d’essai. Cela produira des références techniques qui seront diffusées pour les techniciens et les éleveurs. Les bénéfices attendus sont d’identifier les stratégies d’alimentation les plus pertinentes (un gain de temps de travail passé à l’astreinte des éleveurs) sans que ces méthodes n’est un effet négatif sur les performances, le bien-être et la santé de leur troupeau.

Procédures

Pour les deux essais, les animaux seront soumis à des tubages pour prélever du liquide ruminal. 3 séquences de prélèvements sont prévues en début, milieu et fin d’essai. Le tubage dure au total entre 1 et 2 minutes. Cette technique permet d’éviter l’utilisation d’animaux porteurs de canules du rumen pour réaliser des prélèvements de contenu, et ne nécessite donc pas d’opération chirurgicale. Le volume prélevé est adapté à la taille et développement de l’animal soit 50 ml pour les agneaux de plus de 2 mois et les animaux adultes. Le tubage est réalisée grâce à des sondes adaptées à la taille de l’animal (brebis ou agneaux).

Impact sur les animaux

Les nuisances possibles sur les animaux seront une gêne causée par la manipulation et la mise en place de la sonde pour le tubage. Cette manipulation peut causer un stress sur les animaux. Si une acidose apparait sur les animaux, les principaux symptômes sont une diminution de l’appétit, une augmentation des fréquences respiratoires et cardiaques, une impossibilité de se mettre debout, des diarrhées.

Devenir

Les brebis retournent dans le troupeau d’élevage de l’établissement. Les agneaux de l’expérimentation de l’essai 2 sont concernés par l’abattage en fonction des règles en vigueur du cahier des charges de l'organisme certificateur plusieurs semaines après l’expérimentation. En effet, il s’agit d’agneaux engraissés en vue d’une consommation. Le responsable du projet prend la décision de la date d’envoi à l’abattoir.

Remplacement

Cette d’expérimentation ne peut pas être remplacé par des modèles in vitro ou in silico. En effet, on ne peut pas remplacer les brebis et les agneaux pour mesurer l’évolution de l’acidose en fonction du type de distribution de l’aliment concentré.

Réduction

Le nombre d’animaux prévus dans l’expérimentation a été limité au maximum pour avoir un effectif garantissant l’interprétation des données. 60 brebis allaitantes dans l’ESSAI 1 pour le suivi sur le fractionnement de la distribution de concentrés et 90 agneaux pour le rationnement automatisé. En effet, chaque lot sera composé de 30 animaux, qui est le nombre minimum d’animaux pour réaliser une analyse statistique robuste dans nos conditions expérimentales.

Raffinement

Concernant, le raffinement des animaux, une attention particulière a été portée aux conditions d’hébergement (= condition d’élevage). Celles-ci seront maintenues en groupe durant l’expérimentation afin de respecter leur comportement social. Les animaux seront surveillés quotidiennement par du personnel qualifié sur leur état et leur comportement. Les animaux des deux essais sont hébergés sur une litière paillée et en lots de manière à pouvoir exprimer leurs comportements sociaux. Les agneaux de l’ESSAI 1 resteront avec leur mère toute la durée du projet. Pour les deux essais, progressivement les brebis et les agneaux vont s’habituer à être manipulés et les prélèvements seront réalisés par du personnel expérimenté.

Choix des espèces

L’espèce ovine est l’espèce choisie car les mesures réalisées permettront de répondre à des problématiques rencontrées en élevage. Il n'existe pas d'autre espèce modèle ni de système alternatif à cette étude car on étudie des conduites alimentaires sur animaux de rente. ESSAI 1 : L’étude utilisera des brebis en lactation et allaitant leurs agneaux car c’est à ce stade que les besoins en aliment concentré de la brebis sont importants avec un risque d’acidose plus élevé. L’étude se déroulera sur une période de 7 semaines avec un démarrage quelques jours après la mise bas et une fin au sevrage des agneaux, environ 70 jours après la mise bas. ESSAI 2 : Les agneaux utilisés seront des agneaux sevrés âgés de 75 jours environ, pendant la phase d’engraissement : du sevrage jusqu’à leur date d’abatage. C’est en effet à cette période que le rationnement est pratiqué pour optimiser la qualité des carcasses notamment l’état d’engraissement.

45 chats vont être utilisés, en gravité légère, réutilisés ensuite dans d'autres études puis placés à l'adoption. Chaque chat est anesthésié six fois, à deux à six semaines d'intervalle, pour des détartrages et des prises de sang à jeun, afin de mesurer l'effet d'une algue sur la plaque dentaire. Le but déclaré est commercial, développer et mettre sur le marché une friandise pour chats aux propriétés bucco-dentaires, le porteur listant parmi les risques des anesthésies répétées apnées, arrêts cardiorespiratoires et hypothermie. Sur le remplacement, il affirme qu'aucune méthode alternative prouvée n'évalue l'effet d'un aliment sur la plaque dentaire et que le recours au chat ne peut être évité.

Objectifs

Le projet a pour but d'évaluer le bénéfice d'aliments fonctionnels sur la santé bucco-dentaire chez le chat. L'étude a pour objectif de valider l'effet d'un ingrédient (algue Fucus vesiculosus) ayant des propriétés anti-microbiennes sur le ralentissement du développement de la plaque dentaire et du tartre chez le chat, en association aux propriétés mécaniques d'une friandise dans laquelle sera ajoutée cet ingrédient.

Bénéfices attendus

Le projet permettra le développement et la mise sur le marché d'une friandise chat ayant des propriétés bénéfiques sur la santé bucco-dentaire des chats, par l'association synergique d'effets mécaniques et chimiques.

Procédures

Les animaux seront soumis à plusieurs anesthésies en vue de procéder au nettoyage des dents et à la notation du niveau de tartre et de plaque dentaire accumulés pendant les différentes phases du protocole. Au total, chaque chat sera anesthésié 6 fois avec un intervalle de 2 ou 6 semaines. Les chats seront anesthésies 6 fois, voir annexe 1 pour les détails. Les prises de sang seront réalisées après un jeûne de 7h avant la première et la quatrième anesthésie et pendant la dernière anesthésie. Prémédication : 15 à 20 minutes avant induction. Détartrage : 30-40 minutes par chat. La durée du détartrage varie en fonction de la quantité de tartre qui se sera développée. Evaluation des paramètres dentaires : 25-30 minutes. Anesthésie totale du début de la prémédication à phase de réveil : 70 minutes lors phase détartrage, 60 minutes lors phase évaluation dentaire.

Impact sur les animaux

La friandise portant les effets mécaniques et contenant (ou non) l'ingrédient actif a précédemment été évalué pour l’appétence. Aucune nuisance ou effet indésirable (vomissement, diarrhées,…) n'a été détecté lors de sa consommation. Bien-être : phase de jeûne de 8 à 11h avant l’anesthésie, hébergement en cage les jours d’anesthésie. 1) Santé : Prise de poids étant donné que les chats peuvent manger plus que leurs besoins de maintenance, perte de poids si les chats consomment moins que leurs besoins de maintenance. Les effets ci-dessous ne sont pas des effets attendus mais plus des effets potentiels liés à des incidents lors du protocole; 2) Suite aux prélèvements sanguins : douleurs liés à l'introduction d'une aiguille, possibles hématomes, infections; 3) Suite aux anesthésies : risques anesthésiques comme apnées, arrêts cardio-respiratoires, réactions allergiques, hypotension, hypothermie, lésions trachéales sur un incident d’intubation, ralentissement du transit intestinal, sécheresse oculaire et risque de kératite. Infections pulmonaires en cas de fausses routes en cas de vomissements. Risque d’insuffisances rénales secondaires à une hypotension; 4) Suite aux détartrages : douleurs gingivales potentielles; 5) Suite aux traitements médicamenteux : effets secondaires possibles et connus liés à l'utilisation des médicaments suivants: Kétamine 1000®; Domitor ®; Vertegesic ®; Propovet ®; 6) Apparition de maladie non liée à l’application du protocole : ex : maladie hormonale (diabète)

Devenir

La procédure considérée étant légère, il est prévu de réutiliser les 45 chats dans d'autres études qui pourraient être réalisées le cas échéant dans l'EU. Après leur période d'activité, les chats seront placés à l'adoption.

Remplacement

Il n'existe pas de méthode alternative prouvée permettant d'évaluer l'impact de la consommation d'un aliment sur le développement de la plaque dentaire et du tartre chez l'animal. Par conséquent, il n'est pas possible de remplacer le recours à l'espèce animale étudiée dans ce projet, soit le Chat.

Réduction

Une analyse statistique a permis de déterminer le nombre d'animaux au plus juste, tenant compte de la variabilité attendue dans les résultats. Ce nombre a été évalué à 43 chats minimum.

Raffinement

La durée de chaque phase de 42 jours a été envisagée afin de limiter les effets indésirables de l’anesthésie sur la santé et le bien-être des animaux. Gêne à l’intubation : utilisation de spray d’anesthésique local en région laryngée; Risque hypothermie : utilisation d’un tapis chauffant; Risque d’hypovolémie : chats sont mis sous perfusion; Risque de dépression respiratoire : monitoring avec un capnographe; Utilisation d’un concentrateur à oxygène. Risque d’arrêt cardiorespiratoire : suivi de la fréquence à intervalle régulier. (Annexe 4) Détartrage : administration d'un analgésique per-opératoire pour diminuer les douleurs gingivales éventuelles; Prise de sang : anesthésie locale afin de réduire la douleur liée à la piqûre de l’aiguille. Au terme de la seconde phase du protocole, une analyse statistique sera réalisée afin d'évaluer la pertinence de continuer l'étude ou non. Dans l'éventualité d'un arrêt de l'étude, cela permettrait de réduire le nombre d'anesthésies réalisées au total par rapport à l'objectif de départ. Les données comparées seront celles du scoring dentaire (gingivite, plaque et tartre, voir Annexe 2). Nous provisionnons une différence minimale de 15% à l’issue de la seconde évaluation dentaire, on estime une variabilité naturelle à 10% (absence de données bibliographiques). Si la différence est inférieure à 15%, alors le protocole sera arrêté. Il en sera conclu que les friandises étudiées n’ont pas d’effet positif sur la santé bucco-dentaire. Application de points limites stricts détailles dans le paragraphe 4.2 décrivant la procédure expérimentale.

Choix des espèces

La friandise développée est destinée aux Chats uniquement. L'aliment test étant uniquement destiné à des animaux adultes, ceux utilisés pour le projet seront adultes.

150 vaches Holstein vont être utilisées dans des procédures impliquant un niveau de souffrance léger, puis maintenues dans leur élevage. Chacune subit une prise de sang à la queue, pour développer une "puce d'épigénotypage" reliant leur épigénome à leurs performances. Le porteur présente l'objectif comme un outil de sélection au service d'un élevage "durable", et revendique une étude impossible ailleurs que sur "l'animal entier". Il reconnaît n'avoir fait aucun calcul statistique préalable, cherchant à récolter "un maximum de données".

Objectifs

Depuis plusieurs décennies, la sélection génétique des animaux de rente a permis de net progrès dans les capacités de production, d’efficacité alimentaire et de santé. Néanmoins, dans un certain nombre de cas, le potentiel génétique de l’animal semble sous-exprimé sous l’influence de facteurs environnementaux. L'épigénétique est actuellement reconnue comme l'un des domaines les plus prometteurs des sciences biologiques, basé sur l’étude des mécanismes moléculaires directement impliqués dans le contrôle du fonctionnement du génome, en réponse à l’environnement. Ce projet doit contribuer à améliorer la compréhension des processus épigénétiques mis en oeuvre et à intégrer ses nouvelles données aux connaissances génétiques afin de fournir une prédiction précise du phénotype chez les bovins. Les relations entre épigénome des bovins et leurs performances seront évaluées, sous différents environnements (différents types d’alimentation, d’hébergements ou encore effet du stress thermique). Le projet met en place un nouvel outil, dit « puce d’épigénotypage », à partir d'une simple prise de sang. Elles seront réalisées sur 100 vaches de race Holstein pour lesquelles des données de santé, de production, de conduite et d’environnement seront collectées. Cette démarche nous permetra de déterminer dans quelle mesure les biomarqueurs épigénétiques peuvent expliquer une partie de la variance phénotypique observée. Des modèles statistiques seront développés pour combiner les informations génomiques et épigénomiques afin d'améliorer les modèles de prédiction génomique. Ce projet établira les relations entre variations phénotypiques observables, la génétique, l’épigénome et l’environnement. La démarche mise en oeuvre va contribuer à mieux définir les caratéristiques de chaque individu et offrira de nouveaux modèles d’évaluation plus fiables. Il consistera dans l’identification de nouveaux indicateurs de gestion intégrant des données épigénétiques. Il sera utilisé pour rechercher des animaux capables de s'adapter aux changements environnementaux de par leur plus grande plasticité épigénétique et génomique. Ces connaissances aideront à définir de nouvelles stratégies de sélection visant des animaux plus robustes, aptes à exprimer leur potentiel dans des conditions variables tout en maintenant leur santé et bien-être pour un élevage durable.

Bénéfices attendus

La collection d’échantillons biologiques ainsi que l’ensemble des données fourniront pour la première fois l’opportunité de traiter une cohorte de vaches Holstein et d’en identifier l’épigénome. Cette étude originale est une première pour le monde de l’élevage. Cette étape est absolument incontournable pour déterminer la puissance de l’outil d’épigénotypage que nous développons et définir un nouvel index de management apte à prendre en considération tout l’historique de vie de l’animal. Cette démarche met les derniers progrès technologiques et méthodologiques de la biologie au service d’un élevage responsable et durable. En concertation avec le responsable de l'établissement, l’ensemble des vaches des différents troupeaux seront incluses dans le protocole de prélèvements. Le prélèvement consiste en une simple prise de sang à la veine caudale lors d’une contention au cornais ou dans un couloir de contention. Toutes les vaches, exceptées celles porteuses d’une pathologie avérée et suivant un traitement médicamenteux, seront incluses, quelques soient leur âge, leur parité ou stade physiologique. Au moment du prélèvement, un maximum de données relatives à l’élevage et à l’animal seront collectées à partir d’un questionnaire : système d’élevage, conduite du troupeau, alimentation et historique de vie de l'animal, ainsi que des relevés climatiques (températures et hydrométrie).

Procédures

Une seule prise de sang par voie caudale, faite de manière rapide 'moins d'une minute par animal) par du personnel formé.

Impact sur les animaux

Il peut rarement se produire un léger hématome au niveau du site du prélevement qui disparait naturellement au bout de quelques jours.

Devenir

La prise de sang n’aura aucun effet indésirable et sera sans effet secondaire sur les vaches ; par conséquent, nous considérons qu’aucun changement n’interviendra dans la conduite des vaches.

Remplacement

Le projet est conduit sur l’espèce bovine pour l’espèce bovine. Il ne peut donc y avoir de remplacement. Il s’agit d’une démarche de biologie intégrative pouvant prendre en compte tous les processus biologiques et ne pouvant être conduite qu’au niveau de l’animal entier. Le choix de la race Holstein tient à sa prépondérance dans la production de lait française : nous étendrons l’étude à d’autres races laitières et allaintantes dès obtention des financements.

Réduction

Le nombre de vaches à inclure dans l’analyse est de l’ordre de 150. Un nombre maximal d’individus est à inclure dans le protocole afin d’appréhender la grande variabilité phénotypique. L'intérêt de la démarche de génotypage étant de récolter un maximum de données pour avoir une étude de grande ampleur et significative à l'échelle du cheptel français, aucun test statistique préalable n'a été effectué pour déterminer le nombre d'individus à recruter.

Raffinement

La procédure de prise de sang par la veine caudale est une procédure classique en élevage pour un suivi sanitaire des animaux de ferme, pour lesquels les animaux sont habitués (prophylaxie). Les animaux sont déjà très largement habitués aux systèmes de contention qui seront mis en place (cornadis ou couloir de contention). Les prises de sang seront réalisées par du personnel qualifié et aguerri à ce geste simple.

Choix des espèces

Ce projet s’interesse à l’espèce bovine et toute la démarche expérimentale proposée doit aboutir à la création d’un nouvel index de management permettant une intégration de l’historique de vie de l’animal. Cet index doit être un indicateur du bien etre et de la santé des vaches. L’établissement de cet index sera associé à une série de recommandations dont l’objectif final est l’expression du potentiel génétique de l’animal dans le respect de ses besoins. Une simple prise de sang reste un geste très peu invasif et peu douloureux, n’occasionnant qu’une gêne transitoire. Il n'existe pas de contre indication à utiliser différents stades de développement. C'est pourquoi toutes les vaches du troupeau seront incluses dans le protocole car il s'agit de caractériser leur épigénome, quelques soient leur âge ou stades physiologiques (en lactation ou tarie).

600 poulets vont être utilisés dans des procédures impliquant un niveau de souffrance léger, puis renvoyés dans un élevage de poulets de chair en plein air. Ils sont pucés pour suivre leurs déplacements, pesés à quatre reprises et soumis à deux prélèvements de sang, pour relier leur comportement d'exploration du parcours à des marqueurs génétiques et sanguins. Classé sous la finalité bien-être animal, le projet vise en pratique une sélection génétique des oiseaux qui utilisent le plus le parcours extérieur. Renvoyés au circuit d'élevage classique, ces poulets restent destinés à l'abattage pour la viande.

Objectifs

Dans les élevages commerciaux où les poulets ont accès à un enclos extérieur (parcours), les éleveurs sont souvent confrontés à la variabilité de l’utilisation du parcours par les poulets. Malgré des effets bénéfiques évidents du parcours sur le bien-être des poulets et l’expression de leurs comportements naturels (recherche de nourriture, bain de poussière, activité exploratoire), plusieurs études montrent que l'espace extérieur n'est utilisé que par une partie des animaux (entre 15 et 50 pourcent). De précédentes études ont montré que les animaux peuvent être classés selon leur niveau d’exploration du parcours (animaux plus ou moins explorateurs). Ces différences dans l’exploration peuvent être liées à des différences génétiques, physiologiques et métaboliques. Le projet consiste : - A caractériser le comportement du poulet élevé dans un système d’élevage procurant l’accès à un enclos extérieur et l’utilisation qu’il a de cet enclos. - A identifier des marqueurs sanguins, si possible précoces, de l’utilisation du parcours - Et à caractériser l’influence de la génétique sur ce comportement exploratoire. Le suivi comportemental est réalisé dans le bâtiment d’élevage et sur le parcours extérieur (nombre de sorties sur le parcours, suivi des déplacements) grâce à un système de suivi individuel des poulets par puce RFID (radio frequency identification). L’identification de marqueurs biologiques du comportement exploratoire du poulet est réalisée par des prélèvements sanguins. L’objectif sera d’estimer l’impact de la génétique dans la variation du comportement exploratoire du poulet et d’établir un lien entre des marqueurs sanguins et le comportement exploratoire.

Bénéfices attendus

Ce projet s’inscrit dans le cadre d’études cherchant à améliorer le bien-être des volailles élevées dans des systèmes de production biologique et de plein air. Bien que ces systèmes permettent un degré élevé d'expression du comportement naturel des animaux (recherche de nourriture, bain de poussière, activité exploratoire), les éleveurs sont souvent confrontés à une grande variabilité de l’utilisation du parcours extérieur par les poulets. Notre projet vise à évaluer les possibilités d’amélioration génétique de la capacité des animaux à explorer les parcours et à comprendre les liens avec la physiologie des animaux grâce à des paramètres sanguins. Ainsi, le bénéfice à court terme sera d'approfondir les connaissances sur le lien entre la génétique, la physiologie et le comportement exploratoire et le bénéfice à long terme sera de pouvoir sélectionner des poulets plus ou moins explorateurs selon le contexte et la demande.

Procédures

Les 600 poulets du projet seront identifiés par une puce qui permet de suivre les déplacements des poulets. La fixation de la puce se fera sur animal vigile et durera moins de 10 secondes par poulet. Les 600 poulets identifiés auront également 2 prélèvements sanguins chacun, l’un à 5 semaines d’âge et l’autre à 12 semaines d’âge. Chaque prélèvement se fera sur animal vigile et durera moins de 15 secondes. Tous les poulets seront pesés individuellement à 4 reprises afin de connaitre leur croissance. La durée moyenne d’une pesée est de 10 secondes par animal.

Impact sur les animaux

Les effets négatifs sur les poulets sont 1/ la douleur légère et transitoire (inférieure à 15 secondes) générée par la pénétration de l’aiguille lors des prélèvements sanguins et celle que peut générer la fixation de la puce permettant de géolocaliser les animaux sur le parcours et 2/ le stress léger et transitoire lié à la contention lors des prélèvements sanguins, de la pose de la puce et des pesées.

Devenir

En fin de procédure, tous les animaux retourneront dans le système d'élevage classique d'un poulet de chair élevé en plein air selon le cahier des charges de l'agriculture biologique.

Remplacement

Il n’existe à ce jour, aucune méthode in vitro ou in silico pour étudier les réponses des poulets face aux stimuli auxquels ils sont exposés. Ainsi, le recours aux animaux vivants dans les études de génétique du comportement animal reste nécessaire, afin d’évaluer la complexité des réponses des individus face aux contraintes environnementales et aux interactions sociales auxquelles ils sont soumis. Il est également important de se placer en condition d’élevage pour pouvoir suivre le comportement naturel d’exploration des animaux sur le parcours extérieur.

Réduction

Afin d’étudier les variations dues à la génétique du comportement exploratoire, nous étudions 2 lots de 300 animaux chacun (150 mâles et 150 femelles par lot). L’objectif du projet étant de pouvoir évaluer, au niveau génétique, le niveau d’héritabilité de différents indicateurs du comportement exploratoire et leurs corrélations avec les paramètres sanguins, il est nécessaire de considérer une large cohorte d’animaux (plusieurs centaines) pour rendre compte de la variabilité génétique existant au sein de la population et obtenir des estimations suffisamment précises des paramètres génétiques. Le nombre d’animaux concernés par les procédures est dans la limite basse des effectifs requis pour ce type d’analyse génétique, comme l’indiquent des travaux antérieurs sur les volailles.

Raffinement

Les animaux sont élevés en groupe, selon la règlementation d’un élevage avicole biologique classique avec accès à un parcours plein air, favorisant l'expression des comportements naturels des poulets. Ils seront hébergés dans des conditions optimales d’alimentation et de soins. Les animaux auront à disposition dans les bâtiments des perchoirs, balançoires, ficelles et pierres à piquer en tant qu’enrichissement du milieu. Les prélèvements sanguins et la pose des puces seront réalisés sans gestes brusques par des personnes expérimentées. La prise de sang s’effectuera à l’aide d’une garde afin de sécuriser le prélèvement. La taille de la garde sera fonction de l’âge de l’animal. Enfin, des points limites spécifiques à la prise de sang et à la pose de la puce sont déterminés et une évaluation du bien-être des poulets sera complétée quotidiennement par le personnel animalier pour permettre de détecter précocement toute altération de leur état de santé ou de leur comportement. Pour chaque paramètre d’atteinte au bien-être, des actions seront prises sans délai et dans le respect de la grille de décisions mise en place en amont du projet.

Choix des espèces

Ce projet étudie le comportement d’animaux élevés dans un élevage en plein air, dans le but d’évaluer le rôle de la génétique dans la variabilité d’utilisation du parcours et de déterminer le lien avec des marqueurs physiologiques mesurés au niveau sanguin. Il est ainsi nécessaire d’utiliser l’espèce animale (à savoir le poulet) chez laquelle ce mode d’élevage et la problématique de l’utilisation du parcours sont rencontrés. Les poussins arriveront dans notre élevage à 1 jour, ce qui correspond à l’âge classique de mise en place des animaux. Ils seront suivis jusqu'à 85 jours d'âge, qui correspond à l'âge d'abattage classique pour cette souche de poulets à croissance lente.

100 vaches de race Holstein vont être utilisées dans des procédures impliquant un niveau de souffrance léger, puis réutilisées. Chaque animal fait l'objet d'une seule prise de sang à la veine caudale, complétée par un questionnaire sur l'élevage. Le porteur cherche à relier l'épigénome des bovins à leurs "performances" de production et à définir de nouveaux indicateurs de sélection. Il présente cette démarche comme utile au "bien-être" des vaches et à un "élevage durable", alors que l'objectif décrit reste l'expression de leur potentiel de production.

Objectifs

Depuis plusieurs décennies, la sélection génétique des animaux de rente a permis de net progrès dans les capacités de production, d’efficacité alimentaire et de santé. Néanmoins, dans un certain nombre de cas, le potentiel génétique de l’animal semble sous-exprimé sous l’influence de facteurs environnementaux. L'épigénétique est actuellement reconnue comme l'un des domaines les plus prometteurs des sciences biologiques, basé sur l’étude des mécanismes moléculaires directement impliqués dans le contrôle du fonctionnement du génome, en réponse à l’environnement. Ce projet doit contribuer à améliorer la compréhension des processus épigénétiques mis en œuvre et à intégrer ses nouvelles données aux connaissances génétiques afin de fournir une prédiction précise du phénotype chez les bovins. Les relations entre épigénome des bovins et leurs performances seront évaluées, sous différents environnements (différents types d’alimentation, d’hébergements ou encore effet du stress thermique). Le projet met en place un nouvel outil, dit « puce d’épigénotypage », à partir d'une simple prise de sang. Elles seront réaliser sur 100 vaches de race Holstein pour lesquelles des données de santé, de production, de conduite et d’environnement seront collectées. Cette démarche nous permetra de déterminer dans quelle mesure les biomarqueurs épigénétiques peuvent expliquer une partie de la variance phénotypique observée. Des modèles statistiques seront développés pour combiner les informations génomiques et épigénomiques afin d'améliorer les modèles de prédiction génomique. Ce projet établira les relations entre variations phénotypiques observables, la génétique, l’épigénome et l’environnement. La démarche mise en œuvre va contribuer à mieux définir les caratéristiques de chaque individu et offrira de nouveaux modèles d’évaluation plus fiables. Il consistera dans l’identification de nouveaux indicateurs de gestion intégrant des données épigénétiques. Il sera utilisé pour rechercher des animaux capables de s'adapter aux changements environnementaux de par leur plus grande plasticité épigénétique et génomique. Ces connaissances aideront à définir de nouvelles stratégies de sélection visant des animaux plus robustes, aptes à exprimer leur potentiel dans des conditions variables tout en maintenant leur santé et bien-être pour un élevage durable.

Bénéfices attendus

En concertation avec le responsable de l'établissement, l’ensemble des vaches des différents troupeaux seront incluses dans le protocole de prélèvements. Le prélèvement consiste en une simple prise de sang à la veine caudale lors d’une contension au cornais ou dans un couloir de contention. Toutes les vaches, exceptées celles porteuses d’une pathologie avérée et suivant un traitement médicamenteux, seront incluses, quelques soient leur âge, leur parité ou stade physiologique. Au moment du prélèvement, un maximum de données relatives à l’élevage et à l’animal seront collectées à partir d’un questionnaire : système d’élevage, conduite du troupeau, alimentation et historique de vie de l'animal, ainsi que des relevés climatiques (températures et hydrométrie).

Procédures

Une seule prise de sang par voie caudale, faite de manière rapide (moins d'une minute par animal) par du personnel formé.

Impact sur les animaux

Il peut rarement se produire un léger hématome au niveau du site du prélevement qui disparait naturellement au bout de quelques jours.

Devenir

La prise de sang n’aura aucun effet indésirable et sera sans effet secondaire sur les vaches ; par conséquent, nous considérons qu’aucun changement n’interviendra dans la conduite des vaches.

Remplacement

Ce projet est conduit sur l’espèce bovine pour l’espèce bovine. Il ne peut donc y avoir de remplacement. Il s’agit d’une démarche de biologie intégrative pouvant prendre en compte tous les processus biologiques et ne pouvant être conduite qu’au niveau de l’animal entier. Le choix de la race Holstein tient à sa prépondérance dans la production de lait française : nous étendrons l’étude à d’autres races laitières et allaintantes dès obtention des financements.

Réduction

Le nombre de vaches à inclure dans l’analyse est de 100. Notre démarche s’apparente aux analyses épidémiologiques menées chez l’homme, le nombre important d’individus à inclure dans le protocole permet d’appréhender la grande variabilité phénotypique.

Raffinement

La procédure de prise de sang par la veine caudale est une procédure classique en élevage pour un suivi sanitaire des animaux de ferme, pour lesquels les animaux sont habitués (prophylaxie). Les animaux sont déjà très largement habitués aux systèmes de contention qui seront mis en place (cornadis ou couloir de contention). Les prises de sang seront réalisées par du personnel qualifié et aguerri à ce geste simple.

Choix des espèces

Ce projet s’interesse à l’espèce bovine et toute la démarche expérimentale proposée doit aboutir à la création d’un nouvel index de management permettant une intégration de l’historique de vie de l’animal. Cet index doit être un indicateur du bien etre et de la santé des vaches. L’établissement de cet index sera associé à une série de recommandations dont l’objectif final est l’expression du potentiel génétique de l’animal dans le respect de ses besoins. Une simple prise de sang reste un geste très peu invasif et peu douloureux, n’occasionnant qu’une gêne transitoire. Il n'existe pas de contre indication à utiliser différents stades de développement. C'est pourquoi toutes les vaches du troupeau seront incluses dans le protocole car il s'agit de caractériser leur épigénome, quelques soient leur âge ou stades physiologiques (en lactation ou tarie).

16 jeunes bovins vont être utilisés dans des procédures impliquant un niveau de souffrance léger, puis gardés vivants et placés à l'issue. Ils subissent sept prélèvements de fèces et cinq prises de sang sur animal vigile, espacés de deux semaines, pour évaluer l'effet d'un mélange de plantes sur le parasitisme intestinal. Le porteur indique que les prélèvements provoquent une gêne passagère et une douleur légère de quelques minutes et qu'aucun effet indésirable n'est attendu du produit. Il affirme qu'aucun modèle ne reproduit la complexité des interactions entre parasites et hôte et que l'essai doit se faire sur l'espèce cible, le bovin.

Objectifs

Le parasitisme gastro-intestinal a des conséquences non négligeables sur la production, la santé et le bien-être des ruminants, en particulier chez les jeunes animaux lors de leur première saison de pâturage. L’utilisation de vermifuges chimiques est aujourd’hui la méthode la plus couramment utilisée pour lutter contre les parasites. Si elle a permis de réduire considérablement le parasitisme gastro-intestinal, des résistances aux vermifuges se sont aussi développées. Des alternatives à ces produits sont donc étudiées pour tenter de réduire la pression parasitaire. L’objectif de ce projet est donc d’évaluer in vivo les effets d’un mélange de plantes sur le parasitisme intestinal des ruminants afin de prévenir l’infestation et la ré-infestation des animaux au pâturage sans produit médicamenteux.

Bénéfices attendus

Le produit testé dans ce projet pourrait permettre de prévenir l’infestation et la ré-infestation des animaux au pâturage sans produit médicamenteux.

Procédures

Au cours du projet, les animaux sont soumis à sept prélèvements de fèces et cinq prélèvements de sang séparés de deux semaines chacun. Ces prélèvements s'effectuent sur animal vigile et ne durent que quelques minutes.

Impact sur les animaux

Toutes les matières premières contenues dans le produit étant déjà autorisées en Union Européenne, aucun effet indésirable lié à l'ingestion de celui-ci n’est attendu. Concernant les prélèvements, les prélèvements de fèces peuvent entrainer une gêne passagère qui cessera au moment du retrait du bras du manipulateur et du gel est utilisé pour faciliter le passage. De même, une douleur légère et passagère peut être éprouvée au moment de la prise de sang, mais celle-ci ne devrait pas durer plus de quelques minutes.

Devenir

Les seize animaux seront placés à la fin de la procédure expérimentale. En effet, ils recevront un mélange de plantes, dont chaque plante est autorisée dans l'Union Européenne, et ne subiront qu'une procédure de classe légère permettant leur placement dans de bonnes conditions.

Remplacement

Des premiers résultats in vitro ont démontré une réduction de 50% du développement et de la mobilité des strongles (parasites présents dans l’intestin des bovins) avec le mélange de plantes testé. Il est maintenant nécessaire d’évaluer l’effet du produit in vivo sur l’espèce animal cible, ici le bovin, car il n’existe actuellement pas de modèle permettant de reproduire la complexité des interactions entre les parasites et leur hôte.

Réduction

Les bovins sont conduits en conditions contrôlées et uniformes afin de minimiser les variations liées à l’environnement. Seize bovinss sont inclus dans cet essai mené en longitudinal. Ce nombre a été déterminé par une analyse statistique et s'appuie sur des résultats de la littérature.

Raffinement

Les bovins sont manipulés dans un couloir adapté à leur contention pour éviter tout risque de blessure, et lors des prélèvements de fèces, le gant du manipulateur est enduit de gel pour faciliter le passage. Afin de respecter leur bien-être et leur instinct grégaire, les animaux sont logés par quatre sur une litière de paille. Au quotidien, le personnel animalier observe le comportement de chaque animal le matin et le soir au moment de la distribution du repas afin de repérer les signes de mal-être ou de souffrance. Ces signes inhabituels sont immédiatement signalés au responsable de l’expérimentation. Ces animaux seront soignés et si jugé nécessaire par le vétérinaire retirés de l’essai.

Choix des espèces

L’essai doit nécessairement être conduit avec des bovins car c’est l’espèce cible du produit testé et le parasitisme et son interaction avec l'hôte sont spécifiques de chaque espèce. Les animaux utilisés sont de jeunes bovins sevrés, ayant entre 6 et 10 mois au début du projet. Il s'agit d'un âge critique pour l'infestation parasitaire. De plus ces animaux auront eu le temps de pâturer au minimum un mois avec des adultes, ce qui assure leur infestation.